genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10247427--10247463	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
10247475--10247530	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
10251649--10251690	23	1.9	21	85	9	57	40	2	2	54	1.26
10255270--10255330	29	2.1	29	96	0	113	27	29	9	32	1.89
10257836--10257963	39	3.3	39	91	0	202	31	21	26	21	1.98
10257835--10257989	78	2.0	76	82	5	186	30	21	27	20	1.98
10261167--10261224	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
10261437--10261467	13	2.4	13	94	0	53	32	0	12	54	1.38
10261562--10261754	50	3.8	50	90	0	296	26	23	30	20	1.98
10265322--10265376	28	2.0	28	82	7	67	40	10	12	36	1.79
10267179--10267223	17	2.6	17	86	10	56	42	2	0	55	1.12
10278878--10278914	15	2.4	16	86	13	51	2	21	5	70	1.20
10279111--10279156	23	2.0	23	87	8	67	76	2	6	15	1.09
10280041--10280085	24	1.9	24	90	4	74	60	4	0	35	1.17
10289394--10289484	35	2.6	36	80	5	123	17	12	30	39	1.86
10291249--10291297	19	2.5	20	77	6	57	34	2	0	63	1.06
10291268--10291331	24	2.7	25	81	9	64	40	0	0	59	0.97
10299801--10299830	9	3.3	9	90	0	51	26	10	16	46	1.78
10299845--10299897	23	2.3	24	78	15	58	41	11	7	39	1.69
10299976--10300039	20	3.4	19	85	6	85	57	1	0	40	1.08
10299983--10300044	19	3.2	20	88	9	92	56	1	0	41	1.09
10300423--10300462	21	1.9	21	90	10	64	55	10	12	22	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10300871--10300909	3	12.7	3	89	5	60	0	30	0	69	0.89
10305470--10305572	37	2.8	37	95	0	179	24	31	21	23	1.99
10305745--10306149	48	8.4	48	95	0	711	29	27	7	35	1.85
10310053--10310102	26	1.9	26	95	0	91	30	32	24	14	1.94
10310021--10310283	104	2.6	102	89	3	393	29	30	20	19	1.97
10312396--10312464	28	2.5	28	90	0	111	31	24	21	21	1.98
10312476--10312630	40	3.9	40	94	2	260	25	25	22	25	2.00
10314144--10314548	48	8.4	48	96	0	720	29	27	7	35	1.84
10319368--10319402	13	2.8	12	87	8	52	31	5	0	62	1.18
10319368--10319402	12	2.8	13	91	8	56	31	5	0	62	1.18
10319565--10319609	21	2.1	21	91	0	72	37	0	4	57	1.19
10319802--10319847	16	2.9	16	86	0	65	30	21	0	47	1.51
10321292--10321384	45	2.1	45	87	4	134	59	7	3	30	1.41
10321392--10321421	5	6.0	5	96	0	51	0	16	80	3	0.85
10324720--10324752	16	1.9	18	88	11	52	54	6	0	39	1.25
10334605--10334650	20	2.3	20	85	10	60	43	15	8	32	1.77
10335310--10335335	13	2.0	13	100	0	52	0	53	7	38	1.30
10345900--10345970	16	4.4	16	94	0	115	32	7	30	29	1.84
10346541--10346595	13	4.2	12	84	15	65	69	0	30	0	0.89
10346540--10346593	15	3.5	16	76	19	53	66	0	33	0	0.92
10346770--10346866	33	3.1	32	68	22	89	35	0	10	54	1.34
10346749--10346871	60	2.0	61	90	1	194	33	0	9	56	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10346768--10346886	60	2.0	60	88	3	177	33	0	11	54	1.37
10348037--10348096	15	4.0	15	75	16	61	18	3	3	75	1.09
10348026--10348085	30	2.0	30	100	0	120	16	6	0	76	0.99
10348032--10348080	22	2.1	22	85	7	62	14	6	0	79	0.91
10350211--10350374	75	2.2	73	80	8	188	32	6	6	55	1.49
10353462--10353539	27	2.9	27	88	0	111	25	26	24	23	2.00
10353878--10354015	58	2.4	57	78	8	163	52	3	0	43	1.24
10362262--10362527	135	2.0	135	88	0	397	33	13	27	25	1.94
10362547--10362573	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
10365596--10365642	9	5.3	9	76	2	51	25	0	2	72	0.96
10366101--10366163	28	2.2	28	88	0	90	33	6	28	31	1.82
10371489--10371551	28	2.2	28	88	5	92	33	6	30	30	1.82
10379652--10379717	31	2.1	31	82	0	78	46	6	6	40	1.53
10388626--10388776	53	2.8	53	87	4	196	29	26	16	27	1.97
10390930--10390965	18	2.0	18	88	0	54	66	2	0	30	1.06
10391381--10391435	25	2.2	25	90	0	83	29	12	18	40	1.87
10392461--10392497	16	2.3	16	86	13	58	54	0	2	43	1.14
