genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30448415--30448460	18	2.6	18	85	0	65	36	17	13	32	1.88
30450301--30450352	17	3.2	16	76	7	52	5	19	3	71	1.22
30451892--30451932	11	3.9	11	84	6	50	34	0	2	63	1.08
30451891--30451928	16	2.4	16	91	8	60	34	0	2	63	1.09
30451932--30451960	13	2.1	14	93	6	51	75	0	3	20	0.94
30452070--30452108	16	2.4	16	91	4	60	48	0	2	48	1.15
30452105--30452161	15	3.9	15	81	6	55	75	1	12	10	1.12
30453461--30453532	25	3.0	25	86	6	78	19	22	19	38	1.93
30453476--30453533	22	2.5	23	88	8	82	17	22	18	41	1.90
30453535--30453560	10	2.6	10	100	0	52	42	7	19	30	1.79
30454794--30454839	7	6.6	7	92	0	74	47	0	36	15	1.45
30468728--30468758	10	3.1	10	90	0	53	48	16	9	25	1.76
30471532--30472021	96	5.2	96	87	6	666	51	8	9	30	1.64
30472352--30472403	17	3.1	17	91	0	86	38	9	1	50	1.46
30480998--30481045	19	2.5	18	81	18	53	66	2	4	27	1.21
30481247--30481304	26	2.2	26	81	6	64	56	5	3	34	1.38
30481355--30481393	14	2.8	14	80	0	51	46	7	0	46	1.31
30493688--30493746	25	2.6	23	80	19	70	40	11	11	35	1.79
30495102--30495169	30	2.2	31	84	10	93	23	17	13	45	1.84
30495115--30495174	30	2.0	30	100	0	120	20	20	10	50	1.76
30498401--30498668	47	5.7	46	76	9	195	27	19	29	23	1.98
30498405--30498668	94	2.8	93	81	6	266	28	19	28	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30498406--30498669	140	1.9	141	84	3	363	28	19	29	23	1.98
30500358--30500452	46	2.1	46	100	0	190	16	42	10	30	1.82
30517711--30517758	21	2.2	23	85	7	64	39	0	0	60	0.97
30517911--30518001	45	2.0	45	100	0	182	58	6	6	28	1.49
30521536--30521604	15	4.7	14	79	13	59	17	4	2	75	1.09
30521535--30521590	15	3.8	15	81	11	62	14	5	1	78	1.00
30522481--30522521	21	1.9	23	85	14	61	12	24	12	51	1.73
30524992--30525035	12	3.7	11	80	14	52	29	0	50	20	1.49
30526367--30526431	27	2.4	27	89	0	94	38	12	13	35	1.83
30526385--30526522	27	5.1	27	77	6	93	36	20	15	26	1.93
30526423--30526539	27	4.3	26	82	8	121	40	19	18	21	1.92
30526423--30526539	54	2.2	54	81	6	139	40	19	18	21	1.92
30526574--30526619	23	2.0	23	84	16	60	23	13	19	43	1.86
30537383--30537634	40	6.3	40	90	1	314	24	27	21	26	1.99
30537383--30537687	80	3.8	80	83	5	302	24	27	21	26	1.99
30537421--30537687	120	2.2	120	79	8	294	24	27	21	26	1.99
30537619--30537696	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
30545377--30545576	39	5.3	38	83	10	223	24	29	20	26	1.99
30545377--30545576	74	2.6	75	83	10	230	24	29	20	26	1.99
30545561--30545638	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
30547998--30548189	50	3.9	49	80	6	208	27	27	18	26	1.98
30548007--30548189	51	3.7	49	80	7	181	27	27	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30548007--30548193	101	1.9	99	87	4	277	27	28	17	26	1.98
30551536--30551715	43	4.2	43	74	10	145	22	18	25	33	1.96
30568058--30568116	9	6.4	9	84	2	64	52	20	5	22	1.65
30569884--30570105	40	5.6	40	89	1	295	27	23	26	22	1.99
30577980--30578200	40	5.6	40	89	2	313	26	24	27	21	1.99
30577980--30578206	79	2.9	80	87	3	334	26	24	26	22	2.00
30579545--30579643	37	2.8	34	80	8	117	46	14	6	33	1.69
30579563--30579636	37	2.0	37	91	0	121	45	13	6	33	1.70
30584086--30584261	46	3.8	46	80	10	205	22	21	27	28	1.99
30584082--30584253	93	1.8	93	91	0	281	22	21	28	27	1.99
30587178--30587246	15	4.6	15	79	0	75	11	15	13	59	1.61
30587169--30587256	30	3.0	30	78	8	90	10	15	15	57	1.64
30589639--30589814	46	3.8	46	78	10	196	22	20	27	29	1.98
30589635--30589806	93	1.8	93	89	0	272	22	20	28	28	1.99
30592456--30592636	40	4.6	40	80	4	188	24	26	24	24	2.00
30595571--30595595	9	2.8	9	100	0	50	60	32	0	8	1.26
30596840--30596973	43	3.1	42	78	14	139	29	27	18	24	1.98
30597876--30597914	18	2.1	19	85	4	53	38	2	0	58	1.12
