genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8509605--8509713	7	15.4	7	69	19	50	58	0	3	36	1.22
8509530--8509713	12	14.8	12	64	20	51	57	0	4	37	1.25
8509691--8509721	16	2.0	15	93	6	53	64	0	0	35	0.94
8509991--8510033	22	1.9	23	85	4	61	46	13	4	34	1.65
8510036--8510155	17	6.9	17	87	2	177	37	13	10	39	1.78
8510036--8510164	35	3.7	35	92	3	215	37	13	9	38	1.78
8510024--8510172	52	2.8	50	77	17	142	38	12	10	38	1.77
8510546--8510898	83	4.2	83	96	0	634	26	20	20	31	1.98
8510822--8511414	237	2.5	238	94	0	1044	29	18	18	33	1.95
8510822--8511414	119	5.0	119	96	0	1044	29	18	18	33	1.95
8511406--8511585	44	4.1	44	72	11	179	27	25	17	29	1.97
8512457--8512496	20	2.0	20	85	4	55	2	20	0	77	0.88
8512463--8512508	8	5.9	8	75	14	51	2	13	0	84	0.71
8512463--8512510	11	4.7	10	82	12	62	2	12	0	85	0.69
8512463--8512509	20	2.4	19	82	10	58	2	12	0	85	0.70
8518013--8518045	12	2.7	13	86	13	52	66	0	0	33	0.92
8518497--8518525	12	2.3	13	94	5	51	65	3	0	31	1.09
8518424--8518538	21	5.8	20	68	17	64	60	1	2	34	1.20
8518833--8518965	18	7.5	17	86	5	176	36	12	10	39	1.78
8518833--8518974	35	4.0	35	93	2	230	37	13	9	39	1.78
8522928--8523032	43	2.4	43	88	0	165	23	20	29	25	1.99
8523080--8523141	33	1.9	34	83	9	85	27	17	24	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8532184--8532208	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
8538486--8538549	33	2.0	32	84	3	83	20	21	20	37	1.94
8540703--8540742	21	1.9	21	89	0	62	25	17	30	27	1.97
8540835--8540896	6	10.8	6	77	10	67	14	6	0	79	0.93
8540832--8540896	17	3.8	17	80	8	78	15	6	0	78	0.94
8540841--8540894	22	2.4	22	96	3	99	12	7	0	79	0.92
8541866--8541911	4	11.5	4	90	0	74	50	19	0	30	1.48
8541866--8541911	12	3.8	12	97	0	83	50	19	0	30	1.48
8548106--8548135	11	2.7	11	89	0	51	10	50	10	30	1.69
8548199--8548246	17	2.8	17	78	12	62	25	0	2	72	0.95
8552183--8552213	8	3.9	8	100	0	62	12	9	0	77	0.99
8552424--8552466	9	4.6	9	80	11	50	11	4	9	74	1.20
8553580--8553612	17	1.9	17	93	0	57	21	30	9	39	1.84
8558639--8558682	22	2.0	21	86	4	61	29	0	0	70	0.88
8558639--8558677	15	2.7	15	88	4	62	30	0	0	69	0.89
8558671--8558709	15	2.6	16	88	12	64	25	5	2	66	1.25
8560312--8560393	6	13.3	6	76	17	62	15	2	3	78	1.01
8560312--8560372	5	11.6	5	78	13	52	14	3	3	78	1.00
8560359--8560439	25	3.3	25	77	14	73	20	3	3	71	1.17
8562397--8562600	102	2.0	102	95	1	365	31	23	22	23	1.98
8563851--8564005	43	3.6	43	76	5	127	30	24	16	27	1.97
8566757--8566786	12	2.5	12	94	0	51	53	0	10	36	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8568156--8568188	4	8.2	4	100	0	66	24	0	0	75	0.80
8572067--8572101	18	1.9	18	88	0	52	17	37	25	20	1.94
8572099--8572153	24	2.3	24	100	0	110	23	41	21	12	1.88
8573373--8573406	16	2.1	16	88	0	50	61	0	0	38	0.96
8574125--8574217	48	2.0	48	97	2	179	46	8	12	32	1.73
8582973--8583017	23	2.0	23	86	0	63	44	2	6	46	1.42
8583110--8583172	20	3.2	20	73	8	65	17	19	12	50	1.77
8583624--8583694	20	3.3	20	75	21	63	16	8	11	63	1.51
8589009--8589042	17	2.0	17	100	0	68	52	17	0	29	1.45
8599145--8599177	10	3.5	10	84	16	52	63	0	6	30	1.18
8599143--8599200	19	3.1	19	78	12	66	58	1	3	36	1.25
8599445--8599500	25	2.4	24	85	14	73	57	5	3	33	1.39
8600021--8600087	9	7.6	8	73	17	53	25	4	0	70	1.06
8600066--8600165	37	2.7	37	75	9	98	32	3	1	64	1.16
8600171--8600393	91	2.5	91	83	5	274	30	8	22	38	1.85
8601244--8601341	40	2.5	40	86	0	142	38	22	8	30	1.83
8602565--8602611	22	2.1	22	96	0	85	23	31	0	44	1.54
8615496--8615552	30	1.9	30	85	0	78	43	8	21	26	1.81
