genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.197.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65736092--65736136	15	2.9	16	87	12	76	13	15	13	57	1.65
65736092--65736144	15	3.5	15	82	10	72	13	13	15	58	1.64
65739180--65739290	51	2.2	51	88	0	159	24	16	27	31	1.96
65742967--65743142	28	6.4	28	92	2	268	26	13	28	31	1.93
65742967--65743142	55	3.2	55	92	1	273	26	13	28	31	1.93
65742967--65743142	83	2.1	82	91	1	280	26	13	28	31	1.93
65750235--65750386	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
65750235--65750386	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
65757935--65758247	47	6.7	46	75	12	160	26	18	30	24	1.98
65758035--65758251	47	4.6	48	80	12	222	26	17	29	25	1.98
65757937--65758251	96	3.4	93	79	11	290	26	18	30	24	1.98
65765638--65765909	47	5.7	47	73	12	209	28	20	29	22	1.98
65765639--65765909	96	2.9	94	74	11	275	28	20	28	22	1.98
65771343--65771449	22	4.7	23	78	12	107	33	19	23	23	1.97
65771337--65771449	45	2.5	45	85	2	156	34	19	23	23	1.96
65775061--65775109	23	2.2	22	88	3	71	57	20	0	22	1.41
65775786--65775907	44	2.8	43	80	6	131	36	24	16	22	1.94
65778319--65778396	24	3.0	24	74	17	77	37	16	24	21	1.94
65778319--65778406	28	3.3	28	80	10	96	35	15	25	23	1.95
65778431--65778581	49	3.0	49	80	5	160	29	14	28	27	1.95
65778444--65778585	52	2.8	51	84	3	171	27	14	29	28	1.95
65778441--65778628	51	3.7	52	76	9	147	26	15	29	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65788113--65788201	30	3.1	29	81	10	119	29	13	26	30	1.94
65791143--65791172	11	2.7	11	100	0	60	10	23	0	66	1.21
65794903--65795042	72	2.0	71	88	1	208	35	12	21	31	1.90
65797083--65797123	19	2.2	18	87	12	57	65	2	0	31	1.05
65809200--65809501	39	7.7	40	87	5	379	25	21	27	25	1.99
65813061--65813124	26	2.4	26	86	5	83	34	25	10	29	1.90
65813229--65813340	27	4.2	26	78	7	116	17	25	21	35	1.95
65813239--65813344	54	2.0	54	88	3	160	18	26	19	34	1.95
65821072--65821183	27	4.2	26	78	7	116	16	23	23	37	1.93
65822143--65822270	45	2.8	45	80	4	141	23	25	10	40	1.87
65822511--65822536	13	2.0	13	100	0	52	23	38	0	38	1.55
65826414--65826484	30	2.4	30	85	0	88	29	25	7	38	1.82
65826498--65826561	29	2.2	30	88	5	103	20	25	14	40	1.89
65826505--65826561	29	2.0	29	96	0	105	17	26	15	40	1.90
65828043--65828080	20	1.9	20	88	0	58	10	31	21	36	1.87
65829417--65829488	31	2.3	31	97	0	135	13	33	36	16	1.89
65829436--65829488	18	3.2	18	65	25	53	13	35	33	16	1.88
65829436--65829503	31	2.2	31	81	5	75	13	38	29	19	1.89
65847545--65847698	44	3.6	43	74	7	152	33	26	15	24	1.95
65847630--65847725	44	2.2	44	81	7	106	33	28	14	23	1.94
65852832--65852892	30	2.1	29	81	3	68	40	6	19	32	1.77
65853301--65853472	46	3.7	46	76	10	188	22	20	27	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65853294--65853465	93	1.8	93	92	0	290	23	21	27	27	1.99
65859485--65859583	28	3.5	28	88	1	135	29	13	25	32	1.93
65870617--65870709	41	2.3	41	96	0	168	27	26	22	22	1.99
65874653--65874691	19	2.1	19	100	0	78	48	15	0	35	1.45
65881864--65882035	93	1.8	93	96	2	319	29	29	20	20	1.98
65881857--65882032	46	3.8	47	81	12	229	30	29	19	20	1.97
65891554--65891640	43	2.0	43	100	0	174	43	18	10	27	1.82
65903463--65903490	14	2.0	14	100	0	56	21	35	7	35	1.81
65910061--65910108	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
65910147--65910203	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
65910145--65910207	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
65910259--65910402	24	6.0	24	84	9	179	29	22	20	26	1.99
65910259--65910381	47	2.6	48	89	3	178	30	22	19	26	1.98
65910595--65910658	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
65913336--65913558	40	5.6	40	82	10	237	25	27	21	25	2.00
65913336--65913559	79	2.8	80	86	7	289	25	27	21	25	2.00
