genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29113846--29113897	20	2.6	20	100	0	104	11	32	36	19	1.87
29115168--29115332	42	3.9	42	77	7	154	29	25	16	27	1.97
29121682--29121791	27	4.1	26	80	8	121	39	20	22	17	1.93
29121682--29121791	54	2.0	54	84	3	141	39	20	22	17	1.93
29123222--29123295	24	3.1	24	90	0	112	21	40	5	32	1.76
29129517--29129621	27	3.9	26	84	8	129	38	22	22	16	1.93
29131063--29131128	24	2.8	24	90	0	96	19	37	9	33	1.84
29137780--29137841	29	2.2	28	83	11	74	45	4	22	27	1.73
29138859--29139038	40	4.5	40	85	2	218	33	18	18	28	1.95
29139366--29139402	14	2.6	14	91	0	56	24	0	27	48	1.51
29139386--29139467	21	3.9	20	70	10	65	24	0	29	46	1.53
29139414--29139521	21	5.0	22	78	6	87	21	0	42	36	1.53
29139464--29139528	7	9.0	7	85	6	85	20	0	52	27	1.47
29139436--29139520	14	6.0	14	81	8	91	22	0	44	32	1.53
29139464--29139528	15	4.5	14	90	1	85	20	0	52	27	1.47
29139565--29139599	15	2.3	15	90	0	52	22	0	31	45	1.53
29139580--29139648	15	4.7	15	72	16	56	20	0	40	39	1.52
29139666--29139716	13	3.6	14	73	7	50	23	0	41	35	1.55
29140036--29140122	43	2.0	44	86	2	122	40	36	2	20	1.65
29142549--29142583	16	2.2	16	89	0	52	28	8	20	42	1.81
29143619--29143651	16	2.1	16	94	0	57	42	6	9	42	1.61
29143713--29143745	15	2.2	15	94	0	57	15	12	18	54	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29148316--29148447	43	3.1	43	79	6	151	33	25	15	25	1.95
29153751--29153916	42	3.9	42	76	7	147	31	24	16	27	1.96
29157156--29157291	50	2.7	51	82	1	148	23	19	28	28	1.98
29160436--29160480	14	3.1	14	80	3	54	17	2	8	71	1.23
29165636--29165684	24	2.0	24	100	0	98	36	12	16	34	1.86
29167327--29167409	24	3.4	24	90	6	123	25	22	24	27	2.00
29167454--29167492	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
29167454--29167493	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
29181479--29181560	25	3.4	24	86	9	114	25	23	24	26	2.00
29181605--29181643	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
29181605--29181644	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
29189393--29189462	25	2.8	25	93	0	113	27	22	24	25	2.00
29189508--29189546	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
29189508--29189547	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
29193192--29193299	40	2.7	40	94	2	191	27	27	19	25	1.99
29196446--29196517	25	2.9	25	82	0	90	30	22	23	23	1.99
29216301--29216381	33	2.4	34	77	8	94	28	18	23	29	1.98
29216301--29216394	32	2.9	30	73	12	71	26	20	25	27	1.99
29219807--29219984	40	4.5	40	87	4	220	25	23	25	25	2.00
29227857--29228068	39	5.5	39	89	7	292	24	21	28	25	1.99
29246571--29246747	40	4.5	39	86	5	214	24	21	27	26	1.99
29252604--29252645	21	2.0	21	100	0	84	23	19	23	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29257186--29257266	33	2.4	34	77	8	94	28	18	23	29	1.98
29257186--29257279	32	2.9	30	73	12	71	26	20	25	27	1.99
29258875--29258962	44	2.0	44	84	4	115	29	26	19	25	1.98
29262810--29262864	27	2.0	28	86	6	78	49	0	3	47	1.19
29266105--29266446	37	9.1	37	89	2	506	17	21	24	35	1.95
29266105--29266446	112	3.0	112	89	3	526	17	21	24	35	1.95
29272556--29272596	9	4.4	9	84	6	55	82	0	17	0	0.66
29272554--29272598	19	2.4	19	88	7	65	80	0	20	0	0.72
29274063--29274235	46	3.7	46	75	13	192	21	20	27	30	1.98
29274060--29274230	93	1.8	93	93	0	297	21	20	28	29	1.98
29279592--29279764	46	3.7	46	78	13	210	22	20	27	29	1.99
29279589--29279760	93	1.8	93	94	0	308	22	20	27	28	1.99
29281568--29281624	28	2.1	28	90	9	91	54	0	0	45	0.99
29286242--29286297	28	1.9	30	82	7	71	28	0	21	50	1.49
29291067--29291172	41	2.5	43	80	7	119	27	17	24	30	1.98
29291722--29291769	26	2.0	26	84	12	66	27	2	20	50	1.60