8615973--8616148	46	3.8	46	78	12	207	21	21	28	28	1.98
8615970--8616141	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
8619421--8619641	79	2.8	79	87	0	318	31	23	14	31	1.94
8619736--8619873	40	3.5	40	83	0	141	35	21	13	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8619539--8619811	119	2.3	119	91	0	438	35	22	10	30	1.89
8621508--8621541	11	3.2	10	88	12	50	70	0	0	29	0.87
8622274--8622372	34	2.9	34	72	13	94	26	4	34	35	1.75
8625321--8625422	50	2.0	50	100	0	204	21	11	20	46	1.83
8627792--8627822	12	2.6	12	100	0	62	32	35	25	6	1.82
8631911--8631960	26	2.0	24	84	7	64	62	6	0	32	1.20
8631901--8631989	21	4.1	21	73	17	65	68	6	0	24	1.13
8632414--8632455	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
8639236--8639267	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
8643498--8643525	6	4.7	6	100	0	56	14	17	50	17	1.79
8643813--8643898	41	2.1	40	82	6	102	29	13	15	41	1.85
8644073--8644108	14	2.5	15	90	4	56	25	0	0	75	0.81
8644253--8644297	22	2.0	22	83	8	56	35	4	13	46	1.63
8644559--8644591	7	4.7	7	96	0	57	45	36	0	18	1.49
8644567--8644668	14	7.2	14	74	12	75	48	27	0	23	1.58
8644559--8644663	21	5.0	21	69	11	61	46	29	0	22	1.58
8644877--8644924	7	6.7	7	76	4	51	50	29	0	20	1.49
8645399--8645631	39	5.6	39	70	16	162	27	19	21	31	1.97
8645342--8645631	132	2.2	132	90	3	458	26	20	22	30	1.98
8652423--8652567	54	2.7	54	92	2	238	16	24	24	35	1.95
8652427--8652585	27	5.9	27	80	11	175	18	24	22	34	1.96
8652427--8652585	81	2.0	80	82	8	198	18	24	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8655501--8655821	46	6.8	48	74	11	220	26	18	30	24	1.98
8661091--8661303	105	2.0	105	97	0	399	26	12	18	42	1.86
8661768--8661801	17	2.0	17	88	0	50	35	0	20	44	1.52
8665553--8665587	13	2.7	13	86	0	52	45	0	2	51	1.16
8670540--8670746	33	6.4	32	81	6	195	32	23	10	33	1.89
8670542--8670766	32	6.9	32	80	6	177	32	23	10	33	1.89
8671129--8671182	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
8677583--8677773	95	2.0	95	96	0	355	30	18	17	33	1.94
8692728--8692788	27	2.3	27	85	0	77	36	16	19	27	1.93
8701898--8702039	39	3.6	39	85	2	196	31	16	16	35	1.91
8704047--8704086	4	10.0	4	94	0	62	5	25	0	70	1.08
8705600--8705740	57	2.5	57	80	5	151	24	18	24	33	1.97
8706901--8706971	21	3.4	21	100	0	142	16	32	35	15	1.91
8706875--8707014	21	6.5	21	83	3	136	17	32	31	17	1.94
8707679--8708096	75	5.7	75	81	3	440	30	15	16	37	1.90
8707703--8708096	112	3.5	112	77	8	408	30	15	16	37	1.90
8707703--8708102	37	10.7	37	80	1	377	31	15	16	37	1.90
8711039--8711112	30	2.5	30	91	8	125	12	35	31	21	1.90
8711938--8712054	62	1.9	59	86	5	162	41	4	3	50	1.38
8715451--8715494	22	2.0	22	90	0	70	54	0	0	45	0.99
8715521--8715554	15	2.1	16	89	10	52	58	0	0	41	0.98
8715587--8715643	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8717121--8717168	20	2.5	20	82	3	53	60	4	2	33	1.27
8722093--8722150	29	2.0	30	86	3	82	41	17	6	34	1.76
8742811--8742883	21	3.4	21	88	3	92	17	23	26	32	1.97
8754044--8754076	16	1.9	18	88	11	52	15	15	21	48	1.81
8756025--8756122	18	5.5	18	72	7	83	39	17	10	32	1.83
8756052--8756125	36	2.1	36	84	0	94	37	16	9	36	1.81
8756132--8756202	18	3.9	18	69	10	54	43	14	9	32	1.78
8756148--8756199	18	2.8	19	79	5	70	50	9	7	32	1.64
8759688--8759856	46	3.7	46	76	15	186	22	20	27	28	1.99
8759685--8759855	93	1.8	93	93	2	299	22	21	28	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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