genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75970764--75971023	89	2.9	90	83	6	287	26	26	15	31	1.96
75970974--75971413	78	5.6	78	91	1	713	24	25	17	32	1.97
75973211--75973275	23	2.7	24	75	18	62	35	4	3	56	1.35
75982738--75982863	6	20.3	6	71	18	89	49	15	16	18	1.80
75982747--75982863	31	3.5	31	83	14	153	49	15	17	17	1.80
75982749--75982863	37	3.2	37	88	8	152	49	15	16	18	1.80
75983001--75983073	27	2.7	27	89	2	103	36	20	24	17	1.94
75983232--75983296	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
75983383--75983548	27	6.2	27	88	3	255	27	20	17	34	1.95
75983408--75983577	54	3.1	54	84	3	164	28	18	18	34	1.95
75983598--75983716	27	4.4	27	78	10	100	31	10	17	41	1.83
75983593--75983927	81	4.1	80	82	4	352	31	9	19	40	1.83
75983641--75983927	27	10.6	27	85	0	358	32	9	18	40	1.82
75988420--75988941	44	12.1	44	86	4	695	29	15	31	23	1.95
75988576--75988649	36	2.1	36	94	0	130	32	14	27	25	1.95
75990319--75990397	39	2.0	39	95	0	140	43	5	27	24	1.75
75997785--75997821	14	2.6	14	91	0	56	48	10	16	24	1.77
76000276--76000310	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
76000564--76000639	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
76000593--76000671	35	2.2	37	86	13	121	35	16	10	37	1.82
76000614--76000669	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
76000600--76000671	19	3.9	19	89	10	123	36	15	11	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76000790--76000828	21	1.9	20	84	5	51	10	2	15	71	1.23
76003599--76003770	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
76003592--76003767	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
76010225--76010396	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
76010218--76010393	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
76014002--76014064	29	2.1	30	82	11	76	50	6	7	34	1.57
76015562--76015622	19	3.3	18	79	9	61	32	0	0	67	0.91
76015564--76015612	18	2.7	17	81	12	53	32	0	0	67	0.91
76018119--76018303	92	2.0	92	93	0	316	27	4	25	42	1.74
76020342--76020408	30	2.2	30	89	0	98	25	28	28	17	1.98
76022664--76022723	10	6.0	10	84	11	79	21	8	1	68	1.25
76029126--76029166	15	2.9	15	75	17	52	21	2	0	75	0.92
76030757--76030801	10	4.4	10	81	13	56	24	6	2	66	1.27
76039206--76039249	18	2.4	18	80	3	52	61	4	2	31	1.28
76043799--76043864	9	7.4	9	73	17	50	71	3	0	25	1.01
76043804--76043863	19	3.3	18	76	9	59	70	3	0	26	1.03
76044599--76044671	30	2.4	30	88	2	101	34	1	8	56	1.38
76045141--76045181	22	1.9	21	85	5	55	73	2	14	9	1.19
76046118--76046177	21	2.9	21	84	0	75	13	23	26	36	1.92
76047556--76047608	26	2.0	26	100	0	106	54	7	3	33	1.46
76047752--76047857	35	2.9	36	66	21	92	30	20	20	28	1.98
76051497--76051617	46	2.7	44	85	7	145	24	28	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76052127--76052159	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
76052447--76052674	46	5.0	47	90	1	304	22	21	14	40	1.90
76057325--76057380	28	2.0	28	100	0	112	28	14	21	35	1.92
76058714--76058766	24	2.2	24	100	0	106	32	9	11	47	1.71
76060363--76060387	12	2.1	12	100	0	50	60	0	24	16	1.36
76064468--76064512	24	1.9	24	82	13	58	44	6	13	35	1.70
76066438--76066665	46	5.0	46	92	1	314	21	23	15	39	1.91
76068593--76068655	21	3.0	21	92	0	99	0	25	0	74	0.82
76068604--76068654	15	3.2	17	81	13	63	0	23	0	76	0.79
76068711--76068735	11	2.3	11	100	0	50	0	16	0	84	0.63
76072392--76072420	3	9.7	3	100	0	58	65	34	0	0	0.93
76076918--76076962	23	2.0	23	82	8	56	11	4	17	66	1.38
76077336--76077419	44	1.9	44	95	0	150	45	10	15	28	1.80
76079963--76080000	10	3.8	10	92	0	58	50	7	21	21	1.74
76085103--76085167	20	3.2	20	69	14	53	38	0	3	58	1.14
76086727--76086897	57	3.0	57	87	5	229	27	14	11	46	1.78
