genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.178.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   

This is table  178  of  320  ( 38372 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58970361--58970625	40	6.7	40	83	5	252	25	27	21	25	1.99
58970557--58970634	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
58972260--58972299	21	2.0	20	86	13	57	57	0	22	20	1.41
59009590--59009698	55	2.0	55	87	3	157	20	22	31	26	1.98
59009594--59009724	55	2.4	55	83	2	147	18	23	31	26	1.97
59016407--59016431	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
59016378--59016420	22	2.0	22	85	0	59	53	0	2	44	1.13
59021965--59022121	43	3.7	42	71	10	122	26	17	24	31	1.97
59029571--59029701	42	3.0	44	81	8	160	22	17	26	32	1.96
59029570--59029721	43	3.5	42	81	7	171	23	18	25	32	1.97
59034804--59035064	40	6.6	40	90	1	375	23	19	25	31	1.98
59036665--59036749	24	3.5	24	79	3	98	29	27	16	27	1.97
59042581--59042779	27	7.4	27	83	3	240	36	16	20	27	1.93
59043498--59043574	27	2.8	27	80	4	82	22	23	19	35	1.96
59050169--59050337	27	6.3	27	82	2	196	35	17	20	26	1.95
59050165--59050335	54	3.2	54	90	0	252	35	16	21	26	1.94
59050165--59050337	81	2.1	81	84	2	222	35	17	21	26	1.95
59050990--59051040	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
59052020--59052186	43	3.9	43	78	6	178	26	15	24	32	1.95
59052030--59052187	86	1.8	85	84	6	212	26	16	24	32	1.96
59063565--59063635	25	2.8	25	91	0	106	26	26	21	25	1.99
59063590--59063662	24	3.0	24	78	13	69	30	21	20	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59063857--59063971	31	3.7	31	92	1	187	32	17	26	23	1.97
59073054--59073079	11	2.4	11	100	0	52	53	19	0	26	1.45
59073532--59073609	27	2.9	27	80	0	84	29	16	19	34	1.94
59073578--59073888	27	11.6	27	83	5	330	31	11	19	37	1.88
59074203--59074267	29	2.3	29	86	2	87	23	36	16	23	1.94
59086179--59086299	47	2.6	47	84	5	158	32	26	12	28	1.92
59091971--59092267	27	11.0	27	94	0	441	26	22	10	40	1.85
59091971--59092316	81	4.3	81	88	1	442	29	21	9	39	1.85
59092275--59092515	27	9.0	27	77	5	175	39	21	9	29	1.85
59092280--59092486	80	2.6	80	80	4	229	41	21	9	28	1.83
59092308--59092526	108	2.0	107	81	4	253	39	20	11	28	1.87
59094979--59095034	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
59094968--59095034	20	3.3	20	91	0	107	35	11	19	32	1.88
59095085--59095180	47	2.1	47	92	2	158	29	18	21	30	1.97
59095083--59095201	23	5.0	24	88	5	163	28	19	22	29	1.98
59095395--59095458	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
59102976--59103023	25	1.9	25	91	0	78	31	25	18	25	1.98
59103071--59103126	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
59103061--59103126	20	3.3	20	93	0	114	33	12	21	33	1.90
59103177--59103286	22	5.1	22	89	10	167	28	20	20	31	1.97
59103501--59103564	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
59104316--59104363	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59104390--59104462	20	3.8	20	91	7	107	35	9	20	34	1.85
59104410--59104448	11	3.7	11	80	13	55	35	10	20	33	1.86
59104515--59104701	26	7.3	26	84	7	208	28	19	21	29	1.98
59104515--59104689	52	3.4	51	89	4	246	28	20	21	29	1.98
59104514--59104689	78	2.3	77	85	2	248	27	21	21	29	1.98
59104834--59104925	42	2.2	42	94	3	159	28	11	20	39	1.88
59121703--59121826	43	2.9	43	77	10	119	28	16	21	33	1.95
59125949--59126169	40	5.6	40	83	4	270	24	21	26	27	2.00
59144950--59145077	65	2.0	66	98	1	249	24	25	20	30	1.98
59150487--59150518	17	1.9	16	93	6	55	31	18	12	37	1.88
59151909--59151981	38	1.9	38	94	0	128	26	16	19	38	1.92
59155126--59155178	27	2.0	26	82	14	63	28	30	15	26	1.96
59157344--59157427	24	3.5	24	88	1	123	17	17	19	45	1.86
59159348--59159511	35	4.7	35	81	3	179	33	23	10	32	1.89
59159411--59159529	35	3.4	35	84	4	116	32	23	11	31	1.91
