genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23832860--23833380	96	5.5	94	93	2	871	29	29	9	32	1.88
23832860--23833380	143	3.7	143	95	0	920	29	29	9	32	1.88
23833364--23833397	17	2.0	17	94	0	59	29	26	17	26	1.98
23833315--23833444	64	2.0	65	93	3	226	30	27	10	31	1.91
23841812--23841850	19	2.1	19	100	0	78	25	20	30	23	1.98
23854116--23854161	20	2.3	20	92	0	74	26	23	2	47	1.63
23857546--23857775	50	4.6	50	80	3	248	26	18	26	29	1.98
23857550--23857789	101	2.4	100	82	4	279	27	17	25	29	1.97
23861846--23861875	9	3.3	9	95	0	51	16	0	70	13	1.18
23864837--23864883	24	2.0	24	95	0	85	4	21	42	31	1.72
23873204--23873233	15	1.9	16	93	6	53	0	3	16	80	0.85
23882679--23882768	24	3.7	24	78	13	94	40	22	22	15	1.91
23882684--23882750	23	2.9	23	84	6	73	41	19	23	14	1.89
23884607--23884683	39	2.0	39	94	0	136	27	24	3	44	1.71
23889092--23889135	19	2.2	20	84	4	63	54	2	6	36	1.40
23890511--23891480	486	2.0	486	84	2	1288	31	22	13	31	1.93
23893457--23893489	15	2.2	15	94	0	57	36	6	21	36	1.78
23893522--23893564	9	4.7	9	81	13	52	76	2	2	18	1.00
23898469--23898725	129	2.0	128	88	3	381	29	15	15	38	1.89
23914461--23914689	86	2.6	87	82	6	257	24	24	17	32	1.97
23914738--23914866	44	2.9	44	67	17	113	22	25	21	30	1.99
23914702--23915268	89	6.4	89	86	1	755	23	24	20	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23914700--23915242	177	3.1	177	87	1	775	22	24	20	31	1.98
23914722--23915268	266	2.1	266	93	0	925	23	24	20	30	1.99
23915096--23915232	44	3.1	44	65	15	111	21	27	18	32	1.97
23915347--23915527	64	2.8	64	96	0	326	37	11	18	32	1.87
23925183--23925380	49	4.0	49	78	3	191	27	17	25	29	1.98
23928460--23928625	81	2.0	82	95	1	298	37	19	18	24	1.94
23928644--23928692	25	2.0	25	88	8	73	32	20	20	26	1.97
23928787--23928824	18	2.1	18	95	0	67	42	15	26	15	1.87
23938372--23938405	17	2.0	17	88	0	50	23	0	29	47	1.52
23938706--23938747	20	2.0	22	86	9	61	40	0	0	59	0.97
23950580--23950631	22	2.7	18	76	11	50	59	1	1	36	1.19
23950721--23950783	33	1.9	32	87	3	90	38	4	3	53	1.38
23960331--23960368	18	2.1	19	90	5	60	21	26	13	39	1.89
23969424--23969457	8	4.1	8	96	3	59	61	23	0	14	1.33
23971454--23971679	40	5.7	40	88	4	271	26	26	21	25	2.00
23975524--23975577	5	11.0	5	76	11	58	1	22	1	74	1.02
23975531--23975580	24	2.1	25	85	7	68	4	24	2	70	1.15
23976715--23976769	21	2.6	21	86	8	76	29	23	18	29	1.98
23981123--23981274	41	3.7	41	84	3	191	38	19	22	19	1.94
23981123--23981274	81	1.9	81	87	0	223	38	19	22	19	1.94
23981297--23981385	7	12.6	7	76	7	54	21	2	25	50	1.60
23981381--23981426	22	2.1	22	92	4	76	21	0	21	56	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23981319--23981450	57	2.3	57	78	7	126	19	2	26	51	1.59
23981624--23981679	14	4.0	14	73	0	58	21	1	32	44	1.63
23981990--23982428	240	1.8	237	82	5	564	37	18	17	25	1.93
23981990--23982461	238	2.0	237	81	6	553	36	18	18	26	1.94
23984630--23984871	9	26.9	9	77	3	191	42	17	0	39	1.53
23984630--23984844	63	3.4	63	86	1	252	42	17	0	39	1.53
23990665--23990709	3	14.7	3	86	4	63	28	0	4	66	1.11
23991161--23991191	12	2.6	12	94	0	53	67	0	32	0	0.91
23991560--23991593	18	1.9	18	88	5	52	44	0	23	32	1.54
23991706--23991732	13	2.1	13	100	0	54	33	7	37	22	1.82
23992107--23992202	27	3.5	27	77	12	97	21	4	33	40	1.73
23993305--23993387	31	2.4	32	82	15	96	38	4	9	46	1.58
23993335--23993394	31	1.9	31	100	0	120	40	3	10	46	1.54
23994662--23994866	35	5.8	35	78	5	214	39	15	21	23	1.92
23997733--23997757	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
24005536--24005619	44	1.9	44	85	4	116	38	20	10	30	1.87
24007278--24007326	23	2.2	22	92	3	80	61	0	14	24	1.33
