genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.164.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53980223--53980371	81	1.8	81	84	2	201	28	29	16	25	1.96
53990638--53990666	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
53999890--54000101	27	7.9	27	87	0	280	25	22	17	34	1.96
54004430--54004654	40	5.6	40	80	0	234	25	26	22	25	2.00
54013924--54014021	41	2.4	41	85	0	133	33	27	17	21	1.96
54034883--54035028	44	3.4	43	77	10	111	30	23	17	28	1.97
54035551--54035581	15	2.1	15	100	0	62	45	32	0	22	1.53
54040912--54041107	40	4.9	40	85	5	261	23	28	24	23	2.00
54040900--54041107	80	2.6	79	91	3	319	24	27	24	23	2.00
54045793--54045835	22	2.0	21	86	4	59	41	25	4	27	1.75
54053131--54053305	46	3.8	45	76	7	181	30	29	18	21	1.97
54053139--54053310	93	1.8	93	91	0	281	29	29	19	21	1.97
54055241--54055296	15	3.7	16	88	7	82	60	10	16	12	1.58
54058244--54058418	46	3.8	45	78	7	199	29	27	20	23	1.99
54058252--54058423	93	1.8	93	92	0	290	28	27	20	23	1.99
54061122--54061155	16	2.1	17	88	5	52	76	11	0	11	1.02
54064927--54064976	23	2.2	23	96	0	91	20	28	6	46	1.74
54067564--54067614	26	2.0	26	88	0	75	39	19	15	25	1.91
54079079--54079142	34	1.9	33	84	6	85	28	21	20	29	1.98
54088000--54088169	46	3.7	47	77	13	190	30	28	20	21	1.98
54088008--54088178	93	1.8	93	92	2	290	28	28	21	21	1.98
54092094--54092269	46	3.8	46	79	10	205	18	21	31	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54092090--54092262	93	1.9	93	93	0	301	19	21	31	27	1.97
54095198--54095275	15	5.2	15	75	6	61	14	16	14	55	1.70
54097671--54097846	46	3.8	46	76	11	180	20	21	30	28	1.98
54104477--54104706	40	5.8	40	93	2	331	23	23	28	25	1.99
54112570--54112797	40	5.8	40	91	4	313	23	22	28	25	1.99
54112570--54112823	79	3.2	80	87	5	331	24	22	27	25	2.00
54112570--54112823	40	6.4	39	90	5	304	24	22	27	25	2.00
54113770--54113861	1	92.0	1	100	0	184	0	0	0	100	0.00
54118920--54118968	25	1.9	26	83	4	64	40	8	22	28	1.82
54132607--54132759	38	4.0	38	92	1	225	24	19	22	33	1.97
54148739--54148868	40	3.2	40	90	0	197	16	30	20	32	1.95
54148739--54148801	20	3.2	20	66	8	56	19	31	20	28	1.97
54150989--54151052	31	2.1	31	100	0	128	40	23	0	35	1.55
54153214--54153279	30	2.2	30	86	0	87	25	31	27	15	1.95
54159580--54159604	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
54160024--54160054	4	7.5	4	92	7	53	70	0	0	29	0.87
54171362--54171391	15	2.0	15	93	0	51	50	13	23	13	1.77
54171818--54171857	20	2.0	20	95	0	71	30	22	0	47	1.52
54181123--54181364	25	9.7	25	78	1	189	38	26	15	19	1.91
54181124--54181289	50	3.3	50	93	0	278	40	27	12	18	1.87
54181124--54181336	100	2.1	100	84	5	279	39	27	15	18	1.90
54181616--54181673	26	2.2	26	93	3	98	27	20	15	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54184819--54185060	25	9.7	25	77	1	180	37	26	16	19	1.93
54184828--54184985	50	3.2	50	92	3	273	39	27	14	18	1.90
54184828--54185032	50	4.1	49	86	7	247	38	26	16	18	1.92
54184828--54185060	100	2.3	99	83	7	276	37	26	16	19	1.92
54185290--54185348	25	2.3	27	85	8	86	25	15	16	42	1.88
54193010--54193080	26	2.7	26	86	4	72	47	18	2	30	1.63
54195838--54195898	30	2.0	30	83	0	77	31	18	8	42	1.79
54203523--54203749	40	5.7	40	97	0	427	21	27	20	30	1.98
54210765--54210951	40	4.7	40	97	0	347	21	27	20	30	1.98
54214384--54214436	22	2.5	21	82	11	56	22	43	0	33	1.54
54218725--54218776	27	2.0	26	85	7	70	23	19	15	42	1.89
54218815--54218870	24	2.3	24	87	6	78	14	21	23	41	1.89
54227291--54227351	18	3.4	18	70	17	63	36	18	11	34	1.86
54227282--54227355	36	2.1	36	100	0	148	35	16	13	35	1.88
54232551--54232659	43	2.6	41	80	8	130	29	13	23	33	1.93
54232599--54232702	40	2.6	39	83	4	109	27	14	24	33	1.94
54232689--54232742	28	1.9	28	84	0	72	24	11	31	33	1.90
54238809--54238853	22	2.2	20	84	8	54	33	4	15	46	1.66
