genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.183.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60686282--60686393	28	4.0	27	91	3	143	29	11	25	33	1.91
60696437--60696463	13	2.1	13	100	0	54	14	0	0	85	0.61
60715077--60715119	18	2.4	18	81	14	61	46	4	9	39	1.57
60715558--60715683	28	4.5	28	92	2	191	26	12	27	32	1.93
60715558--60715683	55	2.2	57	90	2	193	26	12	27	32	1.93
60715586--60715697	28	4.0	27	91	3	143	29	11	25	33	1.91
60725983--60726020	7	5.3	7	90	6	58	13	2	2	81	0.90
60725983--60726022	14	2.7	15	88	7	64	12	5	2	80	0.98
60727003--60727352	174	2.0	174	90	1	558	27	23	19	30	1.98
60729945--60730090	37	3.9	37	89	0	220	26	32	17	23	1.97
60730295--60730582	47	6.1	47	88	0	414	27	29	11	31	1.91
60730388--60730464	22	3.4	22	69	22	68	25	28	14	31	1.95
60730295--60730583	141	2.0	141	93	0	488	27	29	11	31	1.91
60747855--60747902	24	2.0	24	100	0	96	37	4	12	45	1.61
60748125--60748185	29	2.1	29	81	6	70	42	0	24	32	1.55
60749831--60749855	8	3.1	8	100	0	50	16	0	24	60	1.36
60750331--60750429	43	2.3	43	78	3	110	31	17	22	29	1.96
60751920--60751974	18	3.2	17	76	19	60	3	34	0	61	1.13
60758511--60758747	47	5.0	47	87	1	287	33	10	29	27	1.89
60758554--60758632	25	3.3	25	65	22	69	32	10	27	29	1.89
60760255--60760601	40	8.7	40	96	0	595	19	22	30	27	1.98
60760777--60760827	25	2.0	25	81	7	59	35	13	29	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60764488--60764678	47	4.1	47	92	0	283	32	9	29	27	1.89
60764531--60764609	25	3.3	25	65	22	69	32	10	27	29	1.89
60764505--60764724	94	2.3	94	83	3	264	33	10	29	26	1.90
60767793--60767917	46	2.7	46	83	0	160	22	20	26	30	1.98
60770726--60770781	15	3.7	15	83	7	78	14	16	10	58	1.62
60773131--60773258	46	2.8	46	83	2	159	20	21	28	29	1.98
60774976--60775014	8	4.9	8	87	0	60	43	25	23	7	1.80
60774971--60775023	16	3.4	15	87	10	79	49	24	20	5	1.71
60775233--60775347	29	4.0	28	84	2	122	27	14	28	28	1.95
60777872--60777936	31	2.1	32	85	5	89	29	26	15	29	1.96
60778175--60778250	24	3.1	24	92	1	116	27	19	19	32	1.96
60778323--60778370	20	2.3	21	92	3	80	35	18	10	35	1.85
60801926--60802008	27	3.1	27	73	0	76	24	19	22	33	1.97
60802003--60802143	27	5.2	27	79	11	92	26	12	19	41	1.86
60802020--60802142	54	2.3	54	87	5	169	26	12	20	41	1.87
60811628--60811688	30	2.0	30	87	0	86	29	24	8	37	1.84
60818104--60818187	43	2.0	43	88	4	125	28	27	17	26	1.98
60821103--60821184	34	2.4	34	84	8	87	24	21	25	28	1.99
60823417--60823499	30	2.7	30	78	10	89	32	16	25	25	1.96
60823417--60823494	31	2.6	30	81	2	93	32	17	25	24	1.97
60826393--60826510	43	2.7	43	79	10	116	33	27	14	25	1.94
60827095--60827123	15	1.9	15	100	0	58	62	13	0	24	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60833456--60833500	22	2.0	24	82	8	58	33	6	26	33	1.83
60833465--60833512	24	2.0	23	84	11	62	33	10	25	31	1.89
60843216--60843453	49	4.8	49	86	2	305	28	27	17	25	1.98
60843216--60843460	99	2.5	100	85	2	332	28	28	17	25	1.98
60845604--60845703	44	2.3	42	85	8	130	25	18	24	33	1.97
60850840--60851043	53	3.8	54	77	1	203	38	19	23	18	1.93
60852477--60852587	27	4.1	27	85	5	136	36	21	24	17	1.94
60859902--60860112	55	3.9	54	79	6	203	23	24	17	34	1.96
60859903--60860105	108	1.9	110	84	4	277	23	24	18	33	1.97
60864518--60864567	25	2.0	25	84	0	64	32	20	18	30	1.96
60864615--60864670	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
60864604--60864670	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
60864721--60864800	24	3.2	25	75	15	76	32	17	23	26	1.97
60864985--60865045	31	2.0	31	86	0	86	36	18	22	22	1.95
60871463--60871638	27	6.5	27	80	5	95	27	30	15	26	1.96
60871488--60871638	54	2.8	55	83	5	200	27	30	15	26	1.96
60871484--60871638	81	1.9	81	84	5	206	27	30	15	26	1.96