24007453--24007494	16	2.6	16	85	10	59	64	0	9	26	1.24
24007452--24007521	6	12.7	6	74	15	53	60	1	12	25	1.41
24007452--24007504	22	2.4	22	93	0	88	60	1	11	26	1.41
24007453--24007517	22	2.9	22	88	6	87	60	1	10	27	1.39
24007887--24007920	17	2.0	17	94	0	59	50	5	14	29	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24008136--24008212	18	4.4	17	73	12	66	58	3	7	29	1.44
24007967--24008223	115	2.2	113	82	7	304	61	4	9	24	1.46
24008253--24008294	11	3.7	11	81	15	50	54	0	14	30	1.40
24008273--24008318	17	2.7	17	77	12	58	58	0	15	26	1.37
24010224--24010346	18	6.8	18	78	17	96	36	11	14	37	1.82
24010231--24010346	35	3.2	35	95	3	196	37	12	13	37	1.82
24016093--24016167	23	3.5	22	85	10	93	81	1	14	2	0.87
24016113--24016167	14	3.6	16	78	9	62	81	0	16	1	0.77
24017107--24017249	43	3.3	41	72	19	139	32	24	20	22	1.97
24017096--24017303	87	2.5	84	86	9	298	32	24	22	21	1.98
24017428--24018969	207	7.5	207	94	0	2665	29	17	23	29	1.97
24019363--24019486	19	6.8	19	82	10	170	37	10	13	37	1.80
24019363--24019486	18	6.8	18	84	5	153	37	10	13	37	1.80
24019371--24019486	35	3.2	35	90	3	178	37	11	12	37	1.80
24020418--24020648	88	2.6	89	88	2	338	58	13	4	24	1.54
24020915--24020985	26	2.7	25	78	10	79	45	29	4	21	1.70
24023078--24023150	28	2.5	29	75	8	76	21	5	12	60	1.52
24024924--24024991	10	6.9	10	79	17	72	36	1	1	60	1.15
24024966--24024992	9	3.0	9	100	0	54	44	0	0	55	0.99
24029910--24030036	62	2.1	59	80	10	132	51	8	17	22	1.72
24030471--24030502	16	2.1	15	94	5	55	59	0	3	37	1.13
24031026--24031146	61	2.0	61	90	0	188	51	14	8	26	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24033466--24033569	42	2.4	43	83	12	124	36	26	14	22	1.92
24042721--24042764	15	2.9	15	82	0	61	56	13	11	18	1.66
24043488--24043567	39	2.1	39	100	0	160	28	28	10	32	1.89
24044973--24045149	27	6.6	27	82	5	178	29	27	15	27	1.96
24044973--24045149	55	3.3	54	82	4	205	29	27	15	27	1.96
24047973--24048016	20	2.2	20	100	0	88	9	31	38	20	1.84
24054936--24055042	42	2.5	42	78	4	126	32	24	17	25	1.97
24054936--24055097	43	3.8	44	74	11	138	33	24	16	25	1.96
24054936--24055081	42	3.4	43	72	13	122	32	24	17	25	1.96
24060863--24060914	11	4.8	11	78	4	52	80	1	11	5	0.96
24060863--24060914	10	4.9	10	79	11	50	80	1	11	5	0.96
24063149--24063214	28	2.4	28	87	2	98	16	22	24	36	1.94
24069052--24069229	27	6.6	27	82	3	178	29	28	15	26	1.96
24077159--24077336	27	6.6	27	84	1	185	29	28	15	26	1.96
24083987--24084020	17	2.0	17	88	11	52	58	29	5	5	1.45
24085309--24085526	45	4.9	45	91	2	343	27	29	20	22	1.99
24092978--24093037	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
24096106--24096305	90	2.3	90	83	4	219	27	26	19	27	1.99
24096145--24096305	45	3.6	45	91	0	250	27	27	20	24	1.99
24104390--24104841	47	9.6	47	91	2	683	28	29	8	32	1.87
24132563--24132711	43	3.5	43	82	1	192	30	26	18	24	1.97
24132543--24132711	43	3.9	43	80	2	187	30	24	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24133025--24133058	17	1.9	18	94	5	61	23	29	11	35	1.90
24134346--24134386	20	2.0	20	100	0	82	51	14	9	24	1.72
24136919--24136980	22	3.0	21	78	4	63	35	45	0	19	1.51
24137023--24137103	21	3.6	22	76	14	94	43	25	1	29	1.63
24137007--24137097	46	2.0	46	93	4	157	41	25	2	30	1.67
24137120--24137169	25	2.0	25	100	0	100	44	8	4	44	1.52
24137298--24137445	41	3.6	41	89	1	226	15	23	27	33	1.95
24145923--24145964	16	2.6	16	82	14	59	16	0	2	80	0.81
24154689--24154732	21	2.1	21	86	0	61	31	13	6	47	1.69
24160803--24161141	44	7.7	43	68	9	182	30	21	21	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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