Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   

This is table  311  of  320  ( 38372 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99179976--99180019
16
2.8
16
86
10
56
36
0
0
63
0.95
99182457--99182502
21
2.2
20
84
3
56
26
0
4
69
1.07
99182457--99182506
22
2.4
21
83
6
57
28
0
4
68
1.08
99182481--99182529
26
2.0
26
84
15
68
32
0
6
61
1.21
99188867--99188919
27
2.0
27
85
7
72
54
0
1
43
1.11
99188882--99188915
17
2.0
18
88
11
54
58
0
0
41
0.98
99200678--99200827
61
2.3
64
83
6
189
26
11
14
48
1.77
99216830--99216881
11
4.7
11
74
9
52
34
0
7
57
1.27
99217320--99217371
11
4.7
11
74
9
52
57
7
0
34
1.27
99225272--99225337
33
1.9
35
87
6
100
45
18
10
25
1.81
99227733--99227806
12
6.1
11
70
23
51
32
4
0
63
1.13
99233594--99233626
14
2.3
15
89
5
50
39
0
0
60
0.97
99233699--99233723
12
2.1
12
100
0
50
76
0
8
16
1.02
99242103--99242148
20
2.3
21
85
7
60
54
2
13
30
1.50
99253027--99253068
22
1.9
22
100
0
84
16
14
23
45
1.84
99259456--99259507
20
2.7
18
77
11
50
53
3
0
42
1.19
99259527--99259586
9
6.6
9
78
3
57
63
0
0
36
0.95
99259517--99259577
15
4.1
15
73
12
54
63
0
0
36
0.94
99259534--99259575
19
2.2
19
86
0
57
69
0
0
30
0.89
99261953--99262049
33
2.8
35
72
20
89
45
2
1
51
1.19
99264701--99264753
24
2.2
24
96
0
97
13
49
3
33
1.60
99267751--99267850
49
2.0
49
100
0
200
44
6
18
32
1.74
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99268114--99268153
20
2.0
20
90
0
62
50
12
10
27
1.72
99268137--99268176
14
2.9
14
84
0
53
42
17
7
32
1.77
99272382--99272527
60
2.4
59
79
6
161
31
15
8
45
1.75
99282416--99282463
24
2.2
23
82
14
57
41
2
10
45
1.50
99283999--99284150
53
2.9
52
80
6
162
31
16
25
26
1.96
99292454--99292513
21
2.7
22
76
18
70
35
1
3
60
1.23
99293944--99294028
39
2.2
40
86
2
118
67
8
0
24
1.18
99294044--99294089
23
2.0
23
82
4
56
65
0
4
30
1.12
99300944--99301003
29
2.0
29
84
15
79
25
10
6
58
1.55
99304664--99304704
21
2.0
21
85
9
57
51
2
0
46
1.14
99305531--99305561
16
1.9
16
93
0
53
54
3
0
41
1.16
99305549--99305584
7
5.1
7
100
0
72
44
0
0
55
0.99
99306091--99306122
10
3.2
10
100
0
64
56
0
0
43
0.99
99307063--99307092
10
2.8
11
90
10
53
50
0
0
50
1.00
99308791--99308848
30
1.9
31
85
3
82
50
5
6
37
1.52
99329519--99329559
21
2.0
21
90
0
64
29
21
29
19
1.98
99333877--99333918
20
2.1
20
86
0
57
64
7
7
21
1.43
99364079--99364124
22
2.1
22
100
0
92
45
21
4
28
1.71
99367071--99367134
26
2.4
26
75
17
60
54
3
0
42
1.16
99369874--99369922
20
2.6
18
83
6
53
24
6
0
69
1.11
99369893--99369934
18
2.3
18
80
8
50
28
4
2
64
1.26
99371915--99371945
2
15.5
2
100
0
62
0
48
0
51
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99381990--99382051
21
3.0
21
92
0
106
24
19
29
27
1.98
99382993--99383033
21
2.0
21
90
0
64
26
29
19
24
1.98
99383064--99383127
31
2.1
31
82
5
87
21
9
17
51
1.73
99389745--99389823
40
2.0
40
100
0
158
36
5
25
32
1.78
99392028--99392198
47
3.6
47
84
4
193
30
27
16
25
1.97
99392046--99392235
47
3.9
48
80
10
192
29
28
16
25
1.97
99394866--99394933
31
2.2
32
89
2
102
45
19
7
27
1.76
99395010--99395093
32
2.5
32
75
12
80
30
1
2
65
1.13
99402956--99403013
28
2.1
28
100
0
116
43
17
6
32
1.75
99410064--99410103
16
2.6
15
85
14
55
32
0
5
62
1.17
99412615--99412883
103
2.6
103
98
0
520
44
14
17
22
1.85
99425667--99425691
4
6.2
4
100
0
50
76
0
0
24
0.80
99425763--99425808
15
2.9
15
90
6
65
67
0
6
26
1.15
99425724--99425838
58
2.0
59
81
8
137
66
0
6
26
1.14
99425724--99425884
29
5.6
29
66
18
77
66
0
5
27
1.18
99425728--99425886
52
3.2
49
76
14
135
66
0
5
28
