genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16366010--16366127	20	5.9	20	78	4	103	14	32	17	35	1.90
16369666--16369714	22	2.2	22	85	7	64	16	24	18	40	1.90
16375616--16375769	75	2.1	75	96	0	281	31	5	16	46	1.71
16375638--16375755	38	3.1	38	64	24	95	31	5	15	47	1.69
16376774--16376816	20	2.2	20	100	0	86	51	0	11	37	1.39
16385782--16385879	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
16393207--16393276	27	2.6	27	90	2	86	32	27	11	28	1.91
16393209--16393304	28	3.4	28	86	2	122	32	27	12	28	1.93
16397954--16398163	52	4.1	52	73	13	177	25	15	29	30	1.96
16397954--16398163	104	2.1	100	80	10	230	25	15	29	30	1.96
16398927--16398979	20	2.7	20	87	0	79	20	35	30	13	1.91
16405981--16406018	7	5.4	7	100	0	76	31	39	0	28	1.57
16416354--16416381	13	2.2	13	100	0	56	28	14	32	25	1.94
16424786--16425007	46	4.7	46	81	8	236	26	19	31	22	1.98
16424788--16425053	94	2.8	93	77	10	224	27	19	30	22	1.98
16424791--16425046	140	1.8	140	84	6	349	28	19	30	22	1.98
16425417--16425476	23	2.6	23	97	0	111	26	33	23	16	1.96
16429317--16429357	22	1.9	22	90	5	66	12	43	26	17	1.84
16440137--16440203	33	2.0	33	100	0	134	20	14	29	34	1.93
16445257--16445335	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
16445454--16445785	47	7.1	47	93	0	531	28	29	9	32	1.88
16450853--16450913	23	2.8	22	82	7	72	44	14	19	21	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16452439--16452478	18	2.2	18	86	0	53	42	10	15	32	1.79
16452886--16453005	36	3.3	36	77	9	145	32	17	15	34	1.92
16452976--16453090	39	2.9	40	79	3	126	34	18	13	33	1.90
16470691--16470805	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
16470691--16470824	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
16472357--16472462	53	2.0	53	94	0	185	30	12	22	34	1.91
16473585--16473631	21	2.2	22	88	3	69	31	8	10	48	1.68
16473750--16473797	22	2.2	22	92	0	78	25	6	31	37	1.81
16473757--16473832	22	3.5	22	75	7	73	31	9	30	28	1.88
16485897--16485944	7	7.7	6	86	9	53	79	2	6	12	1.01
16485896--16485934	7	5.9	7	91	8	64	76	0	10	12	1.01
16507305--16507476	93	1.8	93	93	2	301	27	29	21	21	1.99
16507297--16507472	46	3.8	46	78	12	207	28	28	21	21	1.98
16508850--16509076	104	2.1	106	85	6	307	37	20	16	25	1.93
16519604--16519688	40	2.2	40	93	2	145	32	7	23	36	1.82
16535767--16535862	48	2.0	48	100	0	192	37	8	25	29	1.85
16547582--16547631	26	1.9	26	95	0	91	18	40	26	16	1.90
16551168--16551205	20	1.9	20	88	0	58	44	21	7	26	1.79
16559852--16559877	5	5.2	5	100	0	52	57	0	0	42	0.98
16566886--16566977	45	2.0	45	97	0	175	26	30	15	28	1.96
16568695--16568979	47	6.0	47	89	4	428	28	31	9	30	1.89
16568693--16568982	98	3.0	95	90	4	449	28	31	9	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16568704--16568979	145	1.9	145	91	1	455	28	31	9	29	1.89
16575908--16575952	11	4.3	10	81	18	56	37	11	2	48	1.51
16580837--16580913	31	2.5	31	93	0	127	15	29	35	19	1.93
16580909--16580947	20	2.0	20	94	0	69	17	23	30	28	1.97
16584212--16584421	39	5.3	39	93	2	325	25	21	27	25	2.00
16584160--16584421	78	3.3	79	86	8	333	25	22	27	24	2.00
16592206--16592415	39	5.3	39	90	2	307	25	21	27	25	2.00
16602384--16602769	211	1.8	211	83	3	508	36	18	10	35	1.85
16603204--16603249	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
16624889--16624965	30	2.6	30	93	0	127	32	23	16	27	1.96
16629438--16629493	25	2.3	24	78	3	58	75	7	14	3	1.16
16633582--16633613	12	2.7	12	95	0	55	21	25	9	43	1.82
16635854--16636105	73	3.5	73	98	0	486	28	5	25	40	1.78
16640354--16640612	73	3.5	73	98	0	500	28	6	24	40	1.79
16652072--16652115	19	2.3	19	84	7	54	25	25	13	36	1.92
16659702--16659733	15	2.1	15	94	0	55	43	28	3	25	1.69