10407742--10407823	40	2.0	40	100	0	164	41	18	9	30	1.82
10414153--10414187	17	2.1	17	94	0	61	28	8	22	40	1.84
10415147--10415192	14	3.1	15	75	18	51	39	0	17	43	1.49
10416225--10416293	30	2.3	31	80	12	81	46	4	17	31	1.68
10420134--10420259	33	3.8	33	67	12	80	24	24	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10423571--10423607	17	2.2	17	95	0	65	35	5	24	35	1.78
10423838--10423881	11	3.8	11	80	11	52	29	0	6	63	1.20
10425304--10425356	26	2.0	27	85	7	74	24	13	22	39	1.90
10426849--10426913	32	2.0	32	100	0	130	38	24	6	30	1.80
10436802--10436860	29	2.0	30	86	3	84	27	6	13	52	1.65
10436807--10436875	29	2.3	29	82	9	77	30	10	10	49	1.70
10440677--10440733	21	2.7	21	72	5	53	15	22	29	31	1.95
10447779--10447831	22	2.3	23	77	3	63	54	5	1	37	1.35
10457051--10457075	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
10457048--10457116	29	2.3	31	80	9	81	60	4	0	34	1.16
10457329--10457386	30	2.0	30	83	10	75	27	20	5	46	1.72
10458260--10458327	30	2.3	30	84	5	84	47	5	19	27	1.72
10460751--10460978	46	5.0	46	91	1	341	38	14	24	22	1.92
10464206--10464276	37	1.9	37	100	0	142	30	23	14	30	1.94
10464318--10464395	33	2.4	33	86	4	113	17	20	19	42	1.90
10464870--10464984	43	2.7	43	85	8	137	34	22	14	27	1.94
10468094--10468394	46	6.3	48	84	8	366	35	14	21	28	1.93
10468028--10468383	98	3.6	98	96	0	640	34	14	21	28	1.94
10468358--10468503	37	4.0	37	91	1	233	37	15	21	25	1.93
10469755--10469922	58	3.0	58	87	10	237	22	13	30	33	1.92
10469774--10469864	28	3.2	28	66	22	80	25	15	31	27	1.95
10469815--10469957	49	2.9	49	93	0	232	23	13	30	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10473118--10473150	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
10473750--10473775	9	2.9	9	100	0	52	34	19	11	34	1.88
10476625--10476649	13	1.9	13	100	0	50	40	0	12	48	1.40
10486289--10486338	15	3.3	15	86	5	66	74	6	12	8	1.22
10488381--10488443	3	20.7	3	77	9	56	66	0	33	0	0.92
10491762--10491913	27	5.6	27	91	3	241	29	29	14	26	1.95
10491762--10491913	55	2.8	55	93	0	259	29	29	14	26	1.95
10494424--10494475	6	8.7	6	82	0	68	28	32	36	1	1.69
10494426--10494493	18	3.7	20	74	14	58	25	33	39	1	1.65
10498595--10498633	12	3.5	12	86	13	57	61	7	5	25	1.44
10498931--10498969	2	19.5	2	100	0	78	0	48	0	51	1.00
10500561--10500610	23	2.2	23	100	0	100	58	0	0	42	0.98
10500567--10500623	23	2.4	23	88	5	78	59	3	0	36	1.14
10500719--10500804	11	7.7	11	70	12	59	65	3	0	31	1.10
10500758--10500789	14	2.3	14	94	0	55	62	3	0	34	1.11
10500726--10500818	41	2.2	42	81	9	102	65	4	1	29	1.18
10501299--10501339	21	2.0	21	90	0	64	43	2	4	48	1.37
10504874--10504934	23	2.6	23	72	12	61	21	11	6	60	1.53
10509571--10509613	18	2.4	18	96	0	77	13	27	25	32	1.94
10510579--10510665	34	2.6	34	84	0	129	29	13	24	32	1.94
10512759--10512825	30	2.2	30	94	0	116	37	7	14	40	1.75
10512771--10512828	18	3.6	18	71	26	65	39	6	15	37	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10524382--10524414	16	2.1	16	94	0	57	39	27	12	21	1.88
10530314--10530498	99	1.9	99	93	0	316	41	29	5	23	1.78
10533525--10533632	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
10537744--10537797	27	2.0	27	82	7	65	18	27	18	35	1.94
10539527--10539592	34	1.9	35	87	3	98	19	13	30	36	1.91
10545112--10545292	46	3.9	46	77	11	199	28	29	20	20	1.98
10549440--10549546	51	2.1	51	100	0	214	30	14	18	35	1.92
10558788--10558813	13	2.0	13	100	0	52	15	30	15	38	1.88
10566177--10566247	35	2.1	34	91	2	115	50	16	8	23	1.73
10573727--10573767	20	2.0	20	86	13	57	48	0	29	21	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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