genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.180.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59618297--59618337	19	2.2	19	90	0	64	39	9	0	51	1.35
59619087--59619169	15	5.7	15	80	8	91	59	16	14	9	1.61
59620239--59620276	14	2.7	14	95	0	67	26	10	0	63	1.27
59625675--59625699	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
59626245--59626422	27	6.6	27	81	3	178	25	15	29	29	1.96
59626249--59626401	82	1.9	81	87	4	227	25	15	29	30	1.95
59629011--59629199	50	3.7	51	82	2	200	31	25	16	25	1.96
59636876--59636930	27	2.0	27	86	6	76	30	16	20	32	1.94
59636913--59637205	27	10.9	27	75	8	116	40	19	8	31	1.81
59636938--59637133	54	3.6	54	81	2	207	41	20	8	29	1.81
59636913--59637090	81	2.2	81	81	4	198	41	22	7	29	1.81
59637019--59637170	81	1.9	81	81	2	189	45	18	6	29	1.74
59637046--59637200	81	1.9	81	82	2	195	43	16	8	31	1.78
59637683--59637735	22	2.4	21	84	9	79	24	22	16	35	1.95
59649283--59649335	26	2.0	26	100	0	106	43	18	7	30	1.78
59651111--59651345	51	4.6	51	74	2	168	33	25	15	25	1.95
59651150--59651345	50	3.9	50	75	4	169	33	25	15	26	1.95
59651700--59651758	30	1.9	30	82	3	73	23	22	8	45	1.79
59669038--59669117	28	2.7	31	86	11	114	42	12	10	35	1.76
59669051--59669117	28	2.4	28	100	0	134	44	8	8	37	1.67
59669163--59669207	15	2.8	17	83	12	60	37	15	0	46	1.46
59674580--59674734	67	2.4	65	78	12	158	21	30	17	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59676124--59676245	47	2.7	44	82	10	156	26	18	30	24	1.98
59684802--59684873	34	2.1	34	100	0	144	36	31	19	12	1.89
59687383--59687529	29	5.2	29	81	4	140	27	14	31	25	1.95
59688795--59689065	46	5.8	46	74	11	155	23	28	19	28	1.98
59693268--59693391	43	3.0	42	83	5	162	31	21	16	30	1.95
59701254--59701471	24	8.4	28	74	17	204	23	23	14	37	1.92
59701254--59701471	52	4.2	52	89	2	325	23	23	14	37	1.92
59701270--59701440	28	6.6	28	75	15	100	23	22	15	38	1.92
59712782--59712966	67	2.9	64	75	8	178	29	19	28	22	1.98
59717226--59717409	67	2.8	64	75	7	183	29	17	28	23	1.97
59722873--59722920	25	1.9	25	86	0	69	31	22	16	29	1.96
59723052--59723146	25	3.8	26	88	4	126	26	24	23	26	2.00
59723051--59723159	25	4.4	25	86	8	93	28	22	22	25	1.99
59723365--59723440	31	2.5	31	93	6	136	32	18	25	23	1.97
59726523--59726628	45	2.5	41	81	6	104	29	29	18	22	1.98
59730580--59730608	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
59735607--59735793	39	4.8	38	79	10	182	22	20	29	26	1.99
59735606--59735805	78	2.5	79	84	7	248	23	21	29	26	1.99
59735659--59735819	79	2.1	78	84	3	207	25	19	27	26	1.99
59738067--59738109	22	1.9	23	81	13	54	46	9	30	13	1.75
59743669--59743846	40	4.5	40	83	2	225	23	22	27	26	2.00
59752561--59752673	43	2.7	43	81	12	142	26	20	23	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59756493--59756526	14	2.4	14	100	0	68	38	5	11	44	1.65
59778371--59778494	43	2.9	43	81	9	128	33	26	15	24	1.95
59784227--59784262	15	2.4	15	90	0	54	22	13	13	50	1.77
59786551--59786593	17	2.5	17	96	0	77	18	34	32	13	1.90
59786787--59786863	27	2.9	27	84	0	73	40	19	9	31	1.83
59786764--59786870	54	2.0	54	81	3	126	39	20	10	29	1.86
59786859--59787066	27	7.7	27	84	2	249	28	21	8	41	1.81
59787048--59787161	27	4.2	26	71	15	81	37	22	8	30	1.85
59787172--59787223	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
59787264--59787341	27	2.9	27	77	11	88	37	21	20	20	1.95
59788500--59788547	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
59791383--59791694	47	6.6	47	90	0	473	33	10	29	27	1.90
59791456--59791530	22	3.3	22	64	29	57	29	13	32	25	1.93
59791597--59791671	22	3.3	22	68	17	62	32	12	30	25	1.92
59792820--59792860	20	2.0	20	95	0	73	34	9	21	34	1.87
59792907--59793048	23	6.1	23	93	1	230	26	19	22	31	1.98
