genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.282.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90906597--90907396	398	2.0	398	99	0	1591	31	16	18	32	1.94
90910470--90910517	21	2.3	21	100	0	96	22	18	58	0	1.39
90910852--90910915	22	2.9	22	92	0	110	20	10	21	46	1.81
90910896--90911032	43	3.2	43	84	0	184	21	17	22	37	1.94
90911648--90911687	21	1.9	21	85	10	55	50	0	12	37	1.41
90913803--90913832	14	2.1	14	93	0	51	40	6	6	46	1.56
90919291--90919328	18	2.1	18	90	0	58	0	50	0	50	1.00
90919295--90919327	11	2.9	12	91	8	52	0	51	0	48	1.00
90919827--90919872	23	2.0	23	83	8	58	30	2	10	56	1.46
90932635--90932871	74	3.3	71	81	7	241	35	16	17	30	1.92
90932631--90933228	71	8.6	69	74	14	411	32	16	18	33	1.93
90932885--90933228	71	4.8	73	91	4	519	30	16	17	34	1.93
90932451--90933153	268	2.7	269	83	9	919	31	15	18	34	1.93
90932885--90933228	144	2.4	145	89	6	517	30	16	17	34	1.93
90952042--90952216	70	2.5	69	84	2	208	29	14	22	33	1.94
90952220--90952829	72	8.6	72	76	11	388	30	16	19	33	1.94
90952042--90952761	271	2.7	271	90	4	1114	30	15	20	34	1.94
90952489--90952838	73	4.8	72	93	3	571	30	16	18	34	1.93
90952929--90953079	79	1.9	79	85	8	209	31	25	19	23	1.98
90952929--90953079	40	3.8	40	82	11	186	31	25	19	23	1.98
90954150--90954187	18	2.1	18	90	0	58	0	50	0	50	1.00
90954154--90954186	11	2.9	12	91	8	52	0	51	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90954660--90954721	3	20.0	3	73	6	52	32	3	6	58	1.40
90954664--90954724	23	2.8	22	85	5	70	32	3	8	55	1.45
90954687--90954732	23	2.0	23	83	8	58	30	2	10	56	1.46
90954819--90954851	3	11.0	3	93	0	57	30	0	0	69	0.88
90962890--90962922	15	2.2	15	100	0	66	39	12	0	48	1.40
90966104--90966137	15	2.3	15	90	10	52	70	0	5	23	1.09
90967077--90967245	93	1.8	92	88	3	259	38	9	14	37	1.78
90967487--90967533	14	3.3	14	74	14	51	19	0	4	76	0.95
90968061--90968126	32	2.1	32	88	2	98	37	12	10	39	1.77
90970531--90970581	25	2.0	25	92	0	84	35	11	5	47	1.65
90972476--90972523	18	2.6	19	76	3	53	41	2	0	56	1.11
90983730--90983763	16	2.2	16	94	5	61	44	5	2	47	1.42
90985227--90985274	21	2.3	21	81	0	60	22	33	22	20	1.97
90986130--90986167	18	2.1	18	90	0	58	39	15	0	44	1.47
90986149--90986230	39	2.1	40	88	2	121	32	19	9	37	1.85
90986368--90986454	44	2.0	44	88	4	131	34	21	19	24	1.96
90986376--90986467	44	2.1	44	85	4	123	33	21	20	23	1.97
90987601--90987647	16	2.9	16	83	3	58	8	8	10	72	1.29
90987802--90987890	15	5.8	16	73	13	71	49	3	0	47	1.18
90987820--90987877	5	11.8	5	74	17	50	51	1	0	46	1.11
90987802--90987886	16	5.5	15	75	13	75	48	3	0	48	1.18
90991748--90991797	6	8.2	6	78	12	57	80	4	0	16	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90991748--90991797	13	4.1	12	82	10	57	80	4	0	16	0.87
90991753--90991797	20	2.2	20	80	7	56	80	4	0	15	0.87
90994631--90994738	26	4.2	26	91	0	180	35	23	8	33	1.85
90998408--90998543	40	3.4	40	80	0	146	30	11	21	36	1.89
90998545--90998695	79	1.9	77	86	5	214	29	14	23	32	1.94
90999952--90999998	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
91000269--91000600	46	7.7	43	81	13	343	22	24	15	36	1.94
91000392--91000589	38	5.0	38	89	9	315	23	25	18	32	1.97
91000303--91000590	122	2.3	123	91	5	461	22	25	17	34	1.96
91000431--91000597	84	2.0	84	100	0	334	23	23	16	35	1.95
91005386--91005432	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
91005693--91005996	46	7.0	45	83	12	377	23	23	15	37	1.93
91005737--91005986	84	3.0	85	88	10	356	23	24	16	36	1.94
91005693--91005996	130	2.3	130	92	2	504	23	23	15	37	1.93
91010937--91010976	16	2.4	16	91	4	62	37	2	0	60	1.11
91010938--91010978	3	14.7	3	80	14	52	36	2	0	60	1.10
