genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.283.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91159002--91159096	46	2.1	46	95	0	172	34	4	4	56	1.38
91159969--91160157	43	4.4	44	91	4	287	24	25	22	27	2.00
91165878--91166166	131	2.2	132	78	9	297	34	21	19	24	1.96
91167400--91167441	18	2.4	19	84	15	63	45	7	11	35	1.69
91171552--91171576	11	2.3	11	100	0	50	24	0	0	76	0.80
91173498--91173557	21	2.8	23	80	9	65	21	0	8	70	1.14
91173527--91173578	27	2.0	25	85	7	68	30	0	5	63	1.18
91174052--91174080	7	4.3	7	95	4	51	68	0	0	31	0.89
91176666--91176743	30	2.6	30	89	0	120	16	50	7	25	1.72
91177248--91177446	3	64.3	3	67	23	53	29	6	3	61	1.35
91177236--91177314	9	9.1	9	73	21	53	25	2	1	70	1.07
91177254--91177325	22	3.1	23	76	11	76	31	2	1	63	1.17
91177669--91177712	17	2.6	17	78	7	54	40	4	2	52	1.34
91177679--91177711	13	2.3	15	90	10	52	42	0	3	54	1.15
91179599--91179644	19	2.4	19	85	7	58	19	17	13	50	1.78
91187597--91188245	86	7.5	86	87	2	813	33	21	24	21	1.97
91187592--91188245	173	3.8	173	87	2	861	33	21	24	21	1.97
91187597--91188245	259	2.5	260	88	2	932	33	21	24	21	1.97
91188793--91189021	125	1.8	125	82	1	298	29	16	18	35	1.93
91189942--91189979	20	2.0	20	89	5	60	31	2	0	65	1.06
91191363--91191529	40	4.1	40	91	3	237	35	21	21	21	1.96
91191363--91191529	81	2.1	82	86	6	234	35	21	21	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91191702--91191764	14	4.6	14	69	21	53	30	1	23	44	1.63
91192518--91192552	17	2.0	18	88	5	54	42	14	2	40	1.60
91196235--91196569	168	2.0	168	97	1	636	27	13	20	39	1.89
91197806--91197987	43	4.2	43	80	2	195	26	12	28	32	1.93
91197797--91197959	85	1.9	84	85	3	220	28	10	26	34	1.89
91200748--91200830	37	2.2	38	87	8	116	27	18	8	45	1.78
91202149--91202279	35	3.6	35	77	9	136	33	25	10	30	1.90
91205214--91205440	40	5.7	40	89	1	339	32	28	21	17	1.96
91210218--91210268	22	2.3	22	82	3	57	15	11	3	68	1.34
91211008--91211043	3	12.3	3	88	5	56	30	2	0	66	1.06
91211252--91211343	3	30.7	3	80	12	91	29	6	2	61	1.32
91211907--91212375	253	1.9	253	88	0	706	29	13	18	38	1.89
91213735--91213765	14	2.2	14	100	0	62	54	6	0	38	1.26
91215528--91215572	22	2.0	22	100	0	90	28	22	17	31	1.97
91216941--91216965	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
91217887--91217913	6	4.5	6	100	0	54	0	48	0	51	1.00
91217889--91217924	12	3.0	13	88	11	51	0	52	0	47	1.00
91217887--91217924	18	2.2	17	86	13	51	0	50	0	50	1.00
91220034--91220455	3	141.7	3	66	15	139	29	7	2	60	1.35
91220047--91220115	23	3.0	22	73	10	66	34	4	0	60	1.16
91220049--91220161	47	2.4	47	82	7	122	31	7	0	60	1.30
91220270--91220455	43	4.3	43	74	10	139	28	6	3	61	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91220693--91220776	18	4.8	18	71	22	81	32	10	1	55	1.42
91222160--91222201	21	2.0	21	95	0	75	42	16	19	21	1.89
91223732--91223774	18	2.4	18	96	0	77	51	0	2	46	1.13
91225469--91225542	37	2.0	37	100	0	148	32	18	10	37	1.86
91226894--91226933	18	2.2	18	100	0	80	22	20	5	52	1.65
91232399--91232425	14	1.9	14	100	0	54	55	14	7	22	1.64
91238228--91238268	21	2.0	21	85	0	55	56	9	19	14	1.66
91238228--91238272	22	2.1	21	83	4	54	53	8	22	15	1.69
91243373--91243414	11	3.8	11	93	0	66	16	47	4	30	1.67
91243966--91244036	18	3.9	18	78	7	72	32	14	12	40	1.83
91248609--91248677	18	3.8	18	82	3	68	30	21	11	36	1.89
91250304--91250345	11	3.9	11	81	6	50	19	45	4	30	1.71
91250875--91250945	18	3.9	18	86	0	97	36	25	7	30	1.83
91252585--91252626	11	3.9	11	84	3	50	30	2	47	19	1.62
91259015--91259076	23	2.9	21	81	9	70	29	0	3	67	1.06
91259035--91259077	23	1.9	23	95	4	79	30	0	4	65	1.13
91269342--91269389	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
