genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.268.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86846987--86847036	20	2.5	20	86	3	73	0	30	0	70	0.88
86847336--86847418	3	26.7	3	69	11	51	30	4	3	61	1.34
86850032--86850072	10	3.9	11	87	12	52	80	0	14	4	0.87
86850043--86850071	5	5.8	5	100	0	58	82	0	17	0	0.66
86850917--86850974	30	1.9	30	85	0	80	27	32	22	17	1.96
86855629--86856000	39	9.8	39	84	5	485	23	27	24	24	2.00
86855679--86855737	29	2.0	29	93	0	100	25	28	18	27	1.98
86877656--86877693	20	1.9	20	84	10	51	42	10	0	47	1.38
86878181--86878221	18	2.3	18	87	8	57	29	21	0	48	1.50
86878553--86878606	24	2.2	25	77	9	58	31	29	0	38	1.57
86879367--86879397	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
86882423--86882513	39	2.2	40	84	7	121	54	5	2	37	1.36
86889514--86889555	21	2.0	21	85	4	57	28	2	11	57	1.47
86890741--86890775	4	8.8	4	100	0	70	48	25	0	25	1.51
86892853--86892899	24	2.0	24	95	0	85	36	12	12	38	1.82
86895748--86895784	15	2.5	15	91	4	58	0	16	0	83	0.64
86902604--86902652	23	2.1	23	96	0	89	36	6	8	48	1.58
86905454--86905494	23	1.9	20	85	14	55	48	0	19	31	1.49
86913439--86913468	15	1.9	16	93	6	53	66	16	6	10	1.41
86916155--86916251	40	2.4	40	84	0	131	30	13	22	32	1.93
86916670--86916742	29	2.5	29	84	4	94	31	23	4	41	1.73
86917371--86917421	20	2.5	21	83	3	59	33	0	5	60	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86918735--86918769	15	2.4	15	85	4	54	34	0	2	62	1.10
86923847--86923884	15	2.5	15	95	0	67	10	18	26	44	1.82
86926842--86926879	19	2.0	19	89	0	58	36	0	15	47	1.46
86927092--86927267	41	4.3	41	91	0	280	29	19	27	23	1.98
86927092--86927261	82	2.1	82	98	0	331	29	18	28	23	1.98
86930836--86930879	17	2.4	18	81	7	54	43	9	0	47	1.35
86945594--86945642	17	2.9	17	93	0	80	59	4	16	20	1.53
86946055--86946086	17	1.9	16	93	6	55	62	3	3	31	1.26
86946206--86946269	24	2.7	24	77	15	69	65	4	6	23	1.35
86946594--86946682	43	2.1	43	95	0	160	41	16	23	17	1.90
86948178--86948651	44	10.9	43	67	13	122	20	22	20	36	1.95
86948137--86948694	87	6.4	87	82	3	604	20	22	21	36	1.95
86948764--86948891	64	2.0	64	93	0	220	37	14	17	30	1.90
86957053--86957105	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
86958585--86958642	26	2.2	26	90	0	89	34	24	5	36	1.78
86964356--86964439	26	3.2	26	96	0	150	35	25	5	33	1.80
86965048--86965081	17	1.9	18	88	5	52	67	0	11	20	1.21
86965346--86965777	3	145.3	3	66	15	116	62	3	7	27	1.37
86965343--86965384	20	2.1	20	86	0	57	61	2	4	30	1.29
86965342--86965381	14	3.2	13	83	16	57	62	2	5	30	1.29
86965346--86965432	23	3.7	22	71	20	61	60	1	8	29	1.32
86965637--86965710	38	1.9	39	83	2	96	64	2	6	25	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86965886--86965974	43	2.1	43	100	0	178	42	17	22	16	1.89
86967276--86967325	24	2.1	24	92	0	82	30	8	6	56	1.52
86975284--86975312	4	7.2	4	100	0	58	75	0	24	0	0.80
86981825--86981915	27	3.4	27	87	1	130	27	23	8	40	1.84
86981914--86982083	27	6.3	27	74	8	116	40	20	10	29	1.86
86982000--86982125	27	4.7	26	75	13	85	43	18	7	30	1.77
86982081--86982132	27	1.9	27	84	7	70	40	11	11	36	1.78
86982186--86982248	26	2.4	26	86	0	90	34	20	25	19	1.96
86983058--86983127	25	2.8	25	84	4	88	25	22	24	27	2.00
86983084--86983154	25	2.9	24	80	14	74	28	22	22	26	1.99
86988501--86988553	19	2.8	19	80	2	54	16	3	3	75	1.10
86988501--86988554	6	8.8	6	83	4	63	16	3	3	75	1.08
86989665--86989727	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
86992544--86992581	16	2.3	17	86	4	51	60	5	0	34	1.19
86993293--86993356	20	3.2	20	70	16	62	40	0	1	57	1.08
86993356--86993440	32	2.7	32	81	15	113	55	11	8	24	1.63
