genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.188.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62384229--62384426	80	2.5	81	85	2	256	30	10	20	38	1.86
62386328--62386554	40	5.7	40	90	2	334	24	23	28	23	2.00
62388684--62389077	45	8.7	45	82	4	411	41	14	18	24	1.88
62388684--62389083	91	4.4	90	82	4	409	41	15	18	24	1.89
62388684--62389077	137	2.9	135	80	5	395	41	14	18	24	1.88
62399459--62399511	21	2.5	21	81	0	61	30	7	35	26	1.84
62401602--62401638	7	5.3	7	93	0	65	16	54	0	29	1.43
62401601--62401649	14	3.5	14	88	0	71	20	46	0	32	1.51
62401601--62401653	21	2.5	21	84	0	70	20	47	0	32	1.51
62411415--62411443	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
62413231--62413415	40	4.6	40	86	1	246	23	22	27	27	1.99
62413227--62413448	80	2.8	80	80	8	265	25	21	25	27	2.00
62424951--62424997	23	2.0	23	100	0	94	25	4	8	61	1.43
62425122--62425155	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
62430925--62431095	43	4.0	42	78	6	159	28	15	23	33	1.95
62434426--62434837	45	9.1	45	76	14	189	41	16	19	23	1.90
62434426--62434927	90	5.6	89	80	9	441	40	15	19	23	1.90
62434540--62434612	22	3.2	24	61	23	57	42	19	17	20	1.89
62434534--62434927	180	2.2	182	83	5	496	41	15	20	22	1.90
62434534--62434926	91	4.3	91	84	7	471	41	15	20	22	1.89
62438228--62438252	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
62440432--62440502	25	2.8	25	89	2	106	25	23	22	28	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62440431--62440515	25	3.4	24	84	7	100	28	22	22	27	1.99
62440723--62440804	30	2.7	31	86	3	114	31	18	25	24	1.97
62440723--62440800	31	2.6	30	89	2	111	30	19	26	23	1.98
62444312--62444487	50	3.5	49	81	7	185	28	27	18	25	1.98
62444312--62444498	101	1.9	99	85	4	259	27	28	18	25	1.98
62446771--62446913	71	2.0	71	100	0	286	35	20	12	30	1.90
62453829--62453987	53	3.0	52	90	0	237	35	18	17	28	1.93
62454538--62454567	12	2.5	12	100	0	60	23	6	16	53	1.66
62457558--62457616	27	2.2	27	90	0	91	37	18	10	33	1.85
62457997--62458023	14	1.9	14	100	0	54	48	7	7	37	1.59
62457671--62458345	344	2.0	345	98	0	1316	39	14	17	29	1.89
62459583--62459624	22	2.0	21	85	4	57	21	28	40	9	1.84
62461090--62461257	46	3.6	46	73	13	164	22	19	27	30	1.98
62463641--62463955	49	6.7	48	72	12	183	25	30	18	25	1.98
62463664--62463862	93	2.1	91	82	6	227	25	31	18	24	1.98
62463796--62463907	44	2.5	44	84	2	127	29	32	17	20	1.96
62470360--62470431	28	2.6	28	82	4	92	25	13	31	29	1.94
62474173--62474456	40	7.2	39	83	9	353	26	21	22	29	1.99
62474173--62474437	118	2.2	119	87	6	369	26	21	22	29	1.99
62474157--62474456	80	3.8	80	89	4	430	27	20	22	29	1.99
62493274--62493503	40	5.8	40	89	2	322	23	28	23	24	1.99
62496744--62496829	40	2.2	39	83	6	102	24	16	30	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62517724--62517847	55	2.3	55	81	0	140	32	27	25	14	1.95
62523608--62523634	10	2.7	10	100	0	54	37	22	18	22	1.95
62523618--62523726	47	2.3	47	93	0	182	34	14	22	27	1.94
62523706--62523902	55	3.6	54	84	6	247	35	18	24	21	1.96
62526976--62527096	45	2.6	46	85	5	156	26	17	28	28	1.98
62527054--62527165	43	2.6	42	71	9	102	28	13	25	32	1.94
62554331--62554359	11	2.7	11	94	5	51	65	0	0	34	0.93
62571129--62571429	150	2.0	150	100	0	602	26	10	22	40	1.87
62575402--62575612	40	5.3	40	91	1	307	26	29	20	23	1.99
62575402--62575612	81	2.6	79	90	1	323	26	29	20	23	1.99
62575400--62575658	121	2.2	119	80	6	290	26	28	20	24	1.99
62575597--62575674	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
62583355--62583566	40	5.3	40	90	2	300	25	29	20	23	1.99
62583355--62583566	82	2.6	79	89	2	316	25	29	20	23	1.99
62583385--62583612	122	1.9	121	82	6	291	27	29	19	24	1.98
62583551--62583628	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
