genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.259.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84406716--84406761	18	2.7	16	83	12	56	19	0	6	73	1.04
84416716--84416752	13	2.8	14	84	12	51	35	0	5	59	1.20
84417174--84417224	26	2.0	24	85	7	66	23	3	5	66	1.30
84418369--84418417	25	2.0	25	88	8	73	59	0	0	40	0.98
84419092--84419135	21	2.0	22	87	12	65	50	2	9	38	1.47
84421163--84421209	23	2.0	23	100	0	94	29	0	17	53	1.44
84424104--84424340	44	5.2	44	79	4	222	35	15	20	28	1.93
84424104--84424446	48	7.4	46	77	8	261	34	17	20	27	1.95
84424104--84424446	92	3.7	90	76	7	285	34	17	20	27	1.95
84424489--84424751	34	7.8	34	71	5	194	41	16	13	28	1.86
84424489--84424739	68	3.7	68	77	3	220	41	16	13	28	1.86
84424489--84424748	102	2.6	102	80	4	283	41	16	13	28	1.86
84424885--84424921	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
84427273--84427367	40	2.4	41	82	3	104	27	14	27	30	1.95
84430586--84430630	17	2.7	18	80	13	60	66	0	0	33	0.92
84430823--84430885	33	2.0	31	84	6	81	33	3	3	60	1.28
84439376--84439436	30	2.0	30	100	0	122	22	11	13	52	1.72
84441232--84441262	14	2.2	14	94	0	53	38	12	9	38	1.77
84441569--84441600	16	2.0	16	100	0	64	31	12	18	37	1.88
84441815--84441910	48	2.0	48	91	0	156	36	21	12	29	1.90
84443334--84443371	18	2.2	18	85	4	51	57	5	2	34	1.35
84451050--84451116	20	3.4	22	78	19	76	49	5	0	44	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84451067--84451116	19	2.5	20	84	12	68	52	6	0	42	1.26
84451534--84451588	22	2.4	22	78	9	56	40	1	1	56	1.21
84452375--84452477	46	2.2	46	89	0	152	22	4	9	63	1.44
84467670--84467820	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
84470065--84470106	21	2.0	21	85	0	57	23	16	40	19	1.91
84472813--84472965	47	3.2	47	85	2	191	22	16	29	31	1.96
84484581--84484623	21	2.0	23	90	9	72	39	0	4	55	1.20
84484581--84484631	20	2.5	21	81	12	61	39	0	5	54	1.24
84485884--84485927	23	2.0	22	86	13	63	43	11	6	38	1.67
84489296--84489369	35	2.1	35	92	0	121	27	14	5	52	1.63
84494100--84494172	26	2.8	25	83	8	92	43	15	12	28	1.82
84495503--84495652	43	3.5	43	76	11	155	24	17	26	32	1.97
84501100--84501422	48	6.8	48	88	2	454	23	15	31	29	1.96
84506126--84506308	44	4.2	44	86	5	221	25	19	23	31	1.98
84506191--84506370	44	4.2	43	80	6	136	26	17	22	32	1.97
84506236--84506339	42	2.4	44	84	7	133	25	15	24	35	1.94
84509504--84509555	21	2.4	22	78	12	54	32	0	21	46	1.52
84509515--84509564	21	2.4	21	78	18	59	34	0	16	50	1.45
84509558--84509603	6	7.8	6	83	11	60	50	0	15	34	1.44
84510364--84510611	45	5.3	45	85	8	307	20	18	20	40	1.92
84510381--84510533	54	3.0	54	89	8	225	18	21	22	37	1.94
84510792--84510982	18	10.6	18	75	12	151	35	11	16	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84510780--84511062	72	3.8	72	77	10	196	35	12	15	36	1.85
84519270--84519349	6	13.3	6	94	0	142	2	0	46	51	1.14
84522802--84522852	3	17.0	3	84	8	68	64	0	3	31	1.11
84522811--84522854	15	2.9	15	100	0	88	61	0	6	31	1.22
84524521--84524562	21	1.9	23	85	9	61	16	0	11	71	1.14
84525951--84525999	16	2.8	19	73	20	52	75	0	12	12	1.05
84525963--84525995	15	2.1	16	88	5	50	75	0	12	12	1.04
84527721--84527753	7	4.7	7	85	14	50	12	0	42	45	1.41
84529014--84529042	15	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
84540087--84540141	21	2.5	22	72	16	60	65	5	0	29	1.15
84544611--84544733	42	3.0	42	81	9	128	43	16	18	21	1.87
84552282--84552334	25	2.1	25	85	0	70	7	22	20	49	1.74
84562876--84562967	37	2.4	36	79	12	96	52	5	1	41	1.32
84563754--84563794	13	3.2	13	86	6	57	43	0	0	56	0.99
84574232--84574390	27	5.9	27	75	10	146	35	19	23	22	1.96
84574278--84574390	54	2.1	54	96	0	208	35	21	23	19	1.96