16660062--16660681	177	3.6	178	83	5	759	31	19	20	28	1.97
16662120--16662295	46	3.8	46	78	11	189	22	21	27	28	1.99
16662117--16662288	93	1.8	93	91	2	283	23	21	27	27	1.99
16667892--16668017	27	4.7	26	81	6	135	27	17	26	27	1.98
16667891--16668017	54	2.3	54	82	11	152	28	17	26	27	1.98
16671443--16671468	5	5.2	5	100	0	52	38	23	0	38	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16671425--16671518	19	5.2	19	81	15	110	38	15	7	38	1.76
16672103--16672185	43	1.9	43	82	2	103	27	26	14	31	1.95
16671834--16672309	261	1.8	256	88	3	720	27	22	17	33	1.96
16672148--16673294	205	5.7	205	90	4	1782	29	21	18	31	1.97
16672824--16673197	187	2.0	187	95	0	676	29	20	18	31	1.97
16674237--16674307	37	1.9	36	88	8	108	7	8	0	84	0.78
16674244--16674301	6	9.5	6	85	10	57	5	10	0	84	0.77
16674237--16674307	31	2.4	29	88	4	97	7	8	0	84	0.78
16679958--16679991	17	2.0	17	100	0	68	41	11	5	41	1.66
16681220--16681275	28	2.0	28	96	0	103	39	23	0	37	1.55
16681667--16681778	54	2.1	53	83	9	138	43	0	21	33	1.59
16682090--16682151	17	3.6	17	79	12	81	35	4	33	25	1.78
16682088--16682170	35	2.4	35	100	0	166	34	4	33	26	1.78
16682107--16682169	18	3.6	18	79	12	85	34	4	36	23	1.76
16682087--16682180	18	5.4	17	74	13	84	35	4	31	28	1.77
16685396--16685434	18	2.2	18	85	0	51	64	5	0	30	1.15
16685359--16685433	26	2.9	25	75	13	80	61	4	0	34	1.15
16685462--16685502	2	20.5	2	84	0	55	51	0	7	41	1.30
16685464--16685502	16	2.4	16	95	0	69	51	0	7	41	1.31
16685772--16685857	43	2.0	43	97	0	163	45	9	10	34	1.71
16696960--16697085	42	3.0	42	84	0	162	19	27	15	37	1.92
16699494--16699562	27	2.6	27	95	2	122	55	21	5	17	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16700087--16700135	24	2.1	24	96	3	91	63	14	0	22	1.30
16700731--16700857	9	13.7	9	67	17	64	59	4	3	33	1.34
16700900--16700955	10	5.9	9	76	14	51	71	1	1	25	1.05
16700897--16700956	18	3.2	19	80	17	72	73	1	1	23	1.01
16700904--16700962	19	3.2	18	77	15	66	71	1	1	25	1.05
16707175--16707232	21	2.6	23	84	10	68	31	0	3	65	1.09
16707216--16707294	18	4.4	18	73	13	56	44	2	1	51	1.23
16717762--16717820	30	1.9	31	86	3	84	28	22	1	47	1.61
16717761--16717830	30	2.3	31	80	7	81	31	20	2	45	1.65
16719440--16719484	22	2.0	24	86	8	67	37	24	4	33	1.76
16720225--16720381	43	3.7	42	81	7	183	31	26	18	24	1.98
16720236--16720407	86	2.0	84	82	7	204	32	25	17	24	1.97
16723347--16723484	71	1.9	71	95	0	249	47	7	6	39	1.57
16724986--16725028	15	2.9	15	79	6	52	62	4	0	32	1.15
16729526--16729819	147	2.0	147	99	0	579	26	30	11	30	1.92
16732676--16732718	15	2.9	15	79	6	52	62	4	0	32	1.15
16732649--16732807	79	2.0	79	100	0	318	49	8	2	39	1.48
16732755--16732797	15	2.9	15	79	6	52	62	4	0	32	1.15
16732920--16732962	6	7.0	6	81	2	50	4	18	0	76	0.95
16738345--16738511	43	3.9	42	77	5	138	34	23	17	25	1.96
16740226--16740270	22	2.0	23	83	12	58	28	6	0	64	1.19
16745999--16746325	180	1.8	180	86	2	478	31	18	11	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16746880--16747277	50	7.9	50	80	3	404	29	25	17	26	1.97
16746883--16747320	151	2.9	151	88	0	633	31	25	17	26	1.97
16746885--16747268	101	3.8	99	77	7	389	30	25	17	26	1.97
16752814--16752850	15	2.5	15	95	0	65	29	29	16	24	1.96
16756907--16756958	18	2.7	19	88	5	70	53	3	7	34	1.48
16757079--16757122	22	2.0	21	86	4	61	79	0	20	0	0.73
16759815--16759853	14	2.8	14	88	7	53	25	2	20	51	1.60
16763814--16763936	23	5.3	23	72	8	90	31	19	22	26	1.98
16763811--16763936	46	2.7	46	85	2	164	32	19	22	25	1.97
16765600--16765818	47	4.6	47	71	15	148	26	19	29	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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