59164021--59164080	30	2.0	30	96	0	111	40	16	15	28	1.89
59167638--59167785	43	3.5	43	76	15	137	28	19	25	27	1.99
59177398--59177445	25	1.9	25	95	0	87	41	18	10	29	1.84
59180325--59180378	23	2.3	23	96	0	99	22	24	22	31	1.98
59191233--59191270	19	2.0	19	94	0	67	21	7	5	65	1.38
59200189--59200305	24	4.9	24	77	11	107	30	17	24	27	1.97
59200187--59200317	46	2.8	46	83	10	158	29	18	23	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59200190--59200316	23	5.4	23	79	10	132	30	18	23	27	1.97
59203649--59203707	27	2.2	27	84	0	82	23	33	20	22	1.97
59214163--59214310	74	2.0	74	95	0	269	17	14	18	49	1.80
59221523--59221547	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
59222148--59222185	17	2.1	19	90	9	62	0	23	0	76	0.79
59230439--59230565	27	4.7	27	83	6	161	35	20	25	18	1.95
59230446--59230565	54	2.2	54	93	0	204	35	21	25	17	1.95
59234340--59234489	56	2.7	56	91	0	237	26	15	24	33	1.95
59234700--59234757	20	2.9	20	81	0	71	32	36	13	17	1.89
59236376--59236405	11	2.7	11	94	0	51	80	3	0	16	0.85
59244859--59244955	30	3.2	30	67	11	74	26	27	15	29	1.96
59248833--59249007	46	3.8	45	78	13	185	29	28	21	21	1.98
59248839--59249011	93	1.9	93	92	0	292	27	29	21	21	1.98
59251058--59251086	13	2.2	13	100	0	58	62	10	0	27	1.28
59251100--59251169	19	3.5	19	78	16	79	57	2	2	37	1.29
59251106--59251150	21	2.1	22	91	4	74	60	2	2	35	1.22
59251306--59251341	10	3.6	10	84	0	54	36	19	25	19	1.95
59251304--59251351	20	2.4	20	78	0	69	31	16	29	22	1.96
59255663--59255719	29	2.0	29	92	0	96	24	0	29	45	1.53
59260818--59260854	16	2.3	16	100	0	74	37	21	5	35	1.77
59261352--59261401	25	2.0	25	84	7	66	52	10	0	38	1.35
59266094--59266741	47	13.6	47	91	2	1008	29	28	8	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59266094--59266741	96	6.8	94	92	2	1008	29	28	8	33	1.87
59266094--59266741	143	4.5	143	94	1	1070	29	28	8	33	1.87
59266966--59267108	40	3.6	40	84	7	175	25	27	21	24	1.99
59270508--59270777	40	6.8	40	93	0	441	24	29	23	23	1.99
59273000--59273600	47	12.6	47	92	2	941	28	29	8	33	1.87
59273000--59273600	96	6.3	94	93	1	950	28	29	8	33	1.87
59273825--59273917	40	2.3	40	92	3	152	29	25	19	25	1.99
59276883--59276911	13	2.2	13	100	0	58	62	10	0	27	1.28
59283437--59283465	13	2.2	13	100	0	58	62	10	0	27	1.28
59296656--59296833	27	6.6	27	82	3	196	27	14	28	29	1.95
59296657--59296812	82	1.9	81	86	3	224	27	14	28	29	1.95
59296653--59296833	82	2.2	81	82	2	220	27	14	27	29	1.96
59304797--59304973	27	6.5	27	83	3	203	27	14	28	29	1.95
59304798--59304953	82	1.9	81	88	3	233	26	14	28	29	1.95
59304794--59304973	82	2.2	81	83	3	227	27	15	27	30	1.96
59309870--59309964	30	3.2	30	75	3	93	31	14	25	28	1.95
59310577--59310616	19	2.1	19	90	0	62	27	35	15	22	1.94
59311856--59311903	14	3.4	14	85	0	60	18	31	6	43	1.75
59312257--59312302	15	3.4	14	85	11	60	82	6	2	8	0.91
59312257--59312289	12	2.8	12	90	9	50	81	6	3	9	0.95
59318969--59319008	19	2.1	19	85	0	53	30	35	12	22	1.91
59320250--59320297	14	3.4	14	85	0	60	18	31	6	43	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59321108--59321161	22	2.4	22	80	17	58	31	16	12	38	1.87
59331888--59332065	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
59331909--59332064	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
59340073--59340250	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
59340094--59340249	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
59342227--59342266	20	2.0	21	85	5	55	20	17	22	40	1.92
59344947--59345003	29	2.0	29	89	6	89	43	31	0	24	1.54
59345829--59345885	29	2.0	29	92	0	96	45	29	0	24	1.53
59344693--59346435	882	2.0	881	97	0	3310	32	22	13	31	1.93
59346134--59346168	17	1.9	19	88	11	56	68	11	5	14	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320