genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.266.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86277533--86277708	93	1.9	95	89	4	275	29	30	20	19	1.97
86277526--86277705	46	3.8	46	73	15	161	30	30	20	19	1.97
86277581--86277724	46	3.1	44	73	15	123	30	28	18	22	1.97
86289361--86289532	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
86289354--86289529	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
86317892--86317924	10	3.3	10	87	12	50	57	0	0	42	0.98
86318050--86318106	25	2.2	27	84	12	75	33	1	3	61	1.23
86325418--86325511	40	2.3	41	83	7	113	27	17	28	26	1.97
86338351--86338382	5	6.2	5	96	3	55	78	0	0	21	0.76
86339835--86339873	13	2.9	13	92	3	60	79	0	5	15	0.90
86339835--86339873	7	6.0	6	91	8	51	79	0	5	15	0.90
86340871--86340896	3	8.7	3	100	0	52	0	0	34	65	0.93
86343851--86343876	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
86345237--86345277	20	2.1	19	86	4	55	39	0	2	58	1.11
86348816--86348889	31	2.4	30	88	4	103	45	13	14	25	1.82
86350489--86350686	41	4.8	40	84	9	215	26	25	20	27	1.99
86350489--86350686	82	2.4	80	85	6	238	26	25	20	27	1.99
86358080--86358277	41	4.8	40	84	9	215	26	25	20	27	1.99
86358080--86358277	82	2.4	80	85	6	238	26	25	20	27	1.99
86362269--86362447	97	1.8	98	82	5	229	33	14	14	37	1.87
86362269--86362468	97	2.0	97	80	6	224	35	13	14	37	1.85
86369737--86369764	11	2.5	11	100	0	56	28	10	39	21	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86370949--86371048	6	16.3	6	84	8	85	73	9	4	14	1.23
86370954--86371050	12	7.9	12	87	2	95	74	7	4	14	1.19
86370966--86371054	18	4.9	18	83	6	99	76	5	3	14	1.10
86370966--86371018	13	4.2	13	92	2	72	79	0	5	15	0.91
86376648--86376696	26	2.0	25	84	8	64	63	6	0	30	1.19
86376931--86376990	32	1.9	30	83	6	75	66	28	3	1	1.17
86376929--86376993	11	6.2	11	80	8	64	66	29	3	1	1.16
86382527--86382589	31	2.1	30	85	8	83	76	7	3	12	1.13
86382698--86382769	25	2.7	27	77	16	87	73	1	1	23	0.99
86382722--86382777	11	5.4	11	78	20	57	76	1	0	21	0.87
86382722--86382775	20	2.6	21	85	2	74	77	1	0	20	0.86
86382698--86382777	24	3.2	24	79	16	83	73	1	1	23	0.97
86389073--86389200	65	2.0	64	92	1	211	42	13	17	26	1.86
86392314--86392349	18	2.0	18	88	0	54	38	0	2	58	1.13
86395697--86395732	14	2.6	15	83	16	51	50	5	0	44	1.25
86396385--86396421	19	1.9	18	89	10	56	70	2	2	24	1.14
86400666--86400722	28	2.0	28	89	0	87	31	26	7	35	1.83
86404821--86404856	15	2.4	15	100	0	72	55	0	22	22	1.44
86406019--86406081	28	2.2	28	91	0	99	31	30	6	31	1.83
86406551--86406605	21	2.6	21	82	0	74	27	7	34	30	1.84
86407181--86407374	95	2.0	95	98	2	372	39	26	16	18	1.91
86407425--86407781	178	2.0	179	97	0	680	42	7	11	38	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86409405--86409475	30	2.4	28	78	19	72	53	4	0	42	1.20
86435300--86435366	33	2.0	33	94	0	116	17	16	5	59	1.56
86443615--86443643	15	1.9	15	100	0	58	51	0	6	41	1.28
86443667--86443714	20	2.5	20	86	10	64	25	6	2	66	1.26
86447368--86447415	15	3.4	14	77	11	53	20	2	2	75	1.02
86450612--86450669	30	1.9	30	89	0	89	29	24	6	39	1.81
86452512--86452573	27	2.3	26	78	8	70	37	0	11	51	1.38
86452569--86452600	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
86453822--86453938	42	2.7	42	79	8	112	19	19	29	31	1.97
86456852--86456966	27	4.3	26	83	5	131	37	22	23	16	1.94
86456852--86456966	54	2.1	54	83	3	151	37	22	23	16	1.94
86458559--86458666	26	4.2	26	90	4	173	36	23	7	33	1.83
86460221--86460259	17	2.5	15	88	12	60	20	33	0	46	1.51
86462736--86462786	6	8.5	6	86	0	75	17	19	15	47	1.83
86462734--86462786	18	2.9	18	97	0	97	16	20	16	45	1.86
86462946--86463011	18	3.7	18	79	0	78	40	9	13	36	1.76
86464853--86464936	31	2.7	31	94	1	143	27	26	17	28	1.98