60879546--60879722	27	6.5	27	80	3	131	28	28	16	25	1.97
60879571--60879722	54	2.8	54	83	3	189	28	28	16	26	1.97
60884781--60884842	15	4.0	16	83	10	76	59	14	14	11	1.61
60887758--60887928	93	1.8	93	92	0	288	28	28	21	22	1.99
60887750--60887925	46	3.8	46	79	10	205	28	28	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60890104--60890155	27	1.9	27	84	7	70	28	21	21	28	1.98
60894080--60894225	47	3.1	47	98	0	283	32	8	29	29	1.86
60894212--60894260	15	3.1	15	82	5	53	34	2	32	30	1.69
60894378--60894456	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
60898953--60899076	47	2.7	45	83	3	169	27	31	17	23	1.97
60901348--60901419	37	2.0	34	81	7	81	5	37	1	55	1.32
60902368--60902484	31	3.8	31	84	5	157	25	25	16	32	1.96
60902708--60902772	25	2.6	25	90	0	94	24	23	24	27	2.00
60902987--60903022	18	2.0	18	94	0	63	25	27	25	22	2.00
60903011--60903068	27	2.1	27	90	0	89	22	20	24	32	1.98
60904930--60905048	31	3.8	30	76	11	123	31	16	26	26	1.97
60905148--60905253	49	2.2	48	89	3	158	28	12	29	30	1.93
60905209--60905322	42	2.7	42	82	2	140	32	13	26	28	1.93
60906127--60906222	27	3.6	27	91	1	158	21	16	22	38	1.93
60906211--60906310	27	3.8	27	83	7	98	29	10	21	40	1.85
60906266--60906369	27	3.9	27	81	0	91	33	7	21	37	1.82
60906302--60906567	81	3.3	80	81	5	284	40	8	21	30	1.82
60906302--60906567	54	4.9	54	84	0	300	40	8	21	30	1.82
60906331--60906567	27	8.8	27	85	1	305	40	8	21	29	1.82
60906351--60906594	81	3.0	81	84	0	218	40	8	21	29	1.83
60908234--60908330	47	2.1	47	92	3	160	26	20	22	29	1.99
60908213--60908331	24	5.0	24	86	9	163	26	21	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60908388--60908463	9	7.9	9	70	18	55	34	21	9	35	1.85
60908384--60908465	20	4.2	20	95	3	148	31	19	12	36	1.89
60908384--60908454	9	7.1	11	67	20	57	30	19	12	36	1.89
60908384--60908465	39	2.1	40	95	2	148	31	19	12	36	1.89
60908502--60908549	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
60915205--60915277	23	3.1	23	94	3	128	27	20	21	30	1.98
60915181--60915277	47	2.1	46	88	7	142	25	19	23	30	1.98
60915160--60915278	24	5.0	24	84	12	147	25	21	23	30	1.99
60915335--60915391	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
60915331--60915393	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
60916415--60917945	764	2.0	765	97	0	2920	34	24	15	25	1.94
60919488--60919604	31	3.8	31	90	1	173	24	27	16	31	1.96
60919816--60919867	25	2.1	25	89	3	79	28	19	19	32	1.96
60919823--60919892	25	2.8	25	88	0	95	25	24	24	25	2.00
60920099--60920224	27	4.7	27	82	4	148	25	20	19	34	1.96
60920094--60920224	54	2.4	54	88	5	185	25	19	20	34	1.96
60922969--60923040	27	2.7	27	95	0	126	25	18	22	34	1.96
60923025--60923125	27	3.8	27	83	6	107	28	8	20	41	1.83
60923081--60923184	27	3.9	27	80	0	91	31	6	22	39	1.80
60923145--60923436	27	10.8	27	89	0	368	39	7	22	30	1.81
60927533--60927650	50	2.4	50	95	2	211	27	24	18	28	1.98
60928370--60928436	32	2.1	32	85	0	89	28	13	28	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60929286--60929319	16	2.1	16	94	0	59	38	8	23	29	1.85
60933120--60933208	32	2.8	32	84	0	106	26	16	28	28	1.97
60933130--60933212	32	2.6	32	88	0	112	25	18	28	27	1.98
60934923--60934973	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
60939469--60939735	46	5.7	48	78	10	220	27	19	28	25	1.99
60939469--60939734	140	1.9	141	81	6	326	27	19	27	25	1.99
60944051--60944176	38	3.3	38	88	0	162	24	18	23	34	1.96
60948499--60948681	40	4.6	39	82	4	188	26	27	21	25	1.99
60948613--60948690	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
60956949--60957134	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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