62586049--62586076	11	2.5	11	100	0	56	28	21	0	50	1.49
62598081--62598250	46	3.7	46	79	8	147	24	30	18	26	1.98
62598178--62598300	46	2.7	46	84	5	149	25	30	16	27	1.96
62609429--62609461	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
62610236--62610349	27	3.9	28	72	19	81	25	26	20	28	1.99
62611036--62611075	8	5.0	8	81	0	53	2	20	22	55	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62611039--62611075	16	2.3	16	95	0	65	2	18	18	59	1.50
62612717--62612745	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
62631210--62631404	49	3.9	50	83	2	232	28	26	18	26	1.98
62631210--62631402	100	1.9	100	90	0	305	29	25	19	26	1.98
62631630--62631683	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
62638280--62638430	28	5.4	28	91	1	223	26	11	27	34	1.91
62640460--62640691	49	4.7	49	83	4	304	29	26	18	25	1.98
62644470--62644692	40	5.6	39	85	3	241	26	27	20	24	1.99
62644470--62644692	120	1.9	119	81	6	272	26	27	20	24	1.99
62652380--62652642	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
62657588--62657620	17	2.0	17	88	5	50	66	6	6	21	1.35
62661735--62661768	17	2.0	17	100	0	68	23	17	5	52	1.66
62664566--62664603	20	1.9	20	100	0	76	44	21	26	7	1.79
62667176--62667239	26	2.6	25	75	7	69	7	28	0	64	1.21
62668350--62668413	28	2.3	28	88	0	92	15	23	23	37	1.93
62668364--62668426	28	2.2	28	82	0	72	23	26	15	33	1.95
62673718--62673765	24	1.9	26	91	8	82	54	0	6	39	1.26
62673729--62673765	11	3.0	13	76	15	51	51	0	5	43	1.24
62680870--62680962	43	2.1	44	80	9	111	23	17	26	32	1.96
62686040--62686116	37	2.1	36	92	2	127	24	19	12	42	1.86
62686886--62687073	95	2.0	96	89	1	288	52	11	18	17	1.74
62689374--62689519	41	3.6	41	85	3	177	20	18	23	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62690523--62690593	22	3.4	22	67	15	69	23	1	25	49	1.59
62690517--62690598	40	2.0	40	100	0	164	25	2	26	45	1.66
62692677--62692730	25	2.2	25	96	0	99	46	1	29	22	1.62
62695073--62695186	62	1.9	59	85	5	156	50	5	4	39	1.45
62695169--62695217	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
62698918--62699094	43	4.1	43	82	1	203	33	23	16	25	1.96
62703002--62703239	50	4.8	50	81	4	248	30	24	18	25	1.98
62703017--62703243	101	2.3	99	83	6	271	29	25	19	25	1.99
62705144--62705230	42	2.1	42	93	0	147	27	28	24	19	1.98
62706245--62706330	23	3.8	23	69	4	68	34	20	19	24	1.96
62710548--62710768	9	25.3	9	73	14	130	35	0	17	46	1.54
62710561--62710768	36	5.5	36	73	21	149	35	0	16	46	1.54
62710552--62710715	45	3.7	45	83	8	237	35	1	17	46	1.56
62710648--62710767	59	2.0	59	90	6	186	34	0	18	47	1.49
62712498--62712537	19	2.1	19	85	0	53	32	0	42	25	1.55
62712647--62712890	122	2.0	123	86	2	339	31	17	16	34	1.93
62713449--62713491	7	6.1	7	86	0	50	41	39	0	18	1.51
62713449--62713491	21	2.0	21	86	0	59	41	39	0	18	1.51
62713625--62713657	12	2.6	13	85	4	50	33	51	0	15	1.43
62713661--62713722	22	2.9	22	80	7	65	53	30	1	14	1.51
62713759--62713797	15	2.7	15	84	4	53	48	28	5	17	1.68
62713861--62713972	41	2.8	41	85	4	140	17	24	19	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62724032--62724500	104	4.5	104	85	1	528	30	19	21	28	1.97
62723983--62724500	208	2.5	207	82	3	583	31	18	21	29	1.97
62726098--62726264	43	3.9	43	80	6	196	31	25	14	28	1.95
62728837--62729030	43	4.6	43	84	4	250	30	28	19	22	1.98
62728837--62729025	85	2.2	86	85	2	247	30	28	19	22	1.98
62729080--62729123	22	1.9	24	86	9	65	38	0	4	56	1.20
62733724--62733775	16	3.2	16	91	0	77	30	0	34	34	1.58
62734012--62734046	18	2.0	17	94	5	61	51	0	0	48	1.00
62734159--62734193	18	2.0	17	94	5	61	51	0	0	48	1.00
62733931--62734205	147	1.9	149	96	1	509	45	3	2	48	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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