genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.263.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85491382--85491510	48	2.7	48	96	2	235	24	28	18	28	1.98
85492056--85492111	25	2.2	25	93	6	96	35	25	8	30	1.86
85495168--85495275	26	4.2	26	90	0	171	37	23	6	33	1.80
85497731--85497758	12	2.3	12	100	0	56	25	32	7	35	1.83
85499302--85499371	34	2.1	34	100	0	140	67	0	0	32	0.91
85499324--85499366	21	2.1	21	91	4	70	72	0	0	27	0.85
85499310--85499345	13	2.7	13	91	4	54	69	0	0	30	0.89
85513506--85513539	17	1.9	17	88	5	50	35	2	0	61	1.11
85516343--85516477	23	5.8	24	74	18	108	33	17	22	26	1.96
85516341--85516477	45	2.9	47	80	15	160	33	17	22	26	1.96
85516630--85516675	21	2.2	21	84	0	56	52	6	0	41	1.27
85519212--85519259	21	2.2	22	77	3	53	66	0	0	33	0.92
85519697--85519730	11	2.8	12	86	13	52	26	0	0	73	0.83
85519704--85519731	11	2.5	11	100	0	56	25	0	0	75	0.81
85524007--85524078	21	3.2	21	64	21	56	25	23	11	40	1.87
85523821--85524077	138	1.9	138	86	1	372	21	23	12	42	1.87
85523821--85524079	46	5.6	46	90	0	331	21	23	12	42	1.87
85526969--85527009	12	3.4	12	89	0	64	4	21	0	73	1.02
85529830--85529932	22	4.4	25	82	10	112	40	17	22	19	1.91
85529830--85529916	47	1.9	44	83	6	111	40	17	22	19	1.91
85529874--85529953	25	3.2	25	87	0	88	40	16	21	22	1.91
85532959--85532987	15	1.9	15	100	0	58	48	6	34	10	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85533186--85533286	41	2.4	42	83	4	125	27	13	27	30	1.94
85537921--85538048	39	3.3	39	84	2	168	31	19	26	22	1.98
85547021--85547072	20	2.7	19	80	13	54	46	1	1	50	1.23
85548798--85548840	21	2.0	21	95	0	77	53	11	16	18	1.72
85550462--85550557	46	2.1	46	100	0	192	47	11	4	36	1.59
85554775--85554825	25	2.1	24	82	10	59	56	1	5	35	1.35
85556178--85556290	45	2.5	44	78	2	127	30	23	12	33	1.92
85556751--85556944	46	4.2	46	81	3	221	24	24	15	35	1.94
85563489--85563545	27	2.2	26	83	3	69	56	3	7	33	1.43
85564947--85564991	23	1.9	24	86	4	65	48	0	0	51	1.00
85567685--85567716	14	2.3	14	94	0	55	68	6	12	12	1.37
85569317--85569365	17	2.8	17	82	11	55	48	10	0	40	1.37
85572851--85572898	19	2.8	17	81	12	55	29	4	0	66	1.10
85572851--85572899	17	2.7	18	87	6	64	28	4	0	67	1.09
85573685--85573722	20	1.9	20	88	0	58	18	2	15	63	1.43
85581003--85581103	30	3.4	30	86	2	123	41	35	9	12	1.77
85582449--85582567	21	6.0	20	68	18	61	36	5	0	58	1.20
85582429--85582489	28	2.2	28	77	19	65	36	6	0	57	1.25
85582536--85582604	27	2.5	28	77	11	81	36	5	0	57	1.22
85592546--85593216	205	3.3	205	88	1	977	30	19	21	27	1.98
85593524--85593610	30	2.9	30	87	1	122	40	34	11	13	1.81
85593532--85593627	30	3.2	30	75	11	90	41	32	10	15	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85594944--85595089	7	21.4	7	64	22	53	36	5	0	58	1.21
85595379--85595419	3	13.3	3	89	5	64	31	0	0	68	0.90
85595656--85595689	16	2.1	16	100	0	68	32	17	0	50	1.47
85599947--85600043	18	5.4	18	81	0	104	35	16	15	32	1.90
85599947--85600048	36	2.8	36	84	0	141	35	15	15	33	1.90
85600170--85600204	6	5.8	6	100	0	70	48	17	17	17	1.81
85602325--85602431	18	5.9	18	82	0	115	32	14	17	35	1.90
85602340--85602434	36	2.6	36	93	0	163	32	12	16	37	1.87
85604936--85604991	28	2.0	28	86	10	78	57	32	7	3	1.43
85607528--85607559	16	1.9	17	93	6	57	25	28	6	40	1.79
85615950--85616147	53	3.5	53	70	19	168	25	14	22	37	1.92
85615863--85616167	116	2.6	116	95	1	542	24	14	23	37	1.92
85616107--85616286	70	2.5	71	83	5	238	26	15	23	35	1.94
85616526--85616644	57	2.1	56	89	6	179	28	10	17	42	1.83
85616616--85616677	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
85619109--85619140	8	4.0	8	95	0	55	75	3	0	21	0.95
