genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24525412--24525569	81	1.9	82	85	8	216	22	26	17	32	1.96
24528952--24528992	19	2.0	20	86	13	57	39	7	14	39	1.74
24534320--24534409	30	3.0	30	90	0	135	15	22	33	28	1.95
24534674--24534698	13	1.9	13	100	0	50	24	16	32	28	1.96
24534985--24535038	26	2.1	26	100	0	108	22	3	27	46	1.69
24541472--24541526	26	2.1	27	82	3	67	41	29	12	16	1.85
24553134--24553306	46	3.7	46	73	13	174	21	19	28	30	1.98
24553131--24553301	93	1.8	93	93	0	297	21	19	29	29	1.98
24557631--24557802	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
24557624--24557799	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
24570200--24570550	47	7.5	47	94	0	576	33	8	29	28	1.87
24570669--24570747	37	2.1	37	86	4	106	25	17	30	26	1.97
24572564--24572869	40	7.5	40	89	5	459	23	21	28	25	1.99
24572564--24572869	127	2.5	120	91	3	477	23	21	28	25	1.99
24576413--24576706	47	6.5	47	86	7	401	33	9	29	27	1.88
24576480--24576601	37	3.0	37	77	21	145	32	9	29	27	1.89
24576426--24576691	84	3.0	86	84	10	365	31	9	30	27	1.89
24576413--24576648	131	1.8	131	99	0	463	33	8	28	29	1.87
24576825--24576903	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
24583216--24583388	46	3.7	46	75	13	183	22	20	27	30	1.98
24583213--24583383	93	1.8	93	92	0	288	22	20	28	29	1.98
24585083--24585214	49	2.7	49	84	3	169	22	28	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24585232--24585446	46	4.6	48	80	5	226	23	27	19	29	1.98
24585227--24585446	94	2.3	93	84	5	300	23	27	19	29	1.98
24586112--24586150	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
24587963--24588018	24	2.4	24	87	3	87	48	3	7	41	1.48
24592209--24592234	10	2.6	10	100	0	52	0	7	0	92	0.39
24592752--24592806	19	2.8	19	76	17	60	65	1	1	30	1.13
24592730--24592795	28	2.4	27	77	7	78	69	0	1	28	0.97
24592773--24592837	26	2.3	28	80	15	64	66	1	3	29	1.16
24595436--24595474	11	3.5	11	85	0	60	76	20	0	2	0.90
24596120--24596175	18	3.1	18	73	14	51	41	1	1	55	1.21
24596108--24596175	19	3.5	18	73	13	55	38	1	1	58	1.16
24596167--24596206	21	1.9	21	89	0	62	42	0	2	55	1.13
24603951--24603988	20	2.0	19	85	10	51	50	18	28	2	1.61
24604354--24604411	29	2.0	29	93	0	98	12	3	20	63	1.42
24604533--24604564	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
24605639--24605732	48	2.0	48	84	0	125	28	24	17	29	1.97
24609122--24609160	2	20.0	2	84	5	53	51	5	0	43	1.24
24629780--24629918	57	2.4	58	80	3	138	28	25	17	28	1.98
24632722--24632887	43	3.9	42	77	5	154	24	13	25	36	1.92
24636883--24636940	7	8.3	7	88	0	71	18	3	37	39	1.68
24642291--24642422	39	3.4	39	89	0	192	30	19	27	22	1.98
24642291--24642440	78	1.9	78	80	2	176	30	20	27	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24650189--24650320	39	3.4	39	95	0	228	28	20	28	22	1.99
24653137--24653317	79	2.3	79	86	2	247	20	22	29	27	1.99
24653137--24653352	40	5.5	40	84	4	244	22	22	29	26	1.99
24653137--24653352	79	2.7	79	83	4	231	22	22	29	26	1.99
24655483--24655544	30	2.1	30	96	0	115	29	9	20	40	1.84
24655485--24655539	16	3.6	16	71	28	57	29	9	20	41	1.82
24661644--24661772	28	4.6	28	90	0	204	26	12	34	27	1.92
24661644--24661794	57	2.7	56	84	5	171	26	12	33	27	1.93
24665958--24666011	15	3.6	15	73	9	56	31	29	25	12	1.93
24677392--24677564	46	3.7	46	78	10	199	21	20	27	30	1.98
24677389--24677559	93	1.8	93	92	0	288	21	20	28	29	1.98
24680643--24680681	18	2.2	18	90	4	62	33	7	0	58	1.26
24684961--24685132	93	1.8	93	94	0	308	28	30	20	20	1.97
24684954--24685129	46	3.8	46	79	12	207	29	30	19	19	1.97
24692588--24692628	18	2.3	18	91	4	57	41	14	0	43	1.45
24694000--24694133	56	2.4	56	96	0	241	32	25	16	26	1.96
24705095--24705220	43	3.0	42	75	11	121	33	23	16	26	1.96
