genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.290.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92898735--92899065	88	3.8	85	79	11	280	23	21	20	34	1.97
92898564--92899002	218	2.0	220	87	2	634	23	21	20	34	1.97
92898640--92898912	130	2.1	131	87	6	385	23	21	20	34	1.96
92898464--92899065	306	2.0	307	86	3	836	23	21	20	34	1.96
92911078--92911123	21	2.2	21	88	0	65	71	2	8	17	1.21
92911084--92911115	15	2.1	15	94	0	55	75	3	6	15	1.14
92911075--92911123	15	3.5	15	81	8	50	73	2	8	16	1.16
92917209--92917242	3	11.0	3	93	6	59	64	0	0	35	0.94
92919285--92919460	46	3.8	46	79	10	205	19	21	30	28	1.97
92919281--92919453	93	1.9	93	93	0	301	19	21	31	27	1.97
92920897--92920942	24	2.0	23	86	4	65	10	2	41	45	1.51
92921261--92921777	224	2.3	219	84	6	657	23	21	21	33	1.97
92921705--92921911	88	2.3	87	83	4	245	20	20	21	37	1.95
92921978--92922128	44	3.5	42	75	9	133	21	22	23	32	1.98
92935258--92935342	5	16.6	5	91	3	134	41	0	1	57	1.06
92938400--92938440	4	10.0	4	85	15	57	0	24	0	75	0.80
92938400--92938438	20	2.0	19	95	5	69	0	23	0	76	0.78
92943700--92943750	3	17.0	3	78	8	50	33	35	1	29	1.69
92956148--92956205	26	2.2	26	82	11	66	72	10	1	15	1.19
92957009--92957039	6	5.2	6	92	0	53	80	0	19	0	0.71
92957011--92957062	18	2.9	18	80	2	61	71	0	26	1	0.97
92957004--92957066	26	2.5	26	80	10	67	69	0	28	1	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92957009--92957042	12	2.8	12	95	0	59	79	0	20	0	0.73
92957096--92957150	27	2.0	27	86	6	76	41	0	9	49	1.34
92957507--92957535	14	2.1	14	100	0	58	55	0	0	44	0.99
92957502--92958422	146	6.3	145	89	4	1352	58	7	5	28	1.47
92958098--92958133	13	2.9	12	84	8	54	77	5	0	16	0.94
92958198--92958240	13	3.4	13	80	6	52	67	4	2	25	1.22
92958200--92958275	30	2.8	26	78	16	82	67	5	3	23	1.29
92958355--92958390	13	2.8	13	87	4	56	75	2	0	22	0.94
92958318--92958422	54	1.9	55	82	5	133	64	5	2	26	1.30
92964734--92964775	22	1.9	22	90	9	68	2	28	0	69	1.01
92964729--92964778	25	1.9	27	88	8	77	2	28	0	70	0.99
92964874--92964926	27	2.0	27	92	0	88	9	37	32	20	1.85
92965454--92965500	9	5.1	9	80	14	51	4	21	0	74	0.99
92970637--92970677	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
92971425--92971456	16	2.0	16	100	0	64	31	12	25	31	1.92
92974007--92974038	15	2.1	15	94	0	55	34	15	9	40	1.80
92975923--92976131	105	2.0	104	89	2	323	46	6	11	34	1.67
92979119--92979155	19	2.0	19	89	5	58	32	0	10	56	1.34
92979124--92979162	18	2.0	20	85	9	55	38	0	10	51	1.36
92988619--92988791	39	4.5	39	91	2	287	19	24	28	27	1.99
92988619--92988791	76	2.2	78	90	4	287	19	24	28	27	1.99
92994299--92994350	22	2.4	22	83	3	70	32	7	0	59	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92994970--92994999	11	2.7	11	89	0	51	66	0	0	33	0.92
92995236--92995270	13	2.7	13	95	0	61	62	5	22	8	1.45
92995568--92995621	28	2.0	27	86	10	76	40	11	1	46	1.50
92995764--92995831	30	2.2	31	86	2	93	25	20	8	45	1.80
92997623--92997673	24	2.1	25	88	3	77	17	15	17	49	1.81
92999512--92999760	50	4.8	50	84	4	275	20	28	24	26	1.99
92999511--92999760	100	2.4	104	87	6	348	20	28	24	26	1.99
92999855--92999886	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
93000098--93000155	30	1.9	30	85	0	80	31	22	5	41	1.76
93000724--93000756	16	2.1	16	94	0	57	3	18	0	78	0.87
93000766--93000808	19	2.3	19	92	8	70	55	0	2	41	1.12
93000772--93000840	24	2.8	24	78	8	77	55	4	1	39	1.29
93000765--93000809	5	9.0	5	83	16	58	55	0	2	42	1.12
93001512--93001548	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
93003339--93003443	50	2.1	50	98	1	203	30	7	21	40	1.81
93004883--93005094	46	4.6	44	78	9	176	24	19	32	24	1.98
93007880--93007916	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