85620639--85620678	16	2.5	16	88	8	55	72	7	10	10	1.28
85620838--85620913	17	4.6	16	74	11	73	72	5	5	17	1.22
85621102--85621163	30	2.3	26	79	17	72	66	1	4	27	1.21
85625465--85625512	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
85625560--85625615	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
85625549--85625615	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85625665--85625782	23	4.9	23	91	4	155	27	20	22	28	1.99
85625975--85626038	31	2.1	31	88	5	94	37	12	23	26	1.90
85631750--85631887	39	3.5	39	92	0	222	37	23	25	13	1.92
85631826--85631889	18	3.4	18	75	12	65	35	25	26	12	1.91
85633339--85633365	14	1.9	14	100	0	54	22	25	14	37	1.93
85636655--85636756	51	2.0	51	92	0	168	26	25	21	26	2.00
85638356--85638403	20	2.4	20	86	6	62	22	2	4	70	1.15
85638355--85638413	20	3.6	16	77	18	52	22	1	3	72	1.08
85639099--85639238	39	3.6	39	86	0	181	40	22	23	13	1.90
85639117--85639220	21	5.2	21	66	13	67	42	21	23	13	1.88
85642403--85642441	6	6.2	6	94	5	60	15	0	0	84	0.62
85642394--85642441	7	7.0	7	82	17	57	16	0	0	83	0.65
85642398--85642447	13	4.2	12	78	14	50	18	0	0	82	0.68
85648171--85648216	6	7.5	6	86	13	67	80	2	0	17	0.81
85648174--85648211	19	2.0	20	94	5	69	76	2	0	21	0.91
85648168--85648221	20	2.7	20	77	11	65	79	1	0	18	0.82
85648236--85648294	9	6.6	9	92	0	91	23	8	23	44	1.81
85648916--85649092	50	3.5	50	92	0	282	25	15	28	29	1.96
85649662--85650016	180	2.0	179	89	2	543	39	9	18	32	1.82
85650719--85650832	33	3.5	33	80	2	113	24	37	15	21	1.93
85650719--85650862	66	2.2	66	82	2	164	22	38	16	22	1.93
85660560--85660661	29	3.4	29	67	10	80	40	17	10	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85661424--85661455	15	2.0	17	88	11	50	37	6	6	50	1.53
85664009--85664220	65	3.2	62	74	9	172	29	21	13	35	1.91
85663970--85664215	33	7.5	33	78	3	156	28	22	13	36	1.91
85663976--85664220	98	2.5	98	76	2	222	28	22	13	35	1.92
85664901--85664948	21	2.2	22	82	14	64	35	16	0	47	1.47
85665400--85665425	13	2.0	13	100	0	52	38	7	7	46	1.61
85667470--85667502	16	1.9	18	88	11	52	36	18	15	30	1.91
85671693--85671845	33	4.7	32	77	8	128	35	11	23	29	1.89
85673130--85673165	17	2.1	17	100	0	72	25	22	11	41	1.86
85674907--85674939	12	2.6	13	85	9	50	6	18	0	75	1.00
85674962--85675005	22	2.0	22	82	8	54	40	4	0	54	1.21
85681664--85681706	21	2.0	21	86	8	61	0	20	4	74	1.00
85681656--85681740	44	1.9	44	83	4	109	2	23	4	69	1.19
85691580--85691613	3	11.3	3	93	0	59	32	29	35	2	1.73
85709600--85709641	22	1.9	22	85	0	57	35	0	2	61	1.09
85714192--85714278	43	2.0	43	100	0	174	28	6	32	32	1.84
85717766--85717800	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
85717950--85718007	3	19.3	3	92	0	98	0	36	0	63	0.94
85719291--85719346	28	2.0	28	89	6	87	50	0	0	50	1.00
85724074--85724104	11	2.7	11	95	5	53	54	6	0	38	1.26
85724571--85724647	22	3.3	23	72	22	63	57	5	6	31	1.46
85724630--85724669	17	2.3	17	86	4	53	65	7	2	25	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85724800--85724825	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
85727158--85727196	6	6.5	6	93	0	51	0	17	10	71	1.12
85728370--85728405	19	1.9	19	88	5	56	50	11	8	30	1.67
85734836--85734877	22	2.0	21	85	4	57	50	2	11	35	1.52
85737093--85737167	3	24.7	3	89	8	116	65	0	34	0	0.93
85740038--85740121	33	2.5	34	82	3	91	17	46	9	26	1.79
85740504--85740706	21	9.1	22	68	20	102	57	4	1	35	1.29
85740586--85740680	25	4.0	25	77	13	101	58	4	1	35	1.24
85740426--85740656	87	2.6	88	89	3	340	57	4	2	35	1.32
85740426--85740778	46	7.9	46	73	16	307	57	4	1	35	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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