genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.316.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101346634--101346699	31	2.1	31	85	0	87	31	7	18	42	1.78
101350858--101350902	22	2.0	22	83	8	56	55	2	2	40	1.24
101352091--101352222	68	2.0	68	81	13	157	36	7	13	42	1.73
101356149--101356284	54	2.5	55	78	8	136	22	36	17	24	1.95
101362917--101362968	27	1.9	27	84	7	70	36	26	0	36	1.57
101363621--101363664	21	2.0	22	82	8	54	0	31	2	65	1.05
101363686--101363726	18	2.3	18	86	0	55	7	12	7	73	1.25
101363732--101363769	11	3.1	12	85	14	51	57	0	0	42	0.98
101364135--101364165	5	6.0	5	92	7	53	38	0	0	61	0.96
101364200--101364260	30	2.0	30	81	9	70	59	6	34	0	1.24
101365717--101365851	39	3.4	39	76	8	123	23	20	27	28	1.99
101366802--101366838	19	2.0	18	89	5	56	37	10	0	51	1.37
101367878--101367937	19	3.2	18	72	11	50	41	1	6	50	1.39
101368699--101368756	6	9.7	6	90	0	71	24	17	55	3	1.57
101368699--101368764	18	3.7	18	85	0	96	22	16	56	4	1.59
101368699--101368756	12	4.8	12	89	0	80	24	17	55	3	1.57
101369757--101369976	72	3.1	72	87	0	350	30	25	23	21	1.99
101374828--101374870	23	1.9	22	86	13	61	53	2	0	44	1.13
101379817--101379841	13	1.9	13	100	0	50	36	8	16	40	1.77
101381479--101381504	11	2.4	11	100	0	52	0	7	0	92	0.39
101391318--101391363	24	2.0	23	82	4	56	36	0	19	43	1.51
101392580--101392620	20	2.0	22	85	9	59	58	21	7	12	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101409264--101409310	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
101415075--101415176	53	1.9	52	92	2	168	38	9	12	39	1.77
101419248--101419291	22	2.0	22	86	0	61	50	0	2	47	1.13
101419262--101419303	20	2.0	22	86	9	61	45	0	0	54	0.99
101419310--101419351	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
101419314--101419350	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
101419385--101419421	19	1.9	19	88	0	56	48	5	0	45	1.25
101419808--101419879	32	2.2	33	90	2	110	52	20	2	23	1.59
101434278--101434325	17	2.7	18	83	6	62	39	27	8	25	1.84
101434278--101434325	9	5.4	9	90	5	62	39	27	8	25	1.84
101434408--101434468	17	3.4	17	65	12	50	52	14	3	29	1.58
101434324--101434474	37	4.0	37	87	2	212	45	14	7	33	1.73
101436658--101436784	35	3.6	36	84	6	163	33	7	14	45	1.71
101436783--101436828	9	5.4	9	80	15	53	26	8	26	39	1.85
101437614--101437664	26	2.0	25	84	3	66	29	1	5	62	1.29
101443345--101443393	21	2.3	21	79	6	55	20	2	30	46	1.62
101443363--101443431	7	9.7	7	74	13	52	15	0	40	43	1.47
101447047--101447228	46	4.0	46	86	1	213	21	21	15	40	1.91
101449718--101449758	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
101453096--101453206	38	2.8	40	75	8	111	23	20	26	29	1.99
101453096--101453230	39	3.4	39	71	11	98	24	20	26	28	1.99
101454531--101454577	24	2.0	24	95	0	85	25	4	19	51	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101454717--101454760	22	1.9	22	86	9	61	56	4	0	38	1.20
101454807--101454973	43	3.9	43	90	1	237	22	20	31	25	1.98
101455892--101456084	105	1.8	104	89	5	300	33	24	11	30	1.91
101455892--101456084	35	5.5	35	84	3	246	33	24	11	30	1.91
101458731--101458788	26	2.3	26	85	5	75	63	8	1	25	1.32
101459814--101459855	18	2.3	18	95	0	75	76	0	0	23	0.79
101460301--101460327	14	1.9	14	100	0	54	22	3	14	59	1.51
101460337--101460387	19	2.8	18	82	11	59	25	3	9	60	1.45
101463470--101463514	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
101464848--101464875	7	4.0	7	100	0	56	14	0	71	14	1.15
101465769--101465950	96	1.9	96	89	0	283	40	13	10	35	1.79
101486185--101486241	11	5.1	11	73	12	53	28	3	3	64	1.26
101486487--101486613	59	2.1	60	92	2	211	30	3	21	44	1.67
101494562--101494613	21	2.4	21	87	9	70	9	5	19	65	1.42
101503002--101503049	23	2.0	23	84	4	60	56	14	0	29	1.39
101506861--101506893	12	2.8	12	95	0	57	42	12	27	18	1.85
