genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27681942--27682006	28	2.3	28	92	5	105	33	29	7	29	1.85
27682112--27682223	27	4.2	26	81	11	127	16	24	23	36	1.94
27682112--27682223	54	2.1	54	84	3	145	16	24	23	36	1.94
27683525--27683555	16	1.9	16	93	0	53	38	9	6	45	1.63
27686783--27686878	42	2.3	43	81	5	115	27	18	23	30	1.98
27688224--27688264	22	1.9	22	85	14	59	31	7	19	41	1.79
27690088--27690345	48	5.4	48	72	10	199	28	24	20	26	1.99
27697582--27697633	27	2.0	26	84	3	68	34	23	25	17	1.96
27706366--27706597	48	4.9	48	72	12	201	29	25	18	25	1.98
27706368--27706632	48	5.6	48	73	10	195	30	26	18	25	1.98
27715152--27715456	40	7.6	40	76	9	205	26	22	25	24	2.00
27715152--27715456	80	3.8	80	83	5	339	26	22	25	24	2.00
27715152--27715492	120	2.8	120	80	6	386	26	22	25	24	2.00
27718645--27718775	48	2.7	48	80	3	136	32	20	15	32	1.94
27723247--27723283	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
27727251--27727309	30	2.0	30	93	0	100	57	13	1	27	1.46
27728864--27728976	51	2.2	51	88	0	163	33	28	14	23	1.94
27728935--27729043	43	2.6	43	83	1	148	33	30	15	21	1.94
27728935--27729036	42	2.4	42	86	1	141	34	30	14	20	1.93
27732013--27732064	25	2.1	24	85	3	68	42	21	21	15	1.89
27733566--27733796	48	4.8	48	82	4	295	28	18	28	24	1.98
27733566--27733796	94	2.4	97	89	5	344	28	18	28	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27736727--27736756	14	2.1	14	93	0	51	46	13	6	33	1.69
27736820--27736882	30	2.1	30	90	0	99	41	1	20	36	1.62
27753332--27753586	50	5.2	48	75	10	187	23	30	18	27	1.98
27753358--27753583	95	2.3	98	84	5	289	23	30	19	27	1.98
27753358--27753594	50	4.8	50	78	8	263	23	29	18	28	1.98
27754690--27754721	15	2.1	15	94	0	55	21	40	12	25	1.88
27772424--27772603	50	3.6	50	84	4	247	22	30	20	27	1.98
27772422--27772603	100	1.8	100	90	2	294	21	29	20	27	1.98
27776957--27776994	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
27795454--27795558	41	2.5	42	82	3	122	20	22	13	43	1.86
27795456--27795638	21	8.9	21	76	4	131	16	23	15	44	1.86
27795458--27795638	63	2.9	62	79	5	186	16	23	16	44	1.86
27796966--27797016	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
27800394--27800452	31	1.9	31	82	6	75	33	13	8	44	1.74
27803673--27803700	11	2.5	11	100	0	56	53	0	0	46	1.00
27803828--27803875	14	3.5	15	78	16	50	60	6	0	33	1.22
27803864--27803909	24	1.9	24	86	8	67	58	6	4	30	1.43
27803992--27804031	19	2.1	19	85	4	53	62	7	0	30	1.23
27804177--27804211	3	11.7	3	87	0	52	60	0	0	40	0.97
27804177--27804211	12	2.9	12	95	0	61	60	0	0	40	0.97
27804218--27804256	21	1.9	21	89	5	62	84	2	0	12	0.72
27804994--27805039	16	2.9	16	83	6	58	10	8	0	80	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27806797--27806858	26	2.4	25	79	15	65	40	3	0	56	1.15
27810550--27810586	15	2.4	16	86	13	51	70	0	8	21	1.13
27815444--27815510	12	5.8	12	74	22	56	47	0	1	50	1.10
27815421--27815512	27	3.5	28	74	18	81	46	1	1	51	1.15
27815448--27815511	22	2.8	23	78	19	71	46	0	1	51	1.10
27815444--27815510	34	1.9	36	85	11	95	47	0	1	50	1.10
27815473--27815607	58	2.3	58	84	6	175	43	1	2	51	1.25
27816972--27817019	18	2.6	18	83	3	51	66	2	6	25	1.26
27816978--27817019	18	2.3	19	87	4	59	66	2	7	23	1.28
27816972--27817067	28	3.5	28	80	4	79	65	3	4	27	1.26
27816998--27817070	9	8.0	9	69	14	51	67	2	2	27	1.18
27819256--27819295	10	4.2	10	84	9	57	45	0	25	30	1.54
27819256--27819295	19	2.1	19	95	0	71	45	0	25	30	1.54
27820112--27820158	14	3.4	14	75	0	58	51	21	2	25	1.59
27820103--27820158	28	2.0	28	100	0	112	53	17	3	25	1.60
27820705--27820998	95	3.2	94	91	4	453	30	14	23	31	1.94
27820891--27821052	38	4.0	38	76	13	171	30	12	25	30	1.93
27820839--27821076	85	2.8	85	90	1	363	29	13	25	31	1.94
