genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.165.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54439904--54439932	12	2.4	12	100	0	58	13	17	51	17	1.76
54442891--54443113	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
54442966--54443148	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
54450771--54450993	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
54450846--54451028	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
54453390--54453528	48	2.9	48	83	1	181	30	17	22	30	1.96
54453492--54453568	38	2.0	38	94	0	136	28	15	27	28	1.96
54468069--54468277	49	4.4	48	93	3	350	33	7	29	29	1.85
54468069--54468277	96	2.2	96	97	0	391	33	7	29	29	1.85
54468253--54468300	23	2.1	23	100	0	96	35	0	29	35	1.58
54468204--54468349	72	2.0	72	100	0	292	33	5	28	32	1.80
54468276--54468406	47	2.8	49	82	9	173	33	7	30	28	1.85
54478045--54478281	39	6.1	39	94	2	413	20	25	29	23	1.99
54495814--54495894	37	2.2	37	93	0	135	37	17	8	37	1.80
54505500--54505581	43	1.9	42	82	7	103	35	24	14	25	1.94
54512516--54512670	43	3.6	42	72	16	129	25	18	25	30	1.98
54515573--54515608	19	1.9	19	88	5	56	44	0	11	44	1.39
54515942--54516195	68	3.9	64	75	9	217	30	17	27	24	1.97
54517194--54517225	17	1.9	17	93	6	57	50	0	12	37	1.41
54519184--54519361	97	1.8	97	95	0	320	42	17	8	31	1.80
54526738--54527376	94	6.8	94	86	3	781	23	28	19	29	1.98
54527646--54527703	30	1.9	30	89	0	89	29	22	12	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54532358--54532535	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
54532358--54532535	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
54562106--54562283	27	6.6	27	82	6	198	26	15	28	30	1.96
54562103--54562283	82	2.2	81	82	4	222	26	15	27	30	1.96
54572884--54572924	17	2.4	18	80	8	50	14	24	4	56	1.58
54575159--54575196	13	2.9	13	100	0	76	15	7	0	76	1.01
54575164--54575206	11	3.7	11	87	6	50	11	4	2	81	0.93
54575159--54575220	25	2.4	27	82	12	78	12	6	1	79	1.00
54575162--54575220	13	4.6	13	81	10	68	10	5	1	83	0.88
54580334--54580386	26	2.0	26	100	0	106	28	11	0	60	1.31
54584353--54584539	49	3.8	49	84	1	257	27	25	18	27	1.98
54584358--54584544	99	1.9	99	94	0	329	27	25	19	26	1.99
54587036--54587064	15	1.9	15	100	0	58	62	13	13	10	1.55
54590071--54590211	51	2.8	49	81	4	174	29	26	19	25	1.98
54590860--54590916	30	1.9	30	85	7	80	28	24	5	42	1.76
54597245--54597325	24	3.4	24	78	13	78	34	14	19	30	1.92
54597316--54597376	23	2.7	22	70	12	52	34	19	18	27	1.95
54600827--54601078	39	6.5	39	92	0	389	30	29	21	18	1.97
54601162--54601232	28	2.5	28	83	0	88	29	26	11	32	1.91
54607568--54607615	24	2.0	24	95	0	87	45	6	20	27	1.75
54615710--54615802	35	2.7	35	86	3	116	29	17	16	37	1.91
54621148--54621230	30	2.8	30	88	3	123	43	31	10	14	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54622905--54623136	48	4.8	48	76	4	209	28	19	29	21	1.98
54622905--54623136	96	2.4	96	86	2	315	28	19	29	21	1.98
54622805--54623136	144	2.3	143	80	2	353	28	19	29	23	1.98
54625841--54625990	55	2.8	54	78	3	167	22	26	16	35	1.95
54628416--54628559	24	6.0	23	87	4	162	28	20	20	29	1.98
54628436--54628559	24	5.2	24	93	0	203	29	20	20	30	1.97
54628609--54628675	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
54628609--54628664	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
54632868--54632905	13	2.9	13	77	14	51	34	0	0	65	0.93
54636556--54636644	17	4.7	17	67	22	61	32	1	14	51	1.50
54636552--54636673	60	2.0	60	100	0	244	36	1	13	48	1.52
54638624--54638655	16	2.0	16	100	0	64	43	12	25	18	1.85
54661045--54661069	8	3.1	8	100	0	50	24	24	12	40	1.88
54675277--54675328	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
54676687--54676901	46	4.6	46	76	11	154	22	29	19	28	1.98
54683538--54683588	15	3.4	15	70	20	52	31	41	21	5	1.77