86465157--86465226	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
86466033--86466097	27	2.4	27	79	5	69	23	24	16	35	1.95
86466151--86466236	27	3.1	27	80	14	95	37	9	13	39	1.78
86466148--86466317	54	3.1	54	79	5	157	34	10	15	39	1.81
86466214--86466406	54	3.6	53	77	7	158	30	10	19	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86466239--86466397	81	2.0	81	80	7	180	31	10	18	38	1.85
86466239--86466364	27	4.7	27	81	2	155	31	7	19	40	1.81
86466400--86466534	27	5.0	27	84	3	164	39	5	24	30	1.79
86466396--86466534	54	2.6	54	90	0	224	39	6	23	30	1.80
86468619--86468678	21	2.9	21	94	0	102	46	16	23	13	1.82
86479127--86479256	45	2.9	45	74	3	118	41	14	21	22	1.89
86479380--86479437	27	2.1	27	87	6	82	31	13	29	25	1.94
86480319--86480348	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
86481140--86481233	21	4.5	21	82	0	98	31	27	21	19	1.97
86481667--86481691	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
86481702--86481737	18	2.1	18	89	5	56	33	25	0	41	1.55
86482376--86482437	28	2.1	28	91	5	97	50	6	1	41	1.38
86482923--86482962	20	2.0	20	90	0	62	42	12	0	45	1.42
86486394--86486426	6	5.7	6	92	7	59	15	0	0	84	0.61
86486584--86486610	7	3.9	7	100	0	54	11	0	0	88	0.50
86493516--86493597	41	2.0	41	97	0	155	26	12	13	47	1.78
86495958--86496013	29	1.9	29	85	7	78	35	16	8	39	1.80
86501648--86501708	25	2.4	25	81	10	63	63	4	0	31	1.15
86507279--86507312	17	2.0	17	88	0	50	20	11	14	52	1.73
86507511--86507544	15	2.3	15	89	0	50	14	0	2	82	0.79
86507541--86507572	7	4.6	7	100	0	64	25	12	0	62	1.30
86508217--86508253	6	6.2	6	93	0	65	48	0	51	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86508450--86508488	20	1.9	21	94	5	71	25	5	2	66	1.25
86508451--86508495	21	2.2	20	88	4	63	26	4	2	66	1.22
86509130--86509172	8	5.4	8	77	0	50	9	0	46	44	1.35
86509250--86509505	41	6.3	41	90	2	392	19	24	21	34	1.96
86509250--86509505	122	2.1	122	90	2	408	19	24	21	34	1.96
86509231--86509505	81	3.4	81	89	2	410	18	23	21	35	1.96
86509534--86509559	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
86531306--86531368	3	20.7	3	73	20	51	31	1	0	66	1.01
86531306--86531476	20	8.3	19	68	20	71	31	3	2	61	1.27
86531313--86531363	15	3.5	16	87	12	67	35	0	0	64	0.94
86531744--86531781	19	2.0	20	84	5	51	31	5	0	63	1.17
86531740--86531805	28	2.4	27	73	12	62	31	6	0	62	1.20
86536626--86536705	38	2.1	38	88	0	115	20	21	28	30	1.98
86536677--86536852	43	4.1	43	93	1	284	12	23	33	30	1.92
86538371--86538430	30	2.0	30	90	0	93	26	1	13	58	1.45
86538911--86538967	24	2.4	23	78	16	62	38	3	3	54	1.35
86542728--86542753	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
86544348--86544405	13	4.1	15	73	15	52	37	1	3	56	1.26
86545746--86545859	45	2.5	45	90	4	176	42	12	21	23	1.87
86545748--86545873	45	2.8	45	87	2	137	39	13	22	24	1.90
86545946--86546058	27	4.2	27	78	4	111	35	15	26	22	1.94
86545943--86546059	54	2.2	54	84	3	155	35	15	26	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86546015--86546075	27	2.3	27	85	5	79	42	19	19	18	1.89
86556671--86556720	26	1.9	26	84	8	66	52	4	6	38	1.45
86558778--86558826	19	2.5	19	80	3	53	24	10	0	65	1.23
86567184--86567412	43	5.3	43	83	1	271	25	31	20	22	1.98
86567182--86567417	128	1.8	129	87	0	357	25	30	20	22	1.98
86567677--86567723	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
86571815--86571911	49	2.0	46	88	5	140	40	26	4	28	1.74
86571882--86571926	14	3.2	14	80	0	54	48	24	0	26	1.51
86572084--86572168	41	2.1	41	95	0	152	20	24	22	32	1.97
86573765--86573818	3	18.3	3	80	3	65	62	3	3	29	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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