genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.228.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75683126--75683177	18	2.8	19	72	16	56	34	0	1	63	1.06
75683105--75683167	17	3.8	17	79	10	76	31	0	1	66	1.01
75688326--75688385	31	1.9	31	93	0	102	48	16	6	28	1.71
75690096--75690142	25	1.9	26	79	12	55	44	2	2	51	1.25
75690559--75690605	15	3.2	15	72	6	51	31	10	4	53	1.55
75693338--75693368	3	10.3	3	100	0	62	0	35	0	64	0.94
75695767--75695791	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
75696004--75696058	29	2.0	29	86	13	80	49	3	7	40	1.48
75707000--75707114	47	2.4	47	86	5	160	35	27	12	24	1.91
75707023--75707168	53	2.9	53	84	8	153	31	26	15	27	1.95
75708362--75708393	3	10.7	3	100	0	64	0	31	0	68	0.90
75714236--75714272	18	1.9	18	89	10	56	37	2	5	54	1.38
75721550--75721578	9	3.2	9	100	0	58	37	0	31	31	1.58
75730011--75730047	18	2.1	19	85	10	51	54	2	5	37	1.38
75731342--75731389	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
75731384--75731446	27	2.3	26	76	10	63	50	11	0	38	1.38
75731413--75731442	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
75731834--75731874	21	2.0	21	100	0	82	58	12	14	14	1.63
75732973--75733039	12	5.5	13	77	19	56	77	1	2	17	0.97
75732984--75733033	16	3.2	14	83	16	55	78	2	2	18	0.95
75732983--75733042	6	10.8	6	78	10	58	78	1	1	18	0.92
75737573--75737602	12	2.4	13	88	11	53	76	0	0	23	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75742655--75742686	4	7.8	4	96	3	55	75	3	0	21	0.95
75743932--75743978	13	3.3	14	80	13	60	65	0	4	29	1.11
75743930--75743989	29	2.1	28	84	6	77	60	5	3	31	1.35
75755491--75755516	7	3.7	7	100	0	52	53	0	0	46	1.00
75755574--75755642	29	2.3	30	80	9	79	37	5	1	55	1.33
75761632--75761716	42	2.0	42	93	0	143	32	22	5	38	1.78
75777642--75777686	23	1.9	24	81	4	56	66	6	2	24	1.27
75781314--75781345	4	7.8	4	96	3	55	75	3	0	21	0.95
75782590--75782636	13	3.3	14	80	13	60	65	0	4	29	1.11
75782588--75782647	29	2.1	28	84	6	77	60	5	3	31	1.35
75794191--75794216	7	3.7	7	100	0	52	53	0	0	46	1.00
75794275--75794343	29	2.3	30	80	9	79	37	5	1	55	1.33
75800344--75800428	42	2.0	42	93	0	143	32	22	5	38	1.78
75806998--75807032	13	2.7	13	90	0	61	40	25	8	25	1.84
75807131--75807169	17	2.3	17	86	0	51	25	0	5	69	1.09
75809668--75809696	10	2.9	10	100	0	58	41	6	20	31	1.79
75811274--75811302	15	1.9	15	100	0	58	62	6	10	20	1.50
75812751--75812792	18	2.3	18	100	0	84	50	26	0	23	1.50
75812725--75812825	51	2.0	51	84	3	132	49	16	5	27	1.69
75812769--75812878	33	3.3	33	80	3	150	46	15	7	30	1.73
75815905--75816479	118	4.8	120	96	3	1038	44	1	5	48	1.37
75816331--75816361	16	1.9	16	93	0	53	48	0	6	45	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75816352--75816387	18	2.0	18	94	0	63	47	0	0	52	1.00
75816478--75817042	234	2.5	229	92	6	934	48	5	2	43	1.39
75816715--75816755	17	2.6	16	88	11	59	43	4	0	51	1.23
75816438--75817041	112	5.3	116	91	5	921	48	5	2	43	1.39
75820030--75820133	33	3.2	32	79	5	129	29	7	15	47	1.73
75820114--75820155	18	2.3	18	100	0	84	23	0	26	50	1.50
75821501--75821613	28	3.6	28	66	26	75	32	7	4	54	1.49
75821503--75821602	32	3.0	32	72	18	105	32	8	4	56	1.47
75821600--75821628	15	1.9	15	100	0	58	20	10	6	62	1.50
75823202--75823230	10	2.9	10	100	0	58	31	20	6	41	1.79
75825786--75825820	13	2.7	13	90	0	61	25	8	25	40	1.84
75837367--75837420	22	2.3	23	81	12	65	29	5	1	62	1.28
75837511--75837558	24	2.0	23	84	11	62	29	0	14	56	1.39
75837616--75837652	19	1.9	19	89	10	58	16	8	0	75	1.02
75837766--75837793	13	2.2	13	100	0	56	14	14	14	57	1.66
75839853--75839919	34	2.0	34	100	0	134	55	17	11	14	1.69
