genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4258440--4258495	28	2.0	28	85	0	76	37	23	12	26	1.90
4261354--4261412	21	2.8	21	80	16	61	66	0	8	25	1.20
4263092--4263438	184	1.9	183	84	1	462	30	20	17	32	1.95
4263056--4263525	44	10.5	44	72	10	182	30	20	17	32	1.95
4263262--4263706	133	3.3	133	75	7	419	29	20	16	33	1.94
4263361--4263527	89	1.9	89	84	0	226	30	19	16	33	1.94
4263222--4263666	140	3.2	140	76	7	478	29	19	16	34	1.94
4263372--4263754	44	8.5	43	73	13	211	28	19	17	34	1.95
4263830--4263918	44	2.0	44	84	4	117	31	22	14	31	1.94
4275133--4275197	30	2.2	30	100	0	130	30	21	16	30	1.96
4275833--4275880	20	2.4	20	82	0	60	72	2	4	20	1.11
4278272--4278321	21	2.3	22	86	3	75	76	2	10	12	1.11
4278272--4278322	22	2.3	20	81	18	66	76	1	9	11	1.10
4280280--4280728	26	17.4	25	68	15	190	30	5	4	59	1.41
4280360--4280405	24	1.9	24	86	0	65	30	4	10	54	1.55
4280461--4280727	76	3.5	74	73	14	204	30	4	4	61	1.35
4280463--4280729	52	5.2	52	77	9	228	30	4	4	60	1.36
4282324--4282390	10	6.7	10	71	6	55	65	1	1	31	1.10
4282324--4282370	19	2.4	19	86	10	60	70	0	0	29	0.88
4282324--4282395	30	2.4	31	79	9	78	66	1	1	30	1.08
4282335--4282370	17	2.0	17	89	10	54	69	0	0	30	0.89
4282548--4282609	21	3.0	20	75	9	54	64	1	1	32	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4282545--4282619	9	7.9	9	72	16	53	62	2	2	32	1.23
4282706--4282732	9	3.0	9	100	0	54	11	0	0	88	0.50
4282816--4282849	17	1.9	18	88	5	52	17	2	5	73	1.16
4285375--4285459	24	3.5	24	76	6	91	14	11	56	17	1.67
4285396--4285448	21	2.8	18	81	15	70	9	15	60	15	1.58
4287587--4287700	30	3.8	30	94	2	203	26	50	3	20	1.64
4287587--4287700	59	1.9	60	94	1	203	26	50	3	20	1.64
4288184--4288321	49	2.9	47	76	15	133	34	4	2	57	1.33
4288285--4288345	29	2.2	29	82	5	72	32	4	3	59	1.35
4288279--4288367	26	3.3	26	71	13	74	31	5	5	57	1.45
4288334--4288385	23	2.3	23	83	9	63	32	7	7	51	1.59
4288531--4288578	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
4288531--4288582	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
4296849--4297024	71	2.5	69	83	3	201	28	14	23	33	1.94
4297028--4297188	72	2.2	71	88	2	232	29	15	18	36	1.91
4296849--4297376	200	2.7	194	89	2	779	30	14	20	34	1.93
4297100--4297352	128	2.0	128	86	3	357	31	14	18	35	1.91
4307514--4307545	12	2.8	11	90	9	55	25	0	37	37	1.56
4309534--4309641	27	3.9	28	87	11	159	25	52	2	19	1.59
4309534--4309641	28	3.9	29	84	11	154	25	52	2	19	1.59
4310210--4310270	15	4.1	15	73	14	54	36	3	1	59	1.24
4310282--4310340	25	2.5	24	78	10	68	33	8	6	50	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4310298--4310346	25	2.0	25	91	0	80	34	8	6	51	1.57
4310500--4310547	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
4310500--4310551	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
4318813--4318988	71	2.5	70	85	1	219	28	14	22	34	1.93
4319000--4319340	148	2.3	147	84	6	425	31	15	19	32	1.93
4319005--4319345	76	4.5	76	86	5	442	32	15	19	32	1.93
4319485--4319633	72	2.1	72	87	3	210	22	16	23	37	1.93
4319650--4319949	77	4.0	77	83	7	350	30	16	21	32	1.95
4319650--4319915	77	3.6	74	84	7	351	31	15	22	31	1.95
4319571--4320327	416	1.8	418	83	7	1007	29	15	19	35	1.93
4320065--4320202	71	1.9	71	94	0	240	34	16	18	31	1.93
4319974--4320326	155	2.2	156	83	8	441	30	16	18	34	1.93
4320207--4320448	78	3.2	75	84	6	307	26	16	19	37	1.93
4320425--4320466	14	2.9	15	85	7	59	14	14	7	64	1.48
4320428--4320477	14	3.6	14	81	7	57	20	12	4	64	1.43
4320458--4320619	73	2.2	73	86	2	216	25	17	20	35	1.95
