Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   

This is table  235  of  320  ( 38372 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
77735330--77735358
12
2.4
12
100
0
58
62
0
0
37
0.96
77737211--77737235
11
2.3
11
100
0
50
48
0
0
52
1.00
77742024--77742068
22
2.1
21
83
4
54
15
17
24
42
1.88
77742168--77742321
83
1.8
83
88
4
238
29
32
18
19
1.96
77742160--77742425
43
6.3
42
82
6
267
29
31
18
21
1.97
77742700--77742790
43
2.1
43
87
2
130
43
9
10
35
1.73
77747188--77747253
7
9.4
7
84
0
69
33
43
0
22
1.54
77747178--77747253
21
3.6
21
81
0
71
32
43
0
23
1.54
77747478--77747510
14
2.3
15
94
5
59
36
33
0
30
1.58
77747559--77747595
14
2.6
14
86
0
56
43
29
2
24
1.68
77747958--77748160
41
5.0
41
90
2
300
28
29
23
19
1.98
77748215--77748332
40
3.0
40
73
7
116
22
17
21
38
1.93
77748704--77748755
21
2.5
21
93
0
86
55
9
23
11
1.64
77752091--77752146
28
2.0
28
92
0
94
33
19
19
26
1.96
77752928--77752975
23
2.0
24
88
8
71
64
0
6
29
1.18
77752902--77752980
20
3.5
22
72
14
63
63
1
5
30
1.24
77753009--77753294
3
92.3
3
66
18
88
58
3
9
28
1.45
77753099--77753284
98
1.9
99
89
7
290
58
2
11
27
1.46
77754651--77754691
16
2.5
17
80
11
59
31
0
0
68
0.90
77754675--77754745
30
2.3
30
76
11
72
43
4
7
45
1.50
77755934--77755967
16
2.1
16
88
0
50
50
14
17
17
1.79
77760715--77760748
16
2.1
16
88
0
50
50
14
17
17
1.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
77763471--77763532
21
2.9
21
79
15
65
50
0
1
48
1.10
77764993--77765038
21
2.2
20
84
7
56
23
2
8
65
1.32
77765208--77765273
28
2.4
26
76
14
62
25
1
10
62
1.37
77774449--77774508
29
2.1
29
90
0
93
41
1
6
50
1.39
77779485--77779529
19
2.5
18
83
16
58
11
13
2
73
1.19
77784723--77784766
15
3.3
13
82
14
54
54
2
6
36
1.40
77784763--77784799
15
2.4
16
82
13
51
62
0
8
29
1.24
77787963--77788021
31
1.9
31
85
0
82
47
10
6
35
1.64
77788857--77788896
21
1.9
21
84
0
53
40
35
7
17
1.78
77789583--77789620
19
2.0
20
89
5
60
78
5
0
15
0.91
77798182--77798534
17
19.9
17
69
14
171
44
9
14
30
1.78
77798356--77798485
37
3.6
36
80
6
115
48
6
13
30
1.69
77798466--77798534
35
1.9
35
88
2
102
44
11
14
28
1.80
77798638--77798680
20
2.0
21
82
8
52
44
9
11
34
1.73
77798849--77798895
17
2.6
18
80
10
60
72
0
0
27
0.85
77799029--77799079
7
7.4
7
78
8
52
0
19
0
80
0.71
77799363--77799408
3
15.0
3
82
13
58
0
36
0
63
0.95
77799363--77799408
24
2.0
24
91
4
76
0
36
0
63
0.95
77799377--77799405
10
2.9
10
100
0
58
0
37
0
62
0.96
77799363--77799408
13
3.7
13
81
18
62
0
36
0
63
0.95
77799792--77799887
30
3.2
30
86
2
122
42
4
22
30
1.72
77799883--77799915
13
2.4
14
90
5
50
27
0
3
69
1.03
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
77801017--77801077
19
3.0
20
79
13
63
34
3
1
60
1.23
77801066--77801090
9
2.8
9
100
0
50
44
0
0
56
0.99
77801321--77801385
29
2.2
31
86
5
89
33
4
4
56
1.40
77801604--77801644
2
20.5
2
100
0
82
0
51
0
48
1.00
77801644--77801693
2
25.0
2
100
0
100
50
50
0
0
1.00
77822330--77822427
39
2.6
35
79
9
88
62
1
0
36
1.02
77827676--77827723
25
2.0
24
84
12
62
52
2
0
45
1.12
77832590--77832636
20
2.3
21
82
10
53
8
51
2
38
1.45
77835686--77835862
48
3.6
48
87
6
255
47
17
12
22
1.81
77835914--77835992
6
13.2
6
87
0
59
55
15
6
22
1.62
77835914--77835990
18
4.3
18
78
5
75
54
15
6
23
1.64
77836001--77836073
18
4.1
18
80
7
85
56
10
10
21
1.65
77835914--77836073
12
13.3
12
75
10
76
53
12
10
23
1.68
77836004--77836073
6
11.7
6
77
6
61
57
10
11
21
1.63
77839019--77839043
13
1.9
13
100
0
50
32
0
0
68
0.90
77839130--77839304
30
5.8
30
86
2
233
24
46
4
25
1.70
