genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76815099--76815132	17	1.9	17	88	5	50	73	5	0	20	1.04
76815513--76815631	7	16.1	7	75	23	95	68	0	0	31	0.96
76815514--76815631	59	1.9	64	80	16	126	67	0	0	31	0.96
76815502--76815713	17	13.0	17	67	21	71	62	1	0	35	1.11
76815664--76815719	29	2.0	29	89	3	87	64	0	1	33	1.04
76817106--76817135	15	1.9	16	93	6	53	26	3	0	70	1.03
76820329--76820379	26	2.0	26	96	3	95	29	7	3	58	1.44
76821350--76821409	6	9.8	6	74	16	52	76	3	1	18	1.00
76821350--76821406	17	3.2	16	75	22	51	77	3	1	17	1.00
76821364--76821408	13	3.4	14	79	11	51	77	0	2	20	0.87
76824259--76824306	17	2.9	17	90	3	80	31	18	4	45	1.68
76824584--76824736	46	3.3	46	87	3	218	19	24	13	41	1.88
76824717--76824755	19	2.1	19	100	0	78	20	20	20	38	1.94
76841629--76841693	21	3.2	21	78	12	91	12	24	21	41	1.87
76841611--76841711	39	2.6	39	95	0	184	12	24	23	38	1.90
76841611--76841713	18	5.4	18	72	13	80	13	24	24	37	1.91
76846839--76846940	27	3.8	26	78	10	98	26	20	10	42	1.85
76846920--76847279	27	13.2	27	75	8	122	37	21	8	31	1.85
76846934--76847034	28	3.6	28	85	4	116	41	20	8	28	1.83
76846920--76847042	55	2.2	54	77	7	131	38	21	8	30	1.85
76847326--76847399	27	2.7	27	76	12	71	37	18	20	22	1.94
76848093--76848187	20	4.8	21	92	5	121	38	9	18	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76848114--76848172	11	5.7	11	71	15	54	38	10	18	32	1.84
76848239--76848361	26	4.8	26	91	1	187	26	22	21	28	1.99
76848507--76848598	42	2.2	42	90	0	139	29	13	21	35	1.91
76848622--76848731	31	3.5	31	93	0	184	30	17	25	26	1.97
76850990--76851469	27	17.7	27	75	8	172	37	20	9	32	1.85
76851083--76851215	55	2.4	54	78	10	153	38	21	8	31	1.83
76851424--76851475	27	1.9	28	88	7	81	42	13	9	34	1.77
76851537--76851588	27	1.9	27	88	7	79	30	19	25	25	1.98
76852293--76852359	20	3.3	20	89	4	100	40	10	17	31	1.84
76852409--76852544	26	5.3	26	91	3	208	28	20	22	27	1.99
76852679--76852770	42	2.2	42	88	0	130	29	14	21	34	1.93
76852794--76852903	31	3.5	31	94	0	193	30	17	26	26	1.97
76855040--76855215	46	3.8	45	78	11	178	21	19	28	29	1.98
76855093--76855161	20	3.1	20	65	31	50	20	15	33	30	1.94
76855039--76855208	93	1.8	93	89	2	270	22	20	28	28	1.98
76858729--76858772	15	2.9	15	77	12	54	11	15	15	56	1.66
76871768--76872087	44	7.3	44	73	12	230	29	16	25	28	1.97
76871768--76872043	132	2.1	132	93	0	462	29	16	25	28	1.97
76871768--76872115	132	2.6	132	85	3	425	29	16	25	27	1.97
76872023--76872130	44	2.4	44	89	3	153	30	16	25	26	1.97
76872480--76872578	45	2.2	45	85	1	128	32	14	29	24	1.94
76872946--76873057	19	5.8	19	83	9	138	35	12	16	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76872965--76873004	17	2.6	15	82	17	55	40	12	15	32	1.84
76872946--76873032	36	2.3	37	86	7	122	35	13	16	34	1.88
76873428--76873476	14	3.3	15	81	10	57	36	6	4	53	1.45
76875925--76876087	46	3.5	46	76	15	174	22	19	28	28	1.98
76878122--76878231	54	2.0	54	98	0	211	50	7	10	32	1.63
76888845--76888884	13	3.1	13	92	0	62	17	35	30	17	1.93
76907713--76907788	29	2.6	29	82	12	84	47	7	3	40	1.51
76908319--76908377	30	2.0	30	86	0	82	55	10	1	32	1.43
76908410--76908452	22	2.0	22	90	0	68	58	9	11	20	1.61
76908418--76908457	11	3.6	11	79	0	53	57	7	15	20	1.61
76908930--76908974	20	2.3	20	84	3	56	37	2	6	53	1.40
76911501--76911564	18	3.6	17	79	6	65	39	32	12	15	1.85
76911550--76911613	29	2.2	30	91	8	105	28	29	25	17	1.97
76918440--76918553	57	2.1	55	85	6	151	28	23	7	40	1.82
76923154--76923473	46	7.0	46	93	0	489	22	24	15	37	1.92
76926402--76926441	21	2.0	21	90	5	64	37	0	0	62	0.95
76933498--76933600	51	2.0	51	90	0	161	32	17	3	46	1.66