4320274--4320633	177	2.0	181	90	4	577	25	17	18	39	1.92
4320607--4320634	14	2.0	14	100	0	56	14	21	7	57	1.61
4320532--4320714	90	2.1	88	85	6	244	25	18	19	37	1.94
4320624--4320863	75	3.2	73	85	5	304	27	16	21	33	1.95
4320441--4320782	163	2.1	161	86	3	470	26	17	19	35	1.94
4320857--4320891	17	2.1	17	88	0	52	17	8	2	71	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4320769--4320966	106	1.9	106	80	4	238	23	15	17	42	1.88
4320965--4321215	77	3.3	76	88	3	346	25	17	21	35	1.95
4321926--4322040	30	3.8	30	91	0	194	26	48	3	21	1.66
4321983--4322035	18	3.3	17	70	29	53	24	49	3	22	1.66
4322530--4322659	23	5.5	23	69	17	72	35	4	3	56	1.35
4322595--4322739	25	5.7	26	73	12	95	33	7	4	53	1.50
4322908--4322941	15	2.3	14	90	10	50	29	0	5	64	1.17
4322908--4322941	8	4.5	8	96	3	54	29	0	5	64	1.17
4322908--4322948	16	2.6	15	88	7	55	29	0	4	65	1.13
4328179--4328270	17	5.1	17	73	18	78	50	10	9	29	1.70
4330117--4330174	27	2.1	27	96	0	107	25	20	36	17	1.94
4332736--4332821	13	7.2	13	67	19	62	38	48	0	12	1.41
4332749--4332813	22	3.0	21	84	8	85	36	50	0	12	1.40
4333205--4333246	19	2.3	18	87	4	57	26	2	2	69	1.13
4336210--4336460	55	4.8	53	72	17	197	35	17	25	21	1.95
4336895--4337136	55	4.6	53	75	13	186	35	16	25	22	1.95
4336895--4337089	103	1.8	107	82	9	256	33	16	26	23	1.95
4336219--4337565	676	2.0	676	99	0	2685	38	13	20	28	1.90
4338599--4338648	19	2.6	19	96	0	91	16	32	34	18	1.92
4339941--4339972	12	2.6	13	85	14	50	37	0	6	56	1.25
4344946--4344985	19	2.0	20	85	4	55	52	2	0	45	1.14
4345195--4345392	91	2.2	89	81	10	219	31	5	9	53	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4347852--4347889	19	2.0	19	85	10	51	47	0	15	36	1.46
4351123--4351177	23	2.5	23	82	8	62	61	0	0	38	0.96
4353321--4353365	23	1.9	23	86	4	63	20	0	20	60	1.37
4356223--4356262	18	2.3	18	95	4	73	32	15	32	20	1.93
4356305--4356400	43	2.2	44	84	3	131	28	19	19	32	1.97
4356363--4356500	50	2.8	50	89	0	195	31	22	16	28	1.96
4365342--4365406	19	3.7	18	70	17	55	4	4	16	73	1.17
4365732--4365774	16	2.8	15	79	6	50	67	6	0	25	1.15
4365823--4365860	16	2.4	16	95	0	67	0	55	0	44	0.99
4366445--4366494	23	2.4	21	83	12	59	34	0	6	60	1.21
4367756--4367821	35	1.9	34	84	9	89	27	3	7	62	1.37
4367805--4367836	16	2.0	16	93	0	55	28	6	6	59	1.46
4370078--4370567	136	3.7	132	79	6	434	34	17	21	27	1.95
4372501--4372605	55	1.9	54	88	5	158	22	20	7	48	1.75
4373598--4373957	44	8.2	44	91	1	571	25	32	15	27	1.95
4374449--4374653	45	4.6	44	69	7	155	24	25	19	30	1.98
4374153--4374678	132	4.0	129	85	6	618	26	25	18	29	1.98
4379356--4379458	22	4.7	22	81	0	107	5	5	29	59	1.44
4379332--4379458	44	2.8	43	79	4	119	5	5	30	58	1.44
4379350--4379458	11	9.8	11	71	5	76	5	6	29	58	1.45
4383650--4383689	16	2.5	16	95	0	71	40	30	12	17	1.86
4384451--4384522	36	2.0	36	100	0	144	44	8	27	19	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4387252--4387285	16	2.2	16	89	5	52	20	8	2	67	1.31
4387341--4387374	16	2.1	16	88	0	50	17	8	2	70	1.25
4387430--4387464	17	2.1	17	88	0	52	17	8	2	71	1.23
4387185--4387537	89	3.9	90	92	2	570	26	14	19	39	1.90
4387447--4387760	73	4.1	73	76	8	263	27	17	20	35	1.94
4388479--4388528	24	2.1	24	81	7	57	44	44	0	12	1.41
4388792--4388845	27	2.0	28	89	7	85	68	14	1	14	1.30
4390426--4390457	16	2.0	16	93	0	55	28	6	6	59	1.46
4390442--4390489	21	2.2	22	81	7	53	35	6	6	52	1.52
4393471--4393501	15	2.0	16	93	6	55	61	0	0	38	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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