86996831--86996899	26	2.8	24	79	14	70	36	0	1	62	1.04
87001073--87001164	47	1.9	49	91	4	152	31	2	3	63	1.23
87003346--87003382	16	2.3	16	95	0	65	0	37	8	54	1.30
87014394--87014450	16	3.5	18	73	22	54	40	0	3	56	1.17
87015700--87015737	13	3.1	12	82	17	51	18	0	2	78	0.86
87015700--87015737	6	6.2	6	85	14	51	18	0	2	78	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87015702--87015745	20	2.2	20	84	4	54	18	4	4	72	1.19
87015794--87015880	21	4.0	21	69	19	63	19	8	0	72	1.09
87016465--87016780	131	2.4	131	86	3	417	35	18	16	29	1.93
87016528--87016785	131	2.0	131	92	1	437	37	19	15	27	1.92
87019410--87019527	45	2.6	46	84	7	145	27	22	22	27	1.99
87019623--87019760	44	3.1	44	61	17	104	20	26	19	34	1.96
87019498--87019983	89	5.5	89	83	2	559	22	24	20	31	1.98
87025110--87025147	19	2.0	19	100	0	76	36	10	21	31	1.87
87026331--87026373	9	4.8	9	82	5	52	4	9	0	86	0.71
87034850--87034885	18	2.0	18	100	0	72	22	27	5	44	1.75
87036023--87036353	131	2.6	129	86	6	431	35	18	16	29	1.93
87040883--87040925	18	2.4	18	92	0	68	20	0	30	48	1.50
87040983--87041011	12	2.3	13	94	5	51	51	0	0	48	1.00
87040989--87041067	17	4.4	17	66	17	52	53	1	7	37	1.38
87040955--87041094	55	2.5	54	90	4	219	49	2	12	35	1.53
87043231--87044047	273	3.0	273	89	2	1221	31	21	20	26	1.98
87045049--87045425	129	2.9	129	90	3	589	55	4	4	35	1.39
87045527--87045590	21	3.0	22	82	11	80	4	17	45	32	1.69
87045835--87045877	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
87049806--87049849	7	6.0	7	86	7	61	56	13	4	25	1.56
87049806--87049849	15	3.0	14	87	9	61	56	13	4	25	1.56
87049806--87049849	22	2.0	23	90	4	72	56	13	4	25	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87051014--87051064	22	2.3	21	87	9	75	37	0	35	27	1.57
87051016--87051057	11	3.8	11	96	0	75	40	0	33	26	1.56
87054984--87055039	26	2.2	26	90	0	85	44	3	3	48	1.37
87054991--87055047	26	2.2	26	93	0	96	43	5	3	47	1.43
87060535--87060701	85	2.0	85	87	2	246	33	14	19	32	1.92
87062336--87062390	11	5.0	11	72	16	51	56	3	1	38	1.28
87062321--87062390	33	2.3	29	85	11	95	55	2	1	40	1.23
87065808--87065834	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
87079968--87080161	33	5.9	33	85	4	184	31	20	10	37	1.86
87079952--87080113	66	2.5	65	83	7	204	32	20	10	36	1.87
87080003--87080169	65	2.6	65	78	6	160	31	20	10	37	1.87
87092195--87092245	22	2.4	21	78	9	59	25	21	5	47	1.73
87093440--87093487	13	3.6	14	82	2	55	27	4	0	68	1.07
87095979--87096013	15	2.3	15	95	0	61	51	37	5	5	1.50
87097546--87097576	11	2.8	11	100	0	62	45	19	0	35	1.51
87097709--87097850	50	2.8	50	79	12	166	34	8	4	52	1.54
87099093--87099123	12	2.6	12	94	0	53	74	0	25	0	0.82
87115883--87115927	23	2.0	23	90	0	72	48	22	0	28	1.50
87120762--87120829	35	1.9	35	85	5	93	61	4	4	29	1.35
87120762--87120829	18	4.1	17	75	17	63	61	4	4	29	1.35
87122492--87122674	99	1.8	99	83	0	240	25	24	22	27	2.00
87122492--87122696	99	2.1	99	81	0	230	25	23	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87125591--87125622	12	2.7	12	95	0	55	21	25	12	40	1.88
87141660--87141701	19	2.2	19	87	12	59	52	2	0	45	1.13
87141669--87141709	20	2.1	19	86	4	55	53	4	0	41	1.22
87143691--87143715	9	2.8	9	100	0	50	80	0	0	20	0.72
87145003--87145028	7	3.7	7	100	0	52	84	0	0	15	0.62
87147047--87147095	19	2.6	19	86	0	71	24	18	14	42	1.87
87151067--87151268	88	2.3	88	92	1	325	27	16	24	31	1.97
87151252--87151925	44	15.4	44	87	2	935	29	16	31	22	1.96
87152222--87152262	10	4.5	10	88	11	54	80	0	12	7	0.90
87153515--87153540	7	3.7	7	100	0	52	84	0	0	15	0.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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