genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13805869--13805896	14	2.0	14	100	0	56	21	14	21	42	1.88
13807257--13807342	30	2.9	30	85	3	102	32	15	31	20	1.94
13809598--13809658	12	5.0	11	72	20	50	73	0	19	6	1.04
13809586--13809677	24	4.0	23	72	18	75	68	1	19	10	1.25
13809608--13809681	26	2.9	26	79	2	69	71	0	18	9	1.12
13809622--13809664	21	2.1	20	86	4	59	72	0	20	6	1.08
13809606--13809681	6	12.2	6	72	8	62	72	0	18	9	1.10
13817883--13817928	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
13822054--13822097	3	14.7	3	95	0	79	34	2	0	63	1.07
13824629--13824667	20	2.0	20	85	10	53	17	17	17	46	1.85
13825328--13825358	3	10.3	3	92	0	53	29	0	3	67	1.06
13829136--13829252	20	5.8	19	77	10	101	38	17	7	36	1.78
13829180--13829283	20	5.2	20	81	9	115	38	17	4	39	1.71
13829142--13829272	60	2.2	60	78	5	140	37	16	7	38	1.78
13829447--13829533	23	3.7	22	76	13	77	36	20	18	24	1.95
13833367--13833437	26	3.0	23	78	14	65	39	19	18	22	1.92
13834238--13834295	29	2.0	29	100	0	116	44	10	6	37	1.65
13839533--13839704	20	8.6	21	77	12	123	37	16	6	39	1.75
13839620--13839705	40	2.2	40	95	0	154	38	18	3	39	1.68
13839871--13839916	22	2.1	22	95	0	83	36	21	19	21	1.95
13847488--13847659	93	1.8	93	91	0	281	28	29	20	21	1.98
13847480--13847655	46	3.8	46	78	10	187	29	28	19	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13847531--13847674	46	3.1	44	70	21	107	29	27	20	22	1.98
13853356--13853396	20	2.0	22	85	9	59	41	2	2	53	1.27
13853846--13853890	23	2.0	23	90	0	72	44	0	4	51	1.21
13856588--13856667	30	2.7	28	83	12	97	58	1	2	37	1.19
13856680--13856719	18	2.4	16	80	15	53	70	0	2	27	1.01
13857021--13857087	29	2.3	29	84	5	82	34	1	2	61	1.20
13879934--13879966	2	16.5	2	93	0	57	45	0	0	54	0.99
13882004--13882054	24	2.1	23	82	7	57	52	3	0	43	1.19
13882256--13882325	29	2.3	29	87	4	95	52	14	0	32	1.41
13885894--13885932	19	2.1	18	85	4	51	5	25	0	69	1.09
13889752--13889926	5	35.2	5	74	20	106	57	18	2	21	1.51
13889733--13889926	61	3.3	59	82	14	222	57	18	2	22	1.52
13889727--13889891	61	2.6	64	85	8	239	56	18	2	21	1.52
13889728--13889955	9	25.1	9	71	19	129	57	17	3	21	1.55
13889711--13889872	33	4.8	34	69	21	56	56	18	2	22	1.53
13889869--13889958	34	2.6	34	83	13	96	56	17	5	20	1.60
13890806--13890868	29	2.3	27	78	10	72	44	12	23	19	1.85
13894559--13894717	43	3.7	43	75	12	139	30	27	16	24	1.97
13895947--13895986	18	2.3	18	86	4	55	7	10	5	77	1.11
13896694--13896767	29	2.5	29	86	4	94	51	14	12	21	1.75
13897873--13897920	20	2.4	20	92	0	87	35	8	18	37	1.81
13898632--13898667	17	2.2	16	90	5	54	38	13	19	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13900691--13900762	33	2.2	33	95	2	128	44	15	1	38	1.55
13905130--13905182	27	2.0	27	100	0	106	49	11	18	20	1.78
13910723--13910770	13	3.8	13	72	27	50	27	8	0	64	1.22
13910726--13910769	24	1.9	22	90	9	70	29	6	0	63	1.20
13914671--13914707	19	1.9	19	94	0	65	48	29	2	18	1.62
13925709--13925791	12	7.3	11	70	20	55	36	6	0	57	1.23
13925694--13925778	19	4.6	19	73	15	63	35	4	0	60	1.18
13925711--13925810	24	4.5	21	72	16	67	37	6	0	57	1.24
13937823--13938266	44	10.1	44	91	0	638	30	14	27	27	1.95
13939839--13939883	17	2.6	17	100	0	90	35	4	0	60	1.17
13939890--13939945	26	2.1	28	86	6	80	33	5	3	57	1.39
13942921--13943089	41	4.1	41	84	6	200	35	20	23	20	1.96
13943694--13943742	24	2.0	24	96	0	89	53	2	4	40	1.32
13944108--13944139	14	2.3	14	100	0	64	15	0	46	37	1.46
13944074--13944154	21	3.8	21	80	4	83	18	0	40	40	1.51
13944031--13944156	7	17.7	7	72	9	58	19	1	36	42	1.61
13944297--13944363	14	4.7	14	79	3	71	41	2	14	40	1.62