27826798--27826857	21	3.0	21	67	18	65	33	10	26	30	1.89
27826601--27826836	48	5.0	48	86	2	325	32	13	22	31	1.93
27826608--27826820	95	2.2	95	98	0	408	31	14	22	31	1.93
27826798--27826872	38	2.0	38	91	0	123	32	12	25	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27839247--27839286	19	2.1	19	100	0	80	30	20	10	40	1.85
27845686--27845863	27	6.6	26	80	6	169	26	16	28	28	1.97
27845687--27845842	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
27845683--27845863	82	2.2	81	82	2	220	26	16	28	28	1.97
27848777--27848833	27	2.1	27	83	0	69	24	35	17	22	1.95
27865158--27865333	94	1.9	94	95	0	316	28	11	19	39	1.88
27865368--27865431	24	2.7	24	82	4	76	20	15	32	31	1.94
27867161--27867468	48	6.6	48	81	8	266	26	20	29	23	1.99
27867161--27867468	94	3.3	93	81	5	322	26	20	29	23	1.99
27869290--27869333	24	2.0	21	83	16	54	11	27	31	29	1.91
27869759--27869795	18	2.1	18	90	5	58	35	0	24	40	1.55
27882016--27882060	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
27885990--27886014	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
27886732--27886900	92	1.8	92	88	2	259	27	18	27	25	1.98
27886870--27887043	47	3.7	48	75	14	177	28	19	31	20	1.97
27888026--27888074	23	2.1	23	96	0	89	16	26	28	28	1.97
27890944--27890995	25	2.1	25	89	3	79	28	19	19	32	1.96
27890951--27891020	25	2.8	25	88	0	95	25	21	24	28	1.99
27891224--27891389	27	6.2	27	87	2	210	27	19	18	34	1.95
27891225--27891389	53	3.1	53	87	3	233	27	20	17	35	1.95
27891225--27891389	54	3.1	54	90	1	244	27	20	17	35	1.95
27891385--27891460	27	2.8	26	80	9	80	32	7	23	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27891411--27891769	27	13.3	27	78	7	237	30	8	20	39	1.83
27891428--27891742	54	5.8	54	82	4	307	30	8	21	40	1.83
27891482--27891743	81	3.2	81	79	1	301	30	8	20	40	1.82
27891470--27891769	81	3.7	80	77	7	300	30	8	20	40	1.82
27901302--27901346	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
27906201--27906252	25	2.1	24	82	10	61	38	23	21	17	1.93
27909352--27909434	41	2.0	41	97	0	157	37	19	8	34	1.82
27914520--27914709	40	4.8	40	86	3	260	25	25	26	23	2.00
27914517--27914709	78	2.4	79	86	4	264	26	24	25	22	2.00
27922683--27922913	40	5.8	40	89	1	313	25	23	27	23	2.00
27932558--27932612	20	2.8	20	88	0	83	25	29	16	29	1.97
27936355--27936532	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
27936355--27936532	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
27944357--27944534	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
27944357--27944534	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
27949184--27949244	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
27952442--27952613	68	2.5	66	88	5	220	33	14	28	23	1.94
27952468--27952613	68	2.1	68	94	0	256	31	14	30	23	1.94
27952502--27952699	68	2.9	69	81	11	182	35	14	28	21	1.93
27957143--27957218	21	3.5	20	77	18	73	35	0	1	63	1.03
27969794--27969975	28	6.5	28	91	1	276	34	26	11	27	1.91
27971699--27971766	18	3.7	18	71	11	57	35	7	19	38	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27971699--27971779	38	2.1	38	81	4	92	34	6	19	39	1.77
27989391--27989416	9	2.9	9	100	0	52	34	0	23	42	1.54
27991012--27991272	48	5.4	48	96	0	477	33	8	28	29	1.86
27991449--27991584	37	3.7	37	91	0	218	25	17	30	25	1.97
27996353--27996525	46	3.7	47	79	7	174	23	27	20	29	1.99
27997361--27997417	28	2.0	28	100	0	114	21	14	14	50	1.76
27997861--27997945	44	1.9	44	92	0	143	22	18	28	30	1.97
28008827--28008905	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
28009024--28009637	47	13.1	47	94	0	1023	29	29	9	32	1.88
28013035--28013345	40	7.8	40	79	6	212	25	27	21	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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