genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26299141--26299251	58	1.9	57	87	5	161	25	14	30	29	1.95
26299128--26299241	29	4.0	29	84	6	144	26	14	29	29	1.95
26304516--26304631	49	2.4	49	78	11	130	24	26	18	30	1.98
26312441--26312663	111	2.0	111	97	0	419	47	4	15	33	1.64
26315803--26315952	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
26315827--26316010	67	2.8	64	77	7	192	29	17	29	22	1.97
26318754--26318805	27	2.0	26	88	3	77	15	26	23	34	1.94
26318844--26318903	27	2.3	26	82	2	66	21	21	20	36	1.95
26320637--26320666	11	2.6	11	94	5	51	80	3	6	10	1.01
26324955--26325174	49	4.6	49	73	11	188	25	28	20	26	1.99
26325146--26325269	46	2.7	44	81	7	142	24	29	18	27	1.98
26328515--26328722	80	2.6	80	88	4	287	24	24	26	24	2.00
26328515--26328710	40	4.9	40	79	2	187	24	24	26	24	2.00
26336619--26336753	38	3.6	38	79	5	134	28	25	24	22	1.99
26339061--26339236	46	3.8	46	77	14	182	21	19	28	30	1.98
26339058--26339229	93	1.8	93	91	2	283	22	20	28	29	1.98
26353627--26353792	49	3.4	49	80	5	199	25	15	27	31	1.96
26353615--26353808	99	2.0	99	87	0	280	25	17	26	30	1.97
26357124--26357187	28	2.3	27	94	2	110	34	28	7	29	1.85
26357304--26357380	27	2.8	27	88	7	111	22	25	19	32	1.97
26357292--26357405	55	2.1	56	81	6	135	19	24	21	35	1.96
26364984--26365048	28	2.3	28	92	5	105	33	29	7	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26365154--26365216	28	2.2	29	88	2	92	19	22	23	34	1.96
26388596--26388627	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
26401942--26401994	24	2.2	24	86	6	72	54	16	16	11	1.70
26402103--26402142	9	4.3	9	84	6	53	27	20	37	15	1.92
26402224--26402330	29	3.8	28	76	6	108	28	14	31	25	1.95
26406450--26406485	19	1.9	19	94	5	65	19	16	47	16	1.83
26406565--26406671	29	3.8	28	77	10	110	27	13	31	28	1.93
26406557--26406669	58	2.0	58	85	5	158	29	12	30	28	1.93
26408957--26408988	15	2.1	15	94	0	55	59	6	6	28	1.46
26409147--26409235	45	2.0	45	91	4	144	31	16	23	28	1.96
26409213--26409275	24	2.7	23	90	2	81	31	22	26	19	1.97
26409225--26409275	24	2.1	24	96	0	93	31	23	25	19	1.98
26409153--26409249	45	2.2	44	84	3	122	34	19	21	24	1.97
26413050--26413199	27	5.6	27	86	6	205	38	20	13	28	1.90
26413046--26413199	81	1.9	81	89	2	238	37	19	14	28	1.92
26415031--26415116	30	2.9	30	79	8	95	30	22	16	31	1.95
26415295--26415325	14	2.2	14	94	0	53	16	0	9	74	1.07
26415999--26416047	20	2.3	20	82	10	53	32	8	14	44	1.74
26417652--26417708	11	5.5	10	74	15	53	78	3	15	1	0.96
26417652--26417708	5	11.0	5	78	10	53	78	3	15	1	0.96
26417656--26417704	26	1.9	25	84	12	64	79	4	14	2	0.97
26417833--26417862	12	2.5	12	94	0	51	63	0	20	16	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26442933--26442988	28	2.0	29	85	3	78	12	17	46	23	1.82
26445840--26446321	47	10.1	47	92	2	739	31	9	31	28	1.88
26445840--26446321	96	5.0	96	91	4	751	31	9	31	28	1.88
26445843--26446321	143	3.3	144	93	1	784	31	9	31	28	1.88
26446440--26446518	37	2.1	37	85	0	104	25	18	29	26	1.98
26448233--26448306	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
26448696--26449172	40	11.9	40	94	0	819	25	22	27	25	2.00
26452617--26453140	47	11.0	47	93	2	823	30	9	31	28	1.88
26452614--26453140	96	5.5	94	92	3	820	31	9	31	28	1.88
26452617--26453142	143	3.7	144	94	1	862	30	9	31	28	1.88
26460548--26460608	25	2.7	22	76	14	61	45	1	0	52	1.10
26460617--26460709	25	3.7	25	79	8	84	53	4	3	38	1.37
26460635--26460712	25	3.1	25	81	7	95	58	2	2	35	1.25
26460881--26460919	20	2.0	20	89	0	60	33	5	0	61	1.18
26461833--26461891	30	2.0	29	90	9	93	30	3	8	57	1.45
26462014--26462046	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
26475037--26475240	52	4.0	52	74	11	172	31	30	14	23	1.94
