genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78656456--78656605	44	3.4	44	71	9	135	29	18	24	28	1.98
78663328--78663379	14	3.4	16	79	12	56	32	0	5	61	1.20
78667220--78667306	31	2.8	31	82	3	95	39	10	16	34	1.82
78680080--78680240	80	2.0	81	97	1	306	29	18	18	34	1.94
78681494--78681601	26	4.2	26	95	0	180	33	7	23	36	1.83
78684858--78684974	25	4.7	25	69	10	87	38	18	23	18	1.93
78684853--78684974	50	2.4	50	75	5	129	38	18	22	20	1.93
78686603--78686676	36	2.1	36	97	0	139	52	8	14	24	1.69
78686799--78686848	24	2.1	24	92	0	82	36	16	16	32	1.90
78689865--78689911	10	4.6	10	80	12	51	53	27	2	17	1.55
78690650--78690747	44	2.3	44	82	7	121	31	26	19	22	1.98
78692312--78692360	7	6.9	7	90	4	80	42	40	0	16	1.48
78692312--78692360	22	2.3	22	89	6	66	42	40	0	16	1.48
78698133--78698292	43	3.7	42	81	11	173	31	25	18	24	1.98
78698133--78698292	86	1.9	85	82	8	200	31	25	18	24	1.98
78699994--78700047	26	2.1	26	100	0	108	66	3	11	18	1.37
78703454--78703501	20	2.4	20	80	13	55	35	4	18	41	1.70
78703696--78703740	13	3.3	14	77	22	51	60	0	4	35	1.17
78703786--78703827	21	2.0	21	100	0	84	52	4	23	19	1.65
78706828--78706973	37	3.9	37	90	0	220	26	28	19	25	1.99
78707120--78707254	48	2.8	48	98	0	261	31	27	6	34	1.83
78707224--78707417	47	4.1	47	91	0	298	26	29	10	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78707317--78707388	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
78707177--78707417	94	2.6	94	85	4	299	27	29	9	32	1.89
78721408--78721442	16	2.2	16	94	0	61	31	11	11	45	1.76
78726867--78726905	18	2.1	18	85	9	51	20	0	2	76	0.90
78726990--78727067	28	2.9	26	82	3	93	34	8	6	50	1.60
78729318--78729355	20	2.0	20	84	5	51	44	0	0	55	0.99
78734863--78734912	9	5.6	9	82	0	64	46	18	8	28	1.77
78734932--78734984	6	8.5	6	91	8	88	16	0	1	81	0.79
78734932--78735007	38	2.0	37	85	7	100	22	0	2	75	0.93
78738182--78738384	108	1.9	108	91	2	336	50	16	19	13	1.78
78747260--78747419	26	6.2	26	89	0	248	33	6	22	37	1.81
78747260--78747419	52	3.1	52	92	0	275	33	6	22	37	1.81
78748102--78748215	27	4.2	27	81	10	135	18	22	22	35	1.95
78748100--78748203	54	1.9	54	94	1	183	19	25	21	34	1.96
78748100--78748218	54	2.2	54	89	3	168	18	23	21	36	1.95
78749145--78749404	112	2.3	113	91	4	425	50	14	1	33	1.52
78749143--78749484	112	3.1	111	84	11	365	51	14	1	32	1.51
78750054--78750088	3	11.3	3	87	6	52	0	37	0	62	0.95
78750056--78750087	16	2.0	16	93	0	55	0	40	0	59	0.97
78751309--78751364	27	2.0	27	86	10	78	50	1	8	39	1.44
78752297--78752402	22	5.2	20	70	18	67	58	1	0	38	1.15
78752226--78752342	61	2.0	61	84	6	159	49	4	0	46	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78753251--78753277	13	2.1	13	100	0	54	62	0	0	37	0.95
78768269--78768351	39	2.1	39	100	0	166	44	4	7	43	1.53
78771624--78771709	20	4.1	20	75	19	68	68	5	1	24	1.18
78773069--78773118	26	2.0	26	84	7	68	32	0	6	62	1.20
78778789--78778825	15	2.5	15	95	0	65	24	0	18	56	1.41
78780610--78780863	136	1.9	136	98	0	490	36	12	18	33	1.88
78783486--78783644	27	5.9	27	80	12	175	33	21	24	20	1.97
78783504--78783647	54	2.7	55	91	4	231	34	22	24	18	1.97
78785242--78785349	26	4.2	26	91	0	180	37	24	7	31	1.83
78789997--78790034	8	5.0	8	81	12	53	28	0	0	71	0.87
78789995--78790023	14	2.1	14	100	0	58	37	0	0	62	0.96
78789997--78790038	22	2.0	20	90	9	66	28	0	0	71	0.86
78798308--78798338	4	7.8	4	92	0	53	22	3	0	74	0.96
78798600--78798645	24	2.0	23	82	4	56	28	8	6	56	1.54
78800844--78800875	15	2.1	15	94	0	55	6	3	40	50	1.43
78803878--78804072	35	5.6	35	87	3	250	30	12	24	32	1.92
78803881--78804073	105	1.8	104	87	5	291	31	12	24	32	1.92
78811933--78811986	28	1.9	28	84	0	72	29	7	5	57	1.49