77839130--77839288
61
2.6
61
91
0
264
24
45
4
25
1.72
77839865--77839935
25
2.8
25
80
0
88
33
4
1
60
1.25
77839952--77840037
25
3.6
25
80
7
83
31
6
5
55
1.50
77839954--77840044
23
3.9
24
75
11
73
32
6
5
54
1.49
77840162--77840209
16
3.1
15
90
6
69
31
2
2
64
1.16
77840162--77840213
8
6.5
8
82
8
61
30
1
1
65
1.14
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
77848526--77848701
71
2.5
69
85
3
210
28
14
23
32
1.95
77848705--77848895
72
2.6
73
84
4
235
25
15
25
34
1.95
77848526--77849053
199
2.7
194
86
3
702
25
15
23
34
1.95
77848994--77849198
88
2.3
89
85
5
265
26
17
20
34
1.95
77849274--77849307
13
2.5
13
90
4
50
20
11
8
58
1.59
77849079--77849441
140
2.5
142
89
5
525
25
16
20
37
1.93
77849414--77849711
80
3.8
78
86
7
385
33
14
18
33
1.91
77849447--77849674
72
3.1
72
84
9
287
32
14
18
34
1.92
77849386--77849736
80
4.5
80
82
9
375
31
14
19
33
1.93
77850002--77850319
77
4.3
74
82
8
360
29
16
20
33
1.94
77849942--77850697
417
1.8
417
83
7
1005
29
16
19
35
1.93
77850435--77850572
71
1.9
71
94
0
240
34
16
18
31
1.93
77850577--77850775
71
2.7
75
87
6
273
29
15
20
35
1.93
77850577--77850818
78
3.2
75
85
6
307
26
16
19
37
1.93
77850795--77850836
14
2.9
15
85
7
59
14
14
7
64
1.48
77850798--77850847
14
3.6
14
81
7
57
20
12
4
64
1.43
77850828--77851197
73
4.8
73
71
16
278
28
15
20
34
1.94
77850644--77851123
177
2.7
181
84
7
604
27
16
19
36
1.93
77850977--77851004
14
2.0
14
100
0
56
14
21
7
57
1.61
77851009--77851234
75
3.0
73
82
5
276
28
15
21
34
1.94
77850846--77851150
164
1.9
163
86
2
441
29
17
21
32
1.96
77851214--77851264
14
3.6
14
77
12
50
19
11
3
64
1.41
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
77851228--77851261
16
2.1
16
88
0
50
17
8
2
70
1.25
77851336--77851512
77
2.3
75
86
5
241
24
18
23
33
1.97
77852078--77852282
30
6.8
30
87
2
302
24
47
4
22
1.69
77852078--77852282
61
3.4
61
97
0
376
24
47
4
22
1.69
77852088--77852266
91
2.0
92
90
1
288
24
46
4
24
1.70
77852864--77853019
25
6.1
25
71
11
84
31
7
3
57
1.43
77852940--77853030
23
3.9
24
75
11
73
32
6
5
54
1.49
77853153--77853200
16
3.1
15
90
6
69
31
2
2
64
1.16
77853153--77853204
8
6.5
8
82
8
61
30
1
1
65
1.14
77856958--77856999
21
2.0
22
90
4
68
61
0
4
33
1.17
77862215--77862312
31
3.3
30
66
18
80
39
18
19
22
1.92
77862216--77862357
57
2.4
58
86
8
180
43
17
17
21
1.88
77863575--77863627
27
2.0
27
100
0
106
43
7
7
41
1.61
77880839--77880870
16
2.0
16
93
0
55
34
12
3
50
1.56
77884580--77884663
23
3.7
23
91
0
114
50
38
2
9
1.48
77885653--77885685
16
2.1
16
94
0
57
3
15
6
75
1.11
77890930--77891016
6
14.5
6
90
0
120
18
25
34
21
1.96
77890930--77891025
12
8.1
12
90
1
140
17
25
34
22
1.96
77893984--77894094
37
3.0
37
97
0
204
28
13
11
45
1.79
77895533--77895600
23
2.8
24
75
20
70
39
1
2
55
1.24
77901202--77901275
33
2.2
34
74
18
82
43
4
0
52
1.20
77901208--77901315
31
3.4
33
81
8
118
50
4
0
45
1.22
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
77901269--77901394
15
8.5
14
73
17
78
61
3
1
32
1.23
77901306--77901333
11
2.5
11
100
0
56
64
7
0
28
1.20
77901274--77901358
43
2.1
39
80
12
91
61
5
1
31
1.28
77901276--77901416
66
2.2
64
76
16
132
62
3
2
31
1.27
77901296--77901381
28
3.1
28
84
12
108
62
4
1
31
1.23
77901279--77901396
7
16.0
7
69
20
55
61
4
1
32
1.25
77901368--77901477
20
5.4
20
71
18
68
60
0
5
33
1.26
77901308--77901414
15
7.6
14
75
19
75
63
2
3
29
1.26
77901444--77901484
14
2.9
14
88
3
64
58
0
0
41
0.98
77909204--77909382
39
4.5
39
94
2
288
17
23
29
29
1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320