54683529--54683597	30	2.3	30	94	0	120	23	36	24	15	1.94
54684295--54684524	46	5.0	47	77	12	210	22	29	20	28	1.98
54691527--54691579	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
54699737--54699776	20	2.0	21	90	5	64	30	7	5	57	1.48
54736227--54736277	24	2.1	24	100	0	102	39	3	15	41	1.66
54745135--54745163	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54745729--54745778	25	2.0	25	100	0	100	28	12	40	20	1.87
54746933--54746970	16	2.4	16	86	0	58	55	15	21	7	1.66
54747583--54747628	20	2.3	21	75	14	53	26	19	28	26	1.99
54747619--54747759	60	2.3	60	83	8	162	28	19	25	26	1.98
54748666--54748873	55	3.9	54	82	8	226	36	17	23	22	1.95
54748976--54749009	16	2.1	16	88	5	50	41	2	20	35	1.68
54755703--54756017	48	6.6	48	74	8	232	29	26	17	26	1.98
54766370--54766728	48	7.6	48	76	9	297	29	24	18	27	1.98
54769757--54769891	55	2.4	56	92	2	236	31	24	16	27	1.96
54770505--54770535	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
54771051--54771079	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
54772964--54772997	16	2.1	16	88	0	50	35	14	0	50	1.44
54777278--54777340	31	2.0	31	84	6	83	44	7	11	36	1.69
54779350--54779404	27	2.0	27	96	0	101	52	9	23	14	1.70
54779786--54779833	20	2.4	20	82	0	60	14	22	25	37	1.92
54783927--54784097	47	3.7	44	77	14	159	26	19	30	23	1.98
54786137--54786308	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
54786130--54786305	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
54787953--54787992	21	2.0	21	90	5	64	10	32	30	27	1.89
54789806--54789852	20	2.3	20	92	0	85	36	19	21	23	1.95
54792786--54792963	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
54792787--54792942	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54792783--54792963	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
54800684--54800861	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
54800685--54800840	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
54800681--54800861	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
54806036--54806082	20	2.3	21	85	3	60	36	19	25	19	1.95
54807626--54807668	21	2.1	20	83	12	52	27	4	13	53	1.60
54809289--54809314	3	8.7	3	100	0	52	0	34	65	0	0.93
54815990--54816042	12	4.5	13	73	20	53	62	5	0	32	1.19
54816111--54816181	12	5.8	12	76	14	65	63	1	4	30	1.22
54816111--54816190	24	3.3	24	72	20	67	66	1	3	28	1.17
54816688--54816773	30	2.9	30	94	0	154	24	6	51	17	1.70
54816722--54816772	18	3.2	18	64	30	51	23	7	52	15	1.68
54817301--54818009	86	8.3	86	83	6	730	19	22	21	35	1.96
54817372--54817519	79	1.9	79	84	1	199	18	23	18	38	1.93
54817301--54817662	87	4.3	81	78	10	259	19	22	21	36	1.95
54817549--54818009	44	10.7	43	69	14	270	19	23	22	34	1.96
54817461--54818009	259	2.1	261	87	3	804	19	23	21	35	1.96
54818128--54818251	64	1.9	64	88	0	185	37	13	16	32	1.87
54818916--54819029	52	2.2	53	88	1	167	54	9	13	22	1.67
54819151--54819535	197	2.0	197	95	0	689	17	25	16	39	1.91
54822705--54822750	9	4.8	10	77	17	53	50	10	17	21	1.77
54822705--54822750	19	2.4	19	85	7	58	50	10	17	21	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54824843--54824883	18	2.2	19	83	12	50	58	0	9	31	1.31
54824912--54824975	3	21.0	3	83	15	78	64	4	0	31	1.14
54825050--54825093	12	3.8	12	81	3	54	68	0	2	29	1.02
54825465--54825550	30	2.9	30	96	0	154	25	6	51	16	1.69
54825497--54825549	18	3.3	18	65	29	55	24	7	52	15	1.68
54826518--54826556	15	2.6	16	84	8	55	46	0	12	41	1.42
54832915--54833073	43	3.7	43	78	7	153	25	18	25	30	1.98
54832912--54833073	86	1.9	85	81	8	195	24	18	24	32	1.97
54840518--54840676	43	3.7	43	79	5	162	24	16	26	32	1.96
54841688--54841813	67	1.9	67	83	6	168	18	25	27	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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