genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76236026--76236065	19	2.1	19	90	0	62	25	37	15	22	1.93
76242777--76242827	24	2.1	25	88	3	77	56	9	0	33	1.32
76242900--76242938	21	1.9	20	89	5	60	56	2	2	38	1.27
76245321--76245554	54	4.3	54	94	0	396	38	17	14	28	1.90
76245616--76245647	14	2.2	15	94	5	57	71	6	9	12	1.29
76245544--76245808	88	3.0	88	91	1	433	38	19	16	25	1.92
76245709--76245735	14	1.9	14	100	0	54	62	7	14	14	1.51
76245636--76246023	215	1.8	215	93	3	674	36	20	17	26	1.94
76245917--76245950	13	2.5	14	90	4	52	61	5	14	17	1.52
76245931--76246089	73	2.2	73	95	2	286	35	21	17	25	1.95
76245808--76246096	161	1.8	155	89	4	452	34	21	17	25	1.95
76246941--76246978	8	4.6	8	81	18	51	0	15	0	84	0.63
76246941--76246977	15	2.3	17	90	9	60	0	16	0	83	0.64
76258568--76258618	24	2.1	25	88	3	77	56	9	0	33	1.32
76258691--76258730	21	1.9	21	89	0	62	57	2	2	37	1.26
76260610--76260670	24	2.5	24	74	15	63	36	0	16	47	1.47
76260644--76260690	15	2.9	16	78	12	60	40	0	8	51	1.33
76260644--76260705	15	3.7	16	76	22	56	38	0	11	50	1.39
76260644--76260692	11	4.5	11	76	23	50	40	0	10	48	1.37
76260665--76260693	11	2.5	12	88	11	51	41	0	10	48	1.37
76263525--76263581	30	1.9	30	85	0	78	38	12	3	45	1.59
76264314--76264373	27	2.2	26	80	8	66	48	0	6	45	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76267079--76267123	11	3.9	11	77	11	54	35	2	4	57	1.31
76273047--76273207	46	3.3	49	75	11	152	26	16	29	28	1.97
76279992--76280041	3	16.7	3	100	0	100	34	0	0	66	0.92
76280382--76280431	15	3.4	15	75	25	61	28	0	12	60	1.32
76280374--76280433	29	2.1	29	100	0	120	31	0	10	58	1.31
76280380--76280427	14	3.4	14	74	25	55	31	0	10	58	1.32
76281884--76281921	19	2.0	19	94	0	67	21	26	23	28	1.99
76282279--76282316	18	2.1	18	95	0	67	39	15	18	26	1.91
76287323--76287486	42	3.9	42	84	4	197	28	24	16	30	1.96
76287323--76287486	85	1.9	84	86	3	231	28	24	16	30	1.96
76289511--76289558	19	2.5	20	86	6	64	50	4	8	37	1.52
76289521--76289559	20	2.0	20	95	5	71	51	2	5	41	1.38
76289678--76289709	16	2.1	15	94	5	55	78	0	21	0	0.76
76290423--76290447	11	2.3	11	100	0	50	36	0	8	56	1.29
76290578--76290716	40	3.5	40	75	8	142	26	17	25	30	1.97
76292851--76292918	35	1.9	35	96	0	127	25	16	23	35	1.95
76293770--76293860	47	2.0	46	87	10	132	16	9	19	53	1.70
76297455--76297492	18	2.1	18	85	9	51	28	18	18	34	1.95
76300988--76301065	15	5.4	15	68	22	60	62	6	1	29	1.28
76300987--76301088	28	3.4	29	77	14	93	59	6	2	30	1.38
76301030--76301090	16	3.5	17	75	11	61	57	6	3	32	1.41
76301163--76301225	33	1.9	33	83	6	83	50	1	7	39	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76301433--76301497	10	6.0	10	73	16	58	81	4	13	0	0.84
76301433--76301493	22	2.7	23	82	2	70	80	4	14	0	0.87
76302417--76302774	91	4.0	91	76	8	242	34	18	17	29	1.93
76302453--76302759	90	3.5	88	75	10	243	32	18	16	32	1.94
76302691--76302905	74	2.9	73	84	4	277	30	20	16	33	1.94
76302931--76303164	74	3.1	74	85	2	299	33	18	15	32	1.92
76303158--76303310	73	2.1	73	87	6	229	32	19	16	30	1.95
76303242--76303400	85	1.9	85	92	2	266	34	18	16	30	1.93
76302588--76304964	632	3.7	626	85	8	2745	33	18	16	31	1.93
76303790--76303942	73	2.1	73	89	6	238	32	19	17	30	1.95
76303948--76304962	75	13.0	73	74	14	572	33	19	16	31	1.94
76302587--76304970	239	10.1	236	80	11	1564	33	18	16	31	1.93
76302585--76304962	557	4.3	548	85	10	2731	33	18	16	31	1.93
76304431--76304587	85	1.9	85	81	5	194	34	19	17	28	1.95
76304895--76305073	90	2.0	90	87	2	261	35	16	16	31	1.91
76304980--76305145	76	2.2	75	85	6	230	35	16	16	31	1.91
76309628--76309810	91	2.0	91	100	0	366	41	7	19	31	1.79