59793262--59793325	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
59796666--59797200	47	11.1	47	93	2	800	32	8	30	28	1.87
59796666--59797200	190	2.8	190	91	2	827	32	8	30	28	1.87
59796665--59797200	143	3.7	144	91	3	814	32	8	30	28	1.87
59797319--59797397	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
59807350--59807418	28	2.5	28	90	0	102	31	31	11	24	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59816874--59817248	27	13.9	27	81	5	409	39	21	8	30	1.83
59817296--59817480	27	6.9	27	91	1	273	32	18	22	25	1.97
59817684--59817753	25	2.8	25	88	0	95	30	25	20	24	1.99
59817696--59817766	25	2.9	25	85	2	81	30	25	18	25	1.98
59824713--59824791	40	2.0	40	84	0	104	17	16	31	34	1.93
59828658--59828699	20	2.0	20	82	13	50	16	33	0	50	1.46
59828850--59828949	52	1.9	53	87	2	148	33	20	11	36	1.87
59829315--59829375	30	2.0	30	84	6	79	29	24	4	40	1.76
59831340--59831399	27	2.2	27	96	0	111	33	11	13	41	1.80
59834049--59834156	44	2.5	43	78	1	108	33	20	12	33	1.91
59835268--59835323	27	2.1	27	83	3	69	32	17	17	32	1.94
59835504--59835656	78	2.0	78	92	0	252	17	30	22	28	1.97
59840938--59840979	15	2.7	15	75	17	50	16	9	11	61	1.55
59842368--59842396	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
59844187--59844226	21	1.9	21	89	0	62	20	12	15	52	1.74
59844521--59844574	17	3.1	17	81	5	63	22	0	0	77	0.76
59844527--59844574	9	5.6	9	82	4	55	20	0	0	79	0.74
59844522--59844558	18	2.0	19	94	5	67	18	0	0	81	0.70
59844527--59844581	19	2.9	19	86	7	69	25	0	0	74	0.82
59844527--59844581	18	3.0	18	86	7	67	25	0	0	74	0.82
59844552--59844590	19	2.1	19	85	4	53	35	0	0	64	0.94
59846423--59846463	21	2.0	21	85	9	57	51	7	12	29	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59852705--59852773	11	6.7	11	73	20	53	28	0	1	69	0.97
59852713--59852770	19	3.0	19	76	14	64	27	0	1	70	0.97
59864001--59864187	38	4.8	38	81	9	191	22	21	26	29	1.99
59864008--59864187	76	2.3	78	82	6	233	22	21	26	30	1.99
59865020--59865065	19	2.4	19	100	0	92	21	19	41	17	1.90
59866443--59866665	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
59866441--59866665	40	5.7	40	85	6	287	25	28	22	24	2.00
59873757--59873979	119	1.9	120	83	6	292	26	27	21	24	1.99
59873755--59873979	40	5.7	40	83	6	269	26	28	21	24	1.99
59876563--59876731	46	3.7	46	75	13	184	29	27	20	23	1.98
59876568--59876738	93	1.8	93	92	0	288	28	27	21	22	1.99
59888202--59888260	15	3.9	14	79	18	64	13	16	16	52	1.75
59904066--59904147	34	2.4	34	87	2	112	23	23	25	28	2.00
59916641--59916667	11	2.5	11	100	0	54	22	7	18	51	1.70
59918068--59918262	93	2.1	92	88	4	286	44	4	4	47	1.41
59918295--59918328	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
59918295--59918333	17	2.4	16	87	8	53	43	5	0	51	1.24
59918299--59918338	17	2.3	18	83	12	57	47	5	0	47	1.24
59918418--59918469	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
59918294--59918585	120	2.4	120	91	5	459	41	2	5	50	1.40
59918367--59918550	59	3.1	59	65	21	148	41	2	7	49	1.42
59918547--59918588	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59918538--59918579	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
59918522--59918835	154	2.0	156	95	1	569	46	5	3	44	1.41
59918688--59918722	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
59918523--59918758	75	3.1	75	65	16	203	46	2	3	47	1.34
59918955--59918993	16	2.4	16	86	0	51	28	33	2	35	1.71
59918968--59919024	16	3.6	16	95	0	87	33	36	0	29	1.58
59925259--59925293	17	2.1	17	100	0	70	60	11	5	22	1.52
59925487--59925521	17	2.1	17	100	0	70	60	11	5	22	1.52
59925241--59925687	228	2.0	229	95	0	815	41	18	14	25	1.88
59929690--59929839	75	2.0	75	92	2	248	45	8	14	32	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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