genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83078666--83078705	19	2.1	19	85	0	53	22	2	2	72	1.09
83086672--83086711	21	2.0	20	90	5	62	45	17	0	37	1.49
83093511--83093591	42	1.9	42	87	0	117	34	23	13	28	1.93
83094076--83094114	21	1.9	20	89	5	60	46	20	0	33	1.51
83105361--83105398	18	2.1	18	85	9	51	2	52	0	44	1.14
83111083--83111131	24	2.0	24	100	0	98	46	4	16	32	1.65
83111335--83111373	19	2.1	19	100	0	78	30	33	5	30	1.79
83113158--83113231	38	1.9	38	88	0	112	40	2	0	56	1.13
83118026--83118064	19	2.1	19	90	9	62	35	17	2	43	1.63
83120398--83120473	30	2.5	30	97	0	143	32	22	17	27	1.96
83122504--83122679	46	3.8	46	76	4	156	22	21	27	28	1.99
83122500--83122672	93	1.9	93	87	0	256	23	21	27	27	1.99
83131150--83131176	9	3.0	9	100	0	54	88	0	0	11	0.50
83131736--83131767	16	2.0	16	100	0	64	43	18	18	18	1.88
83137733--83137776	6	7.7	6	92	5	65	31	0	0	68	0.90
83150655--83150824	41	4.2	40	73	18	152	22	21	27	27	1.99
83154616--83155184	284	2.0	284	94	0	1005	32	21	14	31	1.93
83158325--83158412	18	4.9	18	72	10	65	61	2	0	36	1.09
83158863--83158903	22	1.9	21	90	5	64	26	2	7	63	1.33
83159025--83159102	9	8.1	9	75	10	66	34	2	3	58	1.30
83159026--83159102	10	7.9	10	73	9	61	33	2	3	59	1.29
83159026--83159106	30	2.8	29	87	12	105	32	2	4	60	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83180709--83180747	6	6.5	6	90	0	60	20	0	61	17	1.34
83181686--83181782	47	2.0	48	98	2	187	42	12	8	37	1.73
83188753--83188809	24	2.4	24	81	0	69	14	7	36	42	1.72
83197158--83197194	19	1.9	19	89	10	58	48	13	5	32	1.65
83203964--83204001	20	1.9	20	88	0	58	26	13	31	28	1.93
83217553--83217587	14	2.3	15	85	14	54	0	22	0	77	0.78
83217703--83217741	2	19.5	2	100	0	78	0	51	0	48	1.00
83227034--83227206	46	3.7	46	77	13	183	20	19	30	29	1.97
83227028--83227198	93	1.8	93	89	0	270	19	20	30	29	1.97
83229597--83229622	13	2.0	13	100	0	52	69	0	15	15	1.20
83231149--83231176	13	2.2	13	100	0	56	21	14	25	39	1.91
83234243--83234815	48	12.0	48	80	2	542	26	18	29	25	1.98
83239682--83239747	29	2.3	30	76	12	75	68	7	10	13	1.39
83240999--83241060	19	3.2	19	84	6	72	51	6	0	41	1.27
83241014--83241066	19	2.9	18	83	10	63	49	5	0	45	1.26
83241026--83241093	34	2.0	34	82	5	84	47	4	0	48	1.22
83245129--83245779	131	5.0	131	84	2	650	27	19	17	35	1.94
83245141--83245779	261	2.4	261	79	4	698	27	19	17	35	1.95
83254430--83254684	128	2.0	130	86	4	365	34	14	19	30	1.92
83258082--83258466	132	2.9	132	87	2	524	27	24	19	28	1.98
83270144--83270414	128	2.1	129	88	5	395	34	16	18	30	1.93
83273345--83273411	26	2.6	26	97	0	125	10	5	35	47	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83282325--83282380	28	2.0	28	82	0	67	32	8	0	58	1.29
83282432--83282496	14	4.6	14	74	11	53	33	3	0	63	1.10
83282811--83282863	15	3.4	15	77	15	54	28	3	0	67	1.07
83282814--83282863	13	3.8	13	77	17	50	28	4	0	68	1.08
83284197--83284229	14	2.4	14	90	10	50	45	36	3	15	1.61
83284200--83284252	23	2.3	23	80	6	63	47	33	5	13	1.66
83289982--83290014	15	2.1	16	88	5	50	42	3	0	54	1.15
83292163--83292412	106	2.4	106	86	1	358	38	27	11	22	1.88
83294440--83294524	27	3.2	26	76	6	91	57	1	8	32	1.36
83309039--83309150	58	1.9	58	90	3	181	26	19	12	41	1.87
83309130--83309171	21	2.0	21	100	0	84	28	23	19	28	1.98
83309072--83309229	79	2.0	79	93	2	273	26	20	15	37	1.93
83322548--83322588	22	1.9	22	85	5	57	19	4	4	70	1.24
83325293--83325344	21	2.5	21	77	0	59	40	26	17	15	1.89
83325797--83325830	11	3.0	11	91	4	50	32	11	0	55	1.36
83326260--83326314	27	2.0	27	82	0	65	5	12	12	69	1.35
83326273--83326307	16	2.2	16	90	10	54	2	8	11	77	1.10