24706289--24706313	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
24716078--24716303	40	5.7	40	90	4	314	24	21	27	26	1.99
24724143--24724296	80	1.9	79	87	6	222	25	19	27	27	1.99
24724088--24724273	40	4.7	40	87	5	234	24	21	27	26	1.99
24727055--24727236	40	4.6	40	89	2	269	25	26	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24729690--24729861	93	1.8	93	92	0	290	29	28	20	21	1.98
24729683--24729858	46	3.8	46	75	12	189	30	28	19	21	1.98
24736751--24736790	14	3.0	14	89	10	66	22	7	15	55	1.65
24737916--24738097	40	4.6	40	90	2	269	26	25	23	24	2.00
24759992--24760024	16	2.1	16	94	0	57	6	33	6	54	1.50
24761222--24761332	27	4.1	27	83	5	136	16	23	22	37	1.93
24765931--24766058	46	2.8	46	87	0	184	30	27	21	20	1.98
24765938--24766077	46	3.0	44	73	17	115	29	27	21	21	1.98
24771755--24771865	27	4.1	27	80	5	118	15	22	25	36	1.93
24771755--24771865	54	2.1	53	84	1	141	15	22	25	36	1.93
24778729--24778773	23	1.9	24	86	4	65	55	15	0	28	1.41
24782704--24782729	12	2.2	12	100	0	52	23	38	30	7	1.83
24786412--24786671	47	5.5	47	94	3	450	31	7	29	31	1.85
24786412--24786668	96	2.7	96	95	3	452	31	7	29	31	1.86
24786640--24786691	25	2.1	25	100	0	104	36	0	26	36	1.57
24786593--24786740	74	2.0	72	96	2	269	33	6	28	31	1.82
24786412--24786671	143	1.8	139	93	3	407	31	7	29	31	1.85
24786546--24786794	123	2.1	119	96	3	453	32	6	28	31	1.83
24786497--24786843	170	2.1	168	97	1	658	33	7	28	30	1.84
24786665--24786938	47	5.7	47	92	0	413	32	8	30	28	1.87
24786451--24786887	217	2.0	215	96	1	804	32	7	29	30	1.85
24786412--24786935	264	2.0	261	92	3	863	32	8	29	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24789151--24789551	40	10.1	40	89	2	583	25	22	27	24	2.00
24792878--24793441	47	11.8	47	93	3	898	32	8	29	29	1.86
24792878--24793441	96	5.9	95	93	4	949	32	8	29	29	1.86
24801571--24801732	48	3.4	47	87	3	218	29	29	17	24	1.97
24806192--24806378	48	3.8	48	76	6	178	29	24	21	24	1.99
24809126--24809158	15	2.2	15	94	0	57	57	12	12	18	1.64
24812261--24812492	49	4.7	49	83	3	302	29	26	18	26	1.98
24812261--24812492	100	2.3	99	85	2	313	29	26	18	26	1.98
24816992--24817261	48	5.6	48	88	2	319	26	30	17	25	1.98
24816992--24817261	96	2.8	95	85	2	351	26	30	17	25	1.98
24822619--24822836	40	5.5	40	93	1	359	24	22	27	26	2.00
24823064--24823105	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
24830725--24830822	40	2.5	40	83	5	110	26	21	26	25	1.99
24831050--24831091	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
24834397--24834438	20	2.2	20	82	4	50	35	2	19	42	1.64
24834952--24835069	46	2.5	46	80	5	130	28	16	29	25	1.96
24835089--24835207	44	2.6	46	88	5	161	26	21	29	22	1.99
24842835--24842984	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
24842807--24842984	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
24842808--24842963	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
24859782--24860124	40	8.6	40	90	2	467	24	20	27	27	1.99
24878112--24878175	20	3.1	20	76	13	67	45	0	4	50	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24879971--24880001	15	2.1	15	94	5	55	0	9	0	90	0.46
24880666--24880697	12	2.7	12	90	0	55	31	25	25	18	1.98
24896648--24896690	21	2.1	20	87	12	61	27	4	4	62	1.35
24905632--24905864	38	6.1	38	91	3	344	23	23	23	29	1.99
24905632--24905864	114	2.0	114	93	0	394	23	23	23	29	1.99
24917979--24918003	13	1.9	13	100	0	50	20	40	24	16	1.91
24920559--24920583	12	2.1	12	100	0	50	16	0	24	60	1.36
24924223--24924251	14	2.1	14	100	0	58	27	20	24	27	1.99
24927493--24927709	110	2.0	110	96	0	398	44	9	15	30	1.79
24928153--24928329	47	3.7	47	75	15	159	27	18	31	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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