genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.285.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91564266--91564380	51	2.2	53	84	4	144	18	20	20	40	1.91
91564364--91564397	6	5.7	6	89	0	50	20	20	11	47	1.81
91564363--91564397	18	1.9	18	94	0	61	22	20	11	45	1.82
91564527--91564579	18	2.9	18	74	0	52	37	11	13	37	1.80
91566803--91567014	52	4.2	48	75	12	178	22	16	29	32	1.95
91569886--91570012	25	5.1	25	84	0	137	20	29	14	35	1.93
91569886--91570019	50	2.7	50	84	0	169	20	29	14	35	1.93
91569896--91570028	25	5.3	25	83	0	131	21	27	17	33	1.96
91579435--91579532	30	3.2	30	77	17	78	32	0	7	60	1.24
91579493--91579535	22	1.9	23	85	4	61	37	0	4	58	1.19
91587302--91587343	16	2.7	15	85	7	57	73	0	0	26	0.83
91587304--91587343	15	2.5	15	88	8	53	75	0	0	25	0.81
91587309--91587353	16	2.9	16	86	3	56	68	0	0	31	0.89
91588585--91588611	13	2.1	13	100	0	54	25	7	14	51	1.68
91594707--91594970	137	2.0	133	96	3	483	40	16	13	29	1.87
91599225--91599267	21	2.0	21	100	0	86	48	9	9	32	1.67
91606822--91606848	13	2.1	13	100	0	54	37	0	14	48	1.45
91609917--91610036	24	4.9	23	77	7	89	34	23	26	15	1.95
91609943--91610070	24	5.2	24	77	6	105	37	24	25	13	1.91
91609918--91610036	48	2.4	48	84	5	141	34	23	26	15	1.94
91610015--91610097	26	3.3	25	76	5	69	39	21	21	16	1.92
91612519--91612614	50	1.9	50	93	0	165	34	14	22	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91612623--91612769	31	4.7	31	88	3	215	25	17	27	29	1.97
91612846--91613007	49	3.5	48	83	9	189	29	14	25	29	1.95
91612937--91613051	42	2.7	43	86	4	153	32	14	25	27	1.95
91615585--91615636	25	2.1	25	81	0	59	67	0	3	28	1.08
91622158--91622211	6	8.2	6	81	18	63	75	1	0	22	0.89
91622231--91622299	18	3.8	18	73	7	59	27	10	18	43	1.82
91622231--91622299	27	2.6	27	78	0	75	27	10	18	43	1.82
91627773--91627841	36	1.9	36	96	0	129	43	4	11	40	1.61
91629604--91629697	39	2.4	39	90	0	152	12	27	23	36	1.91
91629615--91629679	21	3.2	20	74	12	71	10	26	23	40	1.87
91630084--91630248	47	3.6	47	77	7	124	26	19	29	24	1.98
91631751--91631921	48	3.5	48	79	9	161	28	18	25	27	1.98
91633890--91633950	31	2.0	31	93	0	104	32	21	14	31	1.93
91634171--91634293	26	4.8	26	89	1	178	28	23	21	26	1.99
91634171--91634293	52	2.4	51	95	2	221	28	23	21	26	1.99
91635101--91635179	27	2.9	27	88	3	115	20	26	21	31	1.98
91635226--91635577	27	13.0	27	75	7	221	31	9	19	40	1.83
91635331--91635577	54	4.6	53	78	4	244	29	8	21	40	1.82
91635331--91635563	81	2.9	80	87	2	333	29	8	21	41	1.81
91635554--91635711	27	5.9	27	90	1	210	40	6	21	31	1.80
91635529--91635711	54	3.4	53	83	2	204	39	7	21	32	1.80
91635555--91635711	53	2.9	53	85	0	215	40	7	21	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91637549--91638146	131	4.6	130	89	3	812	28	18	18	34	1.94
91637474--91638146	262	2.6	259	84	5	886	28	19	17	35	1.94
91645198--91645280	41	2.0	41	100	0	166	30	16	9	43	1.80
91649729--91649913	44	4.2	44	90	0	280	27	13	32	27	1.94
91649900--91649926	13	2.1	13	100	0	54	37	7	25	29	1.83
91649856--91649969	57	2.0	57	87	0	165	30	14	28	26	1.95
91649913--91650110	44	4.7	44	73	8	203	29	15	28	26	1.96
91649993--91650112	37	3.1	37	74	15	132	30	15	27	26	1.96
91649949--91650112	81	2.0	81	97	0	310	30	15	28	26	1.96
91653154--91653884	131	5.6	129	85	5	916	28	18	17	35	1.93
91664940--91665225	48	6.0	48	78	2	263	27	18	29	24	1.98
91664950--91665226	96	2.9	96	82	4	319	27	19	29	23	1.98
91664940--91665226	144	2.0	143	81	8	341	27	18	29	24	1.98
91665786--91665844	28	2.1	28	100	0	118	38	23	15	22	1.92
91666259--91666287	15	1.9	15	100	0	58	55	10	0	34	1.34
91666342--91666405	32	2.0	32	100	0	128	56	3	0	40	1.15
