genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.214.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71482633--71482716	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
71493516--71493599	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
71499247--71499330	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
71502499--71502558	25	2.3	25	82	5	66	16	5	6	71	1.25
71502572--71502626	26	2.2	25	80	9	58	21	7	3	67	1.31
71505877--71505933	21	2.6	22	89	10	75	42	7	10	40	1.66
71505886--71505933	21	2.3	21	96	3	89	39	8	10	41	1.69
71509663--71509692	15	2.0	15	93	0	51	10	6	10	73	1.25
71511289--71511364	11	6.2	12	71	16	50	43	1	1	53	1.17
71511382--71511423	17	2.6	16	82	10	50	54	0	2	42	1.13
71511352--71511439	21	4.4	21	66	20	62	48	1	6	43	1.37
71513518--71513554	17	2.2	17	100	0	74	21	0	27	51	1.48
71514659--71514747	46	1.9	47	86	2	126	30	28	16	24	1.97
71518890--71518942	27	2.0	25	82	7	61	26	5	5	62	1.40
71527784--71527810	7	3.9	7	100	0	54	0	11	0	88	0.50
71527781--71527814	16	2.1	16	89	10	52	0	14	0	85	0.60
71531402--71531468	25	2.6	25	74	6	64	65	0	4	29	1.12
71531976--71532030	24	2.3	24	96	0	101	58	5	7	29	1.48
71536532--71536570	20	1.9	21	89	5	62	35	7	12	43	1.72
71538685--71538742	21	2.7	20	79	12	62	22	3	3	70	1.17
71538715--71538765	13	4.1	13	76	19	54	33	0	1	64	1.05
71538725--71538776	3	19.0	3	77	18	51	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71538716--71538760	16	2.9	16	93	3	74	33	0	2	64	1.06
71547719--71547813	21	4.6	20	70	11	66	41	3	16	38	1.65
71548544--71548584	21	2.0	21	100	0	82	39	14	19	26	1.90
71555856--71555932	29	2.6	28	73	20	68	62	5	2	29	1.30
71556867--71556926	29	2.1	29	96	0	111	30	8	16	45	1.77
71571729--71571906	75	2.4	75	80	6	200	23	20	23	33	1.97
71574058--71574233	37	4.8	37	94	0	289	39	13	21	26	1.89
71574196--71574319	46	2.8	44	87	6	178	33	16	21	27	1.95
71587032--71587082	3	18.0	3	77	18	56	62	1	0	35	1.06
71587123--71587164	21	2.0	21	85	0	57	69	2	26	2	1.13
71587134--71587164	16	2.0	15	93	6	53	74	0	25	0	0.82
71589038--71589360	164	2.0	164	97	0	610	29	20	22	27	1.98
71589589--71589647	29	2.0	29	100	0	118	67	0	11	20	1.21
71589592--71589663	29	2.5	29	90	0	108	69	1	9	19	1.24
71591846--71591897	27	2.0	26	81	11	61	48	0	1	50	1.12
71592031--71592108	39	2.0	40	85	7	106	41	23	2	33	1.68
71593857--71593891	17	2.1	17	94	0	61	40	5	14	40	1.69
71594150--71594189	16	2.5	16	84	11	55	52	2	0	45	1.14
71594474--71594515	20	2.1	20	100	0	84	4	14	9	71	1.28
71594481--71594524	20	2.2	20	91	0	70	6	13	11	68	1.39
71597050--71597126	38	2.0	38	100	0	154	45	5	12	36	1.65
71607154--71607269	58	2.0	58	98	0	223	24	25	12	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71607621--71607654	17	1.9	17	88	5	50	35	2	8	52	1.47
71612353--71612387	17	2.1	17	100	0	70	48	11	22	17	1.79
71626549--71626735	40	4.7	40	91	4	299	24	22	27	25	2.00
71626549--71626768	79	2.8	79	84	8	306	25	22	27	25	2.00
71626553--71626758	40	5.2	39	89	5	283	23	22	27	25	2.00
71628939--71628967	5	5.8	5	100	0	58	79	20	0	0	0.74
71636798--71636879	40	2.0	40	81	9	96	34	1	2	62	1.16
71638534--71638743	106	2.0	106	90	1	332	30	15	12	41	1.84
71660985--71661038	24	2.2	24	84	12	67	29	38	16	14	1.89
71667183--71667275	47	2.0	47	89	4	143	40	18	24	16	1.90
71668492--71668587	43	2.2	45	83	3	124	32	15	23	28	1.95
71668399--71669008	170	3.5	172	83	5	692	30	17	24	28	1.97
71675148--71675324	27	6.4	28	90	5	245	25	13	28	31	1.94
71675148--71675324	55	3.2	55	91	2	266	25	13	28	31	1.94
71676949--71676979	15	2.1	15	93	0	53	16	6	32	45	1.72
71683487--71683523	16	2.3	16	100	0	74	27	43	8	21	1.80