83326358--83326396	15	2.6	15	100	0	78	48	5	0	46	1.24
83327861--83327923	25	2.5	25	75	10	65	31	22	20	25	1.98
83329368--83329402	18	1.9	18	88	11	54	40	2	0	57	1.14
83333469--83333497	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
83334618--83334750	45	3.0	44	76	9	112	24	17	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83337669--83337733	32	2.0	32	96	0	121	46	21	4	27	1.71
83348011--83348055	13	3.5	13	75	6	56	44	24	0	31	1.54
83350489--83350559	30	2.4	31	82	15	80	39	4	4	52	1.41
83355208--83355242	17	2.1	17	94	0	61	31	14	5	48	1.67
83363166--83363211	23	2.0	23	82	0	56	32	23	28	15	1.95
83363896--83363964	38	1.9	37	85	11	99	39	4	0	56	1.19
83364965--83365016	16	3.2	17	81	8	63	67	0	15	17	1.24
83377461--83377558	48	2.0	48	96	0	178	40	15	9	34	1.79
83381231--83381265	18	1.9	18	88	11	54	37	2	17	42	1.64
83381556--83381729	43	4.1	42	74	8	156	29	13	24	32	1.93
83388528--83388637	41	2.8	39	80	8	134	25	19	21	33	1.97
83388531--83388667	37	3.5	38	80	7	141	27	18	22	31	1.97
83394846--83394963	57	2.1	57	84	7	150	48	4	18	28	1.67
83397357--83397387	5	6.2	5	92	0	53	41	19	16	22	1.89
83399661--83399695	18	1.9	18	100	0	70	48	11	5	34	1.63
83401880--83401904	13	1.9	13	100	0	50	76	0	8	16	1.02
83402508--83402541	14	2.4	14	90	0	50	64	5	5	23	1.38
83402512--83402571	29	2.0	28	84	12	75	63	11	5	20	1.46
83403499--83403629	33	4.0	33	89	0	190	19	23	16	41	1.90
83408752--83408812	30	2.1	29	93	3	104	24	14	22	37	1.92
83412617--83412668	14	3.7	14	82	5	52	40	3	15	40	1.65
83419622--83419674	25	2.2	24	86	3	70	18	16	22	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83421404--83421441	19	2.0	20	84	5	51	36	21	5	36	1.76
83424834--83424902	16	4.2	16	92	3	120	24	1	37	36	1.65
83424834--83424902	33	2.1	32	94	2	120	24	1	37	36	1.65
83424883--83424973	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
83425121--83425731	120	5.1	120	98	0	1165	47	6	1	44	1.39
83425121--83425954	239	3.6	239	88	8	1168	48	5	1	44	1.37
83425825--83425858	17	2.0	17	88	11	52	52	0	2	44	1.16
83440330--83440364	17	2.1	17	89	5	54	28	0	0	71	0.86
83440988--83441057	33	2.2	32	82	7	79	47	4	7	41	1.50
83448517--83448561	14	3.2	14	87	6	56	13	4	2	80	0.97
83449235--83449341	15	7.4	15	65	24	52	29	4	6	58	1.43
83449301--83449341	16	2.7	14	82	17	55	29	4	9	56	1.53
83449223--83449325	3	33.7	3	70	11	57	32	4	4	58	1.40
83449341--83449390	18	2.6	19	73	20	50	36	0	10	54	1.34
83449559--83449623	22	3.0	21	76	17	69	33	3	6	56	1.39
83449742--83449799	22	2.7	21	82	15	57	34	1	5	58	1.30
83449781--83449820	15	2.5	15	88	12	53	35	2	2	60	1.24
83449805--83449850	18	2.5	18	80	16	58	28	10	0	60	1.30
83453773--83453823	22	2.5	19	77	17	57	66	1	9	21	1.31
83453787--83453829	22	2.0	22	95	0	77	72	2	6	18	1.19
83458718--83458864	73	2.0	73	90	0	231	38	12	12	36	1.81
83462183--83462299	27	4.3	27	78	7	112	32	7	3	56	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83464527--83464573	19	2.5	19	86	6	60	23	21	12	42	1.87
83467273--83467325	17	3.3	15	77	12	52	83	7	5	3	0.92
83469070--83469653	177	3.3	176	86	2	832	31	20	22	25	1.98
83469701--83469843	44	3.2	44	65	16	107	33	18	22	25	1.97
83469604--83470013	88	4.7	88	85	3	481	33	20	22	22	1.97
83471578--83471694	27	4.3	27	78	7	112	32	7	3	56	1.44
83473730--83473781	20	2.7	18	78	21	52	71	3	3	21	1.18
83482992--83483025	17	2.0	17	88	0	50	58	0	0	41	0.98
83485246--83485293	19	2.5	19	100	0	96	64	10	0	25	1.25
83485246--83485319	19	3.9	19	89	5	64	59	9	0	31	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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