genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71887395--71887452	29	2.0	29	93	0	98	24	17	20	37	1.93
71887637--71887721	42	2.0	42	100	0	170	35	9	24	30	1.87
71891863--71892076	46	4.7	44	75	11	130	29	19	28	22	1.98
71891967--71892076	46	2.4	44	83	7	132	28	21	29	20	1.98
71895567--71895718	35	4.3	35	82	4	162	15	12	32	40	1.84
71899384--71899504	43	2.8	42	80	9	113	28	26	19	24	1.99
71900571--71900606	18	2.0	18	100	0	72	27	11	22	38	1.88
71905306--71905397	49	1.9	47	86	4	130	30	15	29	25	1.95
71909029--71909265	48	4.8	49	85	3	278	30	27	16	25	1.97
71909029--71909265	97	2.4	101	83	2	284	30	27	16	25	1.97
71911488--71911591	48	2.2	48	96	1	192	37	25	10	26	1.88
71911487--71911568	24	3.4	23	65	25	62	39	24	8	28	1.84
71911511--71911586	24	3.2	24	63	20	59	35	26	10	27	1.89
71912176--71912222	10	4.4	10	80	15	58	55	27	4	12	1.56
71913735--71913778	15	2.9	15	86	3	61	29	13	20	36	1.91
71915550--71915637	32	2.7	32	79	8	106	43	10	9	37	1.70
71928337--71928361	6	4.2	6	100	0	50	68	0	32	0	0.90
71928748--71928800	28	1.9	28	88	3	81	32	9	7	50	1.62
71931879--71931908	15	2.0	15	93	0	51	26	3	6	63	1.35
71941858--71941889	16	2.0	16	100	0	64	12	6	18	62	1.50
71948014--71948201	40	4.7	40	95	0	322	21	26	20	30	1.98
71953914--71954011	33	2.9	34	72	17	87	45	3	1	50	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71953962--71954018	30	1.9	30	82	13	73	45	3	1	49	1.29
71958050--71958109	29	2.1	29	96	0	111	40	5	13	41	1.66
71958412--71958451	21	1.9	21	94	0	71	25	15	27	32	1.95
71958652--71958676	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
71960198--71960361	44	3.8	43	72	12	131	31	23	17	27	1.97
71964681--71964767	1	87.0	1	69	0	57	85	0	0	14	0.61
71964689--71964770	6	13.3	6	96	3	130	84	0	0	15	0.63
71967631--71967677	21	2.4	19	82	10	58	27	2	23	46	1.63
71977949--71978209	48	5.4	48	98	0	495	34	7	28	30	1.84
71978386--71978521	37	3.7	37	97	0	254	24	19	32	24	1.97
71982717--71982765	24	2.0	24	100	0	98	34	12	20	32	1.90
71990117--71990149	16	2.0	17	88	5	50	33	12	6	48	1.65
71994859--71994897	6	6.5	6	100	0	78	15	17	48	17	1.81
71996169--71996215	23	2.0	23	100	0	94	40	17	12	29	1.86
72001458--72001589	46	2.7	49	76	4	135	25	19	31	23	1.98
72001508--72001612	50	2.1	48	82	6	122	27	18	28	25	1.98
72001638--72001770	48	2.7	48	83	2	167	27	17	27	27	1.98
72004243--72004276	12	2.7	13	86	9	52	55	20	0	23	1.43
72009012--72009331	47	6.8	46	75	10	240	22	29	20	26	1.99
72009061--72009331	94	2.9	93	77	9	284	23	29	19	27	1.98
72016433--72016752	47	6.8	46	75	12	242	23	29	20	26	1.98
72016482--72016753	93	2.9	91	76	14	277	23	29	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72017091--72017148	30	1.9	30	92	0	98	27	25	13	32	1.94
72027552--72027593	6	7.0	6	91	8	68	80	0	2	16	0.81
72032659--72032710	20	2.8	18	78	21	63	51	3	0	44	1.19
72032617--72032751	68	2.0	69	83	1	173	48	8	2	40	1.48
72033743--72033847	52	2.0	52	94	3	185	39	23	10	26	1.87
72040692--72040787	48	2.0	48	97	0	183	29	11	16	42	1.83
72048279--72048454	46	3.8	46	77	12	189	30	28	20	21	1.98
72055856--72056026	93	1.8	93	92	0	288	28	27	21	22	1.99
72055848--72056023	46	3.8	46	79	10	205	29	27	20	22	1.98
72055897--72056035	47	3.0	46	73	19	137	30	27	18	23	1.98
72058773--72058815	22	1.9	23	85	4	61	41	23	4	30	1.74
72059113--72059141	12	2.4	12	100	0	58	6	20	48	24	1.74
72060213--72060272	28	2.1	28	87	0	84	33	30	10	26	1.89
72060256--72060391	40	3.4	40	90	0	173	32	25	17	25	1.97
72069387--72069415	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
72070539--72070631	43	2.2	43	90	0	141	21	17	26	34	1.95
72070555--72070653	43	2.3	43	78	3	110	25	19	24	31	1.98