29301271--29301461	100	1.9	100	95	0	346	28	25	19	27	1.99
29301269--29301456	49	3.8	49	84	2	259	28	25	18	27	1.98
29303755--29303983	77	2.9	78	86	1	325	30	11	12	45	1.78
29303768--29304033	78	3.4	76	82	5	275	32	11	12	43	1.78
29304054--29304109	27	2.1	28	93	6	98	28	8	14	48	1.74
29311183--29311290	24	4.4	24	89	5	146	28	23	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29311357--29311406	11	4.9	11	81	13	63	32	20	12	36	1.89
29311340--29311395	20	2.8	20	94	0	94	33	19	8	37	1.83
29311357--29311413	9	5.8	10	80	15	66	33	19	10	36	1.86
29330696--29330842	79	1.9	80	88	1	224	27	27	20	24	1.99
29330696--29330918	40	5.6	40	84	4	220	26	28	20	24	1.99
29330696--29330918	120	1.9	119	81	6	272	26	28	20	24	1.99
29338589--29338758	40	4.3	40	89	0	216	26	28	21	24	1.99
29338589--29338735	79	1.9	80	88	1	224	27	27	20	24	1.99
29338589--29338810	119	1.9	119	80	7	263	26	28	20	24	1.99
29338554--29338810	40	6.5	39	76	10	123	25	28	20	25	1.99
29353395--29353626	40	5.8	40	84	3	306	25	28	21	25	1.99
29353395--29353626	80	2.9	80	90	1	349	25	28	21	25	1.99
29353366--29353625	120	2.2	120	85	2	344	26	28	20	24	1.99
29362570--29362749	40	4.5	39	78	8	157	23	21	27	27	1.99
29370477--29370656	40	4.6	38	78	10	164	23	21	27	27	1.99
29378794--29378860	34	2.0	34	87	0	98	41	8	28	20	1.83
29392836--29393007	93	1.8	93	96	0	317	27	29	20	21	1.98
29392829--29393004	46	3.8	46	81	10	223	28	29	20	21	1.98
29396130--29396168	21	1.9	21	89	5	62	53	10	0	35	1.35
29397437--29397508	31	2.3	31	90	4	110	47	16	2	33	1.61
29399809--29399870	19	3.2	20	75	20	62	56	1	0	41	1.09
29399847--29399900	20	2.7	20	85	8	65	64	1	1	31	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29401708--29401738	15	2.1	15	100	0	62	48	12	6	32	1.67
29402418--29402459	20	2.0	20	86	9	57	40	11	19	28	1.87
29403279--29403340	30	2.1	30	93	0	106	51	3	1	43	1.27
29403715--29403754	18	2.2	19	86	4	55	65	5	0	30	1.14
29405579--29405631	26	2.0	26	96	0	97	28	24	20	26	1.99
29405734--29405895	45	3.5	46	77	11	129	25	19	30	23	1.98
29405675--29405982	48	6.6	46	72	15	156	27	19	29	23	1.98
29405860--29405984	48	2.6	50	84	3	157	27	20	31	21	1.98
29407216--29407252	17	2.1	19	85	10	51	16	27	37	18	1.92
29416245--29416278	17	2.1	17	88	5	52	52	0	14	32	1.42
29416532--29416585	28	1.9	28	100	0	108	27	0	24	48	1.52
29427125--29427174	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
29434661--29434708	24	2.0	24	95	0	87	43	4	27	25	1.72
29445010--29445205	40	4.9	40	84	2	250	25	28	22	23	2.00
29444998--29445205	80	2.6	79	88	4	285	25	27	23	23	2.00
29455503--29455532	9	3.3	9	100	0	60	53	20	0	26	1.46
29457422--29457498	31	2.5	31	95	0	145	27	25	18	28	1.98
29457525--29457612	42	2.1	42	89	0	131	37	18	13	30	1.89
29458629--29458680	27	1.9	28	84	7	72	17	21	23	38	1.93
29458725--29458838	27	4.1	27	73	14	88	35	7	15	41	1.75
29458789--29458885	27	3.6	26	79	8	97	25	6	22	45	1.76
29458917--29459003	27	3.3	27	81	10	99	42	8	19	29	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29464442--29464468	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
29482999--29483027	15	1.9	15	100	0	58	82	0	0	17	0.66
29490375--29490426	27	1.9	27	88	0	77	25	23	17	34	1.96
29490585--29490649	28	2.3	27	81	2	76	26	20	24	29	1.99
29491756--29491785	12	2.5	12	94	0	51	30	20	0	50	1.49
29493537--29493856	90	3.6	90	86	2	437	27	5	11	55	1.59
29496204--29496419	49	4.4	49	79	5	206	26	18	28	25	1.98
29498427--29498474	20	2.4	20	100	0	96	20	39	31	8	1.82
29500404--29500490	16	5.5	16	70	20	67	33	13	0	52	1.41
29500419--29500502	12	6.8	12	69	22	57	33	15	0	51	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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