13944917--13944974	22	2.7	21	82	15	73	65	1	1	31	1.13
13944985--13945093	38	2.8	40	90	5	177	41	20	21	17	1.91
13945320--13945403	35	2.4	36	82	6	109	32	33	4	29	1.78
13947673--13948105	240	1.8	241	96	0	814	32	17	15	34	1.91
13948106--13948164	9	6.6	9	86	0	82	45	23	1	28	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13948106--13948164	27	2.2	27	90	0	100	45	23	1	28	1.63
13948677--13948757	40	2.0	40	97	0	153	27	14	28	29	1.95
13953338--13953432	46	2.1	46	95	0	172	34	4	4	56	1.38
13954293--13954396	43	2.4	43	96	0	190	25	27	22	25	2.00
13962157--13962190	17	2.0	17	94	0	59	35	14	5	44	1.70
13965462--13965529	26	2.8	24	79	16	70	8	16	0	75	1.05
13970712--13970776	32	2.0	32	100	0	130	36	9	12	41	1.75
13983755--13983856	29	3.5	29	77	2	107	24	23	14	37	1.93
13990036--13990087	24	2.2	24	82	0	59	51	9	5	32	1.58
13992320--13992348	6	4.8	6	100	0	58	13	0	0	86	0.58
14007151--14007258	3	36.7	3	72	12	73	62	2	3	30	1.26
14007151--14007239	29	3.0	29	73	11	81	65	3	4	26	1.28
14008621--14009040	143	2.9	143	83	1	491	29	20	18	31	1.97
14016076--14016109	16	2.1	17	88	5	52	17	26	23	32	1.97
14020744--14020930	3	62.0	3	72	12	134	60	2	5	31	1.34
14021572--14021605	11	2.9	12	86	8	52	73	0	14	11	1.10
14023553--14023754	100	2.0	100	96	0	368	26	12	21	39	1.90
14023845--14023878	13	2.5	13	85	4	50	26	0	2	70	1.01
14024061--14024099	19	2.1	19	90	0	60	69	15	0	15	1.20
14030323--14030419	46	2.2	44	85	7	124	47	15	16	20	1.83
14034135--14034232	27	3.6	27	79	6	108	19	23	21	35	1.96
14034135--14034245	54	2.1	54	84	3	143	18	22	22	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14037174--14037219	21	2.2	21	100	0	92	34	8	19	36	1.83
14044545--14044592	23	2.1	23	84	0	60	64	6	2	27	1.28
14045386--14045531	74	2.0	75	93	4	251	25	14	6	53	1.65
14048000--14048103	30	3.4	30	69	13	86	38	1	22	37	1.65
14049546--14049626	40	2.0	40	90	7	128	22	23	20	33	1.97
14053291--14053331	8	4.8	9	85	14	52	82	7	0	9	0.83
14055125--14055160	3	12.0	3	100	0	72	66	0	33	0	0.92
14056420--14056473	16	3.4	16	78	0	63	38	3	24	33	1.73
14057267--14057301	16	2.2	16	94	0	61	45	0	14	40	1.45
14057920--14057955	13	2.8	13	91	4	56	66	0	0	33	0.92
14057961--14058003	23	1.9	22	90	4	68	72	4	23	0	1.04
14057958--14058026	6	10.5	6	75	20	59	75	2	21	0	0.93
14070518--14070679	45	3.6	45	88	1	229	26	27	24	22	2.00
14078228--14078402	44	4.0	45	87	3	266	25	28	22	24	1.99
14078227--14078396	89	1.9	88	91	3	279	24	29	22	24	1.99
14085762--14085871	26	4.2	26	94	2	177	34	4	24	36	1.76
14087194--14087269	26	2.8	26	88	4	98	36	22	10	30	1.88
14087372--14087479	27	4.0	27	82	9	121	16	23	23	37	1.94
14087370--14087481	54	2.1	54	84	3	145	16	23	23	37	1.93
14087546--14087585	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
14089407--14089448	21	1.9	23	85	9	61	59	11	2	26	1.45
14094123--14094174	18	2.9	18	82	5	70	19	0	30	50	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14094143--14094197	25	2.2	25	83	3	65	20	0	27	52	1.46
14102807--14102859	21	2.5	21	90	0	88	30	7	32	30	1.85
14102971--14103017	19	2.6	18	82	3	58	57	2	2	38	1.23
14103251--14103343	46	2.0	46	100	0	186	32	22	21	23	1.98
14107021--14107055	17	1.9	19	88	11	56	60	2	31	5	1.35
14108114--14108170	24	2.5	24	82	5	64	40	3	8	47	1.52
14110026--14110156	66	2.0	66	98	0	253	42	9	15	32	1.78
14113278--14113342	25	2.6	25	75	0	67	40	15	26	18	1.90
14116957--14116993	20	1.9	18	89	10	56	37	2	13	45	1.58
14117239--14117277	19	2.1	19	85	9	53	51	10	5	33	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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