genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
990204--990630	21	23.1	17	65	25	74	58	1	2	37	1.21
990190--990469	91	3.1	91	92	4	487	58	1	1	38	1.19
990190--990469	87	3.1	87	93	4	452	58	1	1	38	1.19
990257--990551	21	13.6	21	69	22	130	58	1	2	37	1.19
990334--990619	70	4.1	68	75	21	238	58	1	2	37	1.18
990278--990617	152	2.3	153	83	10	422	58	1	2	37	1.20
990542--990568	14	1.9	14	100	0	54	55	0	0	44	0.99
990403--990604	80	2.5	82	86	7	263	59	1	2	36	1.22
990537--990641	19	5.4	19	70	20	83	59	0	2	37	1.19
990521--990635	59	1.9	59	91	3	187	57	0	3	38	1.22
992183--992266	29	3.0	28	79	8	98	23	15	32	28	1.95
992142--992257	28	4.0	28	76	10	108	26	13	30	29	1.94
992539--992592	27	2.1	25	86	6	72	42	24	18	14	1.88
993386--993474	27	3.1	27	72	17	81	44	5	13	35	1.67
1002085--1002124	20	2.0	20	85	0	53	42	20	7	30	1.79
1008297--1008400	26	4.0	26	91	2	165	35	23	7	33	1.83
1013630--1013685	28	2.0	28	100	0	112	28	10	17	42	1.83
1020622--1020659	18	2.1	18	90	0	58	78	10	0	10	0.95
1023053--1023077	13	1.9	13	100	0	50	8	4	8	80	1.03
1024243--1024530	47	6.1	47	96	0	504	24	29	11	34	1.91
1024203--1024530	94	3.5	94	89	3	473	24	29	11	33	1.91
1024278--1024566	94	3.1	91	87	5	303	26	26	11	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1034198--1034225	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
1037036--1037103	15	4.4	15	74	18	59	45	0	1	52	1.09
1037117--1037163	13	3.3	14	80	14	51	46	0	2	51	1.13
1037166--1037227	20	3.2	20	76	15	67	50	0	0	50	1.00
1037994--1038032	20	2.0	19	95	5	69	28	0	10	61	1.28
1050615--1050663	23	2.2	22	85	10	64	48	4	6	40	1.47
1051640--1051743	10	9.5	10	71	18	66	33	0	1	63	1.12
1051647--1051701	11	4.9	11	77	16	51	30	1	1	65	1.13
1051694--1051741	23	2.2	20	85	10	60	39	0	2	58	1.10
1057712--1057744	9	3.8	9	92	8	59	9	6	0	84	0.76
1057712--1057744	17	1.9	17	100	0	66	9	6	0	84	0.76
1057787--1057834	18	2.7	17	75	9	51	27	4	2	66	1.21
1057821--1057909	21	4.1	21	74	17	67	41	0	2	56	1.12
1057836--1057909	21	3.4	21	78	10	69	40	0	2	56	1.13
1058177--1058223	18	2.8	18	75	15	55	59	0	0	40	0.97
1058573--1058622	21	2.3	21	80	13	57	38	2	2	58	1.21
1058582--1058624	21	2.1	21	87	12	63	34	2	0	62	1.08
1058720--1058756	18	2.2	16	90	9	56	64	0	0	35	0.94
1061742--1061894	30	5.1	30	92	0	243	22	21	28	27	1.99
1064861--1064932	31	2.2	34	83	14	98	43	1	0	55	1.08
1064901--1064988	19	4.6	19	76	10	65	44	1	2	52	1.21
1064888--1065000	29	3.9	28	76	5	109	42	1	1	53	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1064902--1064990	10	9.4	9	74	13	63	43	1	2	52	1.20
1065829--1065885	18	3.1	18	82	5	69	70	1	1	26	1.07
1065837--1065954	17	6.7	16	72	18	76	72	2	6	17	1.17
1069230--1069269	20	2.1	19	85	4	53	70	20	2	7	1.24
1073498--1073553	28	2.0	28	96	0	103	41	28	16	14	1.87
1080667--1080695	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
1092860--1092884	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
1094707--1094745	4	9.8	4	88	0	60	51	23	2	23	1.61
1100739--1100794	26	2.2	26	100	0	112	42	16	7	33	1.75
1107693--1107801	26	4.2	26	92	0	182	33	8	23	34	1.85
1109005--1109145	27	5.2	26	84	6	183	17	24	23	34	1.95
1109005--1109145	54	2.6	53	91	4	228	17	24	23	34	1.95
1113723--1113748	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
1114336--1114387	26	2.0	26	100	0	104	34	11	7	46	1.69
1117195--1117236	21	2.0	21	85	4	57	28	0	0	71	0.86
1117358--1117570	118	1.8	118	91	0	354	28	30	17	23	1.97
1118330--1118422	42	2.2	42	84	5	116	19	12	35	32	1.90
