genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.265.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85971565--85971608	17	2.7	15	86	10	52	75	0	15	9	1.05
85973445--85973635	18	10.6	18	75	10	149	34	12	16	37	1.85
85973433--85973715	36	7.6	36	68	17	125	35	12	15	36	1.85
85973433--85973728	18	16.1	18	71	8	112	35	12	15	37	1.85
85974432--85974477	19	2.4	18	79	10	56	21	21	13	43	1.86
85980385--85980493	44	2.5	44	88	4	150	33	14	22	29	1.94
85980397--85980500	43	2.4	44	82	10	142	35	12	26	25	1.92
85980426--85980972	177	3.1	177	88	0	817	29	18	22	29	1.97
85982108--85982150	23	1.9	22	86	13	61	16	4	6	72	1.24
85988687--85988733	21	2.2	22	85	11	62	6	10	10	72	1.28
85989704--85989738	17	2.1	17	89	5	54	45	0	0	54	0.99
85996892--85996936	20	2.3	20	80	3	56	46	17	2	33	1.61
85999769--85999800	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
85999769--85999799	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
86004229--86004260	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
86004229--86004259	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
86004995--86005035	21	2.0	21	85	0	55	36	12	0	51	1.40
86006335--86006370	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
86008736--86008781	22	2.0	25	87	12	71	47	6	6	39	1.55
86013147--86013260	44	2.5	45	85	2	149	35	14	22	27	1.93
86021126--86021164	20	2.0	20	95	5	71	41	5	2	51	1.38
86022806--86022876	3	23.7	3	75	13	58	32	1	4	61	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86022806--86022876	27	2.6	27	73	10	81	32	1	4	61	1.23
86028358--86028423	26	2.6	25	70	15	62	39	0	3	57	1.14
86030951--86031008	21	2.8	21	89	0	80	24	12	22	41	1.87
86041807--86042303	250	2.0	251	98	0	960	44	21	10	23	1.82
86044532--86044725	96	2.0	96	98	0	379	36	15	6	41	1.73
86051949--86051980	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
86053053--86053166	46	2.6	45	83	8	135	25	27	23	23	2.00
86053159--86053319	38	4.2	38	90	3	252	31	25	22	19	1.98
86055496--86055533	20	1.9	20	84	10	51	42	10	0	47	1.38
86056021--86056061	18	2.3	18	87	8	57	29	21	0	48	1.50
86057196--86057226	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
86063586--86063648	29	2.2	29	100	0	126	49	20	0	30	1.49
86073627--86073835	46	4.5	46	90	1	294	20	24	15	39	1.92
86073816--86073851	16	2.2	16	100	0	72	16	27	16	38	1.90
86073767--86073897	62	2.1	62	91	2	219	22	25	15	36	1.93
86077022--86077048	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
86083597--86083638	5	8.4	5	89	0	66	59	4	0	35	1.19
86085666--86085691	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
86090117--86090194	4	19.5	4	97	0	147	25	1	24	48	1.59
86100977--86101006	12	2.5	12	94	0	51	0	26	0	73	0.84
86107419--86107487	27	2.4	28	75	15	70	37	36	5	20	1.77
86108543--86108573	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86111264--86111414	43	3.6	42	84	2	205	29	13	26	30	1.94
86111590--86111619	15	1.9	16	93	6	53	36	0	23	40	1.55
86112534--86112584	20	2.7	19	76	8	59	17	25	37	19	1.94
86117830--86117967	21	6.3	21	82	11	179	34	0	3	62	1.13
86117816--86117967	45	3.4	45	90	4	231	33	0	3	61	1.19
86121715--86121823	50	2.1	50	83	9	132	39	11	19	29	1.87
86123071--86123229	79	2.0	79	81	2	185	37	22	19	20	1.94
86137451--86137501	24	2.1	24	96	0	93	37	3	17	41	1.68
86137775--86137821	21	2.2	21	80	0	58	65	0	0	34	0.93
86139263--86139303	21	2.0	21	85	9	57	29	17	26	26	1.97
86147574--86147598	12	2.1	12	100	0	50	8	8	32	52	1.60
86147668--86147775	41	2.6	41	94	0	189	25	21	28	25	1.99
86148411--86148442	14	2.3	14	94	0	55	21	0	25	53	1.46
86148864--86148897	18	1.9	18	88	5	52	50	2	2	44	1.32
86153092--86153128	19	1.9	19	88	0	56	54	0	0	45	1.00
