genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.267.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86573761--86573821	12	5.6	11	77	21	58	63	3	3	29	1.26
86573878--86573915	12	3.2	12	82	10	51	73	0	2	23	0.95
86575519--86575656	45	3.1	44	82	4	143	29	15	15	39	1.88
86575559--86575699	44	3.2	46	79	7	123	31	17	15	35	1.92
86575586--86575699	44	2.6	45	83	4	133	32	19	16	31	1.94
86582746--86582786	19	2.2	19	100	0	82	29	4	21	43	1.73
86587658--86587708	3	17.3	3	79	4	59	62	3	3	29	1.31
86587795--86587848	27	1.9	29	85	7	76	53	3	16	25	1.59
86589369--86589418	24	2.1	24	100	0	100	50	16	14	20	1.78
86592294--86592324	3	10.3	3	92	0	53	32	3	0	64	1.09
86601370--86601405	18	1.9	18	88	5	54	55	2	0	41	1.14
86601496--86601520	11	2.3	11	100	0	50	0	0	8	92	0.40
86612008--86612064	28	2.0	28	93	0	96	28	19	12	40	1.87
86612775--86612842	33	2.1	33	100	0	136	39	23	11	25	1.88
86622444--86622471	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
86626447--86626485	11	3.5	11	89	6	60	51	2	0	46	1.14
86628071--86628112	20	2.2	19	87	12	59	38	0	4	57	1.20
86628648--86628681	17	2.1	16	94	5	59	73	2	23	0	0.97
86629669--86629781	45	2.5	45	83	0	145	23	17	15	42	1.88
86629759--86629802	6	7.2	6	79	5	52	20	20	13	45	1.85
86631364--86631544	90	2.0	92	86	6	253	25	23	11	39	1.88
86632923--86633208	43	6.7	43	73	10	210	24	16	24	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86632923--86633206	129	2.2	129	95	0	523	24	16	24	34	1.95
86635419--86636010	311	1.9	311	81	5	725	33	15	13	38	1.86
86639491--86639525	17	2.1	17	100	0	70	48	5	28	17	1.69
86641635--86641728	46	2.0	46	100	0	188	58	12	13	14	1.64
86648836--86648879	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
86648899--86648940	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
86648903--86648939	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
86648958--86649028	15	4.6	15	72	16	56	49	2	1	46	1.25
86661174--86661211	20	1.9	20	88	0	58	42	2	2	52	1.29
86665711--86665758	24	2.0	24	100	0	96	29	12	20	37	1.90
86680390--86680443	27	2.0	26	86	10	74	24	0	1	74	0.92
86681222--86681282	33	1.9	33	83	6	81	39	8	4	47	1.55
86681451--86681502	18	2.8	19	76	2	61	75	1	0	23	0.91
86681433--86681499	8	7.8	8	79	12	62	74	1	0	23	0.90
86681415--86681499	37	2.3	37	84	8	102	71	2	0	25	0.98
86681450--86681499	20	2.7	18	82	17	59	74	2	0	24	0.93
86681410--86681503	30	3.3	27	76	13	73	73	2	1	23	1.01
86681693--86681732	19	2.1	19	85	0	53	40	5	0	55	1.22
86682107--86682211	39	2.7	40	83	5	117	33	8	2	55	1.45
86684827--86684866	18	2.4	16	84	15	55	65	7	0	27	1.20
86685385--86685476	28	3.3	28	70	15	66	27	11	10	50	1.73
86685934--86685972	20	2.0	19	85	5	51	17	10	0	71	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86686206--86686238	17	1.9	17	88	11	50	36	0	0	63	0.95
86687612--86687665	23	2.5	23	82	8	60	61	7	0	31	1.24
86691344--86691453	24	4.5	24	73	7	73	61	1	7	29	1.33
86691534--86691565	15	2.1	15	94	0	55	71	0	0	28	0.86
86692179--86692231	6	9.5	6	82	10	60	81	1	0	16	0.79
86695173--86695265	18	5.2	18	90	0	150	26	23	17	32	1.96
86695173--86695265	36	2.6	36	94	0	168	26	23	17	32	1.96
86702617--86702657	22	1.9	21	90	5	64	51	0	43	4	1.23
86705528--86705672	43	3.4	43	80	5	159	30	28	18	22	1.97
86707029--86707080	23	2.4	22	81	12	54	44	25	3	26	1.71
86710010--86710043	18	1.9	18	88	5	52	44	2	2	50	1.32
86710218--86710269	7	7.6	7	73	4	52	46	36	0	17	1.48
86710435--86710486	14	3.6	14	76	2	50	55	26	0	17	1.42
86710455--86710494	20	1.9	21	85	10	55	57	20	0	22	1.41
86710504--86710572	28	2.4	28	85	2	84	47	20	1	30	1.59
86710448--86710572	21	5.9	21	68	17	62	51	20	0	27	1.53