76313535--76313565	12	2.6	12	94	0	53	38	6	29	25	1.81
76315361--76315402	15	2.8	15	100	0	84	66	7	0	26	1.17
76320715--76320740	12	2.2	12	100	0	52	7	7	30	53	1.57
76341070--76341134	30	2.2	29	91	2	103	24	13	24	36	1.92
76341873--76341954	37	2.2	37	100	0	164	37	2	24	35	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76349168--76349348	49	3.7	48	82	7	229	28	23	19	28	1.98
76349160--76349346	99	1.9	100	92	1	313	28	22	20	27	1.99
76351406--76351462	26	2.2	26	96	0	105	22	7	35	35	1.82
76362936--76363029	47	2.0	48	95	2	172	42	6	17	34	1.74
76364966--76365018	26	2.0	26	96	0	97	33	11	13	41	1.80
76386100--76386132	14	2.5	13	90	9	50	33	27	0	39	1.57
76397463--76397519	30	1.9	30	85	0	78	26	29	29	14	1.95
76413492--76413543	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
76415462--76415513	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
76424849--76424968	60	2.0	60	100	0	240	23	8	26	41	1.82
76426912--76426958	22	2.1	23	84	4	60	68	4	0	27	1.08
76428594--76428662	31	2.2	31	85	10	88	47	2	5	43	1.42
76429745--76429789	22	2.0	24	83	12	60	64	20	4	11	1.42
76429979--76430030	24	2.2	24	85	0	68	51	9	5	32	1.58
76438493--76438654	43	3.8	43	78	5	166	30	23	16	29	1.96
76438746--76438788	21	2.0	21	100	0	86	23	13	9	53	1.69
76451659--76451715	6	8.6	7	83	14	52	63	0	1	35	1.05
76451659--76451702	3	14.7	3	88	9	63	63	0	0	36	0.95
76451657--76451717	9	6.4	10	78	14	51	63	0	1	34	1.04
76459625--76459686	14	4.2	14	74	15	54	51	0	6	41	1.27
76464735--76464825	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
76464806--76464841	16	2.2	16	100	0	72	38	36	0	25	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76466048--76466111	24	2.6	25	87	5	85	28	1	3	67	1.15
76467122--76467168	23	2.0	23	100	0	94	19	29	25	25	1.98
76469861--76469913	9	5.6	9	80	6	52	33	0	1	64	1.05
76469875--76469913	10	3.9	10	83	9	53	33	0	2	64	1.08
76469873--76469937	21	3.1	21	78	8	69	30	1	1	66	1.10
76474692--76474731	15	2.7	15	92	3	64	20	0	35	45	1.51
76474853--76475274	126	3.4	126	85	3	564	39	17	16	27	1.91
76477860--76477906	24	2.0	24	83	8	60	23	17	29	29	1.97
76479872--76479922	11	4.8	10	81	11	57	45	0	27	27	1.54
76479872--76479922	21	2.4	20	83	9	57	45	0	27	27	1.54
76483080--76483143	27	2.2	30	81	8	80	45	0	3	51	1.17
76486902--76486946	13	3.1	15	81	15	58	57	0	0	42	0.98
76488289--76488518	46	5.0	46	93	1	379	23	23	15	37	1.93
76495071--76495109	16	2.5	17	88	12	57	25	0	0	74	0.82
76495072--76495127	16	3.4	17	78	11	55	26	0	3	69	1.04
76501906--76501962	19	2.9	19	78	2	51	47	36	1	14	1.54
76505356--76505403	16	3.1	15	80	19	62	27	0	2	70	0.98
76506330--76506354	7	3.6	7	100	0	50	12	12	0	76	1.04
76506294--76506333	19	2.1	19	100	0	80	15	10	0	75	1.05
76526969--76526994	10	2.6	10	100	0	52	30	26	11	30	1.92
76529881--76529992	40	2.8	39	80	14	122	26	22	16	33	1.96
76532067--76532124	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76532336--76532367	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
76532471--76532703	50	4.5	51	85	4	283	26	23	29	20	1.99
76532462--76532711	100	2.4	104	84	7	332	26	23	28	21	1.99
76539659--76539716	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
76539928--76539959	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
76540054--76540295	50	4.7	50	85	4	288	26	23	29	20	1.99
76540054--76540303	100	2.4	103	87	6	355	26	23	29	21	1.99
76548781--76549121	126	2.7	126	88	2	488	35	16	17	30	1.92
76554314--76554387	36	2.1	36	100	0	148	16	13	16	54	1.72
76554329--76554386	18	3.2	18	65	0	53	17	15	13	53	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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