genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6719702--6719968	40	6.7	40	96	0	480	29	20	28	21	1.98
6727702--6727968	40	6.7	40	96	0	480	29	20	28	21	1.98
6740055--6740176	10	11.9	10	67	23	60	62	0	3	33	1.17
6740058--6740157	5	19.6	5	74	15	80	63	1	3	33	1.17
6740057--6740173	15	7.7	15	69	22	66	62	0	3	33	1.18
6740055--6740181	54	2.3	53	79	11	141	61	0	3	33	1.20
6742573--6742611	3	13.3	3	94	5	71	69	0	0	30	0.89
6742683--6742741	21	2.8	21	82	7	66	76	0	5	18	0.97
6742706--6742752	24	1.9	25	86	4	69	72	0	4	23	1.02
6742685--6742744	22	2.8	21	82	7	68	75	0	3	21	0.95
6742756--6742781	4	6.5	4	100	0	52	50	0	0	50	1.00
6742783--6742834	22	2.5	20	85	11	77	75	1	0	23	0.91
6742884--6743015	30	4.4	30	97	0	246	16	28	37	17	1.92
6747612--6747833	45	5.0	45	78	7	213	24	17	24	33	1.96
6759254--6759389	26	5.2	26	93	3	229	34	4	24	36	1.75
6761009--6761177	27	6.3	27	90	2	223	15	23	23	37	1.93
6761009--6761177	54	3.1	54	90	3	252	15	23	23	37	1.93
6761009--6761177	81	2.1	81	88	4	252	15	23	23	37	1.93
6770111--6770135	13	1.9	13	100	0	50	0	16	16	68	1.22
6777478--6777511	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
6778854--6779094	120	2.0	120	90	1	376	43	13	15	26	1.85
6780914--6780958	20	2.2	20	100	0	90	17	20	20	42	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6783149--6783192	20	2.2	20	91	0	70	43	15	25	15	1.87
6792490--6792533	22	2.0	22	82	8	54	45	25	0	29	1.54
6799485--6799537	26	2.0	26	92	0	88	22	15	22	39	1.91
6801264--6801312	24	2.0	24	96	0	89	63	14	6	16	1.49
6802349--6802395	23	2.0	23	100	0	94	61	4	0	34	1.15
6802542--6802592	23	2.2	23	86	6	68	39	7	15	37	1.77
6802722--6802774	19	2.9	19	81	13	67	60	3	0	35	1.15
6808342--6808449	15	7.2	15	67	12	78	44	7	22	25	1.79
6808335--6808449	30	3.8	30	88	4	178	45	6	22	25	1.77
6808338--6808458	60	2.0	60	93	3	208	44	6	23	25	1.77
6813037--6813144	15	7.2	15	68	12	78	44	7	21	26	1.78
6813030--6813144	30	3.8	30	87	4	169	45	6	21	26	1.77
6813033--6813153	60	2.0	60	91	3	199	44	6	22	26	1.77
6819139--6819189	22	2.2	23	82	10	68	25	21	27	25	1.99
6820049--6820088	21	2.0	21	90	5	64	15	12	0	72	1.12
6821342--6821451	53	2.1	53	81	8	125	40	1	10	47	1.48
6821341--6821772	149	2.9	148	84	9	542	40	3	9	46	1.54
6821342--6821820	149	3.2	143	80	12	499	41	3	9	45	1.54
6822341--6822371	10	2.9	11	90	9	55	19	6	0	74	1.03
6823772--6823811	11	3.9	11	78	18	50	67	0	0	32	0.91
6823774--6823821	19	2.6	18	87	6	78	64	0	0	35	0.94
6823740--6823827	10	9.1	10	68	22	55	60	0	2	37	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6824973--6825049	38	2.0	38	94	0	136	25	16	19	37	1.93
6824985--6825074	38	2.4	38	80	14	107	25	17	18	37	1.93
6828386--6828434	20	2.5	20	76	6	55	57	0	4	38	1.18
6828461--6828530	36	1.9	37	82	2	88	28	7	0	64	1.20
6828506--6828539	17	1.9	18	88	5	52	26	0	0	73	0.83
6833740--6833793	24	2.2	24	83	6	65	37	29	3	29	1.75
6839406--6839465	29	2.1	29	100	0	120	26	30	11	31	1.92
6846522--6846562	20	2.0	20	100	0	82	48	19	0	31	1.49
6847545--6847698	42	3.6	42	73	11	123	30	24	17	27	1.97
6847576--6847685	44	2.6	42	78	9	116	31	25	18	24	1.97
6847522--6847685	86	1.9	85	83	3	213	29	26	18	25	1.98
6852034--6852095	29	2.1	29	84	0	79	29	32	19	19	1.96
6853107--6853207	41	2.5	40	85	4	123	33	27	12	25	1.93
6861793--6861835	21	2.0	21	95	0	77	34	16	13	34	1.88
6869898--6870270	78	4.8	77	86	4	489	31	17	23	26	1.97
6870284--6870433	45	3.3	45	86	0	192	33	16	25	24	1.96
6870211--6870433	90	2.5	90	79	7	238	32	17	24	26	1.96
6870789--6870886	35	2.7	37	87	12	150	37	10	16	35	1.82