26476085--26476137	13	4.1	13	76	9	63	32	7	24	35	1.84
26479618--26479694	11	8.3	9	75	22	63	74	1	2	22	1.02
26479617--26479687	26	2.5	28	82	15	92	71	1	2	23	1.07
26479615--26479729	37	3.1	36	80	3	115	68	1	1	27	1.09
26479617--26479723	9	11.7	9	70	18	69	69	1	1	27	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26479617--26479723	46	2.3	46	80	6	119	69	1	1	27	1.09
26479921--26480055	28	4.8	30	73	16	89	31	2	2	63	1.21
26479960--26480045	20	4.4	20	77	10	81	31	2	2	63	1.19
26479933--26480045	10	11.8	10	72	16	71	30	3	2	63	1.25
26479939--26480056	9	13.2	8	69	21	51	29	3	1	65	1.19
26484783--26484822	21	1.9	21	85	10	55	22	0	5	72	1.04
26487024--26487255	40	5.8	40	85	3	315	25	28	21	24	1.99
26487024--26487255	80	2.9	80	90	1	358	25	28	21	24	1.99
26486995--26487254	120	2.2	120	85	2	353	26	28	21	24	1.99
26489080--26489222	69	2.1	69	92	2	234	34	11	22	30	1.90
26490800--26490903	27	3.9	27	78	5	122	25	23	9	42	1.84
26499220--26499397	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
26499241--26499396	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
26505675--26505893	39	5.6	38	82	8	199	25	20	28	26	1.99
26505675--26505893	40	5.6	39	82	9	196	25	20	28	26	1.99
26505754--26505928	79	2.3	78	80	3	192	25	20	29	25	1.99
26513570--26513721	40	3.8	39	86	6	171	25	18	27	28	1.98
26513523--26513721	80	2.5	79	82	4	220	25	19	27	27	1.99
26531384--26531560	27	6.5	27	80	3	158	25	16	28	28	1.97
26531384--26531539	82	1.9	81	84	3	206	26	16	28	28	1.97
26531380--26531560	82	2.2	81	80	2	202	26	16	28	28	1.97
26536751--26538040	646	2.0	646	99	0	2553	32	23	17	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26540276--26540557	50	5.6	50	80	3	289	25	17	25	31	1.97
26540327--26540516	101	1.9	101	92	0	317	26	19	24	29	1.98
26540769--26540798	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
26546149--26546226	24	3.2	24	62	7	57	24	34	14	26	1.93
26546050--26546459	46	8.7	47	72	14	242	24	30	18	26	1.98
26548844--26549117	47	5.9	48	79	9	252	23	31	17	27	1.97
26548896--26549109	93	2.3	91	84	8	256	22	30	18	28	1.97
26548890--26549109	46	4.7	45	80	12	191	22	30	18	27	1.97
26548844--26549104	138	1.9	140	83	6	343	22	30	18	27	1.97
26559473--26559698	49	4.6	49	82	5	265	30	27	17	25	1.97
26562442--26562474	15	2.2	15	94	0	57	57	12	12	18	1.64
26565522--26565760	49	4.8	49	83	3	307	28	27	19	24	1.98
26565523--26565760	100	2.4	98	85	4	316	28	27	18	24	1.98
26577432--26577516	45	1.9	44	90	2	134	25	12	24	36	1.92
26578945--26578986	20	2.2	18	84	16	50	21	35	28	14	1.92
26581785--26581965	40	4.5	40	91	1	274	29	29	17	23	1.97
26589604--26589726	40	3.1	40	90	0	192	30	29	17	22	1.97
26591725--26591766	18	2.4	18	96	4	77	35	19	16	28	1.93
26593199--26593419	80	2.8	79	86	2	282	28	26	20	24	1.99
26593199--26593418	40	5.5	40	76	10	173	28	26	20	24	1.99
26596090--26596117	12	2.3	12	100	0	56	7	25	42	25	1.80
26596579--26596770	96	2.0	95	93	1	330	38	22	7	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26597982--26598098	45	2.6	44	85	4	171	25	29	23	21	1.99
26598105--26598221	38	3.1	36	78	7	117	30	25	20	23	1.98
26598490--26598606	42	2.7	43	78	9	139	29	29	15	26	1.96
26602654--26602682	13	2.1	14	93	6	51	37	20	0	41	1.53
26603699--26604215	104	5.0	102	87	6	631	27	1	12	58	1.43
26604192--26604228	17	2.3	16	90	9	58	32	0	8	59	1.27
26606297--26606374	33	2.4	33	86	4	104	20	44	10	24	1.82
26608781--26608908	40	3.2	40	77	10	136	25	24	27	23	2.00
26614448--26614601	80	1.9	80	95	0	281	34	12	18	34	1.89
26615005--26615038	15	2.3	15	89	0	50	76	0	2	20	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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