genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.272.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   

This is table  272  of  320  ( 38372 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87925841--87925897	18	3.1	18	80	12	53	24	5	1	68	1.20
87925967--87925993	9	3.0	9	100	0	54	22	0	0	77	0.76
87925997--87926040	20	2.3	19	81	14	54	27	2	4	65	1.23
87926009--87926052	19	2.2	20	88	4	63	20	4	4	70	1.23
87926009--87926083	20	3.8	20	71	7	73	20	5	5	69	1.28
87930134--87930246	60	1.9	60	87	7	167	19	29	15	36	1.92
87935657--87935828	93	1.8	93	83	2	229	19	23	21	35	1.96
87941800--87941854	23	2.5	22	77	11	58	61	0	0	38	0.96
87941822--87941852	16	1.9	16	100	0	62	67	0	0	32	0.91
87941955--87942015	26	2.4	26	83	8	81	50	3	8	37	1.48
87941966--87942023	16	3.4	17	78	9	64	46	3	6	43	1.47
87942826--87942932	7	15.1	7	69	5	54	37	38	0	24	1.56
87942909--87942939	15	2.1	15	94	5	55	38	41	0	19	1.51
87943117--87943224	7	15.1	7	71	7	65	40	37	0	21	1.53
87943148--87943193	22	2.1	22	84	8	58	50	28	0	21	1.49
87943416--87943561	41	3.6	41	90	0	222	26	24	20	28	1.99
87943549--87943656	41	2.6	41	89	0	153	24	20	22	33	1.97
87946146--87946183	19	2.0	19	94	0	67	63	10	7	18	1.50
87949970--87950006	18	2.1	18	100	0	74	21	21	16	40	1.91
87951486--87951767	42	6.6	42	81	4	307	31	26	15	26	1.96
87951486--87951768	85	3.3	86	81	2	340	31	26	15	26	1.96
87954276--87954300	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87955086--87955425	115	3.0	113	82	5	378	34	23	15	26	1.95
87956283--87956383	21	4.8	21	76	4	87	44	35	1	17	1.61
87956356--87956436	21	3.8	21	69	15	58	50	27	2	19	1.60
87956356--87956393	7	5.4	7	90	0	58	55	28	0	15	1.41
87956730--87956910	95	1.9	95	84	0	245	28	20	18	32	1.96
87956948--87957079	40	3.3	41	70	13	96	28	21	15	33	1.95
87967024--87967075	28	1.9	26	85	14	70	34	7	0	57	1.27
87967123--87967156	14	2.4	14	95	0	59	58	0	2	38	1.13
87969380--87969416	19	1.9	19	88	0	56	16	13	29	40	1.86
87971178--87971240	30	2.1	30	96	0	117	58	14	3	23	1.50
87975589--87975624	18	2.0	18	94	0	63	47	11	8	33	1.69
87976072--87976124	15	3.4	16	73	21	58	37	1	1	58	1.20
87982334--87982468	39	3.4	39	74	11	116	28	27	20	23	1.99
87984032--87984062	5	6.0	5	92	7	53	61	0	0	38	0.96
87987689--87987790	9	11.3	9	67	14	50	53	0	0	45	1.06
87987692--87987768	17	4.5	17	69	11	50	55	1	0	42	1.07
87987693--87987771	8	9.2	8	73	12	50	55	1	0	43	1.07
87987734--87987797	9	6.5	10	72	16	53	56	1	0	42	1.09
87987732--87987790	20	3.0	20	87	0	73	54	1	0	44	1.10
87987927--87987988	32	1.9	32	86	0	88	58	4	1	35	1.29
87990232--87990275	21	2.1	21	84	16	56	50	6	38	4	1.50
87996372--87996429	29	1.9	31	86	6	84	53	12	0	34	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87996361--87996455	29	3.2	29	78	4	82	47	8	1	43	1.40
87997988--87998040	27	2.0	27	88	0	79	18	28	33	18	1.95
87999370--87999428	30	2.0	30	90	6	93	45	6	3	44	1.47
87999401--87999461	22	2.7	24	75	10	74	47	3	1	47	1.28
88002858--88002953	48	2.0	48	93	0	165	13	20	14	51	1.76
88001314--88003620	793	2.9	790	94	1	3984	32	18	16	33	1.93
88003615--88003684	30	2.3	30	82	0	77	44	25	20	10	1.82
88006761--88006835	36	2.1	36	97	0	141	34	12	0	53	1.38
88013873--88013908	18	2.0	18	88	0	54	33	11	0	55	1.35
88014115--88014167	2	26.5	2	96	0	97	1	49	0	49	1.12
88019271--88019295	9	2.8	9	100	0	50	12	8	0	80	0.92
88024921--88024969	23	2.0	25	84	7	66	16	2	14	67	1.33
88025006--88025135	39	3.4	38	77	15	140	31	6	13	48	1.68
88027649--88027856	55	3.8	53	76	7	195	37	17	22	22	1.94
88028095--88028125	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
88029564--88030598	520	2.0	520	90	1	1628	31	16	23	28	1.96
