genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.299.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95109012--95109109	29	3.4	29	75	18	82	60	4	0	35	1.16
95108961--95109086	40	3.2	39	77	16	125	57	4	0	37	1.26
95109023--95109126	19	5.7	18	71	15	63	59	3	0	35	1.22
95121920--95121968	25	2.0	25	84	8	64	32	10	4	53	1.54
95123117--95123164	20	2.6	18	80	9	60	37	2	2	58	1.22
95123117--95123190	38	1.9	38	86	5	105	36	1	4	58	1.26
95123117--95123190	9	7.8	9	76	10	67	36	1	4	58	1.26
95123138--95123219	20	4.2	20	76	14	75	39	0	2	58	1.11
95123274--95123334	27	2.3	27	88	8	90	22	1	1	73	1.01
95123280--95123321	19	2.2	19	84	16	52	23	0	2	73	0.94
95128957--95128989	16	2.0	17	88	5	50	24	6	0	69	1.10
95136795--95136834	2	20.0	2	89	0	62	45	5	50	0	1.23
95143914--95144051	69	2.0	70	86	9	194	42	20	15	21	1.88
95164520--95164600	39	2.1	38	84	6	101	62	6	2	28	1.32
95173498--95173555	29	2.0	29	89	0	89	37	22	17	22	1.93
95178226--95178400	46	3.8	46	90	0	269	18	24	14	42	1.87
95178216--95178414	92	2.2	92	87	0	292	19	24	14	42	1.87
95178402--95178505	45	2.3	45	80	6	138	20	24	18	37	1.94
95178529--95178669	33	4.3	33	70	20	96	23	25	19	31	1.98
95180219--95180248	11	2.8	11	95	5	53	76	0	0	23	0.78
95180514--95180582	31	2.3	31	82	12	81	31	18	4	44	1.69
95182254--95182333	42	1.9	42	87	5	117	26	36	20	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95186282--95186313	17	1.9	16	93	6	55	31	3	3	62	1.26
95186597--95186629	15	2.1	16	88	5	50	33	21	3	42	1.68
95194880--95194927	19	2.6	20	78	15	59	70	0	2	27	0.98
95205852--95205884	16	2.1	16	88	5	50	69	0	0	30	0.88
95206875--95206900	11	2.4	11	100	0	52	30	34	0	34	1.58
95213433--95213493	20	3.2	20	73	13	56	57	4	0	37	1.20
95213433--95213499	19	3.6	18	76	7	62	53	4	0	41	1.21
95214600--95214664	30	2.2	29	83	8	78	44	0	0	55	0.99
95214843--95214911	26	2.8	25	74	19	63	49	1	1	47	1.19
95214893--95214950	25	2.4	25	76	23	61	41	1	0	56	1.09
95215676--95215724	19	2.6	19	76	0	53	65	2	4	28	1.22
95227287--95227334	17	2.9	17	80	17	57	35	0	0	64	0.94
95231699--95231745	19	2.5	19	100	0	94	42	21	4	31	1.72
95232132--95232212	26	3.2	26	92	1	137	30	7	27	34	1.84
95233616--95233648	12	2.8	12	100	0	66	48	6	9	36	1.60
95234270--95234302	15	2.1	16	88	11	50	24	0	0	75	0.80
95240853--95240895	14	3.1	14	79	0	50	32	2	0	65	1.06
95242576--95242634	16	3.4	17	70	22	50	54	0	5	40	1.23
95248504--95248531	6	4.7	6	100	0	56	0	64	0	35	0.94
95251173--95251213	20	2.0	21	90	4	66	26	4	17	51	1.65
95251179--95251219	21	2.0	20	85	4	55	29	2	17	51	1.58
95259011--95259037	12	2.2	12	100	0	54	18	7	40	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95265353--95265409	4	14.2	4	100	0	114	49	24	0	26	1.51
95274474--95274516	23	1.9	22	90	4	68	34	0	2	62	1.08
95274656--95274821	84	2.0	85	87	1	244	30	12	9	48	1.72
95284016--95284069	26	2.2	25	78	18	60	44	1	5	48	1.37
95284245--95284284	20	2.0	20	90	0	62	37	2	17	42	1.63
95285831--95285872	3	14.0	3	100	0	84	33	33	0	33	1.58
95289530--95289590	29	2.1	29	93	0	104	57	6	4	31	1.46
95290408--95290434	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
95299188--95299266	26	3.0	26	90	0	122	40	22	10	26	1.86
95299190--95299266	13	5.9	13	85	0	109	40	23	10	25	1.86
95299510--95299572	27	2.3	27	83	0	72	23	26	22	26	2.00
95303045--95303073	14	2.0	15	93	6	51	20	6	17	55	1.65
95303189--95303317	50	2.5	51	90	5	199	35	16	22	25	1.94
95303293--95303441	31	4.8	31	89	3	228	26	18	27	26	1.98
95303466--95303630	47	3.7	46	83	6	160	28	15	26	29	1.96
95303560--95303657	42	2.3	42	92	3	162	30	14	27	27	1.95
95305817--95305880	22	2.9	22	77	13	60	62	4	0	32	1.16