75843593--75843634	16	2.5	17	88	3	59	50	0	2	47	1.14
75845419--75845449	16	1.9	16	100	0	62	45	12	0	41	1.42
75847767--75847833	34	1.9	35	90	3	109	32	8	13	44	1.75
75853667--75853722	25	2.2	24	79	14	60	35	3	1	58	1.26
75856742--75856766	4	6.2	4	100	0	50	24	0	24	52	1.48
75857288--75857318	15	2.0	16	93	6	55	29	0	0	70	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75861628--75861688	30	2.0	30	100	0	122	31	6	9	52	1.60
75872676--75872737	31	2.0	31	81	12	74	27	8	4	59	1.46
75882281--75882400	44	2.7	45	75	7	127	31	16	22	29	1.96
75882281--75882636	89	3.9	89	73	7	270	32	16	21	30	1.95
75882329--75882507	96	1.9	96	80	2	216	34	13	20	31	1.92
75884553--75884587	18	1.9	18	88	0	52	28	20	17	34	1.95
75884579--75884625	24	2.0	22	84	8	58	46	6	14	31	1.70
75885816--75886434	44	13.7	45	71	9	352	31	17	21	28	1.96
75885816--75886410	89	6.6	89	74	8	412	32	17	21	28	1.96
75886132--75886434	133	2.3	133	81	3	324	31	17	22	29	1.96
75888051--75888076	9	2.9	9	100	0	52	34	7	0	57	1.27
75891640--75891666	13	2.1	13	100	0	54	22	0	7	70	1.12
75891663--75891708	24	2.0	22	91	8	74	43	0	0	56	0.99
75898717--75898877	43	3.7	43	77	14	179	24	19	27	29	1.98
75899683--75899745	20	3.1	21	75	25	64	60	1	3	34	1.22
75899692--75899756	21	3.1	21	84	8	71	66	1	3	29	1.16
75899714--75899754	13	3.3	13	90	6	59	68	0	2	29	1.03
75899720--75899781	21	3.0	20	79	13	54	72	0	8	19	1.09
75906709--75906746	20	2.0	20	89	5	60	39	2	13	44	1.57
75914459--75914538	40	2.0	40	100	0	160	32	22	5	40	1.76
75914791--75914835	22	2.0	22	86	0	63	33	13	8	44	1.75
75915164--75915209	23	1.9	25	83	16	62	30	10	4	54	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75915940--75915970	13	2.4	13	94	0	53	0	25	0	74	0.82
75915943--75915975	17	1.9	17	93	0	57	0	24	0	75	0.80
75916174--75916221	22	2.1	23	81	11	55	60	4	0	35	1.16
75918012--75918103	44	2.1	44	83	0	112	33	22	20	22	1.97
75919123--75919156	11	2.8	12	86	13	52	0	23	0	76	0.79
75919236--75919284	3	16.7	3	79	12	57	59	2	0	38	1.09
75919240--75919284	16	2.8	16	86	3	63	60	2	0	37	1.09
75919236--75919285	13	3.6	14	80	20	61	58	2	0	40	1.10
75919902--75919943	11	3.8	11	81	9	50	42	23	0	33	1.55
75921332--75921435	48	2.1	48	80	15	124	19	15	35	29	1.92
75926184--75926223	7	5.4	7	82	11	53	32	0	0	67	0.91
75926191--75926234	16	2.6	17	82	7	54	31	0	2	65	1.05
75928586--75928617	15	2.1	16	88	11	50	31	0	0	68	0.90
75936443--75936495	27	2.0	26	85	10	72	64	0	0	35	0.94
75936450--75936494	21	2.1	22	84	12	58	64	0	0	35	0.94
75937869--75937914	14	3.1	14	79	11	56	56	0	0	43	0.99
75949069--75949103	12	3.0	12	87	4	54	31	0	0	68	0.90
75949224--75949287	30	2.2	29	88	8	94	59	9	1	29	1.38
75949312--75949394	14	5.9	14	74	19	57	72	3	1	22	1.08
75949311--75949393	22	3.9	21	77	12	87	71	3	1	24	1.09
75949311--75949387	11	7.2	10	76	13	73	71	3	1	23	1.10
75953240--75953277	13	2.8	14	88	8	60	39	23	5	31	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75961234--75961274	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
75962009--75962048	20	2.0	21	95	5	73	32	0	2	65	1.06
75962834--75962865	7	4.6	7	100	0	64	15	0	0	84	0.63
75965511--75965582	31	2.3	31	80	4	83	26	9	12	51	1.70
75966119--75966161	17	2.4	17	84	11	50	55	0	4	39	1.20
75970039--75970073	19	1.9	19	88	11	56	68	0	0	31	0.90
75970328--75970410	18	4.1	21	80	10	68	42	15	7	34	1.75
75970328--75970385	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
75970364--75970409	18	2.5	19	96	3	85	36	15	10	36	1.82
75970756--75971023	45	5.9	45	75	6	256	26	26	15	32	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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