genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11801629--11801662	10	3.3	10	87	4	50	67	11	0	20	1.21
11802293--11802389	36	2.8	35	89	4	135	49	0	7	43	1.30
11802448--11802484	12	3.5	11	86	13	51	45	0	8	45	1.32
11802574--11802602	3	10.0	3	92	7	51	31	0	0	68	0.89
11806166--11806229	28	2.3	28	83	0	83	18	15	35	29	1.92
11806551--11807308	27	28.4	27	82	3	811	38	20	10	30	1.87
11806543--11807278	53	13.8	54	83	5	759	38	19	10	30	1.86
11806551--11807308	80	9.5	80	82	5	802	38	20	10	30	1.87
11807233--11807348	27	4.3	27	82	4	101	39	15	13	31	1.86
11810187--11810250	28	2.3	28	83	5	85	21	14	34	29	1.93
11810567--11811328	27	28.6	27	80	7	706	38	20	10	30	1.85
11811309--11811397	27	3.3	27	87	0	115	39	15	16	28	1.90
11810855--11811397	54	10.1	54	82	5	209	38	20	11	29	1.87
11812353--11812445	21	4.4	21	74	8	71	20	23	35	20	1.96
11812363--11812486	64	1.9	64	86	0	176	22	22	33	21	1.98
11812428--11812534	43	2.5	43	84	0	133	28	25	28	18	1.98
11822008--11822089	27	3.0	27	83	0	110	28	17	15	39	1.90
11823707--11823787	33	2.5	33	93	0	135	28	24	19	27	1.99
11828627--11828736	27	4.1	27	86	1	141	26	15	16	41	1.88
11828627--11828736	54	2.1	53	87	1	157	26	15	16	41	1.88
11833956--11834126	43	4.0	43	78	13	181	25	18	26	28	1.98
11836747--11836806	28	2.1	28	81	0	66	20	26	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11841536--11841654	21	5.5	22	86	4	136	36	25	23	15	1.94
11842220--11842259	2	20.0	2	94	0	71	52	47	0	0	1.00
11846744--11846782	19	2.1	19	90	0	60	71	5	5	17	1.23
11847231--11847312	27	3.0	27	82	7	103	31	23	25	19	1.98
11847198--11847312	55	2.1	56	80	8	128	34	21	24	19	1.96
11847418--11847482	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
11850671--11850810	21	6.5	21	87	1	163	34	25	24	15	1.95
11851192--11851249	15	3.8	15	83	2	80	51	12	1	34	1.49
11851405--11851488	2	42.0	2	100	0	168	50	50	0	0	1.00
11864609--11864721	42	2.7	43	80	8	115	31	19	21	27	1.97
11864609--11864721	43	2.6	42	81	10	106	31	19	21	27	1.97
11866588--11866639	24	2.2	24	85	0	68	51	9	3	34	1.53
11869976--11870051	39	1.9	39	81	5	91	28	6	18	46	1.74
11870134--11870176	21	2.0	21	86	0	59	34	6	9	48	1.62
11870191--11870255	20	3.4	19	78	12	62	32	6	12	49	1.65
11873735--11873893	52	3.0	53	78	6	155	25	26	13	34	1.93
11884379--11884430	17	2.9	17	78	16	52	71	0	19	9	1.13
11888520--11888569	23	2.2	23	88	0	73	20	24	14	42	1.88
11888534--11888588	23	2.4	23	84	0	74	25	20	18	36	1.94
11898073--11898173	47	2.2	47	86	12	138	27	17	30	23	1.97
11915617--11915664	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
11915688--11915744	20	2.9	21	87	10	77	38	8	19	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11915794--11915928	26	5.3	26	89	5	190	28	19	22	28	1.98
11916139--11916202	31	2.1	31	90	0	101	39	15	21	23	1.92
11923949--11923996	25	1.9	25	91	0	78	35	20	14	29	1.93
11924023--11924079	9	5.8	10	76	15	57	36	8	19	35	1.83
11924022--11924096	20	3.8	20	91	6	111	37	9	18	34	1.83
11924041--11924096	11	5.5	11	71	16	57	37	10	19	32	1.86
11924146--11924229	26	3.4	25	85	6	109	29	19	23	27	1.98
11924145--11924243	25	4.0	24	82	11	103	28	21	23	27	1.99
11924440--11924503	31	2.1	31	87	0	92	37	12	23	26	1.90
11924457--11924531	38	2.0	38	97	0	141	37	13	22	26	1.91
11932266--11932297	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
11932267--11932297	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
11936715--11936742	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
11940197--11940246	25	2.0	25	100	0	100	40	8	8	44	1.63
11949556--11949631	34	2.2	35	80	2	91	27	15	23	32	1.95
11950431--11950487	25	2.2	26	81	12	73	42	10	12	35	1.77
