genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3046522--3046631	38	2.8	40	73	8	100	25	20	25	29	1.99
3055929--3055993	18	3.4	19	79	10	71	63	1	0	35	1.04
3055929--3055976	9	5.0	9	80	10	51	60	0	0	39	0.97
3060784--3060842	21	2.6	22	78	10	66	50	1	3	44	1.28
3060736--3060872	66	2.1	67	82	6	163	50	2	1	45	1.25
3064645--3064685	14	2.8	15	79	13	50	31	2	0	65	1.05
3066000--3066042	18	2.4	18	96	0	77	46	2	0	51	1.13
3067005--3067057	24	2.2	24	96	0	97	33	41	0	24	1.55
3068755--3068779	7	3.6	7	100	0	50	32	12	12	44	1.78
3068785--3068817	9	3.7	9	91	0	57	39	12	18	30	1.87
3068785--3068819	18	1.9	18	100	0	70	40	11	17	31	1.85
3069198--3069230	12	2.8	12	90	0	57	24	18	0	57	1.40
3070002--3070087	41	2.1	40	82	2	100	66	8	2	23	1.30
3070070--3070138	28	2.5	27	79	6	75	62	0	7	30	1.22
3081649--3081728	8	10.4	8	80	8	85	28	0	0	71	0.87
3081649--3081734	15	5.7	15	89	5	120	26	0	0	73	0.84
3081652--3081733	7	11.0	7	81	17	94	26	0	0	73	0.84
3081652--3081733	22	3.6	22	84	11	112	26	0	0	73	0.84
3081653--3081751	7	13.6	7	75	16	58	24	0	2	73	0.93
3082257--3082307	15	3.5	15	72	5	50	47	25	3	23	1.69
3082430--3082502	37	2.0	37	91	0	119	20	0	28	50	1.48
3082544--3082665	41	3.0	41	91	2	192	21	27	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3091991--3092037	19	2.4	20	89	3	69	23	14	17	44	1.85
3092118--3092158	16	2.6	16	92	0	64	51	0	0	48	1.00
3093112--3093164	24	2.2	24	96	0	97	32	43	1	22	1.64
3095032--3095092	16	4.0	16	75	10	56	39	6	1	52	1.37
3095030--3095088	30	1.9	31	89	3	93	40	8	1	49	1.43
3103643--3103818	90	2.0	90	93	0	298	35	16	13	34	1.88
3107711--3107786	31	2.4	33	78	13	86	46	5	3	44	1.44
3107740--3107805	31	2.2	30	81	5	71	51	7	1	39	1.40
3114738--3114889	37	3.9	37	80	13	164	26	21	15	35	1.94
3114806--3115074	46	5.6	46	82	11	315	28	22	14	35	1.93
3114849--3115068	52	4.3	52	83	8	281	27	22	13	35	1.92
3114806--3115074	98	2.7	98	92	0	439	28	22	14	35	1.93
3118211--3118414	49	4.0	50	83	10	241	32	29	13	24	1.94
3118295--3118413	58	2.0	59	98	1	231	31	31	13	23	1.93
3118304--3118394	28	3.2	28	66	22	80	27	31	15	25	1.95
3119683--3119774	37	2.5	37	90	0	148	28	19	17	34	1.94
3119738--3120006	46	5.6	46	82	11	306	28	22	13	35	1.92
3119781--3120000	52	4.3	52	83	8	281	27	22	13	35	1.92
3119755--3120006	98	2.6	98	93	0	432	28	21	14	34	1.93
3124062--3124120	31	1.9	30	83	13	75	37	15	25	22	1.93
3128696--3128761	31	2.2	31	86	2	89	21	6	13	59	1.56
3131103--3131303	99	2.0	101	97	1	379	52	12	6	28	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3131997--3132041	23	2.0	23	86	0	63	6	8	13	71	1.31
3132183--3132234	25	2.3	21	84	15	68	36	3	3	55	1.36
3132184--3132235	24	2.2	23	83	10	70	34	3	3	57	1.35
3138795--3138831	5	7.2	5	90	6	56	18	75	0	5	0.99
3143696--3143811	43	2.7	42	85	6	153	31	6	18	43	1.76
3151348--3151387	15	2.7	15	88	0	53	27	30	37	5	1.78
3161644--3161711	30	2.3	30	84	5	84	47	5	19	27	1.72
3164128--3164215	46	1.9	46	97	0	167	36	13	27	22	1.92
3164190--3164221	16	2.0	16	100	0	64	43	12	25	18	1.85
3164144--3164277	62	2.2	62	93	0	223	37	14	26	22	1.92
3164206--3164371	46	3.6	46	91	1	244	39	15	24	21	1.91
3164128--3164323	108	1.8	108	95	0	356	36	13	25	23	1.92
3166952--3166980	10	2.7	11	94	5	51	17	0	0	82	0.66
3169656--3169741	43	2.0	43	93	0	145	52	2	24	20	1.58
3169748--3169772	8	3.1	8	100	0	50	52	0	24	24	1.48
3170256--3170302	24	2.0	24	83	8	60	21	0	23	55	1.44
3173235--3173325	44	2.1	44	89	0	137	30	13	9	46	1.75
3174326--3174607	98	2.9	98	88	2	424	47	13	13	25	1.80