78815203--78815256	27	2.0	27	85	0	72	33	5	3	57	1.40
78817500--78817709	90	2.4	89	84	8	259	33	8	20	37	1.82
78817816--78817911	40	2.4	39	75	17	99	31	6	5	57	1.46
78819874--78819910	14	2.6	14	86	0	56	45	21	5	27	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78820052--78820101	19	2.5	20	81	9	59	60	8	0	32	1.26
78826206--78826230	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
78829124--78829182	31	1.9	31	82	0	73	40	8	8	42	1.66
78833160--78833247	44	2.0	44	95	0	158	34	9	11	45	1.72
78838453--78838485	3	11.0	3	87	12	50	30	0	3	66	1.06
78848349--78848373	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
78858277--78858315	9	4.0	10	81	18	55	58	0	0	41	0.98
78858277--78858315	20	2.0	20	90	10	62	58	0	0	41	0.98
78862514--78862641	43	3.0	43	80	8	143	31	27	17	23	1.97
78862959--78862983	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
78864188--78864299	37	3.0	37	79	19	119	40	2	3	53	1.32
78864328--78864390	23	2.7	23	78	12	65	47	1	4	46	1.33
78867216--78867249	4	8.5	4	86	0	50	23	5	0	70	1.09
78867200--78867245	16	2.8	16	86	6	56	23	6	0	69	1.11
78868751--78868781	16	1.9	16	93	0	53	19	0	0	80	0.71
78871872--78871905	15	2.2	16	94	5	61	44	5	11	38	1.65
78874610--78874668	10	5.9	10	82	7	75	67	0	8	23	1.17
78880379--78880632	126	2.0	126	86	3	359	24	25	16	32	1.96
78885336--78885404	29	2.3	30	82	7	77	47	4	4	43	1.42
78888887--78888953	28	2.4	27	78	7	71	62	0	7	29	1.22
78889536--78889571	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
78894868--78894970	29	3.6	29	73	10	102	27	29	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78894837--78895002	58	2.9	58	90	0	262	27	26	21	24	1.99
78894898--78894999	29	3.5	29	71	10	91	28	24	22	24	1.99
78895156--78895289	43	3.1	43	86	4	180	33	32	20	13	1.92
78898917--78898978	27	2.3	27	86	2	81	37	16	27	19	1.93
78901713--78902112	47	8.5	47	93	1	629	32	8	30	29	1.87
78902231--78902309	37	2.1	37	86	4	106	25	17	30	26	1.97
78904167--78904266	43	2.3	43	100	0	200	23	15	35	27	1.94
78904251--78904324	29	2.6	29	91	4	114	27	16	31	25	1.96
78908400--78908799	47	8.5	47	93	1	620	32	8	29	29	1.87
78908918--78908996	37	2.1	37	86	4	106	26	17	29	26	1.98
78911897--78911939	21	2.0	21	90	0	68	37	30	16	16	1.91
78913718--78913748	16	1.9	16	93	0	53	12	9	6	70	1.31
78915324--78915399	19	4.2	18	75	16	68	40	1	3	53	1.27
78915324--78915399	37	2.1	36	83	11	93	40	1	3	53	1.27
78917492--78917559	16	4.2	16	92	0	118	26	1	33	38	1.66
78917795--78917829	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
78917682--78917998	157	2.0	157	94	0	553	44	2	4	47	1.38
78917932--78917973	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
78917941--78917982	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
78922887--78922918	9	3.6	9	100	0	64	56	0	0	43	0.99
78923514--78923583	16	4.4	16	90	0	86	32	0	32	34	1.58
78923562--78923652	45	2.0	44	85	2	119	31	5	27	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78923817--78923851	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
78923832--78924019	61	3.1	61	70	14	199	48	6	1	42	1.39
78923916--78923967	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
78923800--78924092	120	2.4	121	94	1	518	49	5	2	42	1.37
78924033--78924315	91	3.0	93	84	7	317	48	3	3	44	1.35
78924133--78924193	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
78924140--78924283	47	3.1	46	65	23	113	49	4	2	44	1.33
78924108--78924315	91	2.3	90	90	4	326	46	4	3	45	1.39
78924133--78924275	44	3.2	43	68	16	119	48	3	2	46	1.31
78924158--78924296	47	3.0	47	68	17	137	49	4	2	43	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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