30603875--30604019	43	3.4	42	78	11	152	28	28	19	24	1.98
30607139--30607250	27	4.2	26	79	7	89	36	21	24	17	1.95
30607139--30607250	54	2.1	54	83	3	136	36	21	24	17	1.95
30607356--30607420	28	2.3	28	97	0	121	33	13	20	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30614022--30614052	16	2.0	15	93	6	53	25	3	12	58	1.50
30615023--30615134	27	4.2	26	85	7	143	37	23	23	16	1.93
30615023--30615134	54	2.1	54	88	3	163	37	23	23	16	1.93
30615204--30615268	28	2.3	28	89	0	94	35	13	20	30	1.91
30615204--30615279	28	2.7	29	82	8	86	35	13	18	32	1.89
30616286--30616318	16	2.1	16	94	0	57	54	6	33	6	1.50
30622180--30622217	20	1.9	20	100	0	76	34	15	7	42	1.76
30624364--30624476	27	4.2	26	80	6	84	30	13	16	39	1.87
30624386--30624627	81	3.1	79	75	11	237	31	11	19	38	1.86
30624404--30624618	27	8.2	27	82	8	230	30	11	20	37	1.88
30624517--30624610	47	2.0	47	85	0	125	35	14	15	34	1.89
30624568--30624628	27	2.3	27	85	0	86	29	11	19	39	1.87
30630986--30631019	18	1.9	18	88	5	52	50	11	23	14	1.76
30634680--30634930	127	2.0	127	98	0	484	28	15	26	29	1.96
30636425--30636475	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
30639544--30639569	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
30640932--30641018	27	3.2	27	86	3	113	28	13	18	39	1.89
30640945--30641054	27	4.1	27	83	4	116	28	10	23	37	1.89
30641292--30641331	18	2.3	18	86	4	55	27	45	15	12	1.82
30641292--30641335	17	2.6	18	85	7	56	29	43	15	11	1.82
30644729--30644755	12	2.2	12	100	0	54	66	0	14	18	1.25
30645287--30645429	39	3.7	38	84	6	164	24	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30645295--30645445	78	1.9	77	80	9	173	23	20	29	26	1.99
30647908--30648079	46	3.7	46	74	13	181	29	26	21	22	1.99
30647913--30648083	93	1.8	93	92	0	288	28	27	21	22	1.99
30648502--30648561	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
30670522--30670773	40	6.3	40	91	1	323	24	28	21	25	1.99
30670522--30670826	80	3.8	80	84	5	311	24	27	21	25	1.99
30670560--30670826	120	2.2	120	81	8	303	24	28	21	25	1.99
30670758--30670835	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
30672367--30672901	44	11.9	44	74	7	331	33	16	19	30	1.94
30672348--30672758	133	3.1	133	84	2	531	33	15	20	30	1.93
30672362--30672901	89	6.0	89	74	7	297	33	15	19	30	1.93
30672638--30672788	45	3.4	45	80	3	153	29	19	21	29	1.97
30672671--30672930	141	1.8	141	82	4	337	33	18	18	28	1.95
30674285--30674737	47	9.7	47	74	12	238	28	18	29	23	1.98
30674283--30674636	46	7.6	45	75	13	263	28	18	29	23	1.98
30674278--30674737	94	4.9	94	80	5	468	28	18	29	23	1.98
30675685--30675740	30	1.9	28	85	7	76	17	21	42	17	1.89
30678422--30678487	34	1.9	36	81	9	84	56	7	1	34	1.37
30679411--30679440	15	1.9	16	93	6	53	36	0	0	63	0.95
30682601--30682805	86	2.4	85	80	8	220	22	14	20	41	1.88
30682580--30682831	43	5.9	44	74	9	198	21	15	20	42	1.89
30691630--30691857	46	5.0	46	86	3	289	20	23	15	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30701746--30701850	44	2.4	45	82	9	119	34	22	15	27	1.94
30701817--30701926	40	2.7	41	76	6	109	30	25	17	27	1.97
30708466--30708583	43	2.7	43	88	0	155	24	19	29	26	1.98
30708553--30708652	51	2.0	51	80	11	116	25	14	26	35	1.93
30726059--30726154	43	2.2	44	81	9	126	37	18	20	22	1.94
30726079--30726177	43	2.3	43	81	10	105	41	19	17	22	1.90
30726217--30726317	42	2.4	43	82	11	129	38	18	15	26	1.91
30726187--30726331	42	3.5	42	74	11	102	40	18	15	25	1.90
30738307--30738653	132	2.6	128	82	6	381	27	18	19	34	1.95
30744319--30744496	27	6.6	26	83	6	178	26	15	28	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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