91012057--91012153	48	2.0	50	86	8	137	24	14	22	38	1.92
91012804--91012896	48	1.9	48	91	0	150	22	19	29	29	1.98
91013434--91013471	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
91014618--91014674	30	1.9	30	85	0	78	12	28	35	24	1.91
91015135--91015206	36	2.0	36	100	0	144	19	22	8	50	1.74
91022738--91022844	43	2.5	43	80	6	110	37	24	13	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91024541--91024571	11	2.9	11	95	4	55	70	0	0	29	0.87
91028228--91028292	22	2.9	21	75	9	58	21	6	7	64	1.42
91028792--91028854	25	2.4	26	81	7	74	53	17	17	11	1.71
91033392--91033422	14	2.2	14	94	0	53	0	9	3	87	0.66
91035880--91035910	13	2.3	14	94	5	55	35	0	0	64	0.94
91037856--91037885	15	2.0	15	93	0	51	30	20	10	40	1.85
91047749--91047802	21	2.6	21	73	5	56	61	5	3	29	1.36
91048290--91048319	14	2.1	14	93	0	51	0	10	3	86	0.67
91051261--91051312	20	2.5	20	87	3	77	26	13	9	50	1.72
91051757--91051818	24	2.4	25	81	10	72	54	16	16	12	1.71
91055568--91055601	17	2.1	17	88	5	52	58	5	0	35	1.22
91073196--91073264	29	2.4	29	95	0	120	30	39	7	23	1.82
91078439--91078472	16	2.2	16	94	5	61	44	5	2	47	1.42
91079331--91079434	52	2.0	52	100	0	208	38	11	9	40	1.74
91084273--91084306	17	2.1	17	88	5	52	58	5	0	35	1.22
91085307--91085399	46	2.0	46	97	0	177	25	11	15	47	1.79
91091584--91091803	37	6.0	37	95	1	381	24	21	16	37	1.93
91091767--91092035	52	5.2	52	87	6	352	27	22	14	35	1.93
91091767--91092027	98	2.6	98	87	3	378	27	22	13	35	1.92
91095165--91095368	49	4.0	50	83	10	241	32	29	13	24	1.94
91095249--91095367	58	2.0	59	98	1	231	31	31	13	23	1.93
91095258--91095348	28	3.2	28	66	22	80	27	31	15	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91096621--91096840	37	6.0	37	94	1	372	25	21	15	37	1.93
91096804--91097072	52	5.2	52	87	6	352	27	22	14	35	1.93
91096804--91097064	98	2.6	98	87	3	378	27	22	13	35	1.92
91104950--91104979	15	2.0	15	93	0	51	30	20	10	40	1.85
91116148--91116213	30	2.2	30	79	12	73	36	4	9	50	1.55
91119906--91119947	21	2.0	21	100	0	84	33	23	9	33	1.87
91120947--91120979	17	1.9	17	93	0	57	66	3	9	21	1.33
91122038--91122088	22	2.4	21	83	9	59	35	0	1	62	1.06
91122053--91122116	29	2.2	30	86	13	89	29	1	3	65	1.17
91122053--91122129	29	2.7	29	82	11	88	32	1	3	62	1.22
91126299--91126355	23	2.5	23	86	8	73	14	7	40	38	1.73
91128871--91128899	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
91131543--91131638	46	2.1	46	94	0	165	34	11	27	27	1.91
91140060--91140125	20	3.0	22	66	12	55	39	0	1	59	1.07
91140512--91140595	40	2.1	40	88	0	123	61	11	11	14	1.56
91143376--91143423	23	2.1	23	88	3	71	62	10	0	27	1.27
91143377--91143493	25	4.7	25	72	12	71	58	5	5	29	1.43
91143631--91143740	29	3.8	28	72	14	82	65	0	8	25	1.26
91148487--91148512	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
91148567--91148786	41	5.4	41	92	0	361	33	22	25	18	1.97
91149400--91149448	24	2.0	24	96	0	89	53	2	4	40	1.32
91149730--91149882	7	21.6	7	73	7	67	20	0	33	45	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91149781--91149861	21	3.8	21	77	11	85	18	0	39	41	1.51
91150011--91150070	14	4.2	14	87	4	75	40	5	15	40	1.68
91150004--91150071	14	4.8	14	83	3	64	42	4	14	38	1.66
91150631--91150677	22	2.2	21	88	11	69	68	2	2	27	1.13
91150675--91150801	40	3.2	39	78	14	134	46	16	18	18	1.84
91150691--91150796	38	2.7	40	88	5	162	41	19	20	17	1.90
91151023--91151105	35	2.4	34	80	6	94	32	30	4	32	1.79
91153372--91153807	241	1.8	242	97	0	829	33	17	15	34	1.91
91153806--91153864	9	6.6	9	86	0	82	45	23	1	28	1.63
91153806--91153864	27	2.2	27	90	0	100	45	23	1	28	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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