95305854--95305885	16	2.1	16	94	5	57	56	6	0	37	1.25
95305934--95306384	229	2.0	228	90	5	714	52	15	0	31	1.50
95305934--95306386	114	3.9	114	91	3	689	51	16	0	31	1.50
95306654--95306684	16	1.9	16	93	0	53	3	29	0	67	1.06
95309052--95309098	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95316976--95317090	57	2.0	57	96	0	212	46	6	19	26	1.75
95317266--95317319	20	2.6	21	82	11	67	35	0	7	57	1.27
95317305--95317353	3	17.3	3	76	19	52	28	2	0	69	1.00
95317309--95317347	11	3.5	11	96	0	69	28	2	0	69	1.02
95317305--95317346	19	2.2	19	87	8	59	26	2	0	71	0.98
95320344--95320377	15	2.3	15	94	0	59	41	2	0	55	1.15
95321426--95321798	130	2.9	132	78	6	321	28	18	18	34	1.94
95323115--95323161	21	2.2	21	96	0	85	36	10	25	27	1.89
95323069--95323207	67	2.1	67	97	0	260	36	13	25	24	1.92
95323136--95323311	46	3.8	46	87	3	239	39	15	23	21	1.91
95326349--95326515	46	3.5	46	76	12	165	29	28	16	25	1.97
95327580--95327686	21	5.0	22	86	7	132	36	26	23	14	1.92
95327877--95327971	28	3.6	24	78	13	84	47	32	3	16	1.63
95327889--95327974	28	3.0	28	87	1	127	47	29	3	19	1.66
95332669--95332717	17	3.1	17	69	22	52	46	0	2	51	1.12
95338550--95338575	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
95341118--95341159	21	2.0	22	85	4	59	35	16	4	42	1.69
95348303--95348357	22	2.5	23	85	11	71	36	3	0	60	1.15
95348668--95348709	21	2.0	21	95	0	75	38	16	21	23	1.93
95348907--95348958	27	1.9	27	88	0	77	15	19	48	17	1.82
95349016--95349067	25	2.1	25	81	0	59	65	0	32	1	1.04
95349330--95349381	26	2.0	26	88	0	77	69	1	0	28	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95349331--95349420	21	4.1	21	76	18	76	71	5	0	23	1.07
95350416--95350505	44	2.0	44	97	0	171	36	10	26	26	1.88
95354514--95354552	17	2.3	17	91	8	62	33	10	10	46	1.72
95357254--95357694	139	3.2	138	93	2	762	27	8	7	56	1.56
95357581--95357812	117	2.0	118	94	0	412	25	9	6	57	1.55
95357254--95357939	256	2.6	262	88	7	978	26	8	7	57	1.54
95357581--95357768	59	3.2	59	65	19	156	26	10	7	55	1.59
95357922--95357956	11	3.2	11	87	0	52	25	5	0	68	1.11
95357968--95358000	17	1.9	17	93	0	57	15	9	3	72	1.21
95357501--95358047	256	2.1	255	79	9	551	25	8	6	60	1.48
95358712--95358762	21	2.4	21	93	3	84	11	9	9	68	1.39
95359446--95359487	18	2.4	18	77	14	52	38	0	2	59	1.10
95360979--95361063	16	5.3	16	67	10	66	32	10	10	45	1.73
95360976--95361072	32	3.0	32	98	0	185	29	9	13	47	1.74
95361570--95361610	16	2.6	16	85	11	57	19	29	0	51	1.47
95363884--95363915	16	2.0	16	100	0	64	25	18	31	25	1.98
95366628--95366657	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
95370199--95370244	19	2.4	19	82	7	58	0	26	4	69	1.07
95371607--95371656	22	2.2	24	85	7	68	12	4	20	64	1.43
95378327--95378353	12	2.2	12	100	0	54	11	22	11	55	1.66
95383528--95383557	13	2.3	13	94	0	51	33	0	16	50	1.46
95386086--95386185	27	3.6	27	74	15	105	22	9	35	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95386113--95386211	30	3.4	29	74	14	114	21	9	33	36	1.85
95386086--95386210	57	2.2	57	100	0	250	20	9	33	36	1.86
95388349--95388434	46	1.9	45	88	4	129	29	22	13	34	1.93
95393067--95393116	22	2.3	21	80	16	50	56	0	4	40	1.18
95393394--95393460	33	2.0	33	100	0	134	49	14	2	32	1.59
95393795--95393825	6	5.2	6	96	0	53	16	54	16	12	1.71
95395973--95396005	16	2.1	16	94	0	57	18	21	18	42	1.89
95396712--95396751	18	2.2	18	95	0	71	15	15	15	55	1.71
95411736--95411892	46	3.3	46	86	10	149	35	14	22	28	1.92
95411684--95411892	52	4.1	51	85	9	284	34	13	22	28	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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