91666965--91667015	24	2.2	23	86	6	68	54	0	13	31	1.39
91667631--91667682	18	2.9	18	72	11	52	59	5	5	28	1.44
91668803--91668841	20	2.0	20	94	0	69	12	0	28	58	1.34
91668835--91668881	22	2.1	22	88	0	67	23	0	38	38	1.55
91673241--91673341	48	2.1	47	83	5	123	29	15	21	32	1.95
91674874--91674941	25	2.7	25	76	19	70	75	0	7	17	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91675220--91675267	23	2.1	23	96	0	87	37	0	25	37	1.56
91679356--91679392	18	2.1	18	94	0	65	56	2	5	35	1.36
91679615--91679694	36	2.2	36	80	8	92	52	2	8	36	1.46
91679825--91679888	3	21.3	3	84	6	85	62	1	4	31	1.25
91694650--91695022	124	3.0	124	90	0	602	32	21	16	29	1.95
91695418--91695478	20	3.1	20	70	13	54	44	8	9	37	1.68
91696083--91696156	38	1.9	39	89	5	116	28	6	29	35	1.83
91700190--91700295	26	4.1	26	71	6	72	21	27	13	37	1.91
91702403--91702602	98	2.0	102	80	10	234	22	21	32	24	1.98
91702579--91702673	42	2.3	42	84	0	136	18	24	38	17	1.92
91703398--91703453	15	3.7	15	78	0	58	3	23	17	55	1.58
91704112--91704157	20	2.4	19	82	7	58	36	0	0	63	0.95
91710989--91711048	29	2.1	29	81	6	68	58	3	10	28	1.46
91712284--91712316	15	2.2	15	89	10	50	6	6	45	42	1.53
91712711--91712839	41	3.3	39	86	8	156	25	21	20	32	1.97
91725294--91725328	17	2.1	17	94	0	61	54	2	5	37	1.39
91725762--91725837	3	25.3	3	86	5	109	63	1	3	31	1.21
91736818--91736856	15	2.6	15	87	0	51	12	0	51	35	1.40
91740814--91740874	24	2.4	23	82	15	68	32	0	6	60	1.22
91740790--91740855	35	1.9	34	87	9	98	33	0	3	63	1.10
91746550--91746782	71	3.3	71	85	3	290	31	24	12	32	1.92
91748719--91748755	19	1.9	19	100	0	74	27	21	10	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91750116--91750170	23	2.3	24	75	9	60	30	0	0	69	0.89
91751882--91752012	35	3.6	35	77	9	136	33	25	10	30	1.90
91759333--91759463	35	3.6	35	77	9	136	33	25	10	30	1.90
91761999--91762031	9	3.8	9	88	8	50	33	0	0	66	0.92
91764867--91765392	273	1.9	273	83	1	678	29	9	16	44	1.79
91766426--91768155	433	4.0	433	99	0	3428	38	7	18	35	1.78
91769552--91769589	12	3.2	12	85	7	51	78	18	0	2	0.86
91772351--91772841	261	1.9	263	87	2	720	26	19	19	35	1.95
91772321--91772843	130	4.0	131	86	3	692	26	18	19	35	1.95
91781132--91781618	261	1.9	263	85	0	681	26	18	19	35	1.95
91781096--91781618	130	4.0	131	85	1	645	26	17	19	36	1.94
91787612--91787662	19	2.7	18	90	6	75	3	1	23	70	1.14
91787636--91787687	15	3.5	15	69	10	52	3	3	15	76	1.07
91787612--91787687	18	4.5	18	76	15	74	3	2	21	72	1.13
91788355--91788764	88	4.8	84	69	16	261	35	19	16	28	1.93
91788669--91788703	14	2.6	14	90	4	54	51	5	14	28	1.65
91788723--91789004	77	3.8	74	82	7	304	35	16	17	30	1.92
91788949--91789438	91	5.7	86	78	11	416	34	17	19	27	1.95
91788914--91789270	91	4.1	88	84	6	435	37	15	17	28	1.91
91789184--91789349	77	2.1	78	88	2	244	32	19	20	27	1.97
91788838--91789830	170	6.0	164	77	14	780	33	19	19	28	1.96
91789250--91789422	93	1.9	93	83	2	231	31	20	21	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91789353--91789587	74	3.1	74	92	4	332	29	22	19	28	1.98
91789503--91789676	91	2.0	88	85	6	235	33	19	20	27	1.96
91789429--91790485	166	6.4	165	85	7	1350	31	21	19	27	1.97
91789582--91789888	77	4.0	77	86	4	408	29	21	20	28	1.98
91788791--91790076	561	2.2	560	87	6	1809	32	19	19	28	1.96
91789990--91790165	92	2.0	89	87	6	257	32	19	19	27	1.96
91788838--91790404	727	2.1	729	84	6	2014	32	20	19	27	1.96
91790080--91790240	74	2.1	75	87	4	236	32	20	18	28	1.96
91790152--91790483	88	3.8	88	88	4	488	35	21	17	25	1.95
91789119--91790605	727	2.0	707	82	11	1753	32	21	19	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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