72074757--72074860	54	1.9	54	98	0	199	37	3	22	36	1.72
72076895--72077047	71	2.2	70	87	6	229	26	22	15	35	1.94
72077007--72077082	29	2.6	29	93	0	134	22	25	17	35	1.95
72080728--72080778	21	2.4	21	100	0	102	52	0	13	33	1.41
72087117--72087378	39	6.6	39	86	5	293	26	21	26	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72087169--72087411	78	3.1	79	83	7	248	27	20	26	25	1.99
72096295--72096400	51	2.1	51	84	7	135	23	15	27	33	1.94
72112305--72112571	40	6.8	40	90	2	398	23	22	29	24	1.99
72116663--72116975	40	7.8	40	90	2	448	24	29	22	24	1.99
72116663--72116975	162	1.9	160	88	1	464	24	29	22	24	1.99
72121246--72121283	12	3.1	12	79	20	51	42	21	0	36	1.53
72121605--72121716	42	2.7	43	76	9	131	33	25	16	23	1.96
72121686--72121747	31	2.0	31	93	0	106	29	30	20	19	1.97
72123154--72125411	753	3.0	752	92	1	3770	37	9	18	35	1.83
72129842--72129986	40	3.6	40	84	4	184	25	24	26	24	2.00
72132442--72132630	94	2.0	94	97	0	360	43	10	12	33	1.76
72133981--72134038	26	2.3	26	85	8	77	15	20	22	41	1.90
72133988--72134046	26	2.2	25	88	8	82	16	15	23	44	1.86
72135045--72135071	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
72137192--72137219	11	2.5	11	100	0	56	39	32	10	17	1.84
72143164--72143225	25	2.5	25	97	0	115	27	19	30	22	1.98
72143270--72143321	25	2.1	25	82	7	61	38	19	21	21	1.94
72157459--72157722	40	6.6	40	92	1	388	23	20	28	27	1.99
72157420--72157722	80	3.8	80	88	3	389	23	20	28	27	1.99
72157420--72157722	120	2.5	119	86	4	396	23	20	28	27	1.99
72161313--72161536	40	5.7	40	85	6	271	26	27	21	24	1.99
72161313--72161536	79	2.8	79	85	6	265	26	27	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72168020--72168143	62	2.0	62	82	0	149	28	28	25	18	1.98
72169434--72169611	27	6.6	27	83	3	178	30	28	14	26	1.95
72169455--72169610	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
72177056--72177233	27	6.6	27	82	3	169	30	27	14	27	1.95
72177077--72177232	82	1.9	81	86	3	224	29	27	15	27	1.96
72180905--72181128	79	2.8	79	85	6	292	25	27	22	24	2.00
72180886--72181128	40	6.1	40	84	6	284	25	27	22	24	2.00
72193444--72193656	43	5.0	43	78	12	192	25	12	26	35	1.92
72193443--72193632	86	2.2	84	82	10	233	25	12	26	34	1.92
72204400--72204428	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
72207538--72207710	40	4.3	40	95	1	285	24	21	27	25	2.00
72207484--72207710	120	1.9	120	83	5	298	24	22	27	25	2.00
72207484--72207743	80	3.3	80	83	6	255	25	22	27	24	2.00
72207482--72207743	120	2.2	120	80	6	291	25	22	27	24	2.00
72214709--72215144	47	9.1	47	94	2	701	31	8	30	29	1.87
72215263--72215341	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
72217514--72217611	49	2.0	49	100	0	196	12	36	2	48	1.52
72218104--72218325	27	8.3	27	75	8	161	40	19	13	25	1.89
72218104--72218326	53	4.2	52	79	4	187	40	19	13	25	1.89
72218160--72218326	26	6.3	27	76	8	112	40	20	13	25	1.90
72218278--72218339	27	2.3	26	91	2	97	40	16	17	25	1.90
72219120--72219247	1	128.0	1	96	0	238	98	0	0	1	0.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72220705--72220866	40	4.1	39	81	6	164	32	16	27	23	1.95
72220705--72220866	80	2.0	80	84	2	209	32	16	27	23	1.95
72224182--72224301	47	2.6	47	83	0	141	26	31	9	32	1.88
72235681--72235864	40	4.7	40	79	8	198	24	26	23	26	2.00
72235681--72235864	78	2.3	82	80	9	211	24	26	23	26	2.00
72251376--72251547	93	1.8	93	91	2	283	27	28	22	21	1.99
72251368--72251542	46	3.8	45	78	10	192	28	28	21	21	1.99
72259965--72260027	10	5.9	10	85	7	72	38	0	3	58	1.14
72259972--72260030	12	5.2	12	83	8	72	40	0	3	55	1.16
72265906--72266190	43	6.5	43	70	16	158	28	25	17	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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