genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65014038--65014077	21	2.0	20	85	5	53	22	22	40	15	1.91
65019974--65020227	39	6.5	39	88	3	286	22	22	29	25	1.99
65019974--65020201	39	5.8	39	90	1	296	21	22	29	25	1.99
65019975--65020209	79	3.0	78	86	4	305	22	22	29	26	1.99
65028171--65028401	40	5.8	39	91	1	311	21	23	29	25	1.99
65028171--65028401	120	1.9	119	89	2	356	21	23	29	25	1.99
65036371--65036665	40	7.4	40	88	3	357	22	23	27	26	1.99
65036409--65036665	79	3.3	79	86	4	349	22	23	27	26	2.00
65036371--65036665	119	2.5	119	84	3	362	22	23	27	26	1.99
65039324--65039480	51	3.1	51	94	1	280	39	25	5	29	1.77
65041305--65041371	33	2.0	33	97	0	125	47	14	1	35	1.54
65043504--65043761	39	6.7	38	86	6	308	25	21	27	25	1.99
65051449--65051711	39	6.7	40	87	6	337	25	22	27	24	2.00
65058327--65058431	46	2.2	49	83	10	128	24	23	13	38	1.91
65058427--65058451	5	5.0	5	100	0	50	0	40	20	40	1.52
65059259--65059290	16	2.0	16	93	0	55	25	3	12	59	1.48
65062628--65062737	42	2.6	43	81	4	143	23	17	26	32	1.96
65062628--65062744	43	2.8	42	77	6	137	23	17	27	32	1.96
65069758--65069853	42	2.3	43	81	1	113	27	17	23	31	1.97
65069713--65069871	43	3.7	43	73	10	128	26	17	23	32	1.97
65070017--65070074	29	2.0	29	89	0	89	36	17	13	32	1.89
65081287--65081378	25	3.7	25	82	0	94	25	20	22	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65092748--65092991	59	4.2	59	88	1	337	30	29	17	22	1.96
65092748--65092991	117	2.1	118	88	2	357	30	29	17	22	1.96
65096872--65096897	12	2.2	12	100	0	52	50	7	7	34	1.60
65102509--65102547	14	2.8	13	88	3	51	79	2	2	15	0.95
65112825--65112864	7	5.7	7	96	0	71	32	0	52	15	1.43
65121991--65122055	34	1.9	34	93	3	114	24	24	23	27	2.00
65126999--65127039	22	1.9	22	90	5	66	17	26	43	12	1.84
65143519--65143552	17	1.9	18	94	5	61	52	5	5	35	1.50
65150765--65150805	22	1.9	22	95	5	75	17	29	43	9	1.80
65150939--65151033	41	2.3	41	90	0	154	17	42	23	16	1.89
65151995--65152117	46	2.7	44	81	7	131	25	27	17	29	1.98
65152040--65152170	46	2.8	47	80	4	131	22	28	19	29	1.98
65155476--65155554	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
65155673--65156145	47	10.1	47	92	1	734	28	30	8	32	1.88
65158639--65158689	20	2.5	19	78	12	57	27	1	1	68	1.11
65161184--65161371	93	2.0	93	97	0	358	38	14	11	35	1.82
65161648--65161686	18	2.2	18	95	0	69	41	17	0	41	1.50
65162431--65162507	27	2.9	26	86	3	100	38	20	23	16	1.92
65162666--65162729	22	2.9	22	75	9	67	31	20	25	23	1.98
65163158--65163491	27	12.4	27	79	6	304	23	20	18	37	1.94
65163158--65163514	81	4.4	80	83	4	403	24	19	18	37	1.94
65163185--65163487	54	5.6	54	85	3	378	23	20	18	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65163471--65163675	27	7.7	27	80	5	193	30	8	20	40	1.82
65163469--65163681	54	4.0	54	79	4	216	30	8	20	39	1.83
65163417--65163675	54	4.9	52	77	7	209	29	10	19	40	1.85
65176924--65176974	22	2.3	22	93	0	84	17	31	31	19	1.95
65180188--65180229	20	2.1	20	86	0	57	61	9	0	28	1.27
65180723--65180748	7	3.7	7	100	0	52	11	0	0	88	0.52
65181548--65181577	15	2.0	15	100	0	60	26	6	0	66	1.16
65182861--65182904	22	2.1	21	91	8	72	59	18	13	9	1.60
65182865--65182911	20	2.2	21	85	11	60	63	12	12	10	1.52
65184850--65185061	46	4.6	46	73	15	168	25	17	30	25	1.98
65195180--65195204	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
65202090--65202122	17	2.0	17	88	5	50	15	0	3	81	0.80
65202070--65202118	26	2.0	25	88	11	75	20	0	4	75	0.96
65204222--65204320	45	2.2	45	88	0	153	36	12	24	27	1.91
65206009--65206051	18	2.4	18	81	14	61	46	4	9	39	1.57
65206489--65206586	27	3.5	28	88	5	128	25	13	28	32	1.93
65206517--65206600	27	3.0	27	87	5	96	29	11	25	33	1.91
65214776--65214873	27	3.5	28	88	5	128	25	13	28	32	1.93