86711070--86711116	7	6.4	7	82	7	58	42	44	0	12	1.42
86712989--86713089	39	2.6	39	85	0	139	38	23	25	11	1.89
86714453--86714620	40	4.2	40	82	0	129	26	19	20	33	1.97
86715483--86715588	53	2.0	53	100	0	212	30	15	13	41	1.85
86716074--86716165	42	2.2	43	82	9	109	36	7	8	46	1.63
86722246--86722308	30	2.1	30	96	0	117	28	3	22	46	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86729346--86729475	66	2.0	66	98	0	251	37	13	11	36	1.82
86740281--86740322	14	3.2	14	87	9	54	59	14	7	19	1.57
86742103--86742127	7	3.6	7	100	0	50	40	0	0	60	0.97
86743857--86743898	20	2.0	22	86	13	61	28	0	7	64	1.20
86746304--86746352	24	2.0	24	100	0	98	28	16	20	34	1.94
86766423--86766460	16	2.2	18	86	9	53	23	0	2	73	0.95
86771909--86771941	17	1.9	17	100	0	66	36	0	0	63	0.95
86772189--86772225	16	2.3	16	90	0	56	29	27	2	40	1.70
86772947--86772988	21	2.0	21	81	9	50	19	26	0	54	1.44
86773811--86773921	40	2.8	39	86	5	134	36	15	9	38	1.81
86780186--86780228	16	2.7	16	85	0	59	32	32	4	30	1.78
86780386--86780453	16	4.2	16	88	0	64	39	4	26	29	1.75
86780383--86780453	32	2.2	32	87	0	97	38	5	26	29	1.79
86781220--86781276	16	3.4	16	71	21	53	49	5	7	38	1.53
86786888--86787006	16	6.7	16	70	23	78	35	29	20	15	1.93
86786903--86786972	22	3.5	22	70	22	71	35	28	21	14	1.92
86786888--86786991	38	2.7	38	92	0	172	35	28	20	15	1.93
86786925--86787007	16	4.8	16	75	16	85	33	27	22	15	1.95
86788570--86788610	16	2.6	16	84	0	55	51	0	0	48	1.00
86789519--86789545	13	2.1	13	100	0	54	14	25	37	22	1.93
86792503--86792633	51	2.6	51	91	0	208	27	20	15	36	1.93
86795241--86795324	36	2.3	36	87	0	123	34	16	15	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86795219--86795324	18	5.9	18	80	4	106	34	15	16	33	1.89
86796576--86796625	19	2.7	19	81	9	59	0	34	2	64	1.05
86796640--86796680	19	2.3	17	84	12	55	7	14	2	75	1.12
86796835--86796866	16	2.0	16	93	0	55	53	3	0	43	1.16
86797881--86798057	90	2.0	90	87	4	259	27	20	22	29	1.99
86799072--86799217	57	2.5	58	86	4	206	32	19	17	30	1.95
86800869--86800899	12	2.6	12	94	0	53	29	29	9	32	1.89
86801674--86801828	21	7.3	21	80	5	152	47	16	20	15	1.83
86806229--86806259	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
86809003--86809060	24	2.5	24	77	11	66	56	0	3	39	1.16
86813093--86813165	20	3.8	20	77	18	91	31	0	24	43	1.54
86813705--86814086	126	3.0	126	86	1	523	35	17	18	29	1.93
86816273--86816354	43	1.9	43	92	0	137	19	12	30	37	1.88
86817342--86817381	21	1.9	21	84	0	53	7	15	45	32	1.74
86817623--86817664	18	2.3	18	91	0	66	42	7	28	21	1.79
86819260--86819392	48	2.8	46	85	8	153	53	5	9	32	1.55
86819525--86819567	11	3.9	11	93	0	77	44	0	18	37	1.50
86819525--86819574	22	2.4	20	90	6	73	44	0	18	38	1.50
86819524--86819588	11	6.1	10	81	12	60	44	1	16	36	1.58
86819525--86819590	32	2.0	33	85	8	91	43	1	16	37	1.57
86821613--86821656	18	2.4	18	96	0	79	47	18	0	34	1.49
86822579--86822624	24	1.9	24	86	0	65	30	17	28	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86826984--86827018	17	2.1	17	89	5	54	60	0	8	31	1.27
86830487--86830520	16	2.1	16	100	0	68	17	17	32	32	1.94
86836181--86836209	3	9.7	3	100	0	58	0	68	31	0	0.89
86838871--86838906	14	2.7	13	87	8	54	36	0	0	63	0.94
86838871--86838901	14	2.3	14	94	5	55	32	0	0	67	0.91
86844783--86844867	42	2.1	42	86	6	122	23	18	22	35	1.96
86844798--86844918	41	2.9	43	85	6	160	21	20	23	33	1.97
86844798--86844902	42	2.5	42	89	4	151	24	19	21	34	1.96
86846976--86847005	15	2.0	15	93	0	51	0	30	0	70	0.88
86846961--86847038	35	2.2	36	81	6	88	0	34	1	64	1.02

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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