6870789--6870879	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
6870789--6870902	19	5.8	22	87	10	96	36	9	15	37	1.81
6871167--6871203	18	2.0	19	89	5	58	32	0	0	67	0.91
6875303--6875359	29	2.0	29	96	0	105	22	19	10	47	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6876590--6876675	42	2.0	42	82	4	102	18	37	23	20	1.94
6883363--6883414	20	2.5	21	81	6	70	63	1	0	34	1.06
6883372--6883426	20	2.8	20	81	10	69	60	1	0	38	1.08
6883372--6883425	19	2.8	19	83	5	65	59	1	0	38	1.08
6883444--6883521	9	8.0	9	81	13	66	66	2	3	26	1.22
6883446--6883521	21	3.8	20	80	13	68	68	2	3	25	1.20
6883488--6883524	9	4.1	9	100	0	74	64	0	10	24	1.25
6884247--6884356	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
6891577--6891601	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
6900191--6900234	6	7.3	6	84	0	52	20	2	38	38	1.65
6907416--6907440	6	4.2	6	100	0	50	16	16	0	68	1.22
6912555--6912579	10	2.5	10	100	0	50	56	0	0	44	0.99
6918415--6918519	54	1.9	54	84	3	138	37	1	15	45	1.57
6918537--6918565	11	2.6	11	100	0	58	44	6	0	48	1.29
6918889--6918922	15	2.3	15	89	0	50	41	14	17	26	1.88
6919147--6919180	16	2.0	18	88	11	54	29	23	14	32	1.94
6929026--6929270	46	5.4	45	82	3	256	41	13	22	22	1.89
6929037--6929270	91	2.6	92	82	2	265	41	14	22	21	1.90
6931758--6931810	21	2.5	21	87	0	79	32	35	9	22	1.86
6932312--6932339	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
6936720--6936754	16	2.2	17	90	10	56	60	0	20	20	1.37
6939317--6939364	24	2.0	24	100	0	96	16	33	25	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6939554--6939643	33	2.7	35	79	8	89	45	0	10	44	1.37
6939749--6939997	127	2.0	127	89	1	383	38	13	17	30	1.88
6942989--6943045	25	2.3	23	78	18	62	52	3	1	42	1.28
6943442--6943484	18	2.4	18	80	0	50	39	11	25	23	1.88
6950636--6950668	13	2.4	14	90	10	50	42	3	15	39	1.62
6957122--6957299	6	28.8	6	74	16	141	48	14	18	17	1.81
6957124--6957228	37	2.8	37	86	4	131	49	14	18	18	1.80
6957134--6957299	62	2.7	62	92	0	269	48	15	18	18	1.82
6957162--6957299	37	3.7	37	80	11	101	47	15	18	18	1.82
6957134--6957299	25	6.7	25	81	8	141	48	15	18	18	1.82
6957139--6957271	19	6.8	19	73	19	121	48	15	18	17	1.82
6957518--6957569	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
6957814--6958062	27	9.3	27	86	0	320	23	20	19	36	1.95
6958047--6958547	27	18.6	27	82	0	482	31	8	21	39	1.83
6957818--6958059	81	3.0	81	90	1	353	23	20	19	36	1.95
6958155--6958547	27	14.6	27	85	0	491	30	8	21	39	1.83
6958155--6958547	54	7.3	54	89	1	556	30	8	21	39	1.83
6964134--6964202	34	2.0	34	94	0	120	36	15	13	34	1.87
6970507--6970598	46	2.0	47	87	6	134	22	23	19	33	1.97
6970455--6970700	134	1.8	134	91	0	402	26	22	17	34	1.96
6970720--6970907	87	2.2	87	83	7	242	27	19	18	34	1.95
6970859--6971258	87	4.6	86	72	11	303	26	17	20	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6970945--6971349	176	2.3	176	86	4	546	27	17	20	34	1.95
6977241--6977343	42	2.4	42	80	7	109	21	11	33	33	1.89
6977444--6977480	17	2.2	17	100	0	74	83	0	0	16	0.64
6990471--6990555	43	1.9	43	81	9	100	60	3	3	32	1.31
6992088--6992112	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
6992445--6992553	43	2.6	43	77	15	111	29	16	23	30	1.96
6992460--6992572	43	2.7	43	84	6	142	26	16	25	30	1.97
6992977--6993074	19	5.2	19	91	7	155	38	9	16	35	1.80
6992967--6993052	36	2.4	35	83	14	106	39	9	15	36	1.79
6992996--6993052	17	3.5	15	84	15	53	38	10	15	35	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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