3175679--3175711	15	2.1	16	88	5	50	48	3	0	48	1.17
3177655--3177835	61	3.0	61	88	0	254	13	27	13	45	1.81
3180763--3180864	44	2.3	45	84	3	125	31	22	11	34	1.90
3180782--3180870	46	2.0	44	91	4	142	28	25	13	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3186913--3187091	80	2.2	79	79	10	177	60	1	9	28	1.38
3187242--3187295	17	2.9	19	82	17	69	61	3	5	29	1.36
3186822--3187304	3	163.3	3	68	10	210	60	2	7	29	1.36
3193604--3193637	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
3196097--3196133	11	3.3	11	85	7	56	37	0	10	51	1.37
3196088--3196133	23	2.0	23	100	0	92	39	0	13	47	1.42
3196088--3196126	12	3.3	12	85	7	62	41	0	12	46	1.42
3201123--3201163	18	2.3	18	83	8	57	73	0	2	24	0.96
3201326--3201389	27	2.4	26	89	7	94	40	3	6	50	1.43
3204956--3205005	20	2.5	20	77	6	57	34	0	4	62	1.14
3205771--3205833	29	2.2	29	88	0	90	44	9	20	25	1.82
3224193--3224236	17	2.6	17	92	0	70	13	29	29	27	1.94
3225135--3225199	15	4.4	16	66	25	52	21	24	0	53	1.46
3225120--3225201	43	1.9	43	92	0	137	24	24	0	51	1.49
3253598--3253658	26	2.3	26	77	0	68	39	16	1	42	1.58
3254886--3254915	15	1.9	16	93	6	53	26	0	0	73	0.84
3258580--3258625	19	2.4	19	96	0	83	47	10	30	10	1.73
3259999--3260039	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
3274553--3274613	26	2.4	25	76	13	61	36	26	1	36	1.66
3280384--3280476	18	5.2	18	85	0	132	33	13	21	31	1.93
3280380--3280476	36	2.7	36	93	0	158	32	14	20	31	1.93
3291992--3292031	20	2.0	20	85	5	53	40	12	0	47	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3294377--3294420	20	2.2	20	84	8	54	47	13	4	34	1.63
3298026--3298084	23	2.6	23	79	15	61	42	13	6	37	1.71
3303851--3303912	28	2.1	28	91	5	97	50	6	1	41	1.38
3309592--3309623	14	2.3	14	100	0	64	28	15	9	46	1.77
3311116--3311639	126	4.1	126	87	1	717	27	16	17	37	1.92
3311725--3311787	34	1.9	32	90	6	99	46	17	0	36	1.49
3311834--3311915	41	2.0	41	92	0	137	45	28	0	26	1.54
3311839--3311924	41	2.1	41	89	4	129	47	25	0	26	1.52
3312199--3312260	30	2.0	31	81	9	74	41	1	4	51	1.33
3312432--3312477	16	2.7	18	83	12	53	21	0	10	67	1.21
3312425--3312476	22	2.5	20	81	9	59	25	0	7	67	1.17
3317094--3317134	21	2.0	21	85	9	57	0	14	39	46	1.45
3317083--3317141	30	2.0	30	89	0	91	1	15	38	44	1.56
3318774--3318803	6	5.2	6	92	8	53	83	0	0	16	0.65
3319329--3319386	26	2.1	28	87	6	84	48	0	1	50	1.11
3319426--3319487	30	2.1	30	87	0	88	58	12	1	27	1.44
3325948--3326224	46	6.0	46	88	1	351	40	13	24	21	1.89
3326505--3326537	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
3342793--3342846	23	2.3	23	81	9	65	20	3	14	61	1.49
3344119--3344151	11	3.0	11	95	0	57	9	24	9	57	1.58
3344688--3344781	46	2.0	46	91	0	152	17	26	21	35	1.95
3346420--3346519	50	2.0	50	92	3	166	34	20	12	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3349121--3349166	20	2.3	20	88	0	65	15	28	17	39	1.90
3352019--3352066	19	2.5	20	87	9	66	35	0	2	62	1.07
3360999--3361039	21	2.0	21	90	0	64	29	19	29	21	1.98
3368262--3368310	24	2.0	24	96	0	89	63	4	14	18	1.46
3372447--3372518	36	2.0	36	100	0	144	36	11	13	38	1.81
3372838--3372863	11	2.4	11	100	0	52	34	19	15	30	1.93
3373871--3373916	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
3373878--3373922	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
3374736--3374769	17	2.0	17	100	0	68	17	29	5	47	1.71
3378609--3378656	23	2.0	25	84	8	64	56	18	6	18	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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