11962886--11962974	46	1.9	46	88	0	133	30	28	21	20	1.98
11965354--11965442	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
11965354--11965433	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
11965365--11965442	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
11970980--11971005	12	2.2	12	100	0	52	53	15	7	23	1.67
11988136--11988235	44	2.3	44	82	3	121	30	22	19	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11988135--11988409	44	6.2	44	70	12	118	30	21	20	27	1.98
11988180--11988451	88	3.1	88	68	14	261	30	21	22	25	1.98
11988224--11988500	88	3.1	88	68	12	235	31	21	21	25	1.98
11988467--11988738	87	3.1	87	66	16	216	33	16	23	26	1.96
11988036--11988890	176	4.8	176	83	4	777	31	18	22	27	1.97
11993897--11993932	6	6.0	6	100	0	72	16	0	0	83	0.65
11994291--11994334	22	2.0	22	100	0	88	18	22	27	31	1.97
11999887--11999948	31	2.0	31	90	3	99	27	4	9	58	1.50
12005657--12005696	20	2.0	20	100	0	80	35	20	10	35	1.86
12010299--12010339	22	1.9	21	85	5	55	73	0	0	26	0.84
12010300--12010363	10	6.2	10	76	15	51	65	0	3	31	1.08
12010676--12010715	20	2.0	21	85	5	55	57	10	2	30	1.45
12012592--12012666	13	5.8	13	73	6	53	36	21	5	37	1.76
12016140--12016170	15	2.1	15	100	0	62	32	0	0	67	0.91
12016649--12016683	17	2.1	17	94	0	61	25	5	20	48	1.71
12023507--12023545	14	2.8	14	88	0	60	56	5	17	20	1.60
12024851--12024887	17	2.3	17	86	9	51	29	2	0	67	1.04
12025602--12025641	21	2.0	20	85	14	55	15	0	40	45	1.46
12025644--12025671	7	4.0	7	100	0	56	42	14	14	28	1.84
12029812--12029983	43	4.0	43	74	13	129	22	16	26	33	1.96
12036064--12036222	46	3.4	46	81	6	176	34	25	12	27	1.92
12040961--12040986	13	2.0	13	100	0	52	23	38	23	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12050937--12051609	223	3.0	222	98	0	1283	29	21	19	30	1.97
12053062--12053221	46	3.5	46	78	5	137	37	22	13	26	1.91
12064881--12064914	16	2.1	17	89	10	54	61	0	14	23	1.33
12065635--12065667	17	1.9	17	93	0	57	39	21	18	21	1.93
12065808--12065879	36	2.0	36	100	0	144	36	5	25	33	1.79
12077467--12077526	31	1.9	31	82	0	75	45	10	6	38	1.64
12077639--12077688	8	6.1	8	79	4	55	28	0	4	68	1.08
12080678--12080715	15	2.4	17	87	12	55	36	7	34	21	1.82
12089531--12089660	38	3.4	38	79	2	143	36	25	17	20	1.94
12090546--12091452	448	2.0	448	96	0	1661	33	18	10	37	1.86
12094556--12094658	29	3.6	29	75	10	120	28	33	17	21	1.96
12094531--12094690	58	2.8	58	96	0	286	28	29	20	21	1.98
12094531--12094687	29	5.4	29	71	12	117	29	28	20	21	1.98
12094856--12094980	43	2.9	43	93	0	214	33	33	22	10	1.88
12098536--12098851	50	6.6	50	76	12	274	23	29	17	29	1.97
12098536--12098854	93	3.3	96	75	13	291	23	29	17	29	1.97
12098582--12098854	95	2.8	93	78	8	237	23	30	17	28	1.97
12105048--12105140	46	2.0	46	97	0	177	33	3	21	41	1.69
12108892--12109043	56	2.7	55	82	10	155	41	1	3	53	1.25
12108927--12108975	20	2.4	21	86	10	75	40	0	2	57	1.10
12108920--12109054	58	2.4	57	83	7	168	43	0	2	52	1.21
12109222--12109277	16	3.5	16	82	0	67	28	21	7	42	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12117776--12117821	11	4.1	11	80	5	56	76	0	23	0	0.79
12117776--12117821	17	2.7	17	80	12	58	76	0	23	0	0.79
12117776--12117821	6	8.0	6	78	9	51	76	0	23	0	0.79
12117776--12117842	27	2.4	28	82	2	82	68	1	29	0	0.98
12122584--12122649	34	1.9	34	81	6	80	45	7	13	33	1.72
12122729--12122912	94	1.9	96	85	2	255	47	9	12	30	1.73
12123419--12123456	18	2.2	18	85	4	51	42	31	0	26	1.56
12134101--12134169	36	1.9	36	100	0	138	49	5	23	21	1.71
12136562--12136603	22	2.0	21	90	4	66	33	2	2	61	1.21
12138869--12138939	37	1.9	37	100	0	142	46	9	21	22	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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