genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21157641--21157869	27	8.7	27	75	5	173	28	10	21	39	1.86
21157614--21157849	53	4.4	53	77	1	204	29	11	20	38	1.88
21159784--21159817	18	1.9	17	88	5	50	52	14	11	20	1.73
21159805--21159894	6	15.8	6	72	19	59	47	14	15	22	1.81
21159805--21159887	16	5.0	16	72	17	62	49	14	14	21	1.79
21159841--21159914	27	2.6	29	83	16	100	51	13	16	18	1.76
21174598--21174714	40	2.9	40	76	7	121	25	16	22	35	1.94
21174787--21174841	16	3.4	16	82	5	67	34	5	27	32	1.80
21175089--21175121	17	1.9	17	100	0	66	63	0	0	36	0.95
21181330--21181425	48	2.0	48	100	0	192	31	22	10	35	1.88
21181344--21181419	23	3.2	23	63	26	59	32	19	9	38	1.84
21185146--21185184	21	1.9	20	84	5	51	17	28	38	15	1.91
21186418--21186586	93	1.8	93	84	7	236	23	27	20	28	1.99
21186741--21186770	14	2.1	14	100	0	60	43	6	0	50	1.28
21200491--21200536	24	1.9	24	86	8	67	54	0	36	8	1.32
21202375--21202545	46	3.7	46	78	9	186	21	27	21	29	1.98
21202378--21202549	94	1.8	91	86	7	247	22	26	20	30	1.98
21202881--21202938	30	1.9	30	89	0	89	27	25	12	34	1.91
21210256--21210329	35	2.1	35	97	0	139	36	24	12	27	1.91
21219549--21219933	43	9.0	43	83	2	452	29	26	16	27	1.97
21219549--21219938	171	2.3	172	84	3	489	29	26	16	27	1.97
21220686--21220716	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21222383--21222429	12	3.8	12	78	15	51	19	21	0	59	1.38
21222388--21222432	13	3.4	13	81	3	54	17	24	0	57	1.40
21223769--21223802	11	3.1	11	82	0	50	41	2	2	52	1.31
21227058--21227124	19	3.3	19	67	25	55	20	13	25	40	1.89
21232447--21232639	55	3.6	54	79	2	190	36	18	23	22	1.95
21235650--21235757	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83
21237245--21237297	26	2.0	26	82	7	63	35	20	15	28	1.93
21242117--21242324	54	3.9	54	76	11	201	36	17	22	23	1.94
21242125--21242335	108	2.0	109	84	3	284	38	17	22	22	1.93
21243321--21243345	8	3.1	8	100	0	50	24	12	0	64	1.27
21247350--21247436	43	2.0	43	88	0	129	25	13	22	37	1.91
21256715--21256743	13	2.1	14	93	6	51	17	20	10	51	1.74
21264548--21264652	44	2.4	43	78	7	115	33	19	14	33	1.91
21265127--21265167	21	2.0	21	90	4	66	48	24	0	26	1.51
21267413--21267452	19	2.1	19	90	9	64	50	10	10	30	1.69
21272994--21273043	13	3.9	12	82	12	64	16	22	2	60	1.46
21272986--21273036	26	2.0	26	88	7	77	15	19	3	60	1.50
21276712--21276973	47	5.6	47	75	13	197	28	19	27	24	1.99
21276710--21276880	46	3.7	46	80	9	195	28	19	27	24	1.99
21281091--21281129	21	1.9	20	84	5	51	43	15	17	23	1.87
21282743--21282786	23	1.9	24	86	9	65	11	13	11	63	1.52
21284106--21284462	177	2.0	177	91	2	583	38	11	14	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21285262--21285305	20	2.2	20	96	4	81	34	0	22	43	1.54
21289495--21289535	22	1.9	21	85	5	55	53	2	2	41	1.27
21296071--21296128	4	14.0	4	81	18	66	72	1	0	25	0.94
21297835--21297894	28	2.1	28	90	0	93	30	15	18	36	1.91
21301557--21301621	26	2.5	26	80	7	78	38	9	4	47	1.56
21301557--21301623	13	5.2	13	76	7	64	38	8	4	47	1.55
21302276--21302315	21	2.0	19	90	9	62	45	0	0	55	0.99
21302238--21302315	33	2.5	30	80	15	88	47	0	2	50	1.15
21304129--21304196	30	2.3	30	89	0	100	17	25	14	42	1.87
21305521--21305689	51	3.3	51	86	3	198	23	24	15	36	1.94
21306243--21306283	20	2.0	20	100	0	82	24	39	4	31	1.76
21308492--21308663	49	3.5	49	82	3	188	29	20	25	23	1.99
21309677--21309756	40	2.0	41	85	9	110	20	22	42	15	1.88
21312000--21312029	11	2.6	12	89	10	53	33	0	0	66	0.92
21312065--21312181	62	1.9	59	89	5	180	41	3	3	51	1.35
21313200--21313239	22	1.9	22	85	10	57	35	12	20	32	1.90
21317585--21317703	40	3.0	40	82	0	148	33	25	16	24	1.96
