genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62094062--62094217	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
62102093--62102242	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
62102065--62102242	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
62102066--62102221	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
62105234--62105395	47	3.1	52	76	14	165	29	13	25	32	1.94
62105234--62105487	48	5.2	47	78	8	206	27	13	26	31	1.94
62111174--62111346	46	3.7	46	76	14	185	21	19	27	31	1.97
62111172--62111340	93	1.8	93	90	2	277	21	18	28	30	1.97
62111571--62111608	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
62115498--62115725	40	5.7	40	95	0	402	31	20	26	21	1.98
62129497--62129562	22	3.0	21	72	12	62	31	22	25	19	1.98
62130022--62130096	27	2.8	27	83	4	80	29	13	21	36	1.91
62130051--62130446	81	4.9	81	73	8	281	30	9	20	40	1.83
62130051--62130439	27	14.4	27	76	5	232	30	9	20	40	1.83
62130051--62130439	54	7.2	54	75	5	257	30	9	20	40	1.83
62130430--62130533	27	4.1	26	75	13	108	27	20	16	35	1.94
62131193--62131258	22	3.0	22	78	8	80	30	22	27	19	1.98
62131404--62131481	41	1.9	41	91	0	129	29	28	19	23	1.98
62131745--62132243	27	18.4	27	78	5	231	28	9	21	41	1.84
62131802--62132243	81	5.5	81	76	4	365	27	8	22	41	1.83
62131802--62132250	27	16.7	26	78	7	287	28	8	22	41	1.83
62132235--62132338	27	4.0	27	80	9	126	27	22	17	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62132275--62132321	23	2.0	23	95	0	85	23	23	17	36	1.95
62136130--62136321	40	4.8	40	87	3	192	29	27	19	23	1.98
62136129--62136320	80	2.4	81	81	5	212	29	27	19	22	1.98
62140788--62140933	55	2.7	55	81	2	159	28	26	27	18	1.98
62142990--62143031	13	3.2	13	93	0	57	21	30	26	21	1.98
62154133--62154193	30	2.0	30	83	0	77	29	22	8	39	1.83
62157977--62158220	38	5.9	38	75	17	204	28	15	25	31	1.95
62158004--62158169	48	3.7	46	76	16	179	30	15	24	30	1.96
62157977--62158213	86	2.8	85	90	1	359	28	15	25	30	1.96
62161385--62161526	67	2.1	67	86	7	196	31	22	27	18	1.97
62162134--62162329	27	7.3	27	82	1	223	26	18	18	36	1.94
62162135--62162329	54	3.6	54	87	0	255	26	18	18	36	1.94
62162314--62162383	26	2.6	27	93	4	124	22	5	24	47	1.73
62163979--62164020	15	2.8	15	85	0	57	14	19	14	52	1.75
62165019--62165062	22	2.0	22	100	0	88	27	9	36	27	1.87
62166794--62167004	47	4.7	47	78	13	246	28	16	25	29	1.96
62166841--62167004	85	1.9	84	96	1	301	26	15	27	30	1.96
62166760--62167004	133	1.9	133	87	5	363	27	15	26	30	1.96
62172917--62172992	37	2.1	37	92	0	125	42	14	22	21	1.89
62173479--62173595	47	2.4	47	78	4	117	23	18	19	38	1.93
62173469--62173583	24	4.8	24	75	6	99	23	19	20	37	1.94
62173743--62173783	20	2.0	20	100	0	82	36	0	19	43	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62173750--62173793	20	2.2	20	83	0	52	29	4	22	43	1.73
62174931--62175069	52	2.7	52	84	5	178	25	14	26	33	1.94
62175044--62175178	50	2.7	50	81	3	139	28	16	25	29	1.97
62177243--62177285	13	3.5	13	75	18	56	4	25	37	32	1.77
62177241--62177285	23	2.0	23	100	0	90	4	24	40	31	1.75
62178932--62178985	24	2.2	24	84	12	67	29	38	16	14	1.89
62187839--62188076	28	8.5	28	93	0	379	34	27	11	26	1.91
62195886--62196123	28	8.5	28	95	0	406	34	26	11	27	1.91
62196360--62196597	28	8.5	28	92	0	379	34	26	11	26	1.91
62195657--62196597	474	2.0	475	97	0	1785	34	25	11	28	1.91
62198473--62198525	24	2.2	24	83	12	65	30	39	15	15	1.87
62205816--62206051	49	4.8	49	84	3	301	30	25	17	27	1.97
62212752--62212907	42	3.7	42	86	3	188	27	23	16	32	1.96
62214167--62214204	19	2.0	19	94	0	67	23	21	23	31	1.98
62215927--62216084	43	3.7	42	72	12	126	32	24	18	24	1.97
62222434--62222778	172	2.0	172	96	0	636	36	18	8	36	1.82
62232690--62232750	31	2.0	30	82	17	74	29	18	6	45	1.74