71690871--71690900	15	2.0	15	100	0	60	46	6	6	40	1.56
71692921--71692963	21	2.0	21	86	0	59	46	18	20	13	1.83
71695065--71695095	14	2.2	14	94	0	53	16	3	0	80	0.83
71700477--71700502	11	2.4	11	100	0	52	65	0	0	34	0.93
71703818--71704008	95	2.0	95	96	0	355	15	24	28	31	1.96
71704690--71704726	2	18.5	2	100	0	74	0	0	48	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71707934--71707984	21	2.4	21	80	0	66	35	21	33	9	1.86
71709877--71710064	18	10.1	18	68	13	103	38	14	11	35	1.83
71711840--71711875	5	7.2	5	100	0	72	61	0	0	38	0.96
71711895--71711923	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
71715998--71716058	18	3.4	18	74	0	59	40	16	8	34	1.78
71716077--71716172	18	5.3	18	73	9	79	37	12	12	37	1.81
71716356--71716446	42	2.1	44	89	6	141	40	21	19	17	1.91
71718003--71718093	5	18.2	5	100	0	182	60	0	0	39	0.97
71723744--71723788	22	2.0	22	82	0	54	40	4	4	51	1.42
71737297--71737376	42	1.9	42	97	0	151	42	32	8	16	1.79
71737313--71737376	21	3.0	21	63	24	53	43	29	9	17	1.80
71746002--71746038	19	2.0	19	89	5	58	40	5	2	51	1.39
71746021--71746065	22	2.0	22	82	0	54	40	4	4	51	1.42
71747090--71747117	14	2.0	14	100	0	56	42	14	14	28	1.84
71757043--71757263	54	4.1	54	79	6	173	33	10	19	37	1.85
71757071--71757276	27	7.7	27	82	6	222	33	9	18	39	1.82
71757071--71757268	80	2.5	79	85	4	263	33	9	18	38	1.83
71760085--71760179	48	2.0	48	93	0	163	30	9	15	44	1.79
71762119--71762154	18	2.1	18	89	5	56	55	2	0	41	1.14
71762204--71762252	19	2.4	21	86	10	66	75	6	12	6	1.17
71766783--71766816	15	2.2	16	89	5	52	38	2	0	58	1.13
71768184--71768270	18	4.8	18	82	0	102	26	20	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71768193--71768270	36	2.2	36	95	0	147	25	20	19	34	1.96
71775425--71775460	3	12.0	3	93	0	63	66	2	0	30	1.06
71785254--71785746	248	2.0	248	90	2	785	27	14	20	37	1.91
71793956--71794013	23	2.5	22	81	13	64	1	29	3	65	1.19
71799801--71799911	46	2.4	46	93	1	188	28	21	18	31	1.97
71799873--71799996	37	3.4	37	94	0	212	28	22	12	37	1.90
71799980--71800012	16	2.1	16	100	0	66	30	30	6	33	1.82
71799943--71800049	53	2.0	53	98	0	205	27	22	12	38	1.89
71809040--71809078	19	2.1	19	95	0	69	28	15	17	38	1.91
71810956--71811122	40	4.2	40	88	0	253	20	28	18	31	1.97
71815980--71816120	69	2.0	69	97	0	264	38	16	10	34	1.83
71823665--71823732	33	2.1	33	100	0	136	39	23	17	19	1.92
71826223--71826261	3	13.0	3	100	0	78	66	0	33	0	0.92
71845767--71845938	79	2.2	79	83	5	213	25	21	27	25	1.99
71845767--71845936	40	4.3	39	85	5	198	25	21	27	25	2.00
71847773--71847837	30	2.1	31	94	2	114	24	24	4	46	1.72
71850653--71850705	25	2.2	24	86	3	70	13	28	32	26	1.93
71851573--71851700	41	3.1	41	82	0	166	32	20	26	20	1.97
71859609--71859878	40	6.8	40	91	3	393	25	21	29	24	1.99
71859612--71859898	119	2.4	119	86	3	407	25	21	29	24	1.99
71868058--71868330	40	6.8	41	87	7	346	24	21	29	24	1.99
71868058--71868330	122	2.3	120	85	5	379	24	21	29	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71870286--71870340	24	2.2	26	81	12	71	45	0	1	52	1.11
71870478--71870572	45	2.1	45	86	1	129	32	28	5	33	1.80
71870553--71870620	16	4.2	16	92	0	109	35	36	0	27	1.58
71870715--71870793	28	2.8	28	82	0	86	59	11	3	25	1.48
71874509--71874713	41	5.0	41	81	4	227	36	14	27	21	1.93
71874638--71874704	20	3.3	20	68	4	62	35	11	31	20	1.89
71874618--71874684	21	3.2	21	70	4	55	29	10	32	26	1.90
71880839--71881063	47	4.8	44	73	16	168	26	18	30	24	1.98
71880843--71881063	94	2.3	94	81	7	243	26	19	29	24	1.98
71886280--71886344	28	2.4	27	82	5	85	18	24	24	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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