65214804--65214887	27	3.0	27	87	5	96	29	11	25	33	1.91
65217477--65217744	46	5.8	46	90	0	358	22	23	13	40	1.89
65220842--65220883	17	2.6	15	85	14	57	76	2	0	21	0.90
65222663--65222842	51	3.5	52	90	3	258	30	16	27	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65225333--65225368	18	2.0	18	89	10	56	55	0	5	38	1.23
65229286--65229463	52	3.5	50	85	8	227	29	14	28	27	1.95
65233181--65233253	34	2.1	34	80	9	78	36	5	4	53	1.43
65233425--65233449	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
65243908--65243948	16	2.3	19	88	12	61	46	21	0	31	1.52
65245731--65245824	45	2.1	45	97	0	179	29	25	19	25	1.98
65249058--65249208	42	3.6	42	79	3	142	28	16	25	29	1.97
65252036--65252120	33	2.5	34	84	5	120	32	25	16	24	1.96
65260512--65260579	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
65260401--65260728	174	1.9	174	95	0	593	30	25	14	29	1.95
65260681--65260759	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
65262505--65262569	34	1.9	34	90	0	103	35	26	10	27	1.90
65263130--65263183	20	2.7	20	85	2	63	14	37	24	24	1.93
65269243--65269323	42	1.9	42	85	9	112	28	17	24	29	1.97
65269253--65269341	42	2.1	42	81	4	99	30	15	22	31	1.95
65295818--65295985	40	4.3	39	90	2	230	26	28	20	23	1.99
65295818--65296038	119	1.9	118	81	6	268	26	28	20	24	1.99
65295821--65296038	79	2.8	79	81	6	219	26	28	21	24	1.99
65304670--65304851	40	4.6	39	83	4	186	25	20	27	25	1.99
65304699--65304885	79	2.4	79	78	4	180	28	20	26	24	1.99
65312185--65312368	40	4.6	40	82	4	183	26	21	26	25	2.00
65313836--65314061	80	2.8	79	83	3	238	26	26	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65313838--65314007	40	4.3	40	92	0	243	26	27	21	24	1.99
65320915--65321005	19	4.9	19	89	8	152	38	9	15	36	1.81
65320923--65320993	35	2.0	36	94	2	126	39	9	14	36	1.79
65320915--65321028	19	5.8	22	73	21	78	37	8	15	37	1.79
65321292--65321330	18	2.2	18	86	9	53	30	0	0	69	0.89
65331535--65331751	78	2.8	77	88	2	317	31	17	25	25	1.97
65331765--65331964	45	4.5	45	82	3	215	33	13	28	25	1.93
65331782--65331944	89	1.8	89	93	0	281	30	11	29	28	1.92
65332324--65332421	35	2.7	37	87	12	150	37	10	16	35	1.82
65332324--65332414	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
65332324--65332437	19	5.8	22	87	10	96	36	9	15	37	1.81
65332702--65332738	18	2.1	17	90	5	56	32	0	0	67	0.91
65333520--65333603	44	1.9	44	80	4	98	40	11	22	25	1.88
65333749--65334198	55	8.6	54	73	12	264	34	16	24	24	1.95
65333910--65334025	47	2.5	47	91	0	178	36	14	24	25	1.93
65343614--65343659	16	2.8	17	83	12	60	76	0	10	13	1.03
65350047--65350214	43	3.9	43	82	6	189	32	26	14	26	1.95
65352851--65352898	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
65352937--65352993	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
65352935--65352997	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
65353051--65353156	23	4.4	24	89	9	162	31	18	21	28	1.97
65353052--65353149	47	2.1	47	92	5	162	30	19	20	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65353363--65353426	31	2.1	31	87	0	92	35	14	23	26	1.93
65355247--65355353	53	2.0	53	83	7	137	13	39	4	42	1.64
65361359--65361401	18	2.5	17	81	7	50	65	6	4	23	1.37
65365002--65365071	27	2.7	25	82	4	77	27	22	27	22	1.99
65375426--65375534	34	2.9	39	75	20	124	24	27	22	24	2.00
65395101--65395131	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
65395098--65395137	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
65395323--65395577	55	4.8	54	78	7	229	21	24	16	38	1.93
65402128--65402165	17	2.3	16	91	8	67	28	21	5	44	1.73
65410497--65410841	115	3.0	114	91	1	555	40	15	22	22	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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