84575997--84576104	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
84577537--84577606	20	3.5	20	76	9	72	40	22	24	12	1.89
84577556--84577624	18	3.7	18	75	11	75	36	24	27	11	1.90
84577537--84577624	39	2.3	39	96	2	160	38	23	25	12	1.90
84578181--84578282	18	5.4	18	71	11	78	12	23	24	39	1.90
84578181--84578268	39	2.3	39	96	2	160	12	25	23	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84582070--84582107	3	12.7	3	94	0	67	34	28	0	36	1.58
84585143--84585254	39	2.8	40	78	15	124	53	0	1	44	1.11
84585152--84585219	9	6.9	10	73	20	54	60	0	0	39	0.97
84585150--84585226	20	3.9	19	76	10	75	58	0	1	40	1.06
84585145--84585260	42	2.9	39	75	18	105	54	0	1	43	1.10
84588879--84588912	6	5.7	6	96	0	50	35	20	0	44	1.52
84593618--84593732	43	2.7	44	86	2	153	25	16	24	33	1.96
84594028--84594060	17	2.0	17	88	5	50	24	9	15	51	1.72
84601355--84601477	43	2.9	43	86	4	151	22	17	26	33	1.96
84614617--84614689	36	2.0	36	100	0	146	35	13	13	36	1.85
84617096--84617130	18	1.9	18	94	0	61	17	22	37	22	1.94
84624891--84624917	6	4.5	6	100	0	54	29	18	0	51	1.46
84625268--84625317	26	1.9	26	91	0	82	34	18	8	40	1.79
84625294--84625654	27	13.3	27	79	2	262	40	17	9	32	1.81
84625893--84626015	41	3.0	41	86	0	165	21	21	28	27	1.99
84626170--84626221	22	2.4	22	87	6	70	21	23	25	30	1.99
84628783--84628849	28	2.4	28	100	0	134	29	8	28	32	1.88
84649390--84649562	46	3.7	46	76	10	190	22	19	27	31	1.98
84649387--84649557	93	1.8	93	91	0	279	22	19	28	30	1.98
84655859--84655923	28	2.3	28	86	0	94	38	9	23	29	1.85
84655996--84656169	39	4.5	39	90	4	253	17	20	29	32	1.96
84663890--84664047	77	2.1	77	100	0	316	45	13	10	31	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84664765--84664814	22	2.3	20	80	12	55	38	24	2	36	1.67
84667101--84667187	43	2.0	43	100	0	174	35	18	16	29	1.92
84668514--84668675	86	1.9	85	89	6	256	31	27	19	21	1.98
84676659--84676802	55	2.6	55	76	0	153	13	24	32	29	1.94
84684859--84684909	24	2.1	24	88	0	75	41	7	21	29	1.81
84684981--84685032	23	2.3	23	83	9	63	63	3	11	21	1.43
84694297--84694591	47	6.2	47	87	3	410	29	30	8	31	1.87
84694297--84694591	96	3.1	96	90	0	450	29	30	8	31	1.87
84700683--84700766	31	2.7	31	94	1	143	29	26	15	28	1.96
84700790--84700881	42	2.2	42	90	0	139	35	21	13	29	1.91
84701016--84701099	25	3.4	24	84	9	98	22	22	26	28	1.99
84701032--84701098	25	2.7	25	93	4	109	19	23	31	25	1.98
84701900--84701963	27	2.4	27	81	5	76	21	25	17	35	1.95
84702017--84702125	27	3.9	27	71	19	80	33	8	17	40	1.79
84702091--84702177	27	3.2	26	77	9	86	27	8	21	42	1.81
84702209--84702476	27	9.9	27	82	3	288	37	7	22	32	1.81
84702224--84702489	81	3.3	81	83	2	336	36	6	22	33	1.81
84709204--84709472	137	2.0	137	93	2	461	31	13	14	40	1.85
84710153--84710288	45	3.0	45	100	0	272	40	22	11	26	1.87
84716385--84716427	10	4.0	10	80	16	50	51	27	4	16	1.64
84716384--84716427	23	1.9	23	95	0	79	50	27	6	15	1.70
84724175--84724322	27	5.5	27	83	6	167	31	13	15	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84728010--84728133	50	2.5	49	80	7	137	24	30	16	29	1.96
84728150--84728311	46	3.5	45	76	10	150	22	29	17	30	1.97
84729250--84729322	20	3.5	20	66	23	60	23	20	16	39	1.92
84734246--84734382	40	3.4	39	80	8	159	28	27	15	28	1.96
84734201--84734389	81	2.3	83	81	4	226	32	25	14	27	1.94
84736264--84736289	9	2.9	9	100	0	52	23	0	7	69	1.14
84742306--84742380	7	10.6	7	85	2	96	44	36	0	20	1.52
84754100--84754138	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
84754099--84754138	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
84770503--84770685	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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