76933553--76933586	17	2.1	17	88	5	52	29	11	5	52	1.61
76936086--76936165	39	2.1	39	92	0	133	37	13	15	33	1.86
76939373--76939412	20	2.0	21	85	5	55	60	5	0	35	1.19
76940686--76940723	15	2.5	15	83	12	51	47	0	0	52	1.00
76942869--76942929	13	5.0	12	75	11	52	3	18	3	75	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76942866--76942904	18	2.0	20	90	9	64	0	25	0	74	0.82
76942876--76942933	24	2.5	22	78	10	62	3	17	3	75	1.07
76943014--76943069	27	2.0	29	82	6	71	42	3	0	53	1.18
76947260--76947343	32	2.6	33	86	5	118	42	20	14	22	1.88
76953767--76953816	24	2.0	25	85	11	68	54	0	0	46	1.00
76956707--76956753	25	1.9	24	82	4	58	65	27	0	6	1.16
76960114--76960180	2	33.5	2	100	0	134	50	49	0	0	1.00
76971005--76971140	46	3.0	46	92	2	211	39	13	23	22	1.90
76974514--76974555	14	2.9	15	79	13	52	40	2	19	38	1.64
76974695--76974841	41	3.4	43	80	11	167	25	17	27	29	1.97
76980410--76980464	6	9.3	6	82	2	67	16	1	5	76	1.06
76980410--76980464	18	3.1	17	84	7	74	16	1	5	76	1.06
76981837--76981914	31	2.5	31	87	6	106	28	25	19	26	1.99
76982133--76982204	25	2.9	25	85	0	99	27	20	23	27	1.99
76982250--76982300	21	2.4	21	90	0	75	31	19	11	37	1.88
76983347--76983386	21	1.9	21	94	0	71	55	0	32	12	1.38
76990817--76990992	42	4.2	42	73	2	147	18	21	14	46	1.84
76990906--76990967	21	3.0	21	68	0	52	16	22	17	43	1.87
76994849--76994912	24	2.7	24	73	23	64	73	6	1	18	1.12
76999360--76999437	24	3.2	24	87	3	86	33	17	26	21	1.96
76999616--76999681	25	2.7	25	77	15	75	33	15	30	21	1.94
76999627--76999673	25	1.9	24	91	4	76	38	14	25	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77002281--77002334	23	2.3	23	83	0	63	22	31	33	12	1.92
77003027--77003097	36	2.0	36	82	0	88	47	11	21	19	1.80
77009034--77009071	5	7.6	5	100	0	76	81	0	0	18	0.69
77016517--77016546	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
77017332--77017369	19	2.0	19	100	0	76	26	10	15	47	1.78
77020320--77020409	25	3.5	25	67	19	60	40	11	3	45	1.56
77020567--77020609	9	4.9	9	83	11	54	46	6	0	46	1.30
77021190--77021228	20	1.9	21	89	5	62	51	2	5	41	1.38
77021190--77021248	19	3.0	19	82	9	57	50	5	5	38	1.46
77021585--77021624	21	1.9	21	94	0	71	57	12	10	20	1.63
77022567--77022612	24	1.9	24	86	0	65	34	6	15	43	1.72
77033929--77034103	46	3.8	46	79	13	205	29	28	20	21	1.98
77033937--77034107	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
77041500--77041674	46	3.8	47	78	13	209	29	29	20	21	1.98
77041508--77041678	93	1.8	93	92	2	290	28	29	21	21	1.98
77045323--77045360	19	2.0	20	84	5	51	26	10	15	47	1.78
77048410--77048462	25	2.1	25	100	0	106	37	7	5	49	1.55
77051058--77051114	28	2.0	30	86	6	82	63	1	0	35	1.05
77052112--77052150	17	2.3	18	86	8	55	25	7	15	51	1.70
77054575--77054599	6	4.2	6	100	0	50	16	16	16	52	1.76
77059352--77059406	29	1.9	28	92	3	92	20	12	10	56	1.66
77059350--77059415	29	2.2	29	84	7	89	24	12	10	53	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77083411--77083471	31	2.0	31	83	6	79	31	3	3	62	1.27
77084975--77085013	11	3.6	11	79	6	53	82	2	2	12	0.89
77087333--77087389	24	2.4	24	78	18	66	35	0	3	61	1.13
77091592--77091616	13	1.9	13	100	0	50	72	0	4	24	1.02
77093415--77093467	27	2.0	26	85	3	70	37	5	13	43	1.67
77094068--77094100	15	2.1	16	88	5	50	33	0	9	57	1.30
77096687--77096757	21	3.4	21	78	3	90	45	0	5	49	1.26
77098776--77098812	18	2.0	19	89	5	58	27	0	0	72	0.84
77103280--77103372	41	2.2	42	81	11	109	34	22	16	26	1.95
77103279--77103371	43	2.2	43	81	9	111	33	23	16	26	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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