54239187--54239219	11	3.0	11	95	0	57	39	6	0	54	1.25
54240133--54240165	16	2.1	16	100	0	66	48	27	6	18	1.71
54241646--54241757	29	3.9	29	82	5	129	29	16	30	24	1.96
54243902--54243929	14	2.0	14	100	0	56	21	21	14	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54246500--54246529	14	2.1	14	100	0	60	26	0	33	40	1.57
54249007--54249052	20	2.3	20	85	3	67	28	26	17	28	1.98
54254738--54254785	24	2.0	24	84	8	62	31	0	22	45	1.53
54257337--54257543	53	3.8	53	76	4	191	37	17	23	20	1.94
54261260--54261437	27	6.6	27	81	5	171	28	28	16	26	1.97
54261281--54261436	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
54276712--54276889	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
54276713--54276868	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
54276709--54276889	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
54284742--54284917	27	6.5	27	86	2	201	26	14	28	30	1.95
54284742--54284896	81	1.9	81	89	5	242	26	14	28	30	1.95
54284738--54284917	81	2.2	81	84	3	238	26	15	27	30	1.96
54292750--54292927	27	6.6	26	83	6	178	26	15	28	29	1.96
54292751--54292906	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
54292747--54292927	82	2.2	81	83	2	229	26	15	28	29	1.96
54294869--54294942	36	2.1	36	100	0	148	50	16	13	20	1.78
54298397--54298436	21	1.9	21	89	0	62	55	0	17	27	1.43
54299480--54299638	40	4.0	39	89	3	212	27	27	22	22	1.99
54302087--54302111	13	1.9	13	100	0	50	16	40	28	16	1.89
54308429--54308595	42	4.0	42	86	0	226	23	17	28	30	1.97
54308665--54308727	32	2.0	32	87	0	90	34	7	26	30	1.85
54312409--54312448	19	2.0	20	90	4	64	42	12	10	35	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54312514--54312654	51	2.8	51	84	2	196	31	20	17	29	1.96
54315964--54316141	46	3.8	46	75	11	157	30	27	19	21	1.98
54315973--54316143	93	1.8	93	86	2	245	30	28	19	22	1.98
54318873--54318929	30	1.9	29	92	3	96	56	15	15	12	1.68
54334333--54334370	20	1.9	19	85	15	51	47	2	0	50	1.15
54338178--54338207	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
54339356--54339389	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
54341763--54341799	16	2.3	16	100	0	74	37	13	13	35	1.84
54352774--54352834	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
54360887--54361028	61	2.4	58	92	3	230	34	16	7	40	1.78
54376283--54376460	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
54376283--54376460	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
54379030--54379062	15	2.2	15	89	10	50	57	0	0	42	0.98
54381714--54381777	21	3.0	20	81	6	65	62	7	0	29	1.23
54384265--54384340	38	2.0	38	100	0	152	31	5	23	39	1.77
54384655--54384732	33	2.3	35	84	8	108	24	6	7	61	1.47
54393161--54393210	25	2.0	25	84	7	66	44	0	2	54	1.11
54393158--54393213	29	1.9	29	82	7	69	48	0	1	50	1.11
54394045--54394128	42	2.0	42	95	0	150	35	14	19	30	1.91
54402274--54402465	79	2.4	80	83	6	230	25	22	27	25	2.00
54402274--54402465	40	4.8	41	82	7	209	25	22	27	25	2.00
54402327--54402491	79	2.1	79	84	6	210	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54410240--54410464	40	5.7	40	86	5	278	24	21	27	26	1.99
54410247--54410487	119	2.0	119	81	7	276	26	20	26	26	1.99
54412015--54412047	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
54412328--54413152	46	18.0	46	92	0	1231	21	23	14	40	1.90
54417169--54417217	21	2.2	24	82	10	59	38	16	18	26	1.91
54420806--54420889	40	2.1	40	100	0	168	47	7	17	27	1.74
54429695--54430049	184	1.9	184	81	3	419	40	16	13	29	1.88
54435160--54435259	47	2.2	46	82	12	116	46	14	8	32	1.73
54436997--54437032	9	3.9	9	88	3	54	11	0	36	52	1.37
54438791--54438821	16	1.9	16	93	0	53	9	16	9	64	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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