genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.121.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39667478--39667562	42	2.0	42	97	0	161	21	12	16	49	1.79
39670221--39670280	27	2.2	27	96	0	111	31	8	16	43	1.78
39670529--39670726	50	4.0	50	83	1	227	26	17	26	29	1.98
39677345--39677385	20	2.0	20	86	9	57	41	19	2	36	1.65
39678728--39678832	45	2.3	47	83	11	137	40	13	20	26	1.89
39680538--39680585	20	2.4	21	82	10	64	68	6	2	22	1.23
39684283--39684401	8	16.5	8	73	19	102	22	2	1	73	1.05
39684307--39684415	13	7.9	13	83	12	121	22	1	2	72	1.07
39684328--39684415	13	6.5	13	88	7	122	22	0	2	75	0.92
39684946--39684996	15	3.5	15	72	5	50	47	27	1	23	1.63
39685250--39685535	41	7.0	41	88	1	349	18	24	22	34	1.96
39691520--39691945	47	9.1	47	94	0	692	32	8	29	28	1.88
39692064--39692142	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
39694783--39694816	18	1.9	17	88	5	50	41	23	5	29	1.78
39725818--39725989	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
39725842--39726025	67	2.9	63	78	8	201	28	16	30	23	1.97
39732707--39732773	34	2.0	34	96	0	125	35	2	22	38	1.70
39741780--39741839	27	2.3	27	85	2	77	20	23	20	36	1.95
39745871--39745903	9	3.8	9	92	8	59	24	0	0	75	0.80
39752383--39753322	40	23.6	40	93	1	1559	28	18	27	26	1.98
39760245--39760422	27	6.6	27	82	3	178	29	28	15	26	1.96
39760266--39760421	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39768302--39768479	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
39768323--39768478	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
39771717--39772661	40	23.6	40	94	0	1595	28	18	27	25	1.98
39778467--39778499	16	2.1	16	88	5	50	21	0	0	78	0.75
39788977--39789364	49	8.1	49	87	5	560	28	31	9	30	1.88
39788977--39789364	96	4.0	96	95	1	618	28	31	9	30	1.88
39791801--39791883	43	1.9	43	85	2	112	25	27	16	30	1.97
39791762--39795019	220	14.8	220	89	1	4716	28	22	17	31	1.97
39792094--39792254	89	1.8	87	84	5	216	28	21	17	32	1.96
39791762--39809456	440	40.4	440	85	6	15112	28	22	17	32	1.96
39791762--39826669	660	53.3	659	80	10	15318	27	22	17	32	1.96
39793194--39793354	89	1.8	89	82	5	211	26	23	18	31	1.97
39794294--39794454	89	1.8	89	85	7	231	27	24	17	30	1.97
39794441--39794523	43	1.9	43	85	2	112	25	27	16	30	1.97
39794514--39794674	88	1.9	88	82	5	211	29	22	15	32	1.95
39794791--39795150	133	2.7	132	85	5	435	27	22	16	33	1.95
39794953--39797351	220	10.9	220	88	0	3463	28	22	16	32	1.96
39796333--39796415	43	1.9	44	87	2	123	25	21	18	34	1.96
39797286--39809456	220	55.9	220	86	5	12712	27	22	17	32	1.96
39797846--39798006	89	1.8	87	86	5	234	27	23	18	31	1.97
39797286--39809456	439	28.0	440	86	5	12812	27	22	17	32	1.96
39799312--39799394	43	1.9	43	82	2	103	26	28	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39799605--39799765	89	1.8	89	82	5	211	29	21	16	32	1.95
39800704--39800863	87	1.8	88	82	6	209	26	23	18	31	1.97
39801582--39801742	89	1.8	89	85	7	231	27	24	17	30	1.97
39801729--39801811	43	1.9	43	85	2	112	25	27	16	30	1.97
39802079--39802436	133	2.7	132	85	5	435	27	22	16	33	1.95
39802241--39804616	219	10.9	220	87	2	3454	28	22	17	31	1.96
39802241--39804616	437	5.5	440	88	2	3454	28	22	17	31	1.96
39802241--39804616	656	3.6	660	89	1	3551	28	22	17	31	1.96
39803608--39803690	43	1.9	44	87	2	123	25	21	18	34	1.96
39804116--39804276	88	1.9	85	83	8	209	29	23	16	29	1.96
39805097--39805255	87	1.9	84	84	10	209	27	23	18	30	1.98
39805745--39805899	85	1.8	83	85	13	219	26	22	18	32	1.97
39804553--39809456	645	7.6	659	91	5	7785	27	22	17	32	1.96
39804553--39809456	217	22.9	220	91	5	7802	27	22	17	32	1.96
39806171--39806332	88	1.9	84	87	8	227	26	23	19	30	1.98
39806387--39806549	88	1.9	89	88	6	253	28	23	17	30	1.97