101506974--101507010	2	19.0	2	88	5	58	48	0	51	0	1.00
101507901--101507958	28	2.0	30	83	6	75	53	3	0	43	1.17
101515754--101515778	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
101516006--101516067	21	3.0	21	70	13	56	50	1	3	45	1.27
101523183--101523250	31	2.3	30	82	7	77	48	2	4	44	1.38
101530601--101530635	7	5.0	7	92	0	61	40	17	28	14	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101532364--101532394	14	2.2	14	100	0	62	48	6	0	45	1.28
101539141--101539322	96	1.9	96	89	0	283	35	10	13	40	1.79
101540215--101540242	7	4.0	7	100	0	56	14	71	0	14	1.15
101541578--101541622	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
101544701--101544751	19	2.8	18	82	11	59	60	9	3	25	1.45
101544761--101544787	14	1.9	14	100	0	54	59	14	3	22	1.51
101545232--101545283	17	3.0	17	88	2	68	25	1	1	71	1.07
101545222--101545272	16	3.2	16	83	5	59	25	0	1	72	0.95
101546292--101546349	26	2.3	26	85	5	75	25	1	8	63	1.32
101548982--101549173	35	5.5	35	84	3	248	30	11	25	32	1.91
101550087--101550252	43	3.9	43	90	1	235	25	31	20	21	1.98
101550482--101550528	24	2.0	24	95	0	85	51	19	4	25	1.65
101551852--101551963	39	2.8	40	76	8	113	30	25	20	23	1.98
101555298--101555341	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
101556110--101556147	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
101557842--101558023	46	4.0	46	86	1	213	40	15	21	21	1.91
101561103--101561154	13	3.7	14	79	7	61	38	1	0	59	1.08
101561121--101561153	15	2.1	16	88	11	50	39	3	0	57	1.14
101561880--101561927	15	3.3	15	76	5	53	47	35	0	16	1.47
101561880--101561932	22	2.4	23	81	12	67	49	32	0	18	1.48
101561883--101561955	22	3.4	22	77	7	60	46	28	1	23	1.60
101562145--101562312	41	4.1	40	85	3	219	25	28	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101563287--101563317	16	1.9	16	100	0	62	19	19	0	61	1.35
101563567--101563595	4	7.2	4	100	0	58	27	48	0	24	1.51
101578784--101578874	33	2.8	33	76	18	100	18	10	8	61	1.54
101578495--101579007	259	2.0	260	93	0	875	25	9	11	53	1.66
101579341--101579402	27	2.3	26	76	13	63	38	1	11	48	1.49
101582434--101582492	26	2.3	26	97	2	111	25	18	28	27	1.98
101583198--101583256	4	14.8	4	74	13	50	18	1	0	79	0.81
101583193--101583251	7	8.9	7	80	14	63	18	1	0	79	0.81
101583190--101583257	20	3.6	18	82	11	82	17	1	0	80	0.78
101583186--101583252	32	2.1	33	83	13	86	16	2	0	80	0.83
101583192--101583258	28	2.3	29	85	12	93	19	1	0	79	0.82
101583190--101583257	7	9.4	7	72	13	50	17	1	0	80	0.78
101583378--101583472	22	4.6	20	66	25	54	28	34	12	24	1.92
101583369--101583472	42	2.5	42	90	6	158	29	33	12	24	1.92
101583369--101583500	42	3.1	41	84	7	140	32	34	12	21	1.90
101584246--101584458	118	1.8	118	90	0	345	22	17	30	29	1.97
101584600--101584634	12	3.0	12	87	4	54	77	0	17	5	0.96
101585201--101585262	27	2.3	26	76	13	63	38	1	11	48	1.49
101587654--101587742	45	2.0	45	95	2	162	29	12	13	44	1.80
101599529--101599588	23	2.7	23	89	2	68	31	8	3	56	1.45
101599538--101599588	23	2.2	23	96	0	93	31	5	3	58	1.40
101603719--101603746	7	4.0	7	100	0	56	0	28	0	71	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101607511--101607552	18	2.3	18	95	0	75	47	2	0	50	1.14
101607771--101607830	30	2.0	30	100	0	120	53	16	6	23	1.66
101620187--101620225	16	2.4	16	86	4	51	28	5	0	66	1.12
101621589--101621645	26	2.2	26	81	12	64	43	3	0	52	1.18
101621667--101621724	20	3.0	20	79	18	61	50	0	1	48	1.11
101627796--101627848	26	2.1	26	89	6	83	33	0	1	64	1.05
101627800--101627857	26	2.1	27	81	6	64	36	3	1	58	1.25
101628896--101628931	13	2.6	14	91	4	56	63	0	0	36	0.94
101629190--101629257	29	2.4	30	81	13	74	42	5	4	47	1.48
101631525--101631600	29	2.6	30	78	14	86	47	6	14	31	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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