genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23485845--23485941	48	2.1	46	88	3	140	25	30	15	27	1.96
23485848--23485976	48	2.8	45	80	11	127	25	27	17	28	1.98
23494290--23494462	46	3.7	46	76	13	183	21	19	27	31	1.97
23494287--23494456	93	1.8	93	93	0	295	21	19	28	30	1.98
23520583--23520669	35	2.5	35	81	3	106	25	25	24	25	2.00
23523267--23523492	50	4.6	49	84	3	274	30	26	16	25	1.97
23523269--23523492	48	4.5	49	85	2	207	30	26	16	25	1.97
23523261--23523500	101	2.4	98	82	2	293	29	26	17	25	1.98
23529743--23529895	39	3.9	39	83	0	189	18	34	16	30	1.93
23529764--23529865	20	5.2	20	70	13	86	19	40	13	26	1.89
23535184--23535335	48	3.2	48	85	3	175	25	25	19	29	1.99
23539206--23539379	49	3.7	49	73	9	146	25	28	20	25	1.99
23539356--23539478	48	2.6	48	92	0	201	23	26	20	30	1.99
23546738--23546770	16	2.0	17	88	5	50	33	42	6	18	1.75
23548977--23549015	16	2.4	17	91	4	62	48	35	5	10	1.59
23550519--23550595	29	2.7	29	89	4	111	27	18	28	25	1.98
23550506--23550603	29	3.4	29	81	6	110	30	15	26	27	1.96
23559924--23559963	19	2.0	20	90	4	64	15	2	12	70	1.28
23578614--23578790	31	5.7	31	95	0	311	28	26	16	28	1.97
23578997--23579105	25	4.4	24	88	6	112	23	22	23	29	1.99
23579010--23579104	25	3.8	25	95	0	154	23	23	26	27	2.00
23580034--23580244	27	7.7	27	78	5	147	30	9	19	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23580037--23580244	54	3.8	53	79	7	186	30	8	19	41	1.81
23580095--23580244	81	1.9	81	87	5	223	29	8	20	42	1.81
23580122--23580277	54	2.9	54	81	3	163	28	11	19	39	1.87
23580276--23580405	54	2.4	54	85	2	181	39	5	25	30	1.78
23580276--23580405	27	4.8	27	83	3	163	39	5	25	30	1.78
23582657--23582763	31	3.5	31	92	0	169	28	28	17	25	1.98
23582983--23583052	25	2.8	25	85	8	97	25	21	25	27	1.99
23583861--23583916	27	2.1	27	83	6	69	23	23	21	32	1.98
23583975--23584183	27	7.7	27	76	8	136	30	10	19	39	1.85
23583964--23584191	54	4.2	54	75	6	190	30	9	19	40	1.84
23584041--23584219	27	6.7	26	79	6	144	27	7	21	43	1.80
23584223--23584366	27	5.3	27	85	3	173	38	7	25	29	1.83
23587538--23587687	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
23587510--23587687	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
23587511--23587666	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
23603159--23603308	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
23603131--23603308	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
23603132--23603287	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
23605685--23605768	25	3.4	24	80	9	89	27	21	20	30	1.98
23605701--23605767	25	2.7	26	86	6	93	25	22	23	28	1.99
23606577--23606641	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
23606698--23606827	27	4.7	27	72	13	95	32	6	18	43	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23606757--23606934	27	6.6	27	79	6	148	29	8	20	41	1.83
23606938--23607067	27	4.8	27	79	9	140	39	6	23	31	1.79
23608740--23608919	101	1.8	98	92	3	306	27	13	30	28	1.94
23608740--23608919	49	3.6	49	95	2	306	27	13	30	28	1.94
23608735--23608966	49	4.6	49	86	5	268	28	13	29	28	1.94
23613953--23614041	29	3.1	29	85	4	119	31	30	13	24	1.94
23615918--23616405	245	2.0	245	86	1	692	36	18	18	26	1.94
23619011--23619378	46	7.8	47	76	14	287	26	18	30	24	1.98
23619011--23619379	94	3.9	98	74	17	271	26	18	30	24	1.98
23624343--23624659	155	2.0	155	91	0	508	18	33	14	32	1.92
23627181--23627296	43	2.7	42	82	4	153	20	17	31	30	1.95
23628638--23628693	29	2.0	28	86	10	78	17	21	41	19	1.91
23636898--23637071	38	4.5	38	86	1	222	19	21	25	32	1.97
23638778--23638852	29	2.6	28	80	2	87	24	14	34	26	1.94
23639675--23639759	42	2.0	42	97	0	161	28	1	21	49	1.57
23644133--23644312	85	2.1	83	90	3	288	27	20	19	32	1.96