65917986--65918064	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
65918183--65918724	47	11.1	47	88	7	769	28	29	9	32	1.88
65918535--65918708	48	3.1	58	80	18	242	31	28	6	33	1.84
65918596--65918724	49	2.7	49	98	1	251	29	29	9	31	1.88
65918390--65918708	98	3.1	105	92	6	517	30	28	8	32	1.86
65922177--65922413	40	5.9	40	91	0	348	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65922190--65922492	80	3.8	80	85	3	344	24	27	22	25	2.00
65922190--65922492	40	7.6	41	86	4	302	24	27	22	25	2.00
65922190--65922492	120	2.5	119	83	4	333	24	27	22	25	2.00
65922798--65922876	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
65922858--65922960	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
65924827--65924905	37	2.1	37	85	0	104	26	30	17	25	1.97
65925024--65925705	47	14.1	49	91	4	1045	29	29	8	32	1.88
65928430--65928454	13	1.9	13	100	0	50	20	40	24	16	1.91
65928542--65928583	13	3.2	13	96	0	75	16	33	33	16	1.92
65938345--65938418	29	2.6	29	84	4	96	25	14	32	27	1.95
65954471--65954691	40	5.6	40	82	2	250	24	26	23	25	2.00
65962511--65962695	40	4.6	40	83	0	217	24	25	23	26	2.00
65966245--65966421	27	6.5	27	77	3	149	25	17	29	27	1.97
65979520--65979567	25	1.9	25	86	0	69	31	22	16	29	1.96
65979698--65979768	26	2.8	25	85	4	97	25	22	23	28	2.00
65979988--65980071	31	2.7	31	88	1	134	32	15	26	26	1.96
65990544--65990591	25	1.9	25	86	0	69	31	18	16	33	1.94
65990642--65990679	20	2.0	19	90	10	60	31	10	21	36	1.87
65990721--65990792	25	2.9	24	84	10	90	23	27	20	27	1.99
65991011--65991094	31	2.7	31	92	1	143	32	16	26	25	1.96
65998897--65999000	43	2.4	43	83	3	138	33	24	15	26	1.95
65999457--65999607	75	2.0	75	94	0	266	32	21	1	43	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66002563--66002792	49	4.6	50	81	2	257	24	18	27	29	1.98
66002570--66002792	100	2.2	98	82	7	254	24	17	27	30	1.98
66006607--66006631	13	1.9	13	100	0	50	88	4	8	0	0.64
66007712--66007932	39	5.6	40	84	7	260	25	21	28	24	1.99
66007712--66007932	79	2.8	81	84	8	269	25	21	28	24	1.99
66007712--66007965	79	3.2	79	81	9	211	26	21	27	24	1.99
66014568--66014592	13	1.9	13	100	0	50	88	4	8	0	0.64
66015706--66015876	39	4.3	40	90	3	251	25	22	27	25	2.00
66015706--66015909	79	2.6	79	83	8	213	26	21	27	24	1.99
66019167--66019213	6	7.7	6	86	11	60	21	0	10	68	1.20
66019152--66019213	18	3.2	19	82	13	65	22	3	11	62	1.42
66034564--66034597	16	2.2	15	94	5	59	73	0	8	17	1.08
66034661--66034704	16	2.8	16	85	0	61	34	6	0	59	1.24
66035579--66035639	30	2.0	30	93	0	104	39	19	13	27	1.89
66037741--66037809	24	2.8	26	80	10	83	30	20	24	24	1.99
66041249--66041297	24	2.0	25	92	4	82	46	18	22	12	1.82
66041268--66041303	16	2.2	16	90	0	54	50	13	25	11	1.75
66041514--66041626	29	4.0	28	86	2	136	25	14	30	29	1.95
66041527--66041637	58	1.9	57	87	1	159	25	14	31	28	1.95
66047884--66048061	27	6.6	27	80	6	164	29	28	16	25	1.97
66047905--66048060	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	25	1.97
66055592--66055635	23	1.9	23	81	9	54	31	25	2	40	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66055905--66056079	27	6.6	27	84	4	203	29	28	14	27	1.96
66055905--66056079	53	3.3	54	83	4	212	29	28	14	27	1.96
66073497--66073550	28	1.9	28	88	0	81	14	27	33	24	1.94
66077649--66077688	19	2.0	21	85	14	57	10	32	5	52	1.56
66079660--66079826	75	2.2	76	89	5	259	46	8	7	36	1.64
66079841--66079888	24	2.0	24	88	4	71	35	10	8	45	1.68
66081886--66081944	25	2.2	25	88	8	82	40	0	0	59	0.97
66081949--66081986	19	2.0	20	89	5	60	23	0	2	73	0.95
66081936--66082036	52	1.9	53	89	2	159	34	0	1	63	1.06
66081970--66082029	22	2.8	20	79	13	66	36	0	1	61	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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