88032246--88032321	18	4.2	17	74	14	71	34	3	13	48	1.60
88032677--88032754	33	2.4	32	86	2	102	16	11	44	26	1.82
88032885--88032949	24	2.7	24	76	9	78	6	27	36	29	1.81
88034987--88035668	147	4.6	145	86	9	918	27	7	8	57	1.54
88034987--88035668	298	2.3	297	88	6	1016	27	7	8	57	1.54
88036832--88036864	5	6.6	5	100	0	66	81	0	0	18	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88036926--88036955	11	2.7	11	100	0	60	66	6	0	26	1.16
88037035--88037112	41	2.0	40	87	7	115	0	32	0	67	0.90
88038022--88038080	30	2.0	30	83	6	75	25	1	6	66	1.26
88039984--88040134	53	2.8	54	86	7	193	31	27	15	25	1.96
88042113--88042158	25	1.9	24	86	8	67	6	26	17	50	1.70
88042197--88042225	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
88044590--88044762	46	3.7	46	77	13	201	21	20	27	29	1.98
88044587--88044757	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.98
88046968--88047016	20	2.5	20	86	0	71	51	0	4	44	1.20
88052891--88053111	109	2.0	109	100	0	442	39	12	15	32	1.85
88053650--88053881	117	2.0	117	90	3	371	37	15	12	34	1.85
88056499--88056572	27	2.7	26	71	17	60	59	2	6	31	1.37
88060530--88060619	21	4.3	21	87	8	130	1	50	20	28	1.55
88061033--88061061	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
88061228--88061266	17	2.4	16	86	4	51	51	0	12	35	1.40
88061450--88061565	9	13.1	9	69	17	57	33	1	20	43	1.62
88061474--88061542	36	1.9	36	90	0	111	36	1	17	44	1.58
88061500--88061608	43	2.5	43	86	0	155	34	0	18	46	1.49
88061467--88061632	43	3.8	44	77	8	144	34	0	16	47	1.52
88061614--88061647	13	2.5	13	95	4	59	38	0	5	55	1.24
88061613--88061651	17	2.2	18	86	4	53	35	0	5	58	1.20
88061735--88061766	11	2.9	11	95	0	55	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88062753--88062792	19	2.1	19	100	0	80	35	5	17	42	1.71
88065792--88065827	13	2.6	14	91	8	65	52	5	0	41	1.24
88066029--88066098	36	1.9	36	82	5	88	45	28	0	25	1.54
88066759--88066862	39	2.6	39	73	13	97	26	24	17	31	1.97
88074655--88074687	13	2.5	13	86	13	50	57	6	0	36	1.23
88075809--88075907	49	2.0	49	100	0	198	51	2	14	32	1.53
88076808--88076963	54	2.9	53	85	3	197	33	17	25	23	1.96
88087733--88087769	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
88097568--88097605	17	2.2	17	100	0	76	21	23	0	55	1.44
88098441--88098511	37	1.9	37	97	0	133	38	2	22	36	1.69
88098875--88098907	17	1.9	17	88	11	50	24	3	3	69	1.16
88108788--88108816	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
88109708--88109738	15	2.1	15	100	0	62	32	6	6	54	1.51
88110424--88110471	17	2.7	18	80	6	53	45	0	0	54	0.99
88110415--88110465	17	3.0	17	77	11	52	49	0	0	50	1.00
88111974--88112016	18	2.4	18	84	0	59	34	16	11	37	1.85
88111974--88112244	36	7.3	36	68	12	145	37	15	12	34	1.85
88112055--88112252	72	2.7	71	80	6	229	38	14	12	34	1.83
88112054--88112244	18	10.6	18	72	12	142	38	15	12	34	1.84
88112427--88112626	45	4.5	45	89	3	260	42	21	18	18	1.89
88113035--88113076	5	8.2	5	84	5	57	40	19	0	40	1.51
88114371--88114404	17	2.1	16	94	5	59	0	35	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88117407--88117476	30	2.3	32	80	9	83	47	4	15	32	1.65
88117712--88117736	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
88118970--88119142	43	4.0	43	79	15	205	31	27	18	23	1.97
88118970--88119128	44	3.7	43	80	16	195	30	27	19	22	1.98
88124083--88124133	15	3.6	15	74	15	63	9	11	45	33	1.74
88124083--88124163	27	3.1	27	89	5	114	11	11	41	35	1.76
88124059--88124211	24	6.2	24	81	6	128	9	15	39	35	1.79
88126275--88126340	20	3.0	20	70	18	60	51	0	10	37	1.37
88126579--88126620	16	2.4	18	76	11	52	47	2	0	50	1.14
88128489--88128547	30	2.0	30	83	6	75	18	42	0	38	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320