23644236--23644829	119	5.0	119	92	0	954	30	18	17	33	1.94
23644821--23645000	44	4.1	44	75	8	186	28	22	16	32	1.95
23644828--23644995	88	1.9	87	82	3	212	28	22	16	32	1.96
23645873--23645922	14	3.8	14	82	17	54	4	12	0	84	0.76
23645870--23645924	16	3.6	15	80	11	67	3	10	0	85	0.72
23647389--23647413	10	2.5	10	100	0	50	8	0	0	92	0.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23648564--23648591	14	2.0	14	100	0	56	50	0	7	42	1.30
23655907--23656026	38	3.1	38	84	4	125	22	24	24	29	1.99
23655927--23656058	38	3.4	38	81	2	120	21	21	24	31	1.98
23674692--23674716	13	1.9	13	100	0	50	56	12	0	32	1.36
23677186--23677227	21	2.0	22	85	4	59	54	14	2	28	1.52
23685715--23685763	24	2.0	24	84	0	62	28	34	20	16	1.94
23692399--23692657	120	2.2	120	82	7	296	26	21	26	25	1.99
23692399--23692624	40	5.7	40	90	4	298	25	21	26	26	2.00
23694703--23694747	15	3.1	15	87	12	67	17	6	0	75	1.01
23696450--23696494	6	7.2	6	92	7	72	15	2	2	80	0.92
23696450--23696501	18	2.8	18	88	11	63	15	3	1	78	0.98
23705547--23705588	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
23715849--23715879	13	2.4	13	100	0	62	12	29	38	19	1.89
23719150--23719327	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
23719150--23719327	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
23732478--23732618	27	5.2	26	80	6	156	17	22	22	36	1.94
23732478--23732614	54	2.5	54	89	2	204	18	23	21	37	1.94
23737390--23737513	41	3.0	42	91	2	214	28	21	19	30	1.98
23737384--23737512	42	3.1	42	90	2	215	27	22	19	30	1.98
23737555--23737674	42	2.8	44	77	7	138	20	22	22	35	1.96
23737554--23737765	86	2.5	86	80	6	232	22	20	21	36	1.95
23738040--23738123	43	1.9	44	82	2	107	26	25	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23747302--23747350	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
23752771--23752910	27	5.2	26	77	8	147	17	24	22	35	1.96
23752771--23752910	53	2.6	53	86	4	192	17	24	22	35	1.96
23756052--23756222	47	3.6	47	82	4	184	30	28	16	24	1.97
23757955--23758071	59	2.0	59	100	0	234	37	15	16	30	1.90
23758811--23758905	15	6.4	15	82	10	106	58	13	16	10	1.62
23762441--23762611	47	3.6	47	82	4	184	30	28	16	24	1.97
23766270--23766407	43	3.2	42	82	8	145	33	23	18	25	1.97
23766264--23766407	44	3.4	42	81	6	139	33	22	18	25	1.97
23775059--23775233	47	3.7	47	76	13	164	21	29	21	27	1.98
23774968--23775233	94	2.9	92	76	10	272	21	28	21	28	1.99
23784570--23784676	54	2.0	54	85	3	144	37	20	24	17	1.94
23784568--23784679	27	4.1	27	80	7	129	36	22	24	16	1.94
23786087--23786162	24	3.2	24	90	0	116	25	39	1	34	1.64
23801562--23801630	29	2.4	26	76	19	75	40	5	36	17	1.74
23802219--23802303	29	2.9	29	82	0	107	43	2	42	11	1.54
23801307--23805448	668	6.4	636	77	10	3305	38	11	19	31	1.87
23803793--23803824	16	2.0	16	93	0	55	37	9	21	31	1.85
23804792--23804879	29	3.0	29	77	0	95	40	2	42	14	1.58
23808133--23808163	15	2.1	15	94	5	55	70	0	0	29	0.87
23813966--23814009	23	2.0	22	82	13	54	43	0	6	50	1.29
23816647--23816679	6	5.5	6	100	0	66	0	15	36	48	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23820312--23821023	355	2.0	355	99	0	1406	23	17	19	39	1.92
23826971--23827049	37	2.1	37	86	4	106	26	30	17	25	1.97
23827090--23827621	47	11.2	47	94	1	920	29	29	9	32	1.88
23827090--23827621	190	2.8	190	95	0	942	29	29	9	32	1.88
23830509--23830764	40	6.4	40	88	0	343	25	27	22	24	2.00
23830541--23830843	80	3.8	79	84	5	254	26	26	21	25	1.99
23830509--23830798	120	2.4	120	82	3	298	25	28	21	24	1.99
23830513--23830890	40	9.5	39	80	7	225	25	27	22	24	2.00
23832741--23832819	37	2.1	37	86	4	106	26	30	17	25	1.97
23832860--23833380	47	11.0	47	93	2	871	29	29	9	32	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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