1118528--1118584	16	3.6	15	81	6	60	80	0	5	14	0.87
1118536--1118574	21	2.0	21	90	10	64	79	0	5	15	0.90
1124336--1124368	16	2.1	16	100	0	66	6	36	21	36	1.78
1129959--1130032	35	2.1	35	97	0	139	41	5	10	41	1.63
1139810--1139942	43	3.1	42	84	4	171	32	31	22	13	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1157643--1157699	18	3.1	18	79	5	60	68	1	1	28	1.09
1161384--1161437	20	2.7	19	75	16	56	11	29	22	37	1.89
1163199--1163261	30	2.1	31	90	3	101	26	6	23	42	1.78
1170372--1170409	17	2.2	17	90	0	58	42	7	0	50	1.31
1173210--1173324	31	3.7	31	94	1	187	27	24	17	30	1.97
1173348--1173481	42	3.2	42	95	0	241	32	20	14	31	1.93
1173629--1173699	25	2.8	26	85	6	92	28	22	25	23	2.00
1174581--1174674	27	3.5	27	82	5	111	27	8	22	41	1.83
1174706--1174849	27	5.3	27	88	3	191	38	8	25	27	1.85
1178243--1178319	22	3.4	22	68	16	66	35	9	29	25	1.87
1178208--1178352	47	3.1	47	84	3	188	33	8	30	27	1.86
1178434--1178518	40	2.2	40	86	2	118	17	21	31	29	1.96
1181704--1181787	31	2.7	31	96	1	152	27	27	17	27	1.98
1181811--1181944	42	3.2	42	97	0	250	33	19	14	32	1.92
1182092--1182161	25	2.8	25	93	4	115	25	24	25	24	2.00
1182971--1183035	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
1183042--1183225	54	3.4	54	79	4	149	28	11	18	40	1.86
1183072--1183192	27	4.5	26	86	6	161	30	9	19	41	1.82
1183072--1183212	27	5.2	27	81	6	126	29	10	19	41	1.85
1183224--1183367	27	5.3	27	87	3	191	39	7	23	29	1.82
1194844--1194927	31	2.7	31	96	1	152	27	27	17	27	1.98
1194951--1195084	42	3.2	42	97	0	250	33	19	14	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1195232--1195301	25	2.8	25	93	4	115	25	24	25	24	2.00
1196111--1196175	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
1196212--1196331	27	4.5	26	84	8	152	30	9	19	40	1.82
1196212--1196331	53	2.2	54	86	4	172	30	9	19	40	1.82
1196363--1196506	27	5.3	27	87	3	191	39	7	23	29	1.82
1208715--1208750	18	2.0	18	94	0	63	63	2	0	33	1.08
1208702--1208768	31	2.1	33	83	5	84	62	5	4	26	1.38
1212596--1212635	20	2.0	20	85	0	53	30	20	5	45	1.72
1213539--1213602	31	2.1	31	85	5	85	54	7	10	26	1.62
1218251--1218304	18	3.0	18	78	8	56	18	1	38	40	1.61
1225018--1225069	25	2.1	25	100	0	104	44	11	7	36	1.70
1227633--1227713	31	2.7	30	83	11	94	34	12	9	43	1.76
1234161--1234226	3	22.0	3	100	0	132	33	0	0	66	0.92
1242050--1242090	11	3.7	11	80	0	55	19	14	9	56	1.66
1242131--1242191	30	2.0	30	87	0	86	27	4	9	57	1.52
1244261--1244288	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
1253786--1254393	210	2.9	211	92	2	1031	38	10	6	43	1.66
1254404--1254437	16	2.1	16	94	0	59	44	5	8	41	1.60
1254447--1254657	55	3.8	54	76	14	205	33	20	17	28	1.95
1254463--1254666	113	1.8	113	86	2	302	33	20	16	29	1.94
1256054--1256101	19	2.6	18	78	18	53	60	6	0	33	1.22
1256054--1256103	20	2.6	19	79	17	59	60	6	0	34	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1256054--1256171	9	12.7	9	70	8	67	55	3	3	37	1.33
1259416--1259477	29	2.1	29	88	5	90	35	8	0	56	1.29
1261301--1261502	26	8.0	24	70	15	104	28	7	6	57	1.52
1261301--1261505	76	2.6	79	77	3	200	28	7	6	57	1.51
1268243--1268287	21	2.1	21	84	8	56	37	0	2	60	1.09
1274160--1274210	3	17.0	3	91	0	66	25	0	7	66	1.18
1274482--1274513	17	1.9	16	93	6	55	50	6	6	37	1.53
1283296--1283431	39	3.5	39	78	7	127	27	28	22	21	1.99
1283366--1283452	39	2.2	39	89	0	129	26	28	21	22	1.99
1284730--1285067	132	2.6	132	86	2	448	27	18	19	33	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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