1.17
99427382--99427436
25
2.3
25
77
20
64
43
1
18
36
1.61
99427795--99427835
22
1.9
21
85
5
55
70
4
19
4
1.24
99428764--99428805
20
2.1
20
100
0
84
19
14
30
35
1.91
99430722--99430760
14
2.8
14
81
11
53
46
2
12
38
1.56
99436492--99436637
37
4.0
37
93
1
242
24
21
16
36
1.94
99436601--99436869
46
5.6
46
84
10
340
28
22
14
34
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99436644--99436863
52
4.3
52
85
8
299
27
22
14
35
1.93
99436601--99436869
98
2.7
98
93
0
457
28
22
14
34
1.93
99443162--99443480
131
2.4
131
81
2
354
34
20
19
25
1.96
99449217--99449259
5
8.6
5
100
0
86
39
0
0
60
0.97
99450857--99450975
48
2.5
48
98
1
231
42
0
19
37
1.51
99456119--99456151
5
6.6
5
92
0
57
36
0
3
60
1.12
99457750--99457869
48
2.5
48
100
0
240
42
0
19
38
1.51
99461874--99462001
64
2.0
64
93
0
220
30
18
14
35
1.91
99462388--99462532
44
3.3
44
66
14
127
30
20
27
22
1.98
99462328--99462713
44
8.8
44
63
13
118
31
19
25
23
1.98
99462740--99463375
44
14.5
44
65
11
196
28
20
26
24
1.99
99462226--99463213
88
11.3
88
78
7
753
30
20
25
23
1.98
99463533--99463732
44
4.6
44
68
8
147
30
18
24
27
1.97
99475357--99475559
103
1.9
103
82
6
248
33
10
16
38
1.84
99482979--99483047
21
3.4
21
71
15
72
36
1
7
55
1.37
99483034--99483064
15
2.1
14
94
5
53
35
3
6
54
1.42
99483379--99483411
14
2.4
14
85
15
50
72
15
12
0
1.12
99487377--99487527
52
2.9
51
82
8
178
29
27
17
25
1.97
99492166--99492211
23
2.0
23
100
0
92
43
4
13
39
1.63
99508250--99508306
30
1.9
29
85
3
78
33
3
0
63
1.12
99508273--99508311
21
1.9
21
94
5
71
38
0
0
61
0.96
99514101--99514158
28
2.1
28
100
0
116
36
10
13
39
1.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99518315--99518359
22
2.0
22
91
0
72
35
2
2
60
1.22
99519397--99519441
20
2.1
22
84
8
58
55
0
4
40
1.20
99519363--99519441
29
2.7
29
78
5
70
51
1
2
44
1.23
99521465--99521523
31
1.9
31
82
6
75
55
8
5
30
1.51
99541019--99541061
17
2.6
16
85
10
59
53
0
0
46
1.00
99542081--99542125
3
15.0
3
100
0
90
33
0
0
66
0.92
99545828--99545867
20
2.1
20
86
9
57
35
7
0
57
1.27
99546671--99546704
17
2.1
17
88
5
52
58
2
0
38
1.13
99547353--99547461
43
2.5
43
93
0
191
37
11
2
48
1.53
99547518--99547623
41
2.5
43
83
7
126
30
16
0
52
1.49
99549153--99549195
22
2.0
22
90
9
70
48
9
2
39
1.48
99561025--99561052
13
2.2
13
100
0
56
17
14
35
32
1.90
99570179--99570207
3
9.7
3
100
0
58
31
34
0
34
1.58
99571742--99571767
9
2.9
9
100
0
52
92
7
0
0
0.39
99572321--99572367
23
2.0
23
100
0
94
19
38
0
42
1.51
99581601--99581648
17
2.6
17
87
9
60
18
4
6
70
1.25
99584071--99584162
38
2.5
37
77
13
91
36
13
1
48
1.49
99595972--99596719
44
17.0
45
76
4
652
27
16
26
29
1.97
99595967--99596719
132
5.7
132
89
1
1014
27
16
26
29
1.97
99596298--99596775
44
10.9
43
72
13
195
26
16
26
30
1.96
99595967--99596743
263
3.0
261
87
4
1003
27
16
26
29
1.97
99598594--99598644
3
17.0
3
95
0
93
31
0
0
68
0.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99598697--99598788
38
2.5
37
77
13
91
36
13
1
48
1.49
99602585--99602624
20
2.0
20
100
0
80
20
5
10
65
1.42
99606297--99606326
14
2.1
14
93
0
51
36
13
10
40
1.78
99625135--99625284
21
7.1
21
75
8
108
18
18
14
48
1.82
99625141--99625286
42
3.5
42
78
3
159
19
19
14
46
1.84
99627921--99627960
19
2.0
21
85
9
57
42
5
0
52
1.23
99633646--99633697
16
3.2
16
94
0
95
25
1
34
38
1.67
99633933--99633967
18
2.0
17
88
5
52
54
0
0
45
0.99
99633820--99634142
163
2.0
157
91
3
520
43
3
4
47
1.40
99634076--99634117
15
2.7
16
82
14
52
52
2
0
45
1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320