21328735--21328794	28	2.1	28	87	0	84	31	26	11	30	1.92
21328775--21328880	40	2.7	40	77	5	115	33	29	15	21	1.94
21329368--21329407	21	2.0	20	85	5	53	47	27	0	25	1.52
21331872--21331903	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
21339950--21339992	16	2.7	16	77	0	50	9	18	18	53	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21347973--21348011	19	2.1	19	95	0	69	30	7	5	56	1.49
21351138--21351194	24	2.4	24	75	0	60	59	7	12	21	1.56
21351212--21351239	5	5.6	5	100	0	56	42	35	0	21	1.53
21352451--21352484	12	3.0	11	87	8	50	85	0	11	2	0.71
21358450--21358616	83	2.0	83	100	0	334	29	14	27	28	1.95
21371847--21371873	10	2.7	10	100	0	54	25	0	0	74	0.83
21372531--21372649	50	2.4	50	81	2	143	42	11	20	26	1.86
21384408--21384441	18	1.9	18	88	5	52	41	11	2	44	1.56
21385613--21385726	35	3.3	35	82	4	140	42	19	7	29	1.79
21388204--21388467	40	6.7	40	86	6	310	24	22	27	25	2.00
21388205--21388467	79	3.3	77	80	12	284	24	22	27	25	2.00
21390177--21390262	43	2.0	43	100	0	172	30	9	11	48	1.71
21390502--21390567	27	2.5	25	73	11	60	45	16	9	28	1.78
21393129--21393381	84	3.0	84	99	0	497	32	27	16	23	1.96
21399494--21399531	14	2.6	15	95	4	69	44	0	15	39	1.47
21410908--21410991	43	2.0	43	82	0	105	22	15	29	32	1.95
21417216--21417300	43	2.0	43	86	4	118	23	17	30	28	1.97
21422002--21422056	18	3.1	18	83	0	65	45	14	16	23	1.84
21422356--21422632	27	10.3	27	77	7	217	35	18	15	30	1.92
21422356--21422632	54	5.1	54	79	5	283	35	18	15	30	1.92
21422382--21422620	81	3.0	81	89	0	370	36	17	14	30	1.90
21422352--21422632	81	3.5	80	83	5	343	35	18	15	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21427115--21427165	18	2.8	19	79	8	61	45	9	19	25	1.81
21427494--21427742	27	9.4	27	76	10	160	39	18	15	26	1.90
21427494--21427742	53	4.7	53	79	4	202	39	18	15	26	1.90
21427503--21427697	27	7.3	27	76	9	166	40	17	15	26	1.90
21427675--21427722	23	2.1	23	92	0	78	43	18	14	22	1.87
21441748--21441785	15	2.4	16	86	4	51	26	2	10	60	1.43
21444498--21444570	33	2.2	33	82	4	94	45	10	20	23	1.83
21446314--21446489	68	2.6	68	76	13	159	22	28	15	33	1.95
21448373--21448406	18	1.9	18	94	5	61	47	2	0	50	1.16
21463291--21463342	10	5.1	10	84	11	52	34	0	5	59	1.21
21463290--21463333	22	2.0	22	90	0	70	38	0	4	56	1.20
21467431--21467485	26	2.1	26	83	6	67	40	23	14	21	1.90
21467793--21467873	33	2.4	34	75	8	85	28	17	23	30	1.97
21473589--21473622	17	2.1	16	88	5	50	76	14	0	8	1.01
21477768--21477943	46	3.8	46	76	10	178	20	21	28	28	1.98
21477764--21477936	93	1.9	93	90	0	274	20	21	29	27	1.98
21480797--21480876	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
21480788--21480875	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
21488383--21488462	42	1.9	42	82	5	99	26	32	21	20	1.97
21489804--21489916	43	2.6	42	77	10	120	27	17	26	28	1.98
21495075--21495118	22	2.0	22	86	8	63	40	0	2	56	1.11
21500297--21500467	46	3.7	45	75	14	170	30	30	18	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21505787--21505817	16	1.9	16	93	0	53	25	22	16	35	1.94
21507772--21507847	38	2.0	38	100	0	152	44	13	15	26	1.83
21533086--21533167	26	3.2	25	70	17	78	20	23	23	32	1.98
21551644--21551678	17	2.0	17	88	5	52	17	11	37	34	1.85
21553563--21553694	40	3.3	40	78	13	135	23	12	27	36	1.91
21571361--21571491	40	3.3	40	80	6	122	22	15	29	33	1.94
21571381--21571491	40	2.8	40	79	6	125	23	14	27	34	1.94
21575145--21575171	11	2.5	11	100	0	54	29	0	18	51	1.46
21576385--21576459	21	3.4	21	67	16	53	22	13	24	40	1.90
21579617--21579646	12	2.6	12	94	5	53	6	0	33	60	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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