91269427--91269501	9	7.8	9	69	19	53	33	8	22	36	1.84
91269427--91269505	20	4.0	20	90	3	133	34	10	21	34	1.87
91269557--91269704	24	6.2	24	92	3	246	31	18	20	29	1.97
91269557--91269704	71	2.1	72	92	3	246	31	18	20	29	1.97
91277130--91277177	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91277216--91277292	9	7.9	9	75	16	73	36	5	22	36	1.76
91277214--91277296	20	4.2	20	88	0	130	37	8	20	33	1.83
91277349--91277492	24	6.0	24	86	8	195	30	19	20	29	1.97
91277685--91277748	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
91282870--91282905	13	2.8	13	100	0	72	22	30	47	0	1.52
91284397--91284682	18	15.3	18	69	12	112	37	15	11	35	1.84
91284384--91284682	36	8.0	36	69	12	183	38	15	11	35	1.83
91284787--91284988	59	3.4	59	93	0	332	41	19	20	18	1.90
91284964--91284994	6	5.2	6	96	0	53	48	16	19	16	1.81
91285140--91285345	59	3.5	59	89	0	315	40	17	21	19	1.92
91285486--91285690	59	3.4	59	83	8	268	40	19	20	19	1.92
91285592--91285622	6	5.2	6	96	0	53	48	16	19	16	1.81
91285486--91285681	65	3.1	65	87	4	278	40	19	20	18	1.92
91285684--91285812	45	2.9	45	91	2	206	41	20	18	19	1.91
91290008--91290086	37	2.1	37	88	0	113	25	32	18	22	1.97
91290204--91290312	49	2.3	47	93	4	182	30	30	7	32	1.85
91290583--91290640	24	2.5	23	81	16	66	32	5	0	62	1.18
91293786--91293982	40	4.9	40	83	2	225	25	27	21	25	1.99
91293801--91294061	40	6.5	40	79	6	205	24	27	22	25	2.00
91293786--91294023	120	2.0	120	80	3	264	25	27	21	26	1.99
91294367--91294445	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
91294427--91294529	43	2.4	43	95	0	188	27	34	14	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91296395--91296473	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
91296591--91296748	49	3.2	49	94	2	275	31	30	6	31	1.84
91297019--91297076	24	2.5	23	81	16	66	32	5	0	62	1.18
91300470--91300498	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
91306077--91306109	16	2.1	16	100	0	66	39	6	24	30	1.79
91308333--91308406	29	2.6	29	100	0	148	31	37	16	14	1.89
91312023--91312090	34	2.0	34	86	8	95	47	14	0	38	1.45
91312098--91312151	22	2.5	22	81	0	63	38	14	0	46	1.45
91312192--91312241	24	2.1	23	85	10	66	42	18	2	38	1.61
91312094--91312273	94	1.9	92	83	4	227	41	17	1	40	1.57
91321051--91321089	12	3.2	12	82	13	53	25	10	0	64	1.25
91321114--91321158	19	2.4	19	85	7	56	48	0	0	51	1.00
91322544--91322584	16	2.5	17	80	8	57	31	0	0	68	0.90
91322989--91323032	19	2.4	18	81	7	52	27	0	13	59	1.35
91323088--91323134	19	2.3	21	82	7	62	31	0	8	59	1.27
91327357--91327381	13	1.9	13	100	0	50	56	12	8	24	1.62
91328064--91328120	13	4.6	13	76	12	57	15	1	40	42	1.58
91333853--91334350	126	4.0	126	89	1	766	35	16	20	27	1.94
91337672--91337718	23	2.1	22	84	4	58	40	2	2	55	1.24
91338566--91338644	30	2.7	28	79	11	86	10	16	41	31	1.81
91338591--91338660	15	4.6	16	75	18	69	10	12	42	34	1.77
91338586--91338660	30	2.5	30	88	0	105	9	14	42	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91340187--91340240	21	2.7	20	86	13	76	57	3	5	33	1.40
91341625--91341702	28	2.7	29	77	15	90	55	1	0	43	1.08
91341650--91341696	20	2.5	18	78	18	51	57	2	0	40	1.11
91341642--91341696	9	6.1	9	73	23	53	56	1	0	41	1.10
91341643--91341700	19	3.2	19	75	22	61	55	1	0	43	1.10
91344944--91344987	18	2.4	18	96	0	79	52	18	2	27	1.57
91344982--91345015	5	6.6	5	93	6	59	58	20	0	20	1.39
91350037--91350078	18	2.4	17	88	8	57	78	0	4	16	0.91
91350242--91350298	25	2.3	24	82	11	71	61	1	1	35	1.17
91350316--91350395	33	2.4	35	81	8	87	61	1	11	26	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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