76089161--76089205	16	2.9	15	77	9	54	64	0	4	31	1.13
76089407--76089459	26	2.0	26	100	0	106	30	15	11	43	1.81
76096482--76096523	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
76096486--76096522	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
76097987--76098025	13	3.1	13	92	3	62	71	0	0	28	0.86
76103563--76103598	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76103550--76103590	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
76103695--76103752	23	2.5	23	94	0	98	50	41	1	6	1.39
76104254--76104300	15	3.1	15	81	0	67	48	12	2	36	1.53
76105409--76105447	9	4.4	9	84	15	55	0	30	0	69	0.89
76105506--76105537	13	2.5	13	100	0	64	15	6	0	78	0.95
76105712--76105739	11	2.5	11	100	0	56	42	10	10	35	1.74
76123361--76123494	43	3.1	42	78	3	135	38	19	17	23	1.93
76126731--76126781	19	3.2	15	73	21	50	54	1	0	43	1.11
76129580--76129757	28	6.4	28	90	2	243	32	29	13	25	1.94
76137690--76137867	28	6.4	28	90	2	243	32	29	13	25	1.94
76140637--76140675	14	2.6	16	88	8	55	41	2	20	35	1.66
76140979--76141113	51	2.8	49	85	5	177	25	20	27	27	1.99
76142683--76142746	33	2.0	32	85	14	87	46	12	1	39	1.51
76143791--76143869	32	2.5	31	83	2	95	29	13	15	41	1.85
76146787--76146811	13	1.9	13	100	0	50	24	0	24	52	1.48
76147179--76147204	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
76147582--76147634	24	2.2	24	100	0	106	24	18	28	28	1.98
76148338--76148463	54	2.3	55	81	6	141	43	1	6	48	1.38
76150702--76151203	126	4.0	126	91	1	767	28	16	16	37	1.91
76150706--76151203	251	2.0	251	91	0	800	28	16	17	37	1.91
76151570--76151630	29	2.2	28	82	11	72	54	8	0	37	1.31
76154209--76154251	18	2.4	18	92	7	70	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76157138--76157205	18	3.7	19	80	5	77	47	14	7	30	1.72
76157321--76157369	6	8.2	6	100	0	98	51	16	16	16	1.78
76157600--76157647	19	2.5	20	74	16	55	33	8	0	58	1.28
76158686--76158720	16	2.3	15	90	5	52	51	2	0	45	1.16
76166087--76166297	55	3.9	54	82	7	268	34	17	25	23	1.96
76166094--76166296	108	1.9	110	89	4	322	33	18	25	23	1.97
76166534--76166564	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
76168393--76168444	15	3.2	15	73	19	50	50	13	0	36	1.42
76169213--76169242	13	2.4	12	94	5	51	46	0	3	50	1.18
76175289--76175536	49	5.2	48	74	10	190	26	18	29	24	1.98
76175289--76175461	93	1.9	92	85	6	242	25	19	30	24	1.98
76179239--76179263	11	2.3	11	100	0	50	56	8	0	36	1.29
76196801--76196858	18	3.3	17	81	13	64	17	12	0	70	1.16
76200962--76201281	46	7.0	46	93	0	489	23	23	14	39	1.91
76203421--76203448	11	2.5	11	100	0	56	71	0	0	28	0.86
76203422--76203497	19	3.7	21	79	10	77	60	6	0	32	1.22
76204693--76204727	6	5.8	6	93	0	61	34	20	17	28	1.95
76207345--76207451	28	4.0	28	83	9	125	18	5	29	45	1.72
76207403--76207465	23	2.7	23	100	0	126	15	7	31	44	1.76
76207656--76207742	21	4.0	23	75	13	94	16	22	25	35	1.94
76214216--76214271	28	2.0	28	100	0	112	35	25	17	21	1.95
76215319--76215489	93	1.8	93	92	0	288	29	28	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76215314--76215486	46	3.7	46	78	10	199	30	27	20	21	1.98
76215909--76215965	30	1.9	30	85	0	78	33	22	5	38	1.77
76219596--76219642	25	1.9	25	95	4	87	38	0	40	21	1.53
76221059--76221165	27	4.0	27	87	1	144	15	25	21	37	1.93
76224789--76224832	15	2.8	15	89	6	61	25	0	0	75	0.81
76227070--76227123	25	2.2	25	86	0	72	40	0	11	48	1.39
76227076--76227123	25	1.9	25	91	0	78	37	0	12	50	1.41
76229090--76229129	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
76229665--76229728	31	2.0	33	82	11	80	26	25	15	32	1.95
76230769--76230800	12	2.8	12	95	4	57	75	0	6	18	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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