39806536--39806617	42	1.9	43	82	5	103	26	26	15	30	1.96
39808744--39808902	87	1.8	87	85	10	227	27	24	17	30	1.97
39808741--39808927	87	2.2	86	80	12	213	28	23	18	29	1.98
39808955--39809118	86	1.9	87	82	8	212	28	23	15	31	1.96
39809252--39809587	133	2.6	133	87	2	475	27	21	18	33	1.96
39808613--39810243	778	2.1	788	89	3	2512	27	22	17	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39810175--39810336	86	1.9	84	81	11	195	27	24	17	30	1.98
39810320--39810402	43	1.9	43	82	4	105	25	22	18	33	1.96
39809389--39816711	216	33.9	220	90	5	11469	27	22	17	32	1.97
39810823--39810982	89	1.8	86	87	4	239	28	23	16	31	1.96
39811474--39811630	86	1.8	84	86	10	230	26	24	18	30	1.98
39811471--39811655	86	2.2	85	81	12	218	28	23	19	28	1.98
39811689--39811848	89	1.8	86	88	6	241	26	24	18	30	1.98
39811775--39812109	131	2.5	131	85	4	424	26	22	17	33	1.96
39812037--39812279	88	2.8	88	93	3	404	29	23	16	30	1.96
39812344--39812504	88	1.9	88	88	5	247	28	22	16	32	1.96
39812984--39813147	89	1.9	86	84	6	213	28	23	18	29	1.98
39813346--39813428	43	1.9	43	82	2	103	26	27	15	30	1.96
39813842--39814033	87	2.2	85	80	12	230	29	22	18	29	1.97
39814210--39814291	44	1.9	42	85	5	110	25	26	15	31	1.96
39814920--39815079	88	1.8	87	89	6	252	26	23	18	31	1.97
39815570--39815730	89	1.8	89	89	5	256	26	24	18	30	1.98
39815717--39815797	42	1.9	43	84	2	110	25	27	16	30	1.96
39815788--39815946	89	1.8	85	88	8	239	27	23	17	31	1.97
39816193--39816366	84	2.1	82	83	10	212	28	21	17	32	1.96
39816485--39816722	124	1.9	126	91	6	396	28	23	17	31	1.97
39816499--39816839	124	2.7	127	82	12	379	27	23	17	30	1.97
39816767--39816949	86	2.2	83	81	6	215	28	22	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39816609--39826669	220	46.0	220	82	8	4930	28	22	17	32	1.96
39816982--39817141	89	1.8	88	88	6	245	26	23	18	31	1.97
39817592--39817768	84	2.1	86	85	9	240	27	21	18	32	1.96
39817833--39817991	87	1.8	87	85	10	227	27	23	18	30	1.97
39816609--39818965	429	5.5	437	92	5	3816	27	22	17	32	1.96
39816609--39826669	659	15.4	654	78	10	4574	28	22	17	32	1.96
39818049--39818205	87	1.8	84	86	9	228	28	24	15	31	1.96
39818900--39823250	220	19.9	220	89	1	6277	28	22	17	32	1.96
39818900--39832927	440	32.0	440	83	6	12162	28	22	17	32	1.96
39820115--39820277	89	1.9	88	85	7	233	27	23	16	32	1.96
39820772--39820932	89	1.8	87	84	5	216	27	21	18	32	1.96
39822454--39822536	43	1.9	43	82	2	103	24	21	18	36	1.95
39822747--39822907	89	1.8	87	84	5	216	29	23	15	31	1.95
39823185--39826669	220	15.9	220	88	1	4992	28	21	17	32	1.96
39824333--39824415	43	1.9	43	82	2	103	25	28	15	30	1.96
39824626--39824786	89	1.8	87	84	5	216	27	21	18	32	1.96
39825056--39825219	89	1.9	89	87	7	246	29	21	17	30	1.97
39823185--39826669	879	4.0	879	87	2	5042	28	21	17	32	1.96
39826091--39826173	43	1.9	43	82	2	103	26	27	15	30	1.96
39826872--39826954	43	1.9	43	85	2	112	25	24	16	33	1.96
39826604--39832927	220	28.9	220	87	2	8922	28	22	17	32	1.96
39826945--39827105	89	1.8	87	86	5	234	27	24	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39827604--39827765	89	1.8	87	82	5	209	29	22	18	29	1.98
39827825--39827986	89	1.8	88	83	7	213	27	23	16	32	1.96
39827825--39827986	87	1.8	87	83	7	211	27	23	16	32	1.96
39832202--39832362	89	1.8	89	85	7	231	26	24	18	30	1.98
39832422--39832582	89	1.8	87	82	7	209	28	24	16	30	1.96
39833131--39833213	43	1.9	43	85	2	112	25	24	16	33	1.96
39832862--39833785	220	4.2	220	88	2	1300	28	22	16	32	1.96
39833204--39833364	89	1.8	87	86	5	234	27	24	17	30	1.97
39836246--39836530	47	6.1	47	90	0	428	32	10	29	28	1.90
39836649--39836727	37	2.1	37	88	4	115	25	20	29	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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