62234477--62234553	38	2.0	38	89	0	118	45	22	14	18	1.85
62236150--62236195	18	2.6	18	89	0	65	63	4	8	23	1.42
62250119--62250277	43	3.7	43	76	5	160	25	19	26	28	1.99
62252386--62252456	15	4.7	15	74	17	67	33	2	1	61	1.19
62252433--62252503	30	2.3	30	85	2	88	33	7	0	59	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62256025--62256067	18	2.4	18	81	14	61	46	4	9	39	1.57
62256505--62256602	27	3.5	28	88	5	128	25	13	28	32	1.93
62256533--62256616	27	3.0	27	87	5	96	29	11	25	33	1.91
62260951--62260985	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
62261095--62261129	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
62261377--62261419	21	2.0	21	95	0	77	34	37	0	27	1.57
62268213--62268255	18	2.4	18	81	14	61	46	4	9	39	1.57
62268693--62268790	27	3.5	28	88	5	128	25	13	28	32	1.93
62268721--62268804	27	3.0	27	87	5	96	29	11	25	33	1.91
62269514--62269540	1	27.0	1	100	0	54	0	0	0	100	0.00
62270363--62270406	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
62285313--62285751	47	9.2	47	93	4	747	30	27	8	33	1.86
62285313--62285747	49	9.1	49	94	3	755	30	27	8	34	1.86
62288779--62288923	40	3.6	40	82	4	175	26	24	25	24	2.00
62289912--62290049	68	2.0	68	98	0	267	32	16	17	33	1.93
62291787--62291853	29	2.4	28	80	9	66	25	17	23	32	1.97
62296241--62296287	20	2.3	20	89	7	69	34	10	19	36	1.86
62296337--62296434	27	3.8	26	90	5	155	26	17	23	32	1.96
62304286--62304333	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
62304369--62304435	20	3.4	19	82	10	80	32	10	19	37	1.86
62304487--62304635	27	5.7	26	93	1	230	27	19	22	30	1.98
62311419--62311461	22	2.0	22	86	9	61	44	32	2	20	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62316463--62316588	47	2.7	47	94	0	225	34	12	26	26	1.92
62316558--62316788	48	4.8	48	94	2	383	34	7	27	29	1.85
62316935--62317043	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
62333951--62334021	31	2.3	31	90	2	117	18	23	32	25	1.97
62343213--62343238	12	2.2	12	100	0	52	7	42	0	50	1.31
62344010--62344049	21	2.0	20	90	5	62	20	17	40	22	1.92
62344319--62344366	25	1.9	25	86	0	69	31	22	18	27	1.97
62344424--62344469	9	4.9	9	84	10	65	32	4	23	39	1.75
62344404--62344469	29	2.3	29	86	5	89	33	4	22	39	1.75
62344404--62344469	5	13.6	5	70	17	50	33	4	22	39	1.75
62344433--62344477	20	2.2	20	96	0	81	33	8	22	35	1.85
62344527--62344623	26	3.8	26	94	1	153	24	21	23	29	1.99
62344527--62344623	51	1.9	51	89	4	151	24	21	23	29	1.99
62345083--62345126	17	2.6	17	96	0	79	18	9	15	56	1.65
62348333--62348477	40	3.6	40	85	4	175	25	23	26	24	2.00
62365293--62365445	76	2.0	76	83	5	191	25	20	27	26	1.99
62365229--62365445	40	5.6	40	82	8	200	25	21	26	26	2.00
62365303--62365466	76	2.1	77	79	4	179	25	21	27	25	1.99
62366434--62366459	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
62372923--62373145	40	5.6	40	84	3	218	25	20	27	26	1.99
62372998--62373180	79	2.3	80	80	1	208	26	20	27	26	1.99
62376592--62376724	47	2.8	49	79	16	172	29	29	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62376595--62376740	46	3.2	46	76	13	140	29	28	19	22	1.98
62381230--62381323	25	3.8	25	82	2	118	22	23	25	28	1.99
62382285--62382721	27	16.1	27	80	6	368	38	20	9	30	1.85
62382726--62382789	27	2.4	27	97	0	119	34	21	18	25	1.96
62383752--62383932	27	6.7	27	92	0	290	23	22	20	33	1.97
62383977--62384116	27	5.2	26	83	7	163	31	6	20	41	1.78
62383961--62384116	54	2.9	52	83	7	168	32	7	19	41	1.79
62383936--62384431	81	6.1	79	77	6	302	34	8	19	37	1.83
62384095--62384251	27	5.8	27	87	0	215	38	7	22	31	1.82
62384240--62384426	27	7.0	27	78	6	193	31	10	19	37	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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