86153200--86153343	43	3.3	44	85	1	141	24	25	25	25	2.00
86153249--86153362	43	2.7	43	91	0	147	21	28	23	25	1.99
86159961--86160218	141	1.8	141	87	3	385	22	32	15	29	1.95
86163135--86163197	6	10.7	6	75	16	51	25	1	3	69	1.12
86163122--86163174	22	2.5	21	81	6	61	28	3	1	66	1.20
86172138--86172360	49	4.5	50	82	2	270	26	17	26	29	1.97
86172144--86172360	100	2.2	98	82	10	262	25	17	26	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86172138--86172413	150	1.8	150	86	4	396	27	17	25	29	1.97
86175425--86175475	18	2.8	18	81	0	75	60	35	0	3	1.15
86188053--86188092	20	2.0	21	90	5	64	32	0	0	67	0.91
86188433--86188469	19	1.9	19	94	0	65	37	10	2	48	1.52
86188542--86188613	36	2.0	36	86	10	103	37	2	4	55	1.34
86190106--86190164	28	2.1	28	100	0	118	47	22	23	6	1.75
86191487--86191532	17	2.6	18	80	10	51	56	2	34	6	1.37
86192489--86192614	63	1.9	63	84	6	162	28	10	17	43	1.82
86192929--86192994	28	2.4	28	92	0	105	42	18	6	33	1.75
86197868--86197981	59	1.9	60	90	1	185	52	12	0	34	1.45
86198380--86198430	22	2.3	22	82	3	57	68	1	0	29	1.00
86200522--86200593	21	3.2	22	84	9	83	66	27	1	4	1.18
86200957--86201013	27	2.1	27	100	0	114	7	29	56	7	1.53
86203114--86203149	12	3.0	12	91	0	54	27	27	5	38	1.79
86211368--86211542	70	2.5	70	85	0	226	29	14	22	33	1.93
86211514--86211772	139	1.9	140	89	4	407	26	16	20	35	1.94
86211826--86211852	14	1.9	14	100	0	54	22	18	7	51	1.70
86211842--86212767	72	12.3	73	77	11	674	30	16	19	32	1.95
86211991--86212017	14	1.9	14	100	0	54	14	14	7	62	1.51
86211992--86212025	14	2.4	14	90	0	50	17	20	5	55	1.62
86211918--86212093	89	2.0	88	84	4	230	26	19	19	34	1.96
86212006--86212762	72	10.2	72	82	7	854	31	16	20	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86212006--86212762	222	3.4	223	90	3	1123	31	16	20	32	1.94
86212716--86212809	49	2.0	47	89	4	143	28	17	20	34	1.95
86212953--86212987	13	2.7	13	90	0	52	14	11	11	62	1.54
86214433--86214534	37	2.6	37	75	20	93	32	4	4	57	1.41
86219234--86219775	45	12.1	45	89	1	750	24	19	27	28	1.98
86220559--86220583	13	1.9	13	100	0	50	12	24	48	16	1.79
86222986--86223010	12	2.1	12	100	0	50	0	24	0	76	0.80
86226838--86226891	20	2.8	20	71	2	56	64	1	0	33	1.04
86233782--86233832	15	3.5	15	72	5	50	49	11	15	23	1.78
86233782--86233838	29	2.0	29	96	0	105	45	12	14	28	1.80
86233794--86233864	29	2.4	29	85	0	88	49	9	9	30	1.69
86234445--86234514	27	2.7	26	78	10	79	42	1	2	52	1.24
86240504--86240563	30	2.0	30	93	0	102	28	11	18	41	1.85
86242415--86242461	23	2.0	23	100	0	94	51	4	17	27	1.64
86247605--86247666	32	2.0	31	83	3	79	61	3	0	35	1.12
86249787--86249886	22	4.5	21	79	10	92	31	21	16	32	1.95
86250009--86250069	31	1.9	32	87	9	90	27	18	29	24	1.98
86250006--86250093	17	5.4	16	71	16	58	29	19	25	26	1.98
86250022--86250094	31	2.3	31	81	9	85	31	19	23	26	1.98
86250153--86250256	24	4.4	22	82	15	88	19	13	36	30	1.90
86250173--86250261	24	3.7	24	92	1	133	19	12	37	31	1.88
86250301--86250361	22	2.8	22	94	0	104	26	9	19	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86251482--86251547	32	2.1	31	83	8	80	37	6	0	56	1.24
86256005--86256049	3	15.3	3	90	4	74	35	2	0	62	1.08
86256186--86256233	25	1.9	25	91	0	78	52	0	2	45	1.12
86256820--86256911	44	2.1	44	84	8	116	21	20	23	33	1.97
86258742--86258781	21	1.9	21	89	0	62	42	15	5	37	1.68
86260074--86260134	23	2.7	22	82	9	70	36	1	8	54	1.40
86265283--86265336	19	2.7	19	78	13	56	72	1	1	24	1.05
86266149--86266179	11	2.7	11	95	5	53	45	16	0	38	1.47
86269988--86270159	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
86269981--86270156	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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