93010630--93010715	42	2.0	42	86	4	120	20	29	29	20	1.98
93012457--93012482	5	5.2	5	100	0	52	76	0	0	23	0.78
93033919--93034001	22	3.7	23	68	16	57	34	3	2	59	1.28
93034112--93034150	20	2.0	20	84	0	51	30	5	5	58	1.41
93034178--93034214	9	3.9	10	86	10	51	16	8	0	75	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93034171--93034227	18	3.2	17	73	9	51	22	5	1	70	1.17
93037337--93037418	37	2.2	38	82	8	98	60	2	0	36	1.10
93038734--93038850	51	2.3	51	100	0	234	27	24	17	29	1.98
93039018--93039056	20	2.0	20	85	10	53	53	0	43	2	1.14
93040328--93040383	21	2.7	21	82	0	67	10	16	35	37	1.83
93040946--93041053	40	2.7	40	94	0	180	46	23	8	22	1.78
93042704--93042732	15	1.9	15	100	0	58	41	37	6	13	1.72
93043040--93043167	64	2.0	64	93	0	220	45	17	12	25	1.83
93043147--93043181	14	2.5	14	100	0	70	37	14	17	31	1.89
93043088--93043245	78	2.0	78	91	0	253	41	15	15	26	1.88
93043404--93043521	18	6.2	18	69	14	67	54	13	11	21	1.69
93043471--93043532	6	10.3	6	84	6	72	64	11	4	19	1.43
93043471--93043532	24	2.6	24	89	5	90	64	11	4	19	1.43
93043471--93043539	18	3.8	18	80	3	68	62	13	5	18	1.50
93046342--93046593	113	2.3	108	83	10	334	28	0	12	58	1.39
93046383--93046625	113	2.2	113	92	3	409	26	0	13	59	1.38
93048780--93048997	40	5.5	40	91	2	334	23	22	28	25	1.99
93051746--93051770	13	1.9	13	100	0	50	0	16	4	80	0.87
93051964--93052013	23	2.1	23	85	7	64	48	4	4	44	1.40
93053676--93053939	46	5.7	46	91	2	352	20	25	14	39	1.91
93056070--93056131	11	5.5	11	81	11	63	64	1	0	33	1.03
93056070--93056100	14	2.2	14	100	0	62	70	0	0	29	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93056366--93056424	30	1.9	31	86	3	84	30	20	1	47	1.60
93056366--93056434	30	2.3	31	82	7	79	30	18	4	46	1.69
93058791--93058842	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
93060917--93061019	49	2.1	49	83	8	129	49	2	6	40	1.44
93061143--93061220	40	2.0	40	97	0	147	29	10	19	41	1.84
93061450--93061479	8	3.8	8	95	0	51	50	6	0	43	1.28
93063426--93063459	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
93068205--93068238	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
93074352--93074414	28	2.2	28	81	13	76	25	7	4	61	1.43
93076808--93076846	18	2.1	19	85	4	53	61	0	10	28	1.28
93076938--93077003	10	6.2	10	75	19	53	43	1	1	53	1.19
93076970--93077003	5	7.0	5	86	6	52	44	0	0	55	0.99
93076970--93077010	15	2.8	14	82	10	55	46	0	0	53	1.00
93077035--93077069	15	2.2	17	90	10	56	40	5	20	34	1.76
93077545--93077569	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
93087193--93087349	78	2.0	78	86	0	215	31	24	17	26	1.97
93087493--93087560	34	2.0	34	100	0	136	29	17	23	29	1.97
93087504--93087576	34	2.1	34	85	5	94	30	17	21	30	1.97
93112224--93112257	15	2.2	16	89	5	52	32	11	14	41	1.82
93116196--93116581	134	2.9	133	86	1	506	31	19	17	32	1.95
93116196--93116611	132	3.1	132	85	1	526	31	19	16	32	1.94
93116732--93116974	130	1.9	129	84	0	324	26	21	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93120249--93120304	15	3.7	15	77	13	53	64	5	0	30	1.16
93126151--93126175	11	2.3	11	100	0	50	44	16	0	40	1.47
93129527--93129564	20	1.9	20	88	0	58	31	0	26	42	1.56
93130428--93130473	24	2.0	22	87	8	65	34	0	2	63	1.07
93137417--93137476	18	3.3	19	79	9	63	33	13	10	43	1.77
93137608--93137633	6	4.3	6	100	0	52	46	15	19	19	1.85
93139740--93139966	50	4.5	50	91	0	346	34	14	22	27	1.94
93144835--93145107	50	5.5	50	92	2	453	35	15	23	25	1.94
93144835--93145107	97	2.8	98	90	5	417	35	15	23	25	1.94
93144835--